生鲜乳中16种致病微生物多重荧光定量PCR集成检测技术的建立与初步应用

为满足生鲜乳中微生物快速通量检测的需求,建立多重荧光定量PCR集成方法,从而快速检测生鲜乳中潜在的16种致病微生物,通过设计致病性大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、链球菌等目标菌株的特异性引物和探针,优化反应体系,验证方法的特异性、敏感性等,建立了稳定的4组多重集成荧光定量PCR反应体系,并利用人工污染的生鲜乳样品对所建立的方法和传统培养法进行了验证比较。结果显示:各对引物探针对目标菌株均能有效识别并扩增,每组体系中引物探针未发现交叉反应,对其余3组体系的12株非目标菌均未有特异性反应;组内和组间变异系数均低于3%;该方法对布鲁氏菌的最低检出限为10^(2) CFU/mL,对阪崎肠杆菌、志贺菌、沙门菌等7种致病微生物的最低检出限为10^(3) CFU/mL,对蜡样芽胞杆菌、弯曲杆菌、结核分枝杆菌等8种致病微生物的最低检出限为10^(4) CFU/mL;所建方法和传统培养法对人工污染不同致病菌的各25份样品检测结果基本一致。结果表明,本研究建立的多重集成荧光定量PCR方法灵敏度高,特异性及重复性好,可实现对生鲜乳样品中多种致病微生物的快速高效检测,为生鲜乳微生物性风险监测提供了技术支撑。

多重荧光定量聚合酶链反应法检测肉制品中的3种食源性致病菌

目的建立多重荧光定量聚合酶链反应法(quantitative polymerase chain reaction,qPCR)快速检测肉制品中沙门氏菌、单增李斯特菌、大肠杆菌O157:H73种食源性致病菌的方法。方法根据沙门氏菌的invA基因、单增李斯特菌的hemolysin基因、大肠杆菌O157:H7的rfbE基因序列分别设计特异性引物及探针,通过优化反应体系,测定其灵敏度、特异性和重复性,建立了可同时检测上述3种食源性致病菌多重qPCR方法。结果该方法只扩增3种靶细菌,对其他供试菌不扩增;沙门氏菌、单增李斯特菌、大肠杆菌O157:H7的检出限分别为10^(1)、10^(2)、10^(2)拷贝数/μL,并且拥有良好的重复性和特异性。人工污染的猪肉样品经SLE培养基富集8 h后,分别可以检测到初始菌液浓度为1.56×10^(2)CFU/25 g的沙门氏菌,2.13×10^(2)CFU/25 g的单增李斯特菌,2.32×10^(2)CFU/25 g的大肠杆菌O157:H7。结论所建立的多重qPCR灵敏度高、特异性强、重复性好,可同时检测肉制品中沙门氏菌、单增李斯特菌和大肠杆菌O157:H73种食源性致病菌,在提高食品安全和保护人类健康方面有重要意义。

转基因大豆DAS44406-6多重荧光定量PCR检测方法的建立

本文针对大豆内源基因Lectin和转基因大豆DAS44406-6品系的5'端插入位点序列,设计特异性引物及探针,建立同时检测转基因大豆DAS44406-6品系和大豆内源基因Lectin的多重荧光定量PCR方法,并运用15种转基因大豆、3种转基因玉米、1种转基因油菜、1种转基因水稻和非转基因大豆对该方法进行特异性评价,并分析该方法的灵敏度和稳定性。结果显示,该方法能准确从20种转基因样品和1种非转基因样品中检出靶目标,检测结果与待检样品信息一致,表明本方法具有良好的特异性;灵敏度高达0.01%;重复性实验表明DAS81419品系4种含量、9次重复反应Ct值的标准偏差介于0.050~0.222,相对标准偏差介于0.169%~0.677%,均在可接受范围内。该方法特异性强、灵敏度高、稳定性强,适用于各口岸实验室进行转基因大豆DAS44406-6的快速、准确的检测。

