逆转录-多重巢式聚合酶链反应技术在骨髓增殖性疾病PDGFRB基因重排检测中的应用

本研究旨在探讨逆转录-多重巢式PCR技术在骨髓增殖性疾病(MPD)PDGFRB基因重排检测中的应用价值。利用逆转录-多重巢式PCR技术对146例MPD患者骨髓或外周血标本进行与PDGFRB基因重排相关的融合基因定性检测。结果显示,146例MPD患者骨髓或外周血标本中有8例出现PDGFRB基因重排,阳性率为5.5%。其中3例为TEL-PDGFRB融合基因,2例为HIP1-PDGFRB融合基因,1例为GIT2-PDGFRB融合基因,1例为TP53BP1-PDGFRB融合基因,1例为WDR48-PDGFRB融合基因。结论:运用逆转录-多重巢式PCR方法进行MPD患者PDGFRB基因重排检测,对于疾病诊断有一定指导意义,且可以为药物靶向治疗提供理论依据。

联合常规细胞遗传学技术、多重巢式聚合酶链反应技术检测120例急性白血病患者遗传学异常

探讨如何提高急性白血病患者染色体/特异融合基因异常的检出率与准确率。联合常规细胞遗传学技术、多重巢式聚合酶链反应技术对120例急性白血病患者进行检测。结果表明:应用常规细胞遗传学检测出82例核型异常,占68.3%,而应用多重巢式聚合酶链反应技术检测出54例融合基因异常,占45%。联合这两种技术,120例急性白血病患者的遗传学异常检出率为:75%(90/120),其中有65例明确了具体染色体改变或特异性融合基因异常。30例患者经常规细胞遗传学检测出具有t(8;21)(q22;q22)或t(15;17)(q22;q12),多重巢式聚合酶链反应技术检测出39例患者具有AML1/ETO、PML/RARA或CBFB/MYH11融合基因异常。当存在染色体数目异常,或者不存在19种融合基因之一时多重巢式聚合酶链反应结果为阴性。提示常规细胞遗传学技术联合多重巢式聚合酶链反应技术可以有效地提高急性白血病患者染色体异常/特异性融合基因的检出率。

多重巢式聚合酶链反应在疟疾混合感染检测与分型中的应用

目的:应用能够同时检测恶性疟(P.falciparum)、间日疟(P.vivax)、卵形疟(P.ovale)、三日疟(P.malarie)及其混合感染的多重巢式PCR方法,对疑似疟疾混合感染样本进行检测,评价其在疟原虫混合感染及分型中的应用价值,旨在为疟疾流行病学调查、疟疾混合感染的确诊提供一种快速高效、特异性强、灵敏度高的实验室诊断方法,为传统的镜检法提供有效的补充。方法:根据恶性疟原虫、间日疟原虫、卵形疟原虫和三日疟原虫的18SSU rRNA基因序列设计5对引物(1对通用引物、4对特异性引物),以等比例混合的4种疟原虫核酸为模板,建立疟疾多重巢式PCR检测方法,并应用该法对28份疑似疟疾混合感染样本进行检测及测序验证,将其结果与镜检法比较。结果:28份疑似混合感染样本中混合感染样品数为6例,其中恶性疟和间日疟混合感染样品5例,恶性疟和卵形疟混合感染样品1例。结论:本研究建立的多重巢式PCR检测方法能够同时用于恶性疟、间日疟、卵形疟、三日疟及其混合感染样本的检测,在疟疾混合感染的确诊与分型上较镜检法有明显的优势和更高的应用价值。

