2021年北京市哨点医院致泻大肠埃希氏菌感染病例特征分析

目的 通过分析2021年北京市哨点医院致泻大肠埃希氏菌(Diarrheagenic Escherichia coli,DEC)感染病例的流行趋势和临床特征,为制定有效的健康教育与疾病防控提供依据。方法 收集2021年北京市36家食源性疾病主动监测医院腹泻病例的粪便或肛拭子标本及其性别、年龄、住址、发病时间、饮食史、临床特征等信息,对采集的粪便或肛拭子标本中的DEC进行分离培养鉴定。采用χ^(2)或Fisher确切概率法检验比较DEC不同分型的阳性检出率。结果 2021年北京市食源性疾病监测共采集腹泻病例粪便或肛拭子标本5697份,DEC阳性检出率为7.65%(436/5697),其中20~39岁年龄组阳性检出率最高(χ^(2)=18.804,P<0.001)。从年龄分布来看,20~39岁年龄组肠产毒性大肠埃希菌(Enterotoxigenic Escherichia coli,ETEC)阳性病例数高于其他年龄组(χ^(2)=36.769,P<0.001),从地区分布来看,感染肠聚集性大肠埃希菌(Enteroaggregative Escherichia coli,EAEC)和肠致病性大肠埃希菌(Enteropathogenic Escherichia coli,EPEC)的病例多来自远郊(χ^(2)=50.679,χ^(2)=19.659,P均<0.001),感染ETEC的病例主要分布在城区(χ^(2)=13.420,P=0.001)。从季节分布来看,EAEC、ETEC和EPEC夏季感染均高于其他季节(χ^(2)=32.096,χ^(2)=89.339,χ^(2)=16.876,P均<0.001),肠出血性大肠埃希菌(Enterohemorrhagic Escherichia coli,EHEC)感染主要发生在春季(χ^(2)=10.976,P<0.001)。自述可疑饮食史信息方面,感染ETEC的病例多食用过酒类及冷冻食品(χ^(2)=41.837,P<0.001),EAEC感染者多食用过婴儿食品(χ^(2)=24.229,P=0.007)。临床特征方面,出现腹痛的病例ETEC检出率更高(χ^(2)=8.017,P=0.005),出现恶心或呕吐的病例中EAEC的检出率更高(χ^(2)=5.701,P=0.017;χ^(2)=4.160,P=0.041)。结论 北京市哨点医院致泻大肠埃希氏菌感染病例具有季节性及人群流行特征,可结合不同分型DEC感染病例的可疑食品暴露信息及临床特征,为食品安全健康宣教和临床诊断提供依据。

某医院近10年大肠埃希菌分离率和耐药率的变迁情况

目的总结近10年中国医科大学附属第一医院大肠埃希菌的分离率和耐药率,为临床抗感染经验治疗提供依据。方法数据来自2013年至2022年间从中国医科大学附属第一医院就诊患者中分离的大肠埃希菌,使用VITEK 2和VITEK MS进行菌种鉴定,使用VITEK2和KB法进行药物敏感性试验,采用WHONET 5.6软件进行分析。结果2013年至2022年共分离6845株菌株,其中80.5%来自住院患者,19.5%来自门诊和急诊患者。常见标本类型为尿液(57.8%)、血液(15.0%)、分泌物(9.2%)、引流液(8.1%)。大肠埃希菌超广谱β-内酰胺酶(ESBL)分离率为57.2%(54.3%~61.5%)。大肠埃希菌对碳青霉烯类抗菌药物的耐药率较低,仅为1.2%(0.2%~2.6%)。结论大肠埃希菌仍是临床感染的重要病原菌,对多种抗菌药物存在不同程度的耐药,且耐药率有上升趋势,临床医师应给予足够的关注。