多重荧光定量PCR和液态芯片技术对下呼吸道病毒检测的应用比较

目的比较荷兰Patho Finder公司多重荧光定量PCR技术(Respi Finder 2SMART试剂盒,简称Respi Finder检测)和加拿大Luminex公司液态芯片技术(呼吸道病毒检测试剂盒,简称x TAG RVP)对下呼吸道标本病毒检测的结果。方法收集2015年1至12月于北京协和医院疑似病毒性肺炎住院患者100例下呼吸道标本,分别利用Respi Finder和x TAG RVP检测试剂进行常见呼吸道病毒核酸检测,并全部进行PCR及测序分析,比较两种方法的敏感性和特异性。结果 100份下呼吸道标本经Respi Finder和x TAG RVP方法检测,阳性率分别为60.0%和51.0%,混合感染率均为8.0%。两种方法结果一致率为80.0%。以PCR及测序结果为准,经Respi Finder和x TAG RVP方法检测的敏感性分别为97.9%和94.3%,特异性分别为74.5%和97.9%,阳性预测值分别为78.3%和98.0%,阴性预测值分别为95.0%和93.9%,两法检测特异性及阳性预测值差异有统计学意义(P<0.05)。结论与Respi Finder方法相比,x TAG RVP对常见呼吸道病毒检测的特异性较好,敏感性相当,对呼吸道病毒的检测性能优于Respi Finder检测。

口蹄疫、水泡性口炎和猪水泡病多重荧光定量RT-PCR检测方法的建立

目的建立同时检测口蹄疫病毒、水泡性口炎病毒和猪水泡病病毒的多重荧光RT-PCR检测方法。方法根据口蹄疫病毒3D蛋白编码基因、水泡性口炎病毒N蛋白编码基因和猪水泡病病毒VP1蛋白编码基因的高保守区设计特异性引物和探针,对3种动物病毒进行多重荧光定量RT-PCR扩增。结果经过扩增,可以同时检测口蹄疫病毒、水泡性口炎病毒和猪水泡病病毒,而其他参试病原均无扩增信号,显示其良好的特异性。对口蹄疫病毒、水泡性口炎病毒、猪水泡病病毒的最低检测限分别达到101、102、102个质粒拷贝浓度。结论本方法灵敏度高,特异性良好,可实现多种病毒混合感染的同时检测。

多重荧光定量PCR快速检测缺失型α地中海贫血

目的采用多重荧光定量PCR技术快速检测缺失型α地中海贫血(以下简称α地贫),初步评价其诊断性能,并探讨该体系应用于临床基因诊断的可行性。方法采用多重荧光定量PCR体系检测300份,采用gap-PCR和β地中海贫血(以下简称β地贫)点突变反向点杂交法确定基因型的正常及地中海贫血标本,其中150例为α地贫标本,100例基因型为αα/αα的正常样本,50例为β地贫标本。结果多重荧光定量PCR在150例α地贫样本及100例正常样本的检测结果与gap-PCR符合率均达到100%,50例β地贫标本,有49例检测结果与gap-PCR一致,有1例gap-PCR报告为αα/αα的标本,多重荧光定量PCR报告为α1以及α2各仅有一个拷贝,经多重连接探针扩增技术证实为--THAI/αα。结论多重荧光定量PCR是一种快速、简便和可靠的缺失型α地中海贫血检测技术。

利用多重荧光定量PCR检测阿胶原料驴、马、驴骡和马骡皮张的源性

目的建立快速检测阿胶原料皮张源性的方法。方法根据马、驴、驴骡和马骡的核基因肌酸激酶CKM和线粒体基因组DNA(mt DNA)的16S rRNA基因序列设计特异,并引入18S r DNA作为内参质控,建立能检测4种动物源性的5重多色荧光定量PCR检测体系。结果本研究开发的引物和分子信标探针的特异性强,能同时区分同源性相近的驴、马、驴骡和马骡源性;灵敏度高,检测限为0.01 ng·μL-1。通过对某阿胶制品公司收购的驴皮源性检测,检测结果与DNA测序一致率达100%。结论本方法在一管PCR反应中能同时检测4种动物源性,更简单、准确和高效,为驴皮、马皮及骡子皮张的源性鉴定探索了新的途径。

