毛细管电泳片段分析法、荧光定量PCR法在ALRTI患儿咽拭子标本病原体诊断中的应用对比观察

目的毛细管电泳片段分析法、荧光定量PCR法在急性下呼吸道感染患儿咽拭子标本病原体诊断中的应用。方法急性呼吸道感染患儿65例(65份咽拭子标本),分别采用毛细管电泳片段分析法、荧光定量PCR法检测患儿咽拭子病原体,比较两种方法病原体检出率,并分析两种检测方法与金标准(Sanger测序法)检测结果的一致性。结果毛细管电泳片段分析法病原体检出率为52.3%(呼吸道合胞病毒21份、副流感病毒4份、衣原体病毒2份、腺病毒2份、鼻病毒2份、偏肺病毒3份、博卡病毒1份,其中1份为合胞病毒与鼻病毒混合感染),荧光定量PCR法病原体检出率为45.0%(呼吸道合胞病毒20份、副流感病毒3份、衣原体病毒2份、腺病毒1份、鼻病毒1份),两种方法病原体检出率比较,P>0.05。毛细管电泳片段分析法与Sanger测序法检测结果阳性一致率为100.0%,阴性一致率为100.0%,准确率为100.0%;荧光定量PCR法与Sanger测序法检测结果阳性一致率为86.2%,阴性一致率为93.5%,准确率为90.0%。结论毛细管电泳片段分析法与荧光定量PCR方法病原体检出率无差异,但毛细管电泳片段分析法能检测出病原菌混合感染,且与Sanger测序法检测结果有高度一致性,有更高的临床应用价值。

有齿食道口线虫ITS及5.8S DNA片段的PCR扩增、克隆及序列分析

运用 PCR 方法以保守引物 NC5 及 NC2 扩增了从广东阳江地区猪体分离的食道口线虫 rDNA 的内转录间隔区(ITS)及 5.8S 序列。将 PCR 扩增出的片段纯化后克隆至 pGEM-T Easy 载体,用 PCR 技术及酶切鉴定阳性菌落,对阳性菌落质粒 DNA 进行测序。结果表明,扩增的片段大小为 828 bp,包含部分的 18S、28S 及全部的 ITS-1(362 bp)、5.8S(153 bp)及 ITS-2(217 bp)序列。序列比较表明,该食道口线虫为有齿食道口线虫。本研究在国际上首次报道了中国猪有齿食道口线虫的 ITS 及 5.8S 序列,为食道口线虫的分子生物学的进一步研究奠定了基础。

重复片段引物PCR用于鲍曼不动杆菌分型研究

目的 运用重复片段引物PCR的分析方法对鲍曼不动杆菌进行分子分型研究。方法 选用肠杆菌科基因间的的重复序列 (ERIC)为引物进行PCR扩增 ,对 2 2株鲍曼不动杆菌进行分型研究 ,并与生物学分型及抗生素耐药结果进行比较。结果 经重复片段引物PCR的方法 ,分离出 6种不同基因型的鲍曼不动杆菌 ,而生物学分型只有 2种 ,且与抗生素谱较为相关。结论 该方法简便易行 ,且重复性好 ,适合于医院感染流行病学研究。

一种高效构建同源重组DNA片段的方法——融合PCR

融合PCR技术(fusion PCR)采用具有互补末端的引物,形成具有重叠链的PCR产物,通过PCR产物重叠链的延伸,从而将不同来源的任意DNA片段连接起来,此技术在不需要内切酶消化和连接酶处理的条件下实现DNA片段的体外连接,为同源重组片段的构建提供了快速简捷的途径。对原有的融合PCR技术进行改进,以3个同源重组线性DNA片段的构建为例,详细论述了改进的融合PCR技术的反应过程及技术体系。结果表明,改进的融合PCR技术可以同时进行3个片段及4个片段的融合反应,产物长度均在4.5kb以上,各同源重组片段在扩增过程中均无突变发生,获得的片段可以用于后续实验分析。