大肠埃希氏菌疫苗生产用菌种种子批的建立与鉴定

为了研制仔猪大肠杆菌病三价(K88+K99+987P)灭活疫苗,以大肠埃希氏菌生产菌种C83549(k88)第2代和C83644(k99)、C83710(987p)第3代基础种子作为原始种子,建立了用于仔猪大肠杆菌病疫苗生产的大肠埃希氏菌基础种子批,分别对种子批的F1、F5、F10、F13代进行了全面鉴定。结果表明,各代种子的培养特性、生化特性均符合大肠埃希氏菌特征,抗原结构分别为C83549(O149∶K88)、C83644(O68∶K99)和C83710(O9∶987P);各代次菌株的菌毛抗原RIHA单位≥800,菌种免疫原性鉴定合格;各菌株经口服途径灌服1.5×10^(10)CFU/头,可引起仔猪100%发病。因此,3个菌株均可用作仔猪大肠杆菌病三价(K88+K99+987P)灭活疫苗生产的菌种。

2014—2022年北京市肠道门诊分离的肠出血性大肠埃希菌分子分型特征分析

目的 了解北京市肠出血性大肠埃希菌(enterohemorrhagic Escherichia coli,EHEC)分子特征及流行趋势。方法 收集2014—2022年北京市肠道门诊分离到的肠出血性大肠埃希菌,通过药敏试验及全基因组测序及数据分析,以了解病原的药物敏感性及分子特征。结果 共收集到14株EHEC,其中4株为多耐药菌株;多位点序列分型(multi-locus sequence type, MLST)分析ST11型占比最高(5/14);血清分型O157:H7占比最高(6/14);全基因组单核苷酸分型(whole genome single nucleotide polymorphism, wgSNP)结果显示6株O157:H7菌株分成一簇,其他菌株分成一簇;14株北京分离到的EHEC和美国国家生物技术信息中心(NCBI)网站下载的678株中国及周边国家分离的大肠埃希菌全基因组数据wgSNP分型,没有形成明显的地域性聚集,均以散发分布为主。结论 EHEC仍是北京市肠道传染病重要的病原菌,需要进一步加强EHEC监测。

北京某医院感染性腹泻患者致泻性大肠埃希菌毒力和耐药特征分析

目的明确本院感染性腹泻患者致泻性大肠埃希菌毒力和耐药特征。方法采用VITEK MS微生物质谱检测系统初步鉴定,多重实时荧光PCR检测毒力基因,对本院感染性腹泻患者临床分离的致泻性大肠埃希菌(Diarrheagenic Escherichia coli,DEC)进行5种型别鉴定。微量肉汤稀释法和E-test法药敏试验检测DEC菌株的耐药表型特征。二代测序及生物信息学分析其耐药分子特征。采用Fisher确切概率法进行统计学分析。结果本院DEC检出率为11.9%,其中EAEC占比37.5%,非典型EPEC占比34.38%,ETEC占比25.0%,EIEC占比3.12%,未检出EHEC菌株。32株DEC对氨苄西林、四环素、甲氨苄啶/磺胺异恶唑耐药率最高,分别为53.12%、43.75%和37.5%。ESBLs(+)株占比18.75%,其多重耐药菌株检出率为83.83%,显著高于ESBLs(-)菌株,差异有统计学意义(P=0.042)。32株DEC共有25个ST型,优势基因型为ST10共4株(12.5%),ST28、ST31和ST3153各2株(各占比6.25%),其他21个型别各1株菌(各占比3.13%)。EAEC中检出1株携带bla_(NDM-1)的耐碳青霉烯类菌株。结论我院感染性腹泻患者的DEC以aggR、pic、astA、eae 4种毒力基因较为常见,以EAEC、EPEC为主要型别,基因型别呈高度多态性,检出多重耐药菌株。