一步法多重荧光定量RT-PCR检测人杯状病毒的建立及应用

目的建立检测人杯状病毒(human calicivirus,HuCVs,主要包括SV、NoV-GⅠ和NoV-GⅡ)的一步法多重荧光定量RTPCR(rRT-PCR)法。方法用Primer Express 3.0软件设计特异性引物和探针,通过合成的对应病毒基因的质粒来评价该方法的灵敏度、特异性和重复性,检测临床标本并对阳性结果进行基因测序验证。结果建立的rRT-PCR法检测SV、NoV-GⅠ和NoV-GⅡ的灵敏度均达到103copies/mL,特异性为100%,且变异系数(CV)均≤1.275%。HuCVs检出率为21.43%(75/350),其中SV、NoV-GⅠ和NoV-GⅡ分别为14.67%(11/75)、21.33%(16/75)和64.00%(48/75)。随机选择检测阳性结果进行测序,结果均与该法检测结果一致。结论建立的rRT-PCR法可同时检测并区分SV、NoV-GⅠ和NoV-GⅡ病毒,可用于HuCVs引起的急性腹泻散发和暴发疫情的监测。

多重荧光定量PCR技术快速诊断唐氏综合征方法的建立及临床应用

目的:建立适合中国广东地区人群特点的唐氏综合征快速产前诊断技术,并评价其临床应用价值。方法:选取21号染色体上杂合度较高的3个短串联重复序列(STR,D21S1411、D21S1412、D21S1270)作为遗传标记,采用多重荧光定量聚合酶链反应(QF-PCR)扩增技术,对广东地区106例无亲缘关系的正常人外周血DNA进行分析,计算这3个STR位标的多态性信息含量(PIC);用该方法对25例唐氏综合征患儿外周血和10例正常孕妇羊水的DNA进行检测,并与染色体核型分析结果进行对照分析。结果:21号染色体上的3个STR(D21S1411、D21S1412、D21S1270)的PIC分别为0.913、0.835、0.856,确立了QF-PCR产前诊断唐氏综合征的方法。对25例唐氏综合征患儿外周血和10例孕妇羊水同时进行QF-PCR检测与染色体核型分析,两种方法均检测到27例唐氏综合征,结果吻合。结论:本研究所选STR位标在中国广东人群中呈现较高的遗传多态性,符合Hardy-W e inberg平衡定律;所构建的QF-PCR技术产前诊断唐氏综合征具有准确、快速、高效等特点,有较高的临床使用价值。

多重荧光定量PCR快速诊断唐氏综合征患儿

目的探讨用多重荧光定量聚合酶链反应(QF-PCR)对唐氏综合征(DS)患儿进行快速诊断的可行性。方法对21号染色体上D21S1442、D21S1432、D21S11、D21S1435、D21S1412和D21S1809 6个短串联重复序列(STR)位点进行多重QF-PCR扩增,PCR产物进行毛细管电泳,用GeneMapper软件对STR DNA进行多态性分型,并对患儿外周血进行淋巴细胞培养和染色体核型分析。结果 6个STR位点检测198例DS患儿的敏感性为99.0%,特异性为100%;181例标准型DS患儿共检出180例,检出率为99.5%;14例异位型DS患儿的检出率为100%;2例嵌合型DS患儿,检出1例;另检出1例特殊核型DS患儿。结论多重QF-PCR检测具有快速、准确等特点,可用于DS患儿的临床诊断。