逆转录多重巢式聚合酶链反应技术在急性单核系白血病M4/M5MLL基因重排检测中的应用

目的探讨逆转录多重巢式聚合酶链反应(多重PCR)技术在初诊M4/M5患者MLL基因重排检测中的价值。方法采用骨髓直接或短期培养法制备染色体,应用R显带技术进行核型分析。采用多重PCR技术,检测40例初诊M4/M5患者中5种急性髓系白血病常见的MLL融合基因以及MLL部分串联重复。结果R显带揭示7有涉及11q23的易位,包括t(6;11)(q27;q23)、t(9;11)(p21;q23)、t(11;17)(q23;q21)、t(11;19)(q23;p13.1),14例有其他核型异常,19例为正常核型。多重PCR证实了7例核型分析显示11q23易位标本中的6例,例3核型分析揭示46,XX,t(6;11)(q27;q23),多重PCR检测MLL/AF6为阴性;19例显带分析为正常核型标本中检出2例MLL部分串联重复。结论多重PCR是对初诊M4/M5患者进行各种MLL重排筛检的有效方法。

多重逆转录聚合酶链反应和半巢式多重聚合酶链反应快速检出含漱液中的乙型流感病毒

目的建立特异敏感的快速检测含漱液中的流感病毒的分子生物学方法。方法用多重逆转录聚合酶链反应和半巢式多重聚合酶链反应扩增甲１、甲３和乙型流感病毒ＨＡ基因的ＨＡ１片段，得到各病毒与特异性大小的扩增产物的对应关系。用同样的方法扩增含漱液中流感病毒的ＨＡ基因的ＨＡ１片段。根据这对应关系检测含漱液中的流感病毒。结果以流感病毒的ＨＡ基因为模板设计的三对引物，用多重逆转录聚合酶链反应能特异性地扩增出９４２ｂｐ、１１１７ｂｐ和 ７５１ｂｐ的核酸片段，它们分别和甲１、甲３和乙型流感病毒有稳定对应关系。用多重逆转录聚合酶链反应和半巢式多重聚合酶链反应扩增含漱液中流感病毒ＨＡ基因的ＨＡ１片段，根据扩增产物的大小检出含漱液中的乙型流感病毒。结论 多重逆转录聚合酶链反应和半巢式多重聚合酶链反应能特异敏感地检出含漱液中的乙型流感病毒。

多重巢式聚合酶链反应在β地中海贫血植入前遗传学诊断中的应用

目的探讨应用多重巢式聚合酶链反应(PCR)技术在β地中海贫血(简称β地贫)植入前遗传学诊断(PGD)中的应用。方法获取β地贫基因携带者单个淋巴细胞,建立了稳定的单细胞多重巢式PCR检测技术,可同时检测β珠蛋白基因及与β珠蛋白基因紧密连锁的HumTHO1基因,并对4例已出生的重型β地贫患儿及双方均为β地贫基因携带者的夫妇应用多重巢式PCR进行了β地贫的PGD。结果利用单细胞多重巢式PCR,可以同时检测中国人常见的16种β地贫突变类型,单个淋巴细胞平均扩增效率为91·3%,平均等位基因脱扣(ADO)率为17·0%。对4对夫妇进行4个周期PGD,共活检33个胚胎,获得33个卵裂球,其中30个卵裂球扩增成功,扩增效率为90·9%,ADO率为13·3%。26个胚胎经PCR分析后获得明确诊断,移植了8个胚胎,获得1例临床妊娠。孕17周时经脐带血穿刺,证实为完全正常胚胎,现已出生1名正常女婴。结论应用单细胞多重巢式PCR技术可对β地贫进行植入前遗传学诊断,达到优生目的。