青蒿琥酯联合左氧氟沙星对耐碳青霉烯类大肠埃希菌抗菌活性的影响

目的 探讨青蒿琥酯与抗生素联用对耐碳青霉烯类大肠埃希菌(CRECO)抗菌活性的影响。方法 收集分离的CRECO 20株,采用肉汤稀释法测定抗菌物质青蒿琥酯(ASN)、左氧氟沙星(LEV)、头孢他啶(CAZ)、亚胺培南(IMP)最小抑菌浓度(MIC)。用棋盘法测定ASN与LEV、CAZ、IMP协同抗菌活性;用细菌生长曲线法观察不同处理组CRECO临床菌株(E5)生长的情况;用RT-PCR检测外排泵基因以及调控基因的表达。结果 抗菌物质ASN、LEV、CAZ、IMP的MIC50分别为>8 192、64、2 048、32μg/mL。协同抗菌试验显示:ASN (1 024μg/mL)与LEV联用时,LEV的MIC50由64μg/mL降至16μg/mL (即1/4 MIC50),联合作用效果以协同为主;与CAZ联用时,CAZ的MIC50由2 048μg/mL降至1 024μg/mL (即1/2 MIC50),联合作用效果以相加为主。生长曲线显示,ASN联合LEV能有效抑制CRECO生长,曲线走向平缓。20株菌株全部携带外排泵基因AcrA和AcrB基因。RT-PCR结果显示ASN联合LEV可降低外排泵基因AcrB表达。结论 ASN对CRECO无抗菌活性,但ASN联合LEV能有效增强抗生素的抑菌作用,其协同抑菌机制与降低外排泵基因AcrB表达相关。

产金属β内酰胺酶大肠埃希菌感染3例

耐碳青霉烯类革兰阴性杆菌(CRGNB)的传播是一个全球性的公共卫生问题。CRGNB分离株通常具有广泛的耐药性,导致抗菌治疗选择有限,死亡率升高。在美国,碳青霉烯类耐药肠杆菌目细菌(CRE)每年引起超过13000例感染,并导致超过1000人死亡。CRE是指至少对一种碳青霉烯类抗生素耐药或产生碳青霉烯酶的肠杆菌目细菌,分为非产碳青霉烯酶和产碳青霉烯酶两类[1]。常见的碳青霉烯酶包括肺炎克雷伯菌碳青霉烯酶(KPC)、新德里金属β内酰胺酶(NDM)、亚胺培南水解金属β内酰胺酶(IMP)、维罗纳整合子编码的金属β内酰胺酶(VIM)和苯唑西林酶(OXA-48)。NDM是肠杆菌科细菌中最常见的金属酶,主要见于大肠埃希菌、阴沟肠杆菌。我国碳青霉烯类耐药大肠埃希菌中产NDM比例超过70%,以NDM-1/5为主[2]。在制定抗感染方案时,除了考虑病原菌对抗菌药物的敏感性,还需要考虑抗菌药物在感染部位的组织浓度。本研究对福建医科大学附属泉州第一医院收治的产金属β内酰胺酶大肠埃希菌所致腹腔感染、尿路感染、骨髓炎的3个病例进行回顾性分析,总结其临床特征,为临床诊治提供参考。