甜菜碱增强长片段PCR的扩增(英文)

聚合酶链式反应 (PCR)作为一项非常成熟的技术可以用于基因组序列的扩增。普通的PCR技术只适合于短片段DNA的扩增 ,一般在 6kb以下。对于 6kb至十几kb甚至几十kb以上的DNA片段的扩增就非常困难。通过添加不同化学物质 ,发现甜菜碱对长片段PCR的扩增有非常有效的增强作用。通过对玉米总DNA以及质粒DNA的扩增 ,发现 1mol L到 2 5mol L甜菜碱对改进PCR扩增效果明显。通过添加甜菜碱 ,可以从玉米基因组中扩增出 9kb以上的单拷贝片段 ,从质粒中扩增出 16kb以上片段。经过试验 ,发现不同GC含量的引物需要使用不同浓度的甜菜碱。甜菜碱可以减少甚至消除长片段PCR中的非特异性扩增。同时 ,我们发现其它的添加物 ,如DMSO ,甘油 。

利用DDRT-PCR技术分离和克隆玉米抗大斑病相关基因片段

分离和克隆农作物的抗病基因是植物病理学及分子生物学研究的热点领域,笔者以一套含有不同主效抗病基因的玉米自交系B37,B37Ht1,B37Ht2为试验材料,接种玉米大斑病菌0号小种菌株01-27后,利用mRNA差异显示反转录PCR(mRNAdifferentialdisplayreversetranscriptionPCR,DDRTPCR)技术分离玉米抗大斑病相关基因片段.通过反式Northern杂交检测,共获得了44条差异表达基因片段,其中与B37亲和性互作相关的片段17条,与B37Ht1和B37Ht2非亲和性互作相关的片段分别为11条和8条.

依据RAPD片段克隆而建立的团头鲂PCR鉴定法

通过对团头鲂 RAPD片段的克隆、Southern杂交筛选和 DNA序列分析 ,设计出 3对 PCR引物 :M1F/ M1R、M3 F/ M3 R和 M5 F/ M5 R.这 3对引物分别扩增出约 1.0 0、1.15、0 .5 6kb的 DNA主带 ;H ae 能将前两个片段酶解成两个几乎相等或相似的小片段 .经部分团头鲂群体和其它 12种鱼 DNA PCR验证 ,除三角鲂外 ,这 3对引物具有很强的团头鲂特异性 ,重复性 10 0 % ,可以用于除三角鲂以外的团头鲂的分子标记或分子鉴定 .

重复片段PCR检测葡萄球菌DNA指纹在医院感染中的分析

目的 应用重复片段PCR ,对凝固酶阴性葡萄球菌 (CNS)进行基因分型 ,用于医院感染中分子流行病学研究。方法 选择REP1+REP2和ERIC1+ERIC2两对引物 ,对临床分离的 6 8株 (CNS)菌株进行重复片段PCR ,根据扩增产物的电泳模式编制菌株间的相似矩阵 ,并利用RAPD、PHYLIP及TREEVIEW等软件 ,绘制各株间的遗传聚类图。结果 两对引物的扩增带型均比较丰富 ,对于实验CNS菌株具有较好的分辨率 ,根据聚类结果 ,可以确定某些菌株之间的同源性 ,为感染源的确认等分子流行病学研究提供依据。结论 重复片段PCR分辨率高 ,根据聚类结果确定菌株的同源性 ,为医院感染确认感染源提供了分子流行病学的依据。

Mn^(2+)驱动的不同长度DNA片段PCR随机突变研究

针对倾向错误的PCR技术中不同目的、不同长度基因的诱变种类一直缺乏准确参考的问题,以酵母spt15基因为研究对象,在标准的PCR反应体系中加入不同Mn2+摩尔浓度(0.125,0.250和0.500mmol.L-1)进行倾向错误的PCR,扩增spt15不同长度(分别约为200,500和700bp)的DNA片段,研究其突变频率,突变碱基数目及突变类型,以分析不同种类的突变所需的最佳条件.研究结果表明:长片段DNA的PCR突变率对Mn2+摩尔浓度更敏感;模板的长度对DNA PCR突变碱基个数也有较为明显的影响,低Mn2+摩尔浓度有利于单突变;Mn2+驱动的突变有明显的倾向性,其中A→G和T→C的突变居多.