反转录巢式多重聚合酶链式反应体系检测单细胞中时钟基因表达

目的建立一种高度灵敏的能够在单细胞水平检测时钟基因表达的反转录巢式多重聚合酶链式反应(multiplex nestedreverse transcription-polymerase chain reaction,multiplex nested RT-PCR)体系。方法选取核心时钟基因bmal1,clock,per1,per2,cry1和cry2,以及看家基因β-actin,分别设计和优化巢式引物对。以基因质粒为模板,检测巢式多重PCR体系的灵敏度。体外转录得到各个基因的RNA模板,并检测反转录巢式多重PCR体系的灵敏度。使用手动微操作器,显微镜下负压获取悬浮单个NIH/3T3细胞,使用反转录巢式多重PCR体系检测其中目的时钟基因。应用实时定量PCR检测整体水平时钟基因表达情况,与单细胞水平进行比较。结果巢式多重PCR检测体系可以检测出单拷贝质粒DNA。反转录巢式多重PCR能够检测出4拷贝RNA模板。利用上述体系发现,NIH/3T3单细胞中时钟基因环路表达存在很大差异,同时发现群体水平per1和per2表达的高峰和低谷间差异有统计学意义,而单细胞水平per1表达则差异无统计学意义。结论建立了高度灵敏的用于检测时钟基因表达的反转录巢式多重PCR体系,揭示了单细胞水平时钟基因表达的异质性,也验证了整体水平与单细胞水平时钟基因表达的差异。

巢式多重聚合酶链反应快速诊断儿童脑膜炎/脑炎

目的探讨巢式多重聚合酶链反应(PCR)在儿童脑膜炎/脑炎诊断中的价值。方法采用回顾性病例对照研究。收集2017年5月—2020年5月上海市儿童医院82例确诊或疑似中枢神经系统感染患儿的脑脊液样本。收集患儿临床资料,了解患儿抗菌药物使用情况。采用巢式多重PCR检测病原体,并同步进行细菌培养、脑脊液常规和生化检测。结果82例脑脊液样本中,有31例检出病原体,其中20例检出病毒、11例检出细菌。细菌组脑脊液样本白细胞计数、蛋白、乳酸脱氢酶和患者抗菌药物使用天数、住院天数均显著高于病毒组(P<0.05);葡萄糖水平低于病毒组(P<0.05);阿昔洛韦使用例数少于病毒组(P<0.05)。巢式多重PCR与培养法判断细菌性脑膜炎/脑炎的一致性较好(Kappa=0.659,P<0.001),与实验室指标判断病毒性脑膜炎/脑炎的一致性亦较好(Kappa=0.737,P<0.001)。结论巢式多重PCR可以作为辅助诊断中枢神经系统感染患儿脑脊液样本病原体感染的新方法,可提高儿童脑膜炎/脑炎的诊断效率。

多重实时聚合酶链式反应法快速检测食品中的产志贺毒素大肠埃希氏菌

目的建立多重实时聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)法快速检测食品中的产志贺毒素大肠埃希氏菌(Shiga toxin-producing Escherichiacoli,STEC)的方法。方法以产志贺毒素大肠埃希氏菌携带的毒力基因stx1、stx2和黏附基因eae靶基因引物探针建立多重实时PCR体系,并采用原位冻干技术将PCR反应体系和阳性质控品进行了预先分装冻干,制成稳定、便捷的即用型反应体系,随后对方法的灵敏性、特异性和稳定性进行评价。结果所建立的多重实时PCR法检测eae、stx1、stx2基因的灵敏性为102 CFU/mL。与32种非STEC菌均无交叉反应。整体检测时长可控制在1 h以内,冻干体系可在常温条件下保存1年以上。结论本方法快速、简便,适用于测定食品中的STEC。