新生儿晚发型大肠埃希菌败血症的危险因素分析及风险预警模型的构建

目的探讨新生儿晚发型大肠埃希菌败血症的危险因素,并构建新生儿晚发型大肠埃希菌败血症的列线图模型。方法选取2021年1月至2023年7月安徽医科大学附属阜阳人民医院收治的226例新生儿作为模型组,另收集2021年8月至2023年10月同院收治的100例新生儿作为验证组。采用Logistic回归分析新生儿晚发型大肠埃希菌败血症的危险因素,采用R软件构建新生儿晚发型大肠埃希菌败血症的列线图模型,并进行模型验证。结果与无晚发型大肠埃希菌败血症组相比,晚发型大肠埃希菌败血症组胎龄较小、机械通气占比高、出生体重较低、肠外营养占比高、胎膜早破时间长、长时间抗生素暴露占比高,差异均有统计学意义(χ^(2)/t值介于6.089~11.605之间,P<0.05);Logistic回归分析结果显示,胎龄<37周、机械通气、低出生体重、肠外营养、胎膜早破时间较长及长时间抗生素暴露等是新生儿晚发型大肠埃希菌败血症的危险因素,其OR值及95%CI分别为4.031(1.492~10.982)、3.064(1.306~7.188)、3.262(1.200~8.873)、2.852(1.092~7.450)、1.517(1.275~1.806)、2.947(1.216~7.140),P<0.05;模型组和验证组的校正曲线均显示预测值与实际值基本吻合;模型组的受试者工作特征(ROC)曲线下面积是0.856(0.820~0.892),验证组的曲线下面积是0.846(0.800~0.893);模型组及验证组的决策曲线显示阈值概率分别是1%~100%、1%~98%时,列线图预测新生儿晚发型大肠埃希菌败血症的净获益值较高。结论胎龄<37周、机械通气、低出生体重、肠外营养、胎膜早破时间较长及长时间抗生素暴露等是新生儿晚发型大肠埃希菌败血症的危险因素,新生儿晚发型大肠埃希菌败血症的列线图模型具有较高的准确性及临床应用价值。

禽源大肠埃希菌氟喹诺酮类药物耐药研究进展

氟喹诺酮类药物是家禽养殖中常用的抗菌药物之一。近年来,氟喹诺酮类药物在禽养殖业中的广泛过度使用导致大肠埃希菌耐药菌株出现,且该细菌对此类药物的耐药性愈发严重,耐药谱不断扩大;耐药机制越来越复杂,主要通过染色体介导、外排系统介导、膜通透性降低和质粒介导4种作用机制;耐药检测技术得到不断发展,目前已有药物敏感试验以及基因芯片、PCR、荧光原位杂交、全基因组测序、宏基因组测序等多种检测方法。针对当前日趋严峻的大肠埃希菌耐药形势,需要大力开展细菌耐药性监测,开发中药、喹诺酮类杂化物等新型药物;通过加强宣传教育,完善监测预警体系,指导合理用药;采取“减抗替抗”等综合防控措施,积极应对细菌耐药性问题。本文以4种常见的氟喹诺酮类代表药物恩诺沙星、环丙沙星、氧氟沙星、萘啶酸为例,综述了该类药物在禽源大肠埃希菌中的耐药进展状况,及其耐药作用机制、检测方法及防控措施研究进展,以期为保障食品动物安全和公共卫生安全提供依据。

江苏省某监测点家畜来源肠致病性大肠埃希菌分离株分子特征分析

目的分析江苏省某监测点家畜来源肠致病性大肠埃希菌分离株分子特征,进而评估其潜在的致病性,为感染性腹泻的监测与防控提供依据。方法采用全基因组测序技术对江苏省某监测点分离的家畜来源的37株肠致病性大肠埃希菌(EPEC)菌株进行特征性分析。结果本地家畜来源的EPEC均为非典型EPEC(aEPEC),其血清型多样,携带多种与腹泻相关的毒力基因,有9种ST型且具有区域性流行特征,eae基因包含有5种亚型,β1为优势亚型,其在腹泻病人中也最为常见。结论aEPEC对公众健康构成潜在威胁,应在感染性腹泻的监测工作中,加强对家畜粪便及养殖环境的监测。

