多重PCR毛细管电泳细菌快速鉴定方法的建立和临床应用研究

目的针对引起人类感染的常见病原菌建立一种基于多重PCR毛细管电泳技术的快速细菌鉴定方法,评估其临床应用价值。方法建立23种常见病原菌的多重PCR毛细管电泳检测体系。收集150例临床微生物检测标本,分别用多重PCR毛细管电泳法(以下简称多重PCR法)、培养法进行检测。对两种方法的检测结果进行比较,评价多重PCR法的检测效能。结果150例标本中多重PCR法检出15种病原菌、培养法检出14种病原菌。多重PCR法检测阳性率为73.3%,培养法为70.0%,差异无统计学意义(P>0.05)。多重PCR法对肺炎链球菌的检出率为16.0%,培养法为6.0%,差异有统计学意义(P<0.05)。多重PCR法对混合菌标本的检出率为15.3%,培养法未检出混合菌标本。多重PCR法与培养法检测结果的符合率为79.3%。多重PCR法检测时间为3~6 h,培养法为2~4 d。结论与培养法比较,多重PCR法具有较高的时效性,对肺炎链球菌及混合菌标本具有较高的检出率,可满足临床标本病原微生物快速初筛的需求。

基于毛细管电泳的多重PCR法在儿童急性呼吸道感染病原体诊断中的应用

目的基于毛细管电泳的多重PCR法研究急性呼吸道感染儿童病原体构成及其流行特征。方法收集2021年12月至2022年10月本院儿科急性呼吸道感染儿童的鼻咽拭子标本,应用基于毛细管电泳的多重PCR方法对人呼吸道合胞病毒、腺病毒、甲型流感病毒、甲型流感病毒H1N1(2009)、甲型流感病毒H3N2、乙型流感病毒、副流感病毒、人鼻病毒、偏肺病毒、冠状病毒、博卡病毒、肺炎支原体、肺炎衣原体等多种病原体进行检测,并对其流行特征进行分析。结果患儿样本884例中病原体阳性为530例,占59.95%。检出阳性病原体595份,检出率67.31%(595/884)。RSV、HRV、HPIV等检出率排在前3位,分别占19.80%、10.63%、8.60%。单一病原体感染472例,≥2种病原体感染58例,占阳性患儿的10.94%(58/530),混合感染多合并HRV,占72.41%(42/58)。不同性别和年龄段儿童病原体检出率差异无统计学意义(P>0.05)。以冬季的病原体检出率最高(P<0.05)。冬季出现RSV感染高峰,而夏季则出现MP感染高峰(P<0.05)。上呼吸道感染检出病原体前3位的是HRV、InfB和HPIV,下呼吸道感染检出病原体前3位的是HRV、RSV和MP。下呼吸道感染儿童中RSV、HMPV、MP等病原体检出率显著高于上呼吸道感染儿童(P<0.05)。结论基于毛细管电泳的多重PCR方法具有同时检测多种呼吸道病原体的应用价值。儿童急性呼吸道感染病原体以RSV、HRV、HPIV等病毒为主,流行特征与性别、季节、感染部位相关。

转基因玉米的多重PCR-毛细管电泳-激光诱导荧光检测方法研究

采用三重PCR反应,同时扩增CaMV 35S启动子、hsp70 intron1和CryIA(b)基因之间序列以及Invertase基因,扩增产物用无胶筛分毛细管电泳-激光诱导荧光检测,从而建立了多重PCR-毛细管电泳-激光诱导荧光快速检测转基因玉米的新方法.对影响多重PCR扩增和毛细管电泳的因素进行了优化.在优化的条件下,本方法可以同时检测转基因玉米样品中3种外源基因.经序列测试证实,三重PCR扩增产物的序列与原基因完全一致,表明扩增结果可靠.该方法能检出0.05%MON810转基因玉米成分,远低于欧盟对转基因食品规定标识的质量分数阈值(1%).该方法对玉米及其制品的检测结果与实时荧光PCR方法的检测结果一致,与传统的琼脂糖凝胶电泳法相比,具有特异性高、快速及灵敏等优点,适用于玉米中转基因成分以及转基因玉米MON810品系的快速筛选、鉴定和检测,能满足我国实施转基因食品标签法规的要求.