多重荧光定量聚合酶链反应法检测肉制品中的3种食源性致病菌

目的建立多重荧光定量聚合酶链反应法(quantitative polymerase chain reaction,qPCR)快速检测肉制品中沙门氏菌、单增李斯特菌、大肠杆菌O157:H73种食源性致病菌的方法。方法根据沙门氏菌的invA基因、单增李斯特菌的hemolysin基因、大肠杆菌O157:H7的rfbE基因序列分别设计特异性引物及探针,通过优化反应体系,测定其灵敏度、特异性和重复性,建立了可同时检测上述3种食源性致病菌多重qPCR方法。结果该方法只扩增3种靶细菌,对其他供试菌不扩增;沙门氏菌、单增李斯特菌、大肠杆菌O157:H7的检出限分别为10^(1)、10^(2)、10^(2)拷贝数/μL,并且拥有良好的重复性和特异性。人工污染的猪肉样品经SLE培养基富集8 h后,分别可以检测到初始菌液浓度为1.56×10^(2)CFU/25 g的沙门氏菌,2.13×10^(2)CFU/25 g的单增李斯特菌,2.32×10^(2)CFU/25 g的大肠杆菌O157:H7。结论所建立的多重qPCR灵敏度高、特异性强、重复性好,可同时检测肉制品中沙门氏菌、单增李斯特菌和大肠杆菌O157:H73种食源性致病菌,在提高食品安全和保护人类健康方面有重要意义。

多重实时荧光定量聚合酶链式反应在芝麻酱掺假鉴别中的应用

目的研究基于分子生物学技术,建立多重实时荧光定量聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)技术检测芝麻酱中的植物源性成分,实现芝麻酱的快速掺假鉴别,突破单标准单物种检测的局限性。方法该研究以芝麻2S albumim mRNA基因、花生Ara b2基因、大豆Lectin基因、玉米adh1基因设计特异性引物和探针,优化反应体系,建立多重实时荧光定量PCR技术检测芝麻酱中的芝麻源性成分、花生源性成分、大豆源性成分、玉米源性成分,并应用于市售的芝麻酱样本检测分析。结果该方法高效低成本,特异性好,对小米、绿豆等10种非目标源性成分无特异性扩增;对芝麻源性成分、花生源性成分、大豆源性成分、玉米源性成分的最低检出限为100 pg/μL,具有较高的灵敏度;应用建立的方法,对市售21份芝麻酱样本进行检测分析,检测结果与标签标注不符合的有4份,标签标注符合率为80.95%,与参比方法检测结果一致。结论建立的多重实时荧光定量PCR技术对加工成品的检测具有较好的适用性,为芝麻酱的掺假鉴别提供了一种新的分子生物学方法。

多重半巢式聚合酶链反应检测巨细胞病毒DNA多聚酶基因

目的 :探讨多重半巢式聚合酶链反应 ( msn PCR)在研究巨细胞病毒 ( CMV) DNA多聚酶基因 ( UL -54)中的应用价值。方法 :从 8例心肺移植患者血标本中提取 DNA,以 CMV-UL 54为模板 ,自行设计 6条特异性引物 ,建立 msn PCR扩增系统。扩增产物在 DNA测序仪上自动测序。结果 :msn PCR能扩增出 42 7bp和 1 0 52 bp两条目的片段 ,扩增产物测序表明存在导致氨基酸改变的碱基有义突变。结论 :msn PCR扩增结合测序 ,可检测 CMV-UL 54的 7个功能区目片段中的碱基突变 ,msn PCR比普通 PCR更加省时和经济。

改良多重聚合酶链反应检测Y染色体AZF微缺失

目的:对多重聚合酶链反应(PCR)优化改良,检测Y染色体无精子因子(AZF)区域微缺失。方法:实验组选择160例精子发生障碍患者,对照组90例为合格捐精者。按照欧洲男科协会和欧洲分子遗传实验质控网检测指南进行多重PCR,对Y染色体序列标签点引物序列和PCR反应条件优化改良,筛查AZFa、b、c区域的微缺失。结果:采用改良多重PCR,160例生精障碍患者中发现AZF微缺失14例(8.75%),其中AZFc12例,AZFa+b+c1例,AZFb+c1例;对照组90例未发现微缺失;两组比较,差异有极显著性(P<0.001)。所有PCR产物电泳条带清晰,时间缩短至1h。结论:对欧洲男科协会和欧洲分子遗传实验质控网推荐的多重PCR技术优化改良,用于精子发生障碍患者的YqAZF区域筛查,结果可靠、快捷、重复性好。