长片段基因FMNL2 PCR实验的体会

目的尝试扩增长片段FMNL2基因。方法采用巢式PCR或和降落PCR相结合的方法进行了FMNL2基因编码区全长及FMNL2-NT、-CT的扩增。结果高效、特异地扩增出FMNL2基因编码区全长及FMNL2-NT、-CT片段。结论巢式PCR或和降落PCR相结合,提高了目的基因的扩增效率和扩增产物的特异性。

片段长度差异等位基因特异性PCR—一种改良的SNP分型新方法

目的建立一种基于等位基因特异性PCR原理的改良SNP分型新方法:片段长度差异等位基因特异性PCR,并考察特异性引物的3'端第3位、第4位碱基错配对特异性延伸的影响。方法以SNP位点rs759117和rs760887为例,设计两条长度不同、3'末端分别与SNP两个等位基因碱基配对的上游引物,同时在两个等位基因特异性引物3'端第3或第4位碱基引入错配以增加特异性,下游为公用引物。PCR产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳、银染显带后确定样本的基因型。结果不同SNP纯合子为长度不同的单一谱带,杂合子则为两条带,其结果与直接测序完全一致。两条特异性上游引物3'端第3或第4位碱基引入错配后非特异性延伸显著减少,且对PCR反应条件的严格性要求明显降低。结论片段长度差异等位基因特异性PCR是一种简单快速而有效的SNP分型新方法;两条特异性引物3'端第3。

巢式PCR扩增TCR Vδ_2-Dδ_3重排片段检测急淋脑脊液微量白血病细胞

为探索急性淋巴细胞白血病(ALL)患儿脑脊液(CSF)中微量白血病细胞的检测方法及其意义,本文采用巢式聚合酶链反应(PCR)扩增T细胞受体的Vδ_2-Dδ_3重排片段方法,对21侧小儿ALL进行检测。结果:(1)改良一步煮沸法抽提CSF的DNA效果良好,巢式PCR方法敏感、可靠:(2)13例初治病例中,CSF的微量白血病细胞阳性6例,经常规三联鞘注及大剂量氨甲喋啶(HDMTX)治疗后4例转为阴性并持续缓解,另2例阳性者随之发生中枢神经系统白血病(CNSL);(3)8例缓解治疗期ALL中7例追踪结果,3例经鞘注和HD MTX治疗后CSF和BM的微量白血病细胞同为阳性者出现骨髓复发。结果提示对CSF的微量白血病细胞动态监测对指导治疗、预示CNSL的发生有重要意义。

破伤风毒素全基因片段PCR扩增、克隆和序列分析

目的 对破伤风毒素全基因片段扩增、克隆和测序,以便有效利用。方法 根据A、B、C3个片段的基因序列,分别设计上游和下游引物,采用PCR扩增,并克隆3个片段,进行序列测定。结果 所克隆的基因（AF389424）与GenBank中的基因序列比较变异较小,C片段基因与国内克隆株AF154828相同。结论 为进一步研究、利用奠定基础。

细菌16SrDNA基因T碱基特异的PCR产物片段化

目的 探讨细菌 16SrDNA检测芯片杂交前的样本处理优化方法。方法 设计针对细菌 16SrDNA基因全长的通用引物 ,通过PCR时掺入一定比例的dUTP替代dTTP ,扩增长度为 1 5kb的片段 ,用尿嘧啶 DNA糖基化酶 (UDG)消化处理掺入到双链上的dUTP后 ,再经浓氨水特异性断开DNA双链上原dUTP处的磷酸二酯键 ,然后用聚丙烯酰胺凝受胶电泳 (PAGE)和琼脂糖电泳确认片段化的效果。结果 本实验选用的基因当dUTP与dTTP的比例在 3∶7～ 1∶1时 ,都能够获得比较理想的片段化结果。结论 通过控制一定的dUTP掺入比例再经UDG及氨水处理能够得到稳定的片段化结果。