多重PCR结合毛细管电泳检测骨髓增殖性肿瘤患者JAK2V617F及CALR基因突变

目的:应用多重PCR与毛细管DNA电泳法检测骨髓增殖性肿瘤(MPN)主要致病基因中的JAK2V617F及CALR第九外显子突变,并对该方法的检测性能进行评价。方法:同时设计特异性的JAK2617F等位基因突变PCR引物以及CALR基因第九外显子扩增引物,对引物进行Cy5荧光标记,所有引物在同一PCR反应管中进行扩增,并将PCR产物进行毛细管电泳分析,同时验证该方法的检测限、灵敏度,并与商品化试剂盒进行对比。结果:多重PCR与毛细管电泳技术结合可在一个PCR反应中同时检测JAK2V617F与CALR基因突变,可以在0.01 ng的基因组DNA中检测出JAK2V617F突变,可在0.1 ng的基因组DNA检测出JAK2V617F与CALR双阳性突变,至少可检测出0.1%的JAK2V617F阳性突变,该方法与商品化诊断试剂盒进行对比结果相一致。结论:基于多重PCR与毛细管电泳技术,可在外周血中同时检测JAK2V617F与CLAR基因第九外显子突变,该方法为MPN的诊断提供了新的分子检测手段。

多重PCR-毛细管电泳检测儿童5种腹泻病毒的方法建立及应用

目的:建立肠道腺病毒(Adv)、诺如病毒G1及G2型(NoV G1和NoV G2)、A组轮状病毒(RV A)、扎如病毒(SV)及星状病毒(HAstV)5种儿童腹泻病毒多重PCR-毛细管电泳法检测体系。方法:针对Adv、NoV G1、NoV G2、RV A、SV及HAstV保守序列设计特异性引物,设计并优化腹泻病毒的多重PCR-毛细管电泳检测体系,琼脂糖凝胶电泳确认扩增片段;进行性能(灵敏度、特异性)评估;收集185例儿童病毒样腹泻样本,采用多重PCR-毛细管电泳体系进行检测,并通过测序验证阳性结果。结果:所设计引物特异性扩增出5种腹泻病毒;多重PCR-毛细管电泳检测体系检出限为102~103 copies/μL,CV均<10%;其他腹泻病原体未出现交叉反应,无明显的非特异杂峰,特异性较好;185例临床病毒样腹泻样本检测阳性132例(71.35%),其中RV A 105例(56.8%)、Adv 22例(11.9%)、SV 15例(8.1%)、NoV G211例(5.9%)和HAstV 10例(5.4%),其中包括双病毒感染样本;毛细管电泳进样量需20μL,3 h内完成全部分析;测序结果与GeneBank比对分析,序列一致。结论:成功建立一种能够快速筛查5种常见儿童腹泻病毒的多重PCR-毛细管电泳检测方法。

毛细管电泳多重PCR诊断杜氏/贝氏进行性肌营养不良

目的 用毛细管电泳技术结合多重PCR方法分析DMD基因缺失位点 ,以建立一种快速、准确、适用于临床的DMD的诊断技术。方法 将对缺失热区 18对引物分成两套 ,用毛细管电泳分析 7个DMD/BMD家系中的 7名患者的二步多重PCR产物。结果 毛细管电泳能快速、准确分离 18对引物多重PCR产物 ,判断出DMD基因缺失位点。结论 毛细管电泳定量PCR方法能高效、准确、快速诊断缺失型DMD患者 ,具有很好临床应用价值。

多重RT-PCR联合毛细管电泳法检测BCR-ABL融合基因

目的：建立多重逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）联合毛细管电泳法检测BCR-ABL融合基因，以期应用于慢性粒细胞白血病（CML）辅助诊断。方法采用重叠延伸法构建BCR-ABL融合基因阳性模板，设计并优化检测BCR-ABL融合基因的多重RT-PCR联合毛细管电泳体系，对检测体系进行初步的性能评估。结果多重RT-PCR技术检测BCR-ABL融合基因（e1a2、e13a2和e14a2）的最低检测限在102～103拷贝/μL；50例临床确诊CML的患者应用该法检测BCR-ABL融合基因的阳性率为86．0％，其中e13a2型（20．0％），e14a2型（66．0％）；本方法与骨髓细胞培养染色体核型分析相比，阳性符合率为97．6％，阴性符合率为75．0％，总符合率为94．0％，2种方法具有较高的一致性（Kappa＝0．765，P＞0．05）。结论成功建立检测BCR-ABL融合基因的多重RT-PCR联合毛细管电泳方法。该方法操作简单快捷、特异性好、灵敏度高，适合于临床上CML的辅助诊断和分子分型。