多重聚合酶链反应检测结核菌耐异烟肼相关基因

目的 :建立耐异烟肼 (isoniazid ,INH)结核分枝杆菌(M .tuberculosis,MTB)多重聚合酶链反应 (multiplePCR ,multi PCR)检测系统 ,在一次扩增中快速 ,特异地同时检出aphC启动子 ,inhA和kagG基因 ,用于快速初步诊断结核分枝杆菌对INH的耐药性 .方法 :根据结核分枝杆菌的aphC启动子 ,inhA和kagG序列 ,分别设计出 3对特异性寡聚核苷酸引物 ,采用multi PCR技术 ,同时检出对结核分枝杆菌耐INH起作用的 3个基因 .结果 :应用multi PCR反应体系 ,对引物的相关性实验结果表明引物之间不会因相互干扰而出现假阳性结果 ;multi PCR扩增的预期结果为 :单基因引物出现一条特异性扩增区带 ,多重基因引物出现 2或 3条特异性扩增区带 ,经实验达到预期的扩增结果 ;对H3 7Rv标准株、INH敏感株及INH耐药株分别采用常规PCR和multi PCR进行同时扩增 ,结果两种扩增方法均能扩增出预期的目的片段 ,符合率达 10 0 % .结论 :multi PCR能有效地为多基因耐药的临床病原体的诊断提供快速、准确的诊断手段 。

多重反转录聚合酶链反应检测H5亚型禽流感病毒方法的建立

目的根据A型AIV的M基因和HA基因序列,设计了两对引物。其中XZ145-2和XZ146为通用引物,可检测所有A型AIV,跨幅为244bp;XZH5-1和XZH5-5为H5亚型AIV特异性引物,跨幅为860bp。通过对多重RTPCR扩增条件的优化,建立了快速检测鉴别H5亚型AIV多重RTPCR。该多重RTPCR对H5亚型AIV同时扩增出两条大小分别为244bp和860bp的cDNA片段,对其他A型AIV只扩增出244bp的cDNA片段,对其它常见禽病病原则无244bp和860bpcDNA片段出现。该多重RTPCR对H5亚型AIVRNA最低检出量为10pg。该多重RTPCR对AIV人工感染鸡临床样品和鸡胚分离物进行检测,结果其检出率为100%。

应用巢式逆转录聚合酶链反应检测鱼类病毒性出血性败血症病毒(VHSV)

参照鱼类病毒性出血性败血症病毒序列,根据PCR引物设计的原则,设计巢式PCR引物,采用巢式逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法,对如何快速检测鱼类病毒性出血性败血症病的方法进行了较为系统的研究,并对RT-PCR的反应条件进行了优化。结果表明,巢式RT-PCR扩增获得279bp的特异性片断,阴性对照无扩增条带。巢式RT-PCR扩增出的特异性片段经测序分析,结果证实与报道的序列完全一致。该方法最低可检测出0.1pg的鱼类病毒性出血性败血症病毒RNA。初步建立了VHSV的巢式RT-PCR检测方法,该方法灵敏、特异,可为VHSV的检测提供一个快速、有效的手段。

多重聚合酶链反应-毛细管电泳-激光诱导荧光法检测三种食源性致病菌

建立了食品中常见致病菌大肠杆菌O157：H7的uidA基因、沙门菌的invA基因和志贺菌的ipaH基因的多重聚合酶链反应（PCR）产物的毛细管电泳快速检测方法。根据这3种致病菌的特异性基因序列设计多重PCR引物,优化PCR扩增反应体系,采用7.0g/L甲基纤维素为筛分介质,毛细管电泳-激光诱导荧光检测法同时检测了3种常见致病菌的PCR扩增产物。在优化的多重PCR反应和毛细管筛分电泳条件下,该方法可以同时检测沙门菌、志贺菌和大肠杆菌O157：H7基因的多重PCR扩增产物,22min内即可完成3种常见致病菌的毛细管电泳检测。迁移时间的相对标准偏差为1.47%-2.07%。与凝胶电泳法比较,该法简便快速,灵敏度高,可用于多种致病菌脱氧核糖核酸的检测,为食品安全提供了一种可靠的快速检测方法。