某三甲医院细菌耐药健康及经济负担研究——以产超广谱β-内酰胺酶大肠埃希菌为例

目的 细菌耐药是全世界共同面对的公共健康难题,产生了严重的健康及经济威胁。本研究从医院视角进一步明确产超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)大肠埃希菌感染导致的健康及经济负担,以期为细菌耐药相关政策干预的评估与优化提供实证依据。方法 选取江西省某三甲医院出院时间在2018—2019年的170,819住院人次样本为研究对象,并设置了ESBLs阳性感染组、ESBLs阴性感染组和无感染及定植组。采用倾向得分匹配(propensity score matching, PSM)对3个组进行1:1:100匹配,并采用Cox比例风险回归模型、多状态模型分别测算ESBLs阳性感染组相对于两对照组的死亡风险比(hazard ratio, HR)和额外床日数,最终基于医院视角测算额外住院成本。结果 经匹配后纳入分析的ESBLs阳性感染组、ESBLs阴性感染组和无感染及定植组的样本分别为885、885和81,245住院人次。ESBLs阳性感染组的死亡风险是无感染及定植组的2.58倍(P<0.001),同ESBLs阴性感染者相比并未显著增大患者的死亡风险(P=0.25)。ESBLs阳性感染组相较于其无感染及定植组和ESBLs阴性感染组产生的额外床日数分别为每例3.69 d和1.92 d,对应的额外住院成本为每例6,570.12元和3,418.60元。结论 产ESBLs大肠埃希菌感染会增加患者死亡风险,延长住院时间并加重患者的经济负担,应采取措施进行防控。

产ESBLs大肠埃希菌的临床分布和耐药率分析

目的 描述产超广谱β-内酰胺酶大肠埃希菌(ultraspectrum β-lactamase Escherichia coli,ESBL-EC)的感染患者信息、临床分布等特征,分析ESBL-EC耐药情况,为医院感染防控提供依据。方法 选取2017—2022年厦门市第三医院住院患者中确诊为ESBL-EC感染的病例,收集患者及ESBLEC菌株信息,分析其感染情况、临床特征及耐药性。结果 共确诊ESBL-EC感染患者929例,社区感染与医院感染的性别、年龄比较,差异有统计学意义(P<0.001)。ESBL-EC检出率为38.52%,检出率呈逐年上升趋势(P <0.001)。ESBLEC主要来源于普外科(19.38%)。ESBL-EC主要分离自尿液(43.38%)。ESBL-EC对氨曲南、呋喃妥因、复方新诺明、头孢唑林、头孢吡肟、妥布霉素6种抗菌药物,耐药率整体呈下降趋势,差异有统计学意义(P<0.05);对环丙沙星、头孢他啶、庆大霉素3种抗菌药物的耐药率呈上升趋势,差异有统计学意义(P<0.05)。医院感染ESBL-EC对氨苄西林、氨苄西林/舒巴坦、呋喃妥因、环丙沙星、庆大霉素、头孢菌素、妥布霉素、左氧氟沙星的耐药率均高于社区感染,差异有统计学意义(P<0.05)。结论 ESBL-EC检出率呈逐年增高的趋势。ESBL-EC耐药形势较为严峻,应加强各项感染防控措施,降低交叉感染风险;合理使用抗菌药物,减少ESBL-EC耐药菌株产生。

河南省人源和食源多重耐药致泻大肠埃希氏菌耐药特征与基因组分析

目的了解河南省临床和食品来源中多重耐药的致泻大肠埃希氏菌的耐药性和基因组特征.方法对2017-2022年河南省分离的101株多重耐药致泻大肠埃希氏菌,通过微量肉汤稀释法进行抗生素敏感性实验.基于全基因组测序结果分析其耐药基因、多位点序列分型、质粒类型并基于核心基因组单核苷酸多态性位点(cgSNPs)构建系统发育树.结果101株多重耐药的致泻大肠埃希氏菌对氨苄西林、四环素、萘啶酸的耐药率最高,分别为87.1%、79.2%、64.4%;对头孢噻肟的耐药率为38.6%.全基因组测序数据表明:101株分离株可被分为60种ST型,其中ST10、ST1491、ST38是优势型别;101株分离株共预测出23种质粒类型,其中携带率最高的类型为IncFIB.分离株携带喹诺酮类、氨基糖苷类、βG内酰胺酶类、四环素类等多种耐药基因,其中超广谱βG内酰胺酶基因bla_(CTX-M-14)和bla_(CTX-M-55)上下游遗传环境中均存在插入序列(IS26、IS903B、ISECP1).结论河南省人源和食源多重耐药的致泻大肠埃希氏菌具有较高的遗传多样性,整体耐药水平较高,其bla_(CTX-M)基因的传播可能与插入序列(IS)有关.