多重PCR结合毛细管电泳检测FLT3及NPMl基因突变的实验方法的研究

目的建立一种便捷可靠的实验方法能够同时检测FLT3基因突变及NPMl基因突变。方法设计多重PCR结合毛细管电泳（CE）方法同时检测75例初诊急性白血病（AL）患者FLT3基因及NPMl基因突变发生情况。结果应用多重PCR结合CE方法在75例AL患者中检测到FLT3-ITD突变阳性28例，FLT3一TKD突变阳性5例，NPMl突变阳性20例，9例同时存在FLT3．ITD及NPMI基因突变，l例同时存在FLT3．ITD及FLT3．TKD突变。结论多重PCR结合cE是一种能同时检测FLT3基因和NPMl基因突变的便捷可靠的方法，对判断AML患者的临床预后、指导分层治疗有重要意义，有进一步推广的价值。

毛细管电泳片段分析法、荧光定量PCR法在ALRTI患儿咽拭子标本病原体诊断中的应用对比观察

目的毛细管电泳片段分析法、荧光定量PCR法在急性下呼吸道感染患儿咽拭子标本病原体诊断中的应用。方法急性呼吸道感染患儿65例(65份咽拭子标本),分别采用毛细管电泳片段分析法、荧光定量PCR法检测患儿咽拭子病原体,比较两种方法病原体检出率,并分析两种检测方法与金标准(Sanger测序法)检测结果的一致性。结果毛细管电泳片段分析法病原体检出率为52.3%(呼吸道合胞病毒21份、副流感病毒4份、衣原体病毒2份、腺病毒2份、鼻病毒2份、偏肺病毒3份、博卡病毒1份,其中1份为合胞病毒与鼻病毒混合感染),荧光定量PCR法病原体检出率为45.0%(呼吸道合胞病毒20份、副流感病毒3份、衣原体病毒2份、腺病毒1份、鼻病毒1份),两种方法病原体检出率比较,P>0.05。毛细管电泳片段分析法与Sanger测序法检测结果阳性一致率为100.0%,阴性一致率为100.0%,准确率为100.0%;荧光定量PCR法与Sanger测序法检测结果阳性一致率为86.2%,阴性一致率为93.5%,准确率为90.0%。结论毛细管电泳片段分析法与荧光定量PCR方法病原体检出率无差异,但毛细管电泳片段分析法能检测出病原菌混合感染,且与Sanger测序法检测结果有高度一致性,有更高的临床应用价值。

转基因玉米的多重PCR－毛细管电泳紫外检测技术研究

建立了转基因玉米Ly038、Mon863和Mon810的品系特异性基因多重PCR产物的毛细管电泳-紫外检测方法。根据三种转基因玉米的基因序列设计多重PCR引物,优化PCR扩增体系和条件,以8.0g/L羟乙基纤维素为筛分介质,用毛细管电泳-紫外检测法同时检测出三种玉米的品系特异性基因,11.195min内即可完成检测。用Origin软件对电泳结果进行分析并得出不同范围的DNA曲线方程,样品出峰时间的相对误差在1.03%～5.02%之间。并对纯化前后的样品进行了毛细管电泳分离的对照,发现PCR产物纯化后更适于紫外检测的毛细管电泳。多重PCR具有节约模板、节省试剂和缩短检测时间的优点,毛细管相对于传统的琼脂糖凝胶电泳,具有高效、快速、灵敏且经济环保的优点,所以此方法可广泛地应用于食品安全检测和临床检验等领域中。

应用多重竞争性PCR联合毛细管电泳技术进行脊髓性肌萎缩症携带者筛查

脊髓性肌萎缩症(spinal muscular atrophy,SMA)是一种常染色体隐性遗传、儿童致死性神经系统疾病。SMA致病基因为运动神经元存活基因(survival motor neuron1,SMN1)。虽然检测SMN1基因拷贝数的方法众多,但目前适于大规模人群筛查的技术较少。为寻求一种快速准确的实验技术可以用于人群中SMA携带者的大规模筛查,了解区域人群携带情况及常见变异的分布,本研究应用多重竞争性PCR联合毛细管电泳技术检测12例SMA患者及其父母SMN1基因拷贝数,同时对江苏地区151例健康孕妇人群SMN1基因进行拷贝数检测,并通过多重连接依赖探针扩增(multiplex ligation-dependent probe amplification,MLPA)技术验证检测结果。多重竞争性PCR联合毛细管电泳技术结果与MLPA结果一致,显示12例SMA患者均为SMN1基因零拷贝,其父母的SMN1基因拷贝数均为单拷贝,151例健康人群中检测出SMN1基因单拷贝3例(即SMA携带者),占2.0%;SMN1基因双拷贝134例,占88.7%;SMN1基因大于双拷贝14例,占9.3%。因此,多重竞争性PCR联合毛细管电泳技术作为一种快速、简便和准确的检测技术具有着应用于人群中SMA携带者的大规模筛查的潜力。

