实验感染大、小鼠和临床疑似病例肺孢子虫mt LSU rRNA基因检测

为探讨PCR技术对实验感染大、小鼠肺孢子虫肺炎(PCP)和临床疑似病例诊断的可行性。用皮下注射地塞米松法诱导SD大鼠和ICR小鼠PCP并收集临床疑似病例24h深部痰液。受试动物解剖后,制备肺印片,经瑞姬氏复合染色镜检确定肺孢子虫(Pc)感染的阳性率;同时,以针对虫体mtLSUrRNA基因设计的引物,PCR扩增鼠肺组织和支气管灌洗液(BALF),以及痰液样本中的DNA;比较实验动物样本镜检和PCR两种方法的检测结果;测定PCR的敏感性和特异性。结果表明,SD大鼠和ICR小鼠肺印片的阳性率分别为68.8%(1116)和85.7%(1821),肺组织PCR检测的阳性率分别为75%(1216)和80.9%(1721),肺泡灌洗液PCR的阳性率分别为81.2%(1316)和23.8%(521)。肺印片镜检和PCR技术检测结果无显著性差别;可见,PCR对虫体mtLSUrRNA基因的检测具有显著的特异性和敏感性,至少可以检测出0.6pg的肺孢子虫DNA;6例临床疑似病例样本中2例显示肺孢子虫PCR阳性反应。

大亚基rRNA基因D1/D2区序列相同或相似的子囊菌酵母ITS序列比较和核型分析(英文)

下面每个组内的酵母菌:I)Candida aaseri和Candida butyri;Ⅱ)Candida boleticola, Candida laureliae和Candida ralunensis;Ⅲ) Candida zeylanoides和Candida krissii以及Ⅳ) Pichia farinosa和Candida cacaoi因具有相同或只有一个碱基差异的大亚基(26S)rRNA基因D1/D2区序列,而被认为属于同一个种。本研究对其ITS序列和电泳核型进行了比较分析。结果表明前3个组内的种具有完全相同的ITS序列,第Ⅳ组的两个种只有1个碱基差异, 但是各组内的核型并不完全一致。第Ⅳ组内的两个种具有完全相同的核型,证实他们属于同一个种。第Ⅱ组内的C.laureliae和C.ralunensis也具有完全相同的核型,可以肯定二者也属于同一个种,该组内的C.boleticola的核型与前二者不完全一样,但染色体分子量范围相似,也可能与前二者属于同一个种。第Ⅰ和Ⅲ组内各种的核型具有明显差异,对组内种间的同物异名关系未提供支持。

蒙古马马胃蝇幼虫形态学及线粒体基因的研究

为了研究目前蒙古马马胃蝇流行种类,2019年1月在内蒙古呼和浩特市四子王旗收集到感染马胃蝇的8匹蒙古马,剖检后获取胃蝇幼虫。利用解剖镜、光学显微镜和扫描电镜对蒙古马马胃蝇幼虫进行形态学观察。同时选取20个蒙古马马胃蝇三龄幼虫,通过PCR方法,扩增蒙古马马胃蝇线粒体细胞色素氧化酶亚基(COXⅡ)基因、16S rRNA基因。利用MEGA 6.0软件对蒙古马马胃蝇细胞色素氧化酶亚基(COXⅡ)基因、16S rRNA基因与GenBank数据库中胃蝇属的其他种类同源序列进行比较并构建系统发育树。结果表明:蒙古马马胃蝇幼虫三龄幼虫领部棘刺,体节上的棘刺底部宽、刺尖细,口脊骨页部形态平滑,伪头小刺结构清晰,这些特征与黑腹胃蝇三期幼虫的形态相似。蒙古马马胃蝇与GenBank数据库中狂蝇属、黄蝇属、胃蝇属(肠胃蝇、黑腹胃蝇、红尾胃蝇)和皮蝇属的昆虫在系统发育树中分开,有一定遗传距离,且单独成一个分支。鉴于分离到的蒙古马马胃蝇形态上与黑腹胃蝇相似,但是线粒体基因存在变异,可能代表黑腹胃蝇的一个新变种。

叶绿体基因组

地球上所有生物的生存,从根本上说,都依赖于植物的光合作用.叶绿体就象一座工厂,利用大自然取之不尽的光能,无声无息地由二氧化碳和水合成淀粉等有机物,同时释放出动物所必需的氧气.当今,随着世界人口的不断增长、耕地的减少(工业等与农争地)及石油、煤炭等能源的逐渐枯竭,通过提高光合作用效率,谋求生物资源(biomass)的增产已迫在眉睫.基于对植物重要性的认识,国际上已有不少生物化学家转向植物分子生物学的研究,1981年起出版了专业性杂志Plant Molecular Biology,成立了国际植物分子学学会并于1985年10月在美国召开了第一届年会.植物分子生物学的快速发展是和基因工程等新技术的应用分不开的.以叶绿体来说,仅在短短的几年中,日本名古屋大学杉浦昌弘教授的实验室已宣称完成其60%基因组结构的分析.他们以及其他实验室从基因水平上来探讨叶绿体结构和功能的关系取得了一些新的发现.为增进光合能力及在农业上的应用提出了可行性的设想和尝试.