多重逆转录聚合酶链反应检测主要上呼吸道病毒

目的 建立用多重逆转录聚合酶链反应 (mRT -PCR)检测甲 1型、甲 3型、乙型流感病毒以及呼吸道合胞病毒 (RSV)A型、B型等主要上呼吸道病毒的方法 ,以快速检测上呼吸道感染主要病毒及对甲型、甲亚型、乙型流感病毒在上海地区人群感染、流行情况调查。方法 采用经MDCK细胞接种培养的甲 3型、乙型流感病毒和Hep - 2细胞接种培养的RSVA型、B型标准毒株病毒液 ,以及甲 1型、甲 3型、乙型流感病毒和RSVA型、B型混合毒株病毒液 ,使用 5组引物 ,分别为HA1- 5a1和HAl- 3a1(甲 1型流感病毒 )、HA3 - 5a1和HA3 - 3a1(甲 3型流感病毒 )、NP- 5b1和NP - 3b1(乙型流感病毒 )、RSVAF和RSVAR(RSVA型 )、RSVBF和RSVBR(RSVB型 ) ,经mRT -PCR ,琼脂糖凝胶电泳 ,于紫外灯下观察上述病毒特异核苷酸条带。结果 甲 1型、甲 3型、乙型流感病毒 ,RSVA型、B型分别在 43 1,2 10 ,3 90 ,3 3 4,183bp处出现清晰的 5条DNA条带。 结论 应用 5组引物 ,mRT -PCR可用于快速检测临床上呼吸道感染标本中的流感病毒和RSV ,并可对其进行分型 。

多重聚合酶链反应检测污水中产气荚膜梭菌

根据产气荚膜梭菌产生 4种主要毒素 ( α,β,ε,ι毒素 )可分为 A～ E5种菌型 .依据产气荚膜梭菌的 5种毒素基因的序列 ,设计 5对 PCR引物 ,建立多重聚合酶链式反应 ( PCR)方法 ,以快速区分 5种类型的产气荚膜梭菌 .6 8份环境样品 (生活污水、屠宰场污水 )的常规检测和基因分型共检出 5 5株产气荚膜梭菌 ,其中 A型产气荚膜梭菌 5 1株 ,占总数的 90 %以上 ,B,C,D 3种类型只占 5 % ,试验未检出 E型产气荚膜梭菌 ,所有的分离株未发现带有肠毒素 .结果表明 :目前污水中主要存在的菌型为 A型菌 ,其他菌型的产气荚膜梭菌很少 。

一种基于多重实时荧光聚合酶链式反应熔解曲线分析的肉及肉制品掺假鉴别方法

为实现肉及肉制品掺假快速鉴别,分别以猪、牛线粒体DNA的COXⅠ,绵羊、山羊、狗、狐狸、貉线粒体DNA的16S rRNA及鸡、鸭线粒体DNA的12S rRNA基因为靶位点,设计扩增产物熔解温度(T_m值)具有显著性差异的特异性引物,建立一种用于快速鉴别肉或肉制品中猪、牛、绵羊、山羊、鸡、鸭、狗、狐、貉9种源性成分的5重实时荧光聚合酶链式反应熔解曲线分析方法,通过特异性、灵敏度及市售样品的检测,对该方法进行检验和评价。结果表明:方法具有良好的特异性及灵敏度,单物种DNA检出限为0.001~1 ng,多物种混合DNA检出限均为0.1 ng,通过市售样品检测表明该方法可用于实际样品(包括生鲜样品和熟制样品)掺假的快速鉴别。