基于全基因组重测序挖掘大白-长白二元母猪产仔数性状候选基因

【目的】产仔数是种用母猪的重要经济指标,挖掘调控母猪产仔数性状相关的候选基因,探索调控二元母猪为代表的商品猪繁殖力遗传机制,为进一步应用分子选育奠定基础。【方法】采用全基因组重测序对极端高产与极端低产的两组大长二元母猪进行比较分析,并利用选择消除分析方法取F_(st)和θ_(π)信号交集为高选择区域,进行基因注释和候选基因筛选。【结果】在两组样本中共发现8040367个SNP,50.6%的SNP位于基因间区域,45.2%的SNP位于内含子区域,在外显子区域、非编码区3’端、5’端的SNP分别仅占1.0%、1.1%、0.6%,其中位于基因组外显子区域的SNP中,有28879个为非同义变异,占比35.0%。提取位于外显子区域、内含子区域、非编码区3’端和5’端的SNP位点进行基因注释,共筛选到两组样本间的差异基因有1136个。对差异基因进行KEGG与GO富集分析,筛选得到可能影响生殖性能和产仔数性状相关的候选基因共10个,包括EPHA4、SMAD7、GLI2、LRP1B、WT1、BAX、BCAT2、IL1B、FAF1,基因功能主要涉及胚胎发育、细胞凋亡等。【结论】大长二元母猪在产仔数性状上经历了显著的人工选择,初步挖掘出影响二元母猪产仔数性状的候选基因,这些基因在猪繁殖性能相关的生理活动中发挥作用,主要在母猪卵细胞成熟凋亡时期及妊娠初期参与调控。