线粒体12S与COI条形码对海洋鱼类的鉴定差异

本研究基于145种常见海洋鱼类比较了使用12S与COI条形码鉴定物种的差异。结果如下:(1)145种鱼类共测得12S序列528条,所测鱼类基于12S条形码的种内遗传距离在0~0.0068之间,最小种间遗传距离为0~0.4162;有7种鱼类的种内遗传距离过大(大于0.0055),且NJ系统发生树中存在不同鱼类聚于同一组内,种与种之间不分界的现象。(2)145种鱼类共测得COI序列686条,所测鱼类基于COI条形码的种内遗传距离在0~0.0049之间,种间遗传距离均大于0.02,且至少为种内遗传距离的15.28倍;NJ系统发生树显示,各鱼类聚于不同组内,种与种之间分界明显。结果表明,基于12S基因的鱼类DNA条形码的物种鉴定存在物种注释假阴性或假阳性风险,应尽可能考虑使用COI条形码,以提高物种鉴定的准确性。

线粒体DNA标记在头足纲动物分子系统学中的应用

动物线粒体DNA(mt DNA)具有在细胞中大量存在、缺少重组、多为母系遗传、缺少内含子以及进化速率高等特点,广泛应用于比较和进化基因组、种群遗传、物种鉴定和不同分类水平上的系统发生学研究。头足类作为软体动物门中的重要经济种类,其分类和系统进化研究历来是热点领域。本研究主要对头足类动物mt DNA组成与特点(包括基因组成、重排等)、常用mt DNA标记对其不同分类阶元的适用性以及线粒体基因片段和全基因组在头足类系统演化中的作用进行了阐述,并对其未来发展进行展望。

草原革蜱和边缘革蜱的分子生物学鉴定

本研究旨在建立草原革蜱和边缘革蜱的分子生物学鉴定方法,并探讨其系统发生关系。在新疆从动物体表采集寄生蜱,形态学鉴定后,PCR扩增获得2种革蜱的16S rRNA及线粒体色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因序列,测序后进行同源性分析。用Mega 5.0和Mrbayes 3.2软件分别构建系统进化树,草原革蜱16S rRNA序列与GenBank数据库中已知草原革蜱16S rRNA序列聚类,而边缘革蜱COⅠ序列与GenBank数据库中已知边缘革蜱COⅠ序列聚类,与形态学鉴定结果一致。本研究结果表明,在传统形态学分类的基础上,结合分子生物学鉴定方法能简易、准确鉴定草原革蜱和边缘革蜱。

小亚璃眼蜱、亚洲璃眼蜱和残缘璃眼蜱的分子生物学鉴定

本研究旨在建立小亚璃眼蜱、亚洲璃眼蜱和残缘璃眼蜱的分子生物学鉴定方法,并探讨它们的系统发生关系。在新疆、内蒙古从动物体表采集寄生蜱,形态学鉴定后,PCR扩增测序获得3种璃眼蜱的16SrRNA及线粒体色素氧化酶亚基Ⅰ基因(cytochrome oxidaseⅠ,COⅠ)序列后进行同源性分析。用Mega 5.0和Mrbayes 3.2软件分别构建系统进化树,亚洲璃眼蜱、小亚璃眼蜱样本16SrRNA序列与GenBank中已知相应蜱虫16SrRNA序列聚类,而残缘璃眼蜱COⅠ序列与GenBank中已知残缘璃眼蜱COⅠ序列聚类,与形态学鉴定结果一致。在传统形态学分类的基础上,结合分子生物学鉴定方法能简易、准确鉴定小亚璃眼蜱、亚洲璃眼蜱和残缘璃眼蜱。