致牛腹泻4种细菌多重荧光定量PCR检测方法的建立及应用

随着规模化和集约化养牛业的不断发展,多种致病菌混合感染造成牛腹泻严重制约了养牛业的快速发展,对腹泻病原进行快速准确鉴别诊断对疫病防控至关重要。根据沙门氏菌的ivnA基因、大肠埃希氏菌的23S rRNA基因、产气荚膜梭菌的plc基因以及志贺氏菌的ipaH基因的保守区域建立了可同时检测这4种细菌的多重荧光定量PCR检测方法,并对其特异性、灵敏性和重复性进行了研究。结果显示,建立的标准曲线线性关系良好;优化后的检测方法仅可特异性扩增出4种目标细菌;对大肠埃希氏菌、沙门氏菌、志贺氏菌和产气荚膜梭菌的最低检出限分别为9.4×10~1copies/μL、1.2×10~2copies/μL、9.1×10~1copies/μL和1.4×10~3copies/μL,该方法的灵敏性高于普通单项PCR检测方法10倍;批内、批间差异均小于5%。用此方法检测人工感染病料,每份病料均检测出对应攻毒细菌的荧光信号。以上结果表明,所建立的多重荧光定量PCR方法特异性强、灵敏度高、重复性好,可用于致牛腹泻细菌的实验室检测。

流感嗜血杆菌、溶血嗜血杆菌和多杀巴斯德杆菌病多重荧光定量PCR检测方法的建立与初步应用

目的建立同时检测实验动物中的流感嗜血杆菌、溶血嗜血杆菌和多杀巴斯德杆菌的多重实时荧光定量PCR(qPCR)检测方法。方法分别根据三种病原菌的Hpd基因和KMT1基因设计特异性引物和Taqman探针,经特异性、敏感性和重复性验证,建立多重qPCR检测方法,并对822份实验动物呼吸道样本进行检测应用。结果所建立的多重qPCR方法与其他29种病原菌间无交叉反应,对三种病原菌的检测限可达到10个拷贝/μL。树鼩样品中溶血嗜血杆菌和多杀巴斯德杆菌的阳性率分别为10%(6/60)和21.7%(13/60),其他实验动物中均未检出上述三种病原菌。结论本研究所建立的多重qPCR检测方法,可快速检测实验动物中的上述三种呼吸道病原菌。

4种致牛腹泻病毒多重荧光定量PCR检测方法的建立及应用

【目的】建立牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、牛冠状病毒(BCoV)、牛轮状病毒(BRV)、牛恶性卡他热病毒(MCFV)4种致牛腹泻病毒多重荧光定量PCR检测方法,为BVDV、BCoV、BRV和MCFV的鉴别诊断提供技术支持。【方法】根据BVDV的5′UTR基因、BCoV的N基因、BRV的VP6基因和MCFV的ORF9基因的保守区域设计引物,克隆目的基因构建标准阳性重组质粒,建立可同时检测4种致牛腹泻病毒的多重荧光定量PCR检测方法,并对该方法的特异性、敏感性和重复性进行评价。用建立的多重荧光定量PCR检测方法对76份临床样品进行检测,并与常规PCR检测方法的结果进行比较。【结果】建立了BVDV、BCoV、BRV和MCFV多重荧光定量PCR检测方法,该方法建立的标准曲线线性关系良好,仅可特异性扩增出4种目标基因片段;对BVDV、MCFV、BRV和BCoV的最低检出限分别为9.4×10^(1),1.4×10^(3),9.1×10^(1)和1.2×10^(2)拷贝/μL,与普通PCR相比,灵敏性高出10~1000倍;批内、批间差异均小于5%。76份临床样品检测结果显示,多重荧光定量PCR检测结果与普通PCR检测结果的符合率分别为98.7%(BCoV)、97.4%(BRV)、100.0%(BVDV)和100.0%(MCFV)。【结论】建立了BVDV、BCoV、BRV和MCFV多重荧光定量PCR检测方法,该方法特异性强、灵敏度高、重复性好,可用于牛腹泻病毒病原的实验室检测。