多重PCR联合毛细管电泳技术检测碳青霉烯酶基因

目的建立并评价多重PCR联合毛细管电泳技术(mPCR-CE)同时检测碳青霉烯酶基因bla_(KPC)、bla_(NDM)、bla_(OXA-48)和bla_(VIM)的方法。方法设计特异性引物,建立多重PCR扩增体系,利用毛细管电泳检测扩增产物。以携带bla_(KPC)、bla_(NDM)、bla_(OXA-48)和bla_(VIM)的细菌作为阳性对照菌株,以携带其他β-内酰胺酶基因细菌作为阴性对照,用于mPCR-CE的灵敏度、特异性评价。收集68株碳青霉烯耐药菌株,利用mPCR-CE方法进行检测,并与PCR扩增后测序结果比较。结果mPCR-CE检测携带bla_(KPC)、bla_(NDM)和bla_(VIM)细菌最低检测限均为1.5×10^(2) CFU/mL,检测携带bla_(OXA-48)细菌为1.5×10^(3) CFU/mL,并且与携带其他β-内酰胺酶基因的细菌无交叉反应。经mPCR-CE检测,68株临床分离菌株中37株携带bla_(KPC),8株携带bla_(NDM),未检测到携带bla_(OXA-48)和bla_(VIM)的菌株,结果与PCR扩增后测序结果完全一致。结论mPCR-CE可用于临床分离菌株的主要碳青霉烯酶基因检测。

多重PCR结合毛细管电泳检测儿童呼吸道病原体方法的建立及应用

目的:建立肺炎支原体(Mycoplasma pneumoniae,MP)、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus,S.au)、肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae,KP)、铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa,P.Ae)、阴沟杆菌(Enterobacter cloacae,Ecl)、白色假丝酵母菌(Candida albicans,Cal)、鲍曼不动杆菌(Acinetobacter baumannii,Aba)7种儿童呼吸道病原体多重PCR结合毛细管电泳法检测体系。方法:随机收集南京市儿童医院2020年11—12月266例儿童呼吸道病原体样本,针对MP、S.au、KP、P.Ae、Ecl、Cal、Aba保守序列设计特异性引物,设计并优化多重PCR结合毛细管电泳检测体系;将该检测结果与细菌培养以及荧光定量PCR比对,评估该方法的检测性能(灵敏度、特异度)。结果:所设计引物可以特异性扩增出呼吸道病原体;多重PCR结合毛细管电泳检测体系检出敏感性高;与其他呼吸道感染病原体未出现交叉反应,无明显的非特异峰,特异性较好。结论:成功建立一种能够快速筛查7种常见儿童呼吸道病原体的多重PCR结合毛细管电泳的检测方法。

利用多重聚合酶链反应和多色毛细管电泳分析布氏菌多位点可变数目串联重复序列

目的传统的布鲁氏菌多点可变数目串联重复序列分析方法涉及16个位点(MLVA-16),包括单重聚合酶链反应和琼脂糖凝胶电泳,一直以来都作为标准的基因分型方法,用于布病的病原监测和流行病学调查。然而,目前这种传统方法工作量较大,实验室间结果不宜比较;尤其是对大规模菌株进行基因分型或面临突发疫情时,急需一种高通量且快速的方法。方法用多重PCR和多色毛细管电泳方法建立一种可靠的,高通量的且自动化程度较高的MLVA-16改良分型系统,用82株菌进行测试。结果这种改良的MLVA-16分型系统具有很高的准确性,且具有快速和高通量的特点。结论改良的MLVA-16分型系统可用于基层布病实验室,为布病的病原监测提供高效的工具。