核糖体失活蛋白的研究进展

核糖体失活蛋白是一类作用于rRNA而抑制核糖体功能的毒蛋白,广泛存在于高等植物体内。核糖体失活蛋白分为3类:第1类是单肽链蛋白,分子量大约30kD,一般为碱性糖蛋白,具有RNAN-糖苷酶活性;第2种类型是异源二聚体蛋白,分子量大约为60kD,A链具有RNAN-糖苷酶活性,B链是一个对半乳糖专一的凝集素,B链可以分别或同时与真核细胞表面的糖蛋白或糖脂的半乳糖部分结合,介导A链逆向进入胞质溶胶;第3种类型是先合成无活性的核糖体失活蛋白前体,然后在涉及形成活性位点的氨基酸之间进行酶解加工。核糖体失活蛋白通过对核糖体大亚基RNA的3'端茎环结构中一个高度保守的核苷酸区域的作用,破坏核糖体大亚基RNA的结构,使核糖体失活。核糖体失活蛋白的功能主要通过2个方面产生,即RNA的N-糖苷酶活性和RNA水解酶的活性。核糖体失活蛋白不仅对病毒具有广谱抗性,而且对真菌和昆虫也有抗性。核糖体失活蛋白可以给植物提供对病毒和真菌的广谱抗性,这为我们利用有关的核糖体失活蛋白基因提高植物对病毒和真菌的抗性提供了一条新的途径。

厌氧真菌系统发育分类及多样性研究进展

厌氧真菌[新毛孢菌门(Neocallimastigomycota)]是哺乳草食动物消化道内常见的微生物之一,在木质纤维性饲料原料的降解过程中起着至关重要的作用。了解厌氧真菌个体间的系统发育关系对于进一步了解它们的进化史,以及驱动它们在不同类型宿主内部及之间的生态位专门化的因素等方面至关重要。本文从系统发育分类学发展史、低等级的分类学多样性及相关分子层面的研究方法对近年来有关厌氧真菌系统发育分类及多样性的研究进行了概述,以期对相关的研究工作提供一定的参考和帮助。

新疆边境地区伊宁县图兰扇头蜱形态学及分子生物学鉴定

目的对新疆边境地区伊宁县图兰扇头蜱进行形态学和分子生物学鉴定。方法在新疆边境地区的伊宁县随机采集畜牧体表寄生蜱324只,进行形态学初步筛选,从中选取6只形态差异较大的图兰扇头蜱,进行线粒体16S rRNA和线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因序列扩增、测序,并与GenBank登录的图兰扇头蜱参考序列进行遗传进化分析。结果形态学鉴定采集的伊宁县蜱类皆为图兰扇头蜱,两段序列的碱基组成均显示较高的A+T比例(16S rRNA基因为73.8%,COⅠ基因为70.34%),在变异程度上16S rRNA基因较COⅠ基因明显保守。结论首次应用形态学、16S rRNA和COⅠ基因测序分析表明新疆伊宁县采集蜱皆为图兰扇头蜱,并证明图兰扇头蜱具有生物多样性。

免疫抑制沙鼠源肺孢子菌的分类地位

肺孢子菌能够感染多种哺乳动物的肺脏,并在免疫受抑制的个体引起肺孢子菌肺炎.研究表明,肺孢子菌分离株在系统进化树上分为两大枝,二者所含菌株分别来源于灵长类和啮齿类.基于宿主特异性以及DNA序列和形态学差异,每一分枝内的菌株又可分为不同的种.本研究采用地塞米松免疫抑制法,导致沙鼠(28/35)肺组织感染.对18S,5.8SrRNA和rRNA内转录间隔区基因序列,以及线粒体核糖体大亚基基因的部分序列分析表明,本实验沙鼠源肺孢子菌与啮齿类动物来源的同属一枝,但明显区别于其他啮齿类动物来源的菌株,应考虑是一个独立的菌种.

上海地区不同生境游离蜱分布调查

目的 调查上海地区不同地点、不同生境游离媒介蜱的种类及分布,为蜱媒疾病防制提供依据。方法 采用布旗法,于2021年4-7和9-11月在松江、黄浦、崇明、嘉定、宝山、静安、普陀和闵行区等13个调查点采集植被中的游离蜱;形态鉴定后扩增16S rRNA和细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因序列,利用获得的序列鉴定蜱种并构建系统发育树。结果 共采获游离蜱1 937只,隶属2属3种,分别为血蜱属的褐黄血蜱、长角血蜱和扇头蜱属的微小扇头蜱,分别占采获总数的92.36%、6.66%和0.98%。山坡林地采集褐黄血蜱和微小扇头蜱2种400只,占20.65%;公园/景区采集褐黄血蜱和长角血蜱2种1 341只,占69.23%;农村荒地采集褐黄血蜱1种82只,占4.23%;城市绿地采集褐黄血蜱1种114只,占5.89%。系统进化树显示,采获的同一蜱种位于同一进化分支上。结论 上海地区不同生境中游离蜱共有3种,不同生境中蜱的种类和数量分布不同,褐黄血蜱为各类生境中的优势种。