目的:探讨最适的β地中海贫血疾病HBB基因单细胞全基因组扩增方法。方法:60份β地中海贫血成纤维细胞(HBB基因变异位点CD17和IVSⅡ654)和48份废弃胚胎单个卵裂球进行多次退火环状循环扩增法(MALBAC)和多重置换扩增法(MDA)扩增及高通量测...目的:探讨最适的β地中海贫血疾病HBB基因单细胞全基因组扩增方法。方法:60份β地中海贫血成纤维细胞(HBB基因变异位点CD17和IVSⅡ654)和48份废弃胚胎单个卵裂球进行多次退火环状循环扩增法(MALBAC)和多重置换扩增法(MDA)扩增及高通量测序,比较位点检测率、等位基因脱扣(ADO)率及扩增均一度等。结果:β地中海贫血疾病HBB基因MALBAC技术位点检测率(100%)高于MDA技术(96.3%);CD17和IVSⅡ654的ADO率MALBAC技术为9.09%和0.00%,MDA技术为23.08%和19.23%;对编码人β-珠蛋白的HBB基因附近60个SNP位点检测显示MALBAC技术ADO率为12.04%,MDA技术为21.25%;MALBAC技术拷贝数变异检测变异系数为0.13,MDA技术为0.15。结论:β地中海贫血单细胞诊断MALBAC法优于M D A法。展开更多
文摘目的 通过多重置换扩增技术(multiple displacement amplification,MDA)与宏基因组鸟枪法测序相结合的方法研究胃癌患者和健康受试者胃内微生物的组成特征。方法 纳入2017年9月—2017年12月在医院就诊的胃腺癌患者4例,健康受试者4例,收集受试者胃液标本,经过标本预处理、DNA提取、MDA扩增提取的DNA、构建测序文库、高通量测序和生物信息学分析,研究2组受试者胃内微生物的组成特征,寻找与胃癌显著相关的菌种,并评估该方法用于胃内微生物宏基因组学研究的可行性。结果 MDA能显著扩增从胃液样本中提取的微量微生物DNA(207.27±33.17)倍,扩增后的DNA量能满足构建高质量测序文库的要求;总体上看,所有样本共鉴定出131个菌种,胃癌患者胃内菌群多样性显著低于健康受试者( P <0.01, t =4.189);在细菌门水平,受试者胃液菌群主要由变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、梭杆菌门组成;优势物种的组间差异分析表明,与健康受试者相比,牙髓卟啉单胞菌、口腔链球菌、干燥奈瑟菌在胃癌患者胃液中富集( P <0.05)。结论 MDA能有效用于扩增胃内微量微生物DNA;胃癌患者的胃液菌群构成与健康人存在显著差异;部分口腔及上呼吸道条件致病菌与胃癌显著相关,是潜在的胃癌生物学标志物;通过全基因组扩增和高通量测序相结合的方法可以从菌种甚至菌株的水平上寻找与胃癌发生、发展相关的微生物。
文摘目的:探讨最适的β地中海贫血疾病HBB基因单细胞全基因组扩增方法。方法:60份β地中海贫血成纤维细胞(HBB基因变异位点CD17和IVSⅡ654)和48份废弃胚胎单个卵裂球进行多次退火环状循环扩增法(MALBAC)和多重置换扩增法(MDA)扩增及高通量测序,比较位点检测率、等位基因脱扣(ADO)率及扩增均一度等。结果:β地中海贫血疾病HBB基因MALBAC技术位点检测率(100%)高于MDA技术(96.3%);CD17和IVSⅡ654的ADO率MALBAC技术为9.09%和0.00%,MDA技术为23.08%和19.23%;对编码人β-珠蛋白的HBB基因附近60个SNP位点检测显示MALBAC技术ADO率为12.04%,MDA技术为21.25%;MALBAC技术拷贝数变异检测变异系数为0.13,MDA技术为0.15。结论:β地中海贫血单细胞诊断MALBAC法优于M D A法。