基于多重RT⁃PCR扩增与双链cDNA合成的A组轮状病毒全基因组测序效果比较

建立A组轮状病毒(Group A rotavirus,RVA)全基因组单管多重RT⁃PCR扩增方法,并比较其与双链cDNA合成方法在RVA临床标本全基因组二代测序中的应用。对2022年某哨点医院的18份腹泻住院患儿RVA阳性粪便标本进行核酸提取,分别用单管多重RT⁃PCR扩增方法对RVA全基因组进行扩增,用随机引物对病毒核酸进行反转录及双链cDNA合成,最后采用Illumina平台对这2种不同类型的产物进行二代测序。用CLC软件对测序数据进行拼接,分析有效数据量、测序深度及全基因组覆盖度等参数,并用IGV软件查看全基因组测序深度覆盖轨迹。多重RT⁃PCR扩增产物测序和双链cDNA测序获得的RVA有效数据量分别为69.39%~99.83%和0.38%~92.99%,平均测序深度分别为10172×~68156×和35×~61783×,全基因组测序深度10×以上的位点覆盖度分别为98.93%~100.00%和86.28%~100.00%。从全基因组测序深度情况来看,多重RT⁃PCR扩增产物测序在同一个基因节段内部测序深度较为均匀,在11个节段之间测序深度差别较大;而双链cDNA测序在不同基因节段之间的测序深度较为均匀,但同一个基因节段内部靠近5'和3'末端测序深度较低。2种方法所获得的病毒核苷酸序列基本一致,部分基因节段在5'或3'末端100 bp区域内存在2个以内的核苷酸位点差异。在多重RT⁃PCR扩增方法中鉴于引物在不同基因型别间的特异性,对本研究中未涉及到的基因型别的扩增效率还有待进一步验证。单管多重RT⁃PCR扩增方法和双链cDNA合成方法虽然各有优缺点,但均适用于轮状病毒全基因组二代测序在基层的推广。

地肤病毒病的病原分析

目的：分析地肤病毒病的病原。方法：在生物学检测的基础上，提取病毒双链RNA（dsRNA），合成单链cDNA后经多重PCR扩增、测定序列并分析，对地肤病毒病进行了鉴定。结果：有明显花叶症状的地肤由蚕豆萎蔫病毒2号（Broad bean wilt virus 2，BBWV2）侵染所致。将地肤分离物（Isolate-DF）中部分病毒序列进行比对分析，发现其与已报道的15个不同来源BBWV2序列的同源性为79.9%～88.0%。结论：通过分子鉴定，首次证实我国药用植物地肤上发生的花叶病毒病系由BBWV2侵染所致。

微卫星技术在犬亲子鉴定中的应用一例

用PEZ1、FHC2054、FHC2010、PEZ5、PEZ20、PEZ12、PEZ3、PEZ6、PEZ8和FHC2079等10个STR基因座,对5头嫌疑公犬的血液样本DNA进行了多重PCR扩增,扩增产物经ABI3130遗传分析仪自动化检测。结果:在5头嫌疑公犬中找出了已知母本的一头仔犬的生物学父亲,其父权概率为99.9 999%。