利用基于重复序列PCR的标记和A-PAGE鉴定小麦背景中的黑麦染色体片段

利用基于重复序列PCR的标记和酸性丙烯酰胺凝胶电泳(A-PAGE)对小麦品种中国春与秦岭黑麦杂交后代(BC2F4)共75份材料进行了筛选,鉴定含有黑麦成分的株系.根据黑麦特异重复序列pSc20H设计特异引物,用PCR方法从75个株系中筛选出30份含有黑麦成分的材料.从这30份材料中,用A-PAGE的方法鉴定出10个株系为1RS/1BL易位系.实验结果表明,用基于PCR的标记能快速准确地对小麦背景中外源染色质的鉴定.结合其它方法还能进行小片段移位的鉴定.

食线虫真菌28S rDNA PCR扩增片段的RFLPs分析

本文对16个食线虫真菌(节丛孢属、隔指孢属和单顶孢属)菌株和3个其他相关丝孢菌(顶辐孢属和单端孢属)菌株的28S rDNA 片段进行了扩增, 并用限制性内切酶Sau3A I, Msp I, Rsa I and Hae III对PCR产物进行了消化。采用UPGMA法对 PCR 产物的限制性图谱特征进行了聚类分析。结果表明,捕食性真菌的聚类群与捕食器官类型相对应,顶辐孢属和单端孢属与捕食性真菌的遗传距离较远。该结果与rDNA 的ITS区间、5.8S和18S的序列分析结果一致。

高AT含量DNA片段PCR扩增体系的优化

选用4种不同长度(1.0~5.4 kb)、高AT含量(72%~80%)的真菌线粒体DNA片段,通过比较4种PCR添加剂(牛血清白蛋白(BSA)、二甲基亚砜(DMSO)、甲酰胺和镁离子)和4种KOD系列DNA聚合酶(KOD-Plus-、KOD-Plus-Neo、KOD FX和KOD FX Neo)对PCR扩增效果的影响,优化高AT含量DNA片段的PCR扩增体系。结果表明:当PCR体系中单独使用1种添加剂时,只有镁离子能够促进扩增,其他3种添加剂都不能产生预期扩增条带。BSA和DMSO对镁离子的扩增促进作用无负面影响,而甲酰胺会抑制镁离子的扩增促进作用。当镁离子存在时,4种KOD聚合酶的PCR体系均可获得预期的扩增产物;当缺乏镁离子时,使用KOD-Plus-或KOD-Plus-Neo聚合酶的PCR体系未能得到扩增产物,表现出对镁离子的依赖性。镁离子对高AT含量DNA片段的扩增具有促进作用,最佳使用浓度为1.75 mmol/L。研究结果为其他真核生物中高AT含量DNA片段的扩增提供了方法依据。

梅花类黄酮3′-羟化酶基因片段基于基因组DNA的简并PCR法克隆(英文)

用本研究设计的“预先去杂—SDS法”从梅花嫩叶提取到高质量的基因组DNA。根据11条已公开发表的并提交到GenBank的类黄酮3′-羟化酶基因cDNA的假定氨基酸序列的保守区设计2个正向简并引物和3个反向简并引物组成6对引物,仅有1对引物能以PCR法同时从梅花‘南京红须’、‘南京红’和‘粉皮宫粉’的基因组DNA扩增到一个469 bp的核苷酸片段,这3个片段在总体上有99 .72 %的一致性,与11条类黄酮3′-羟化酶基因cDNA的相应区域有65 .57 %的一致性。同时,“GGEK”并非类黄酮3′-羟化酶的特征性模体。这是首次从木本植物的基因组DNA克隆到类黄酮3′-羟化酶基因片段。本研究结果可为梅花类黄酮3′-羟化酶基因全长的克隆奠定基础。