多重荧光定量RT-PCR同时检测甲型乙型流感病毒

目的:建立一种快速、敏感、特异的多重荧光定量RT-PCR同时检测甲型、乙型流感病毒,并将建立的方法进行初步临床应用研究。方法:甲型、乙型流感病毒的引物及Taqman探针的设计,对甲型、乙型的探针标记不同的荧光素,优化多重荧光定量RT-PCR反应体系,检测该方法的灵敏度和特异度。并对40例疑似流感含漱液标本进行检测。结果:多重荧光定量RT-PCR对甲型和乙型流感病毒有较高的灵敏度和特异性,与麻疹病毒、风疹病毒、流行性腮腺炎病毒等呼吸道病毒无交叉反应,可直接从疑似患者含漱液标本中同时检测甲型或乙型流感病毒。结论:多重荧光定量RT-PCR不仅特异性高,而且比常规RT-PCR和病毒分离法更敏感、快速,也更简便。

多重荧光定量PCR技术在唐氏综合征筛查中的应用

目的探讨多重荧光定量PCR技术在唐氏综合征筛查中的应用。方法针对21号染色体上的D21S1409、GATA163G03、D21S1422、D21S1435基因座设计荧光引物,通过复合扩增,利用ABI3130遗传分析仪检测212个正常个体样本、6个唐氏综合征患儿家庭样本,并比较患儿家庭样本的外周血染色体核型结果,评价该技术的准确性。结果选取的4个STR基因座的杂合度(H>0.64)、识别能力(DP>0.802)和信息量(PIC>0.58)均较高。检测的6个疑似唐氏综合征患儿家庭样本结果与染色体核型提示结果一致。结论多重荧光定量PCR技术具有较高的敏感性和特异性,可用于唐氏综合征的高通量快速筛查。

3种食源性致病菌TaqMan多重荧光定量PCR检测方法的建立

旨在建立一种可同时快速检测大肠杆菌O157∶H7、沙门菌和产单核细胞李氏杆菌3种食源性致病菌的TaqMan多重荧光定量PCR(qPCR)方法。针对大肠杆菌O157∶H7 rfbE基因、沙门菌invA基因和产单核细胞李氏杆菌hlyA基因的保守序列分别设计特异性引物和TaqMan探针,建立多重qPCR反应体系,进行特异性、灵敏性和重复性试验,应用建立的方法检测生鲜食品中致病菌并与国家标准方法对比。结果显示:建立的多重qPCR方法特异性好,只扩增3种靶细菌;灵敏性最低检测值均为10^(4) copies·μL^(-1);重复性良好,批内变异系数为0.09%~2.97%,批间变异系数为0.23%~7.82%;对120份生鲜肉样品进行检测对比,两种方法均检出2份大肠杆菌O157∶H7,21份产单核细胞李氏杆菌,多重qPCR方法检出14份沙门菌,比国标法多检出1份,建立的方法可检出所有受污染样品。综上表明,建立的多重qPCR检测方法能快速、准确检测食品中大肠杆菌O157∶H7、沙门菌和产单核细胞李氏杆菌3种食源性致病菌,为食品安全提供技术保障。

布鲁氏菌多重荧光定量PCR方法的建立与应用

目的探讨应用多重荧光定量PCR方法检测待检者血液、血清以及环境样本中布鲁氏菌的价值。方法根据149名待测者的就诊情况进行分类,其中疑似组75人、治疗组74人。对收集的环境和待检者的样本应用多重荧光定量PCR方法检测,结果进行统计分析。将3对引物、探针的目的基因克隆到PUC57载体上制作阳性标准品,进行灵敏度检测和标准曲线的绘制。结果通过对149名待检者的样本进行荧光定量PCR检测,单重、双重和三重方法的阳性率分别为79.2%、34.2%和27.5%。单重与双重,单重与三重荧光定量方法的阳性率差异均有统计学意义,χ^(2)值分别为55.42和73.42,P<0.05。布鲁氏菌属的单重荧光定量PCR结果生成的标准曲线为y=-3.7732x+43.188,R^(2)=0.9953,线性关系良好,最低检测范围为101 copies/μL。经过多重荧光定量方法检测的环境样本结果全部为阳性。结论单重荧光定量PCR方法灵敏度较好,建议与血清学方法联合使用对高危人群进行定期筛查,三重荧光定量方法可以在一次实验中既能完成属水平的鉴定又能区分牛种和羊种布鲁氏菌,对于环境样品具有良好的扩增效果,2种方法对于布鲁氏菌病的预防控制具有重要作用。