肠侵袭性大肠埃希菌噬菌体DK-13的生物学特性及应用

【目的】筛选并分离出能裂解肠侵袭性大肠埃希菌噬菌体,分析其生物学特性,并探究其对污染猪肉的杀菌作用。【方法】采用双层平板法分离鉴定噬菌体,并测定其最佳感染复数,一步生长曲线等,对其基因组进行测序分析以及裂解功效的测定。【结果】从医院污水中分离鉴定能特异裂解肠侵袭性大肠埃希菌(Enteroinvasive Escherichia coli,EIEC)的噬菌体并命名为DK-13,其呈典型的蝌蚪状外形,包含一个正二十面体的头部和一个可收缩的螺旋对称的尾部,属于肌尾噬菌体科(Myoviridae)噬菌体;生物学特性表明:最佳感染复数为0.01,潜伏期约为10 min,裂解期约为70 min,噬菌体DK-13能在50℃,pH 5.0-10.0条件下存活。全基因组测序表明,噬菌体基因组长约172 275 bp,GC含量为40.18%,预测其共有293个开放阅读框(open reading frames,ORF),未发现已知耐药基因和毒力基因。应用试验表明:被污染的猪肉中表现的杀菌效果良好,宿主菌的数量明显减少。【结论】分离并鉴定一株新的烈性噬菌体DK-13,DK-13具有潜伏期短、裂解效率高等优势,在食品安全方面具有很大应用潜力。

三叶片抑制金黄色葡萄球菌和大肠埃希菌作用的关键组分挖掘

目的 挖掘三叶片发挥抑制金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus,S.aureus)和大肠埃希菌(Escherichia coli,E.coli)作用的关键组分。方法 采用16S rRNA测序技术,在高脂饮食小鼠模型上评价三叶片对肠道菌群的调节作用及对肠道中致病菌S.aureus、E.coli的抑制作用。采用牛津杯法测定三叶片、不同药物组合及其单味药对S.aureus和E.coli的体外抑菌活性,挖掘三叶片中发挥抑菌作用的关键组分,并采用琼脂稀释法研究三叶片及其关键组分对两种致病菌株的最小抑菌浓度(MIC)。结果 菌群测序结果显示,三叶片可以上调高脂饮食小鼠肠道菌群物种丰富度和多样性,降低菌群中包括S.aureus、E.coli等致病菌的丰度。体外抑菌结果显示,三叶片、丹参赤芍组合以及丹参、赤芍组分对上述细菌均有显著的抑制作用。其中三叶片对S.aureus的MIC为0.781 25 mg·mL^(-1),对E.coli的MIC为3.125 mg·mL^(-1)。丹参赤芍组合对S.aureus的MIC为0.25 mg·mL^(-1),对E.coli的MIC为3.125 mg·mL^(-1)。三叶片中丹参组分可显著抑制S.aureus,其MIC为0.125 mg·mL^(-1);赤芍组分对E.coli的抑制作用优于其他组分,其MIC为3.125 mg·mL^(-1)。结论 三叶片能够抑制常见的肠道致病菌如S.aureus和E.coli,该方中丹参为抑制S.aureus的关键组分,赤芍为抑制E.coli的关键组分。