双重PCR-毛细管电泳法快速检测大豆中转基因成分

目的 建立抗草甘膦转基因大豆的快速检测方法。方法 针对转基因大豆基因组中被导入的 35 S启动子、NOS终止子和 CP4 - EPSPS抗草甘膦基因等外源基因 ,自行设计了两对引物 ,采用双重 PCR同时扩增上述基因 ,用 8g/L羟丙基甲基纤维素为筛分介质 ,在 5 0 cm× 10 0μm i.d.涂壁毛细管中 ,于 - 10 k V电压下用激光诱导荧光 -毛细管电泳检测转基因大豆的 PCR扩增产物。结果 在优化的 PCR反应和毛细管电泳条件下 ,本法可以同时检测出转基因大豆样品中三种外源基因 ,双重 PCR扩增产物经测序证实与原基因序列完全一致 ,表明本研究设计的引物合理 ,扩增结果可靠。毛细管电泳进样量仅需 5 nl,分析时间为 2 4 min,迁移时间的相对标准偏差≤ 3.2 %。结论 本方法较常规琼脂糖凝胶电泳特异性高 ,分析时间短 ,重现性好 ,检测灵敏 。

多重聚合酶链反应-毛细管电泳-激光诱导荧光法检测三种食源性致病菌

建立了食品中常见致病菌大肠杆菌O157：H7的uidA基因、沙门菌的invA基因和志贺菌的ipaH基因的多重聚合酶链反应（PCR）产物的毛细管电泳快速检测方法。根据这3种致病菌的特异性基因序列设计多重PCR引物,优化PCR扩增反应体系,采用7.0g/L甲基纤维素为筛分介质,毛细管电泳-激光诱导荧光检测法同时检测了3种常见致病菌的PCR扩增产物。在优化的多重PCR反应和毛细管筛分电泳条件下,该方法可以同时检测沙门菌、志贺菌和大肠杆菌O157：H7基因的多重PCR扩增产物,22min内即可完成3种常见致病菌的毛细管电泳检测。迁移时间的相对标准偏差为1.47%-2.07%。与凝胶电泳法比较,该法简便快速,灵敏度高,可用于多种致病菌脱氧核糖核酸的检测,为食品安全提供了一种可靠的快速检测方法。

ARMS-PCR结合毛细管电泳可以定量检测淋巴瘤MYD88基因L265P突变

目的:研究ARMS-PCR结合毛细管电泳法对提高淋巴瘤患者MYD88基因L265P突变的检测灵敏度和定量检测突变比例的可行性。方法:采用ARMS-PCR方法对淋巴瘤患者MYD88基因进行扩增,使用ABI3730测序仪对扩增产物进行毛细管电泳检测L265P的突变比例;同时采用基因组DNA直接测序法对MYD88基因5号外显子开放阅读框区域进行双向测序。结果:经过对梯度稀释的质粒标准品的检测,ARMS-PCR结合毛细管电泳和直接测序法检测L265P突变的灵敏度分别为0. 2%和5%,对184例既往淋巴瘤患者的检出率分别为13. 59%和8. 28%(p <0. 001)。而前者更可以对突变比例进行定量,拟合优度(R2=0. 979)和可重复性(CV=2. 86%、1. 94%、5. 49%)均较为理想。结论:ARMS-PCR结合毛细管电泳可以对淋巴瘤患者MYD88基因L265P突变进行定量检测,检测灵敏度显著高于传统的直接测序法,因而可作为对后者的补充,可以有效地进行早期诊断和监测微小残留。

毛细管电泳RT-PCR方法在中国明对虾抗菌肽基因表达定量检测中的应用

建立了毛细管电泳RT-PCR检测基因表达谱的方法,并利用实时定量PCR技术对此方法进行基因表达定量的可靠性进行了验证.利用此新方法研究了弧菌和白斑综合征病毒(WSSV)感染对中国明对虾抗菌肽(penaeidin)基因mRNA表达的影响.结果表明,弧菌感染后对虾肽基因表达变化可分为三个阶段:迅速下调,缓慢回升,持续稳定.WSSV感染后对虾肽基因表达的变化显示出与弧菌感染组不同的变化趋势:迅速下调,迅速回升,再次下降.

PCR结合毛细管电泳技术用于FMR1基因前突变家系分析

目的应用PCR结合毛细管电泳技术检测FMR1基因CGG重复数并对一个前突变家系进行分析。方法采用PCR结合毛细管电泳方法检测FMR1基因前突变家系成员的CGG重复数。结果咨询者CGG重复数为54/55,父亲为56,母亲为32/55,妹妹为33/58,弟弟为54,丈夫为37。结论PCR结合毛细管电泳技术能快速检测FMR1基因CGG重复数,并能对FMR1基因前突变进行准确诊断。