多重荧光定量RT-PCR检测高致病性H5N6禽流感病毒

目的建立一种快速检测流感病毒A型(FluA)及高致病性禽流感(HPAI)H5N6病毒感染的荧光定量RT-PCR法。方法以人细胞核糖核酸酶P(RP)基因作为临床样本的内参基因,用Primer Express 3.0软件设计PCR特异性引物和探针,建立一种检测FluA及HPAI-H5N6病毒的一步法多重荧光定量RT-PCR方法,评估其灵敏度、特异性,并与上海之江公司提供的试剂及测序法进行比较。结果建立的多重荧光定量RT-PCR法检测FluA、H5、N6及RP质粒标准品的灵敏度均达102copies/m L。各对引物和相应探针仅检测出相应的病毒,在这些病毒和常见病原分析中未发现存在交叉反应,特异性达100%。用该法检测135例临床标本,结果显示FluA为23例,未发现HPAI-H5N6病毒的感染者;与上海之江公司提供的试剂的检测结果及基因测序结果一致。结论建立的一步法多重荧光定量RT-PCR法可用于FluA及HPAI-H5N6病毒感染患者的早期诊断。

猪肺炎支原体、猪圆环病毒2型和3型多重荧光定量PCR检测方法的建立与初步应用

为建立一种快速、特异的猪肺炎支原体(Mhp)、猪圆环病毒2型(PCV2)和猪圆环病毒3型(PCV3)的多重荧光定量PCR鉴别检测方法,根据Mhp、PCV2和PCV3及β-actin基因保守区域序列,设计合成4对特异性引物及4种荧光基团标记的Taq Man探针。构建含有各目的基因的重组质粒标准品,筛选引物,优化反应条件,成功建立多重荧光定量PCR后评价该方法的特异性、敏感性、重复性并将该方法初步应用于临床样品检测。结果显示,该方法能同时特异性地鉴别检测Mhp、PCV2和PCV3,检测PRRSV、CSFV、PRV、JEV、PPV、PEDV、TGEV、FMDV病毒核酸无交叉反应;对Mhp、PCV2、PCV3和β-actin标准质粒的最小检出量分别为26.4、66.7、25.6、5990 copies/μL;该方法重复性好,组间和组内试验变异系数低于1.5%;用该方法检测101份临床样本,Mhp、PCV2和PCV3阳性率分别为20.8%、36.6%和33.7%。建立的多重荧光定量PCR方法能同时快速和定量检测Mhp、PCV2和PCV3,较普通PCR更敏感,实用性强,有效避免了多次检测耗时长、费用高的问题,为Mhp、PCV2和PCV3的监测和防控提供了可靠的检测技术。

ALV-J、REV和MDV多重荧光定量PCR检测方法的建立

为建立可同时检测J亚群禽白血病病毒(ALV)、网状内皮增生症病毒(REV)和马立克病病毒(MDV)的方法,本研究以ALV-J的ENV基因、REV的LTR区以及MDV的MEQ基因为检测对象,建立了可同时检测ALV-J、REV、MDV的多重荧光定量PCR方法并对其特异性、灵敏性、稳定性进行了研究。结果显示,该方法仅可特异扩增3种肿瘤病病毒的基因,对禽流感病毒、新城疫病毒、腺病毒等核酸扩增均呈阴性;ALV-J、REV和MDV的最低核酸检测限分别为35 copies/μL、5.1 copies/μL和62 copies/μL;此外,批内与批间重复试验Ct值的变异系数均小于2%。利用此方法对166份送检样品进行检测,其中ALV-J、REV和MDV检出率分别为25.3%、7.2%和5.4%,混合感染检出率为3.6%。以上结果表明,本方法特异性好、灵敏度高、稳定性强,能够同时检测ALV-J、REV和MDV,可用于禽肿瘤病的鉴别诊断、流行病学调查以及疫病防控。