血培养大肠埃希菌的耐药特点、毒力基因分布及种系分型

目的检测并分析血培养大肠埃希菌的耐药特点、种系分型和毒力基因分布。方法收集我院2019年1月1日至2020年12月13日连续且非重复血培养大肠埃希菌。采用微量肉汤法测定大肠埃希菌对17种抗菌药物的敏感性;水煮法提取细菌基因组DNA,采用PCR法检测arpA、chuA、yjaA、TspE4C2、ArpAgpE和trpAgpC基因以确定细菌的种系分型;采用多重PCR法检测毒力基因iutA、fimH、fyuA、kpsMTⅡ、cnf1、cvac、hlyA、traT、kpsMTⅢ和PAI;使用卡方检验分析种系分型之间的耐药率及毒力基因分布差异。结果270株血培养大肠埃希菌对头孢曲松、复方新诺明、氨苄西林、氨苄西林/舒巴坦、头孢唑林和环丙沙星的耐药率较高,均大于50.0%;对亚胺培南、厄他培南、阿米卡星和哌拉西林/他唑巴坦的敏感性较高,耐药率均低于5.0%。在种系分型方面,最常见的型别是B2型和D型,分别占总数的38.0%和16.2%,而E型和隐分支Ⅰ型占比<1.0%,较为少见。毒力基因分析发现,fimH和fyuA基因的分布率最高,均在99.0%以上,而kpsMTⅢ、hlyA和cvaC 3种基因的分布率较低,均低于20.0%。卡方检验显示,毒力基因iutA、fimH、fyuA、kpsMTⅡ、cnf1、PAI在B2型的分布显著高于非B2型(P<0.05),且B2型携带的iutA、fyuA、kpsMTⅡ、cnf1、PAI基因显著高于D型(P<0.05)。结论在治疗引起血流感染的大肠埃希菌时,应慎用头孢曲松、复方新诺明、氨苄西林、氨苄西林/舒巴坦、头孢唑林和环丙沙星等药物。血流感染的大肠埃希菌为B2型时,应同时进行中段尿培养以确认感染源并监测治疗的成功率。

基于CRISPR序列的致泻性大肠埃希菌跨种传播风险机器学习模型构建

【目的】基于CRISPR序列信息应用机器学习模型预测致泻性大肠埃希菌感染人的潜在风险,并以此识别具有人兽共患风险的高危菌株。【方法】从Enterobase数据库批量获取806株中国分离的致泻性大肠埃希菌基因组序列信息,提取CRISPR位点的间隔序列构造特征,建立机器学习模型并使用交叉验证评价机器学习模型的预测效果。使用最佳模型输出致泻性大肠埃希菌的感染风险,并比较不同动物来源分离株对人的潜在感染风险。【结果】从806株菌株中共获取1093个间隔序列簇,人源分离株独有间隔序列簇为196个,动物源分离株独有间隔序列簇为291个,其中606个二者共享,线性判别分析发现人源和动物源菌株的间隔序列簇分布存在明显差异。以间隔序列簇作为特征,成功构建随机森林模型、逻辑斯谛回归模型、支持向量机模型和梯度提升树模型4种机器学习模型,其宿主预测准确率均超过0.82,受试者工作特征曲线下面积(area under receiver operating characteristic curve,AUC)值均接近0.9。最终确定随机森林模型的分类效果最佳,优化后模型预测准确率为0.844,AUC值为0.915。根据最佳模型输出的致泻性大肠埃希菌的感染风险,猪源分离株感染人的风险最高,羊源分离株感染人的风险较低,极少数禽源分离株可能具备感染人的潜力。【结论】基于间隔序列构建的机器学习模型对具有人兽共患风险的致泻性大肠埃希菌具备一定的识别能力,该模型为传染性疾病防控提供了新思路。

兔源肠致病性大肠埃希菌全基因组测序及毒力和耐药基因分析

目的揭示一株从腹泻实验兔中分离到的肠致病性大肠埃希菌ILAREc-01的基因组特征、毒力基因和耐药基因分布情况。方法采用高通量测序法对基因组序列进行测定,采用VFDB、ARDB、CAZy、SWISS-PROT、COG、CARD、KEGG、T3SS等8个数据库对基因组中的基因功能进行预测,并且对ILAREc-01菌株进行了遗传进化分析。结果ILAREc-01基因组中编码5249个基因;CARD数据库分析表明ILAREc-01菌株具有7类耐药机制的59个耐药基因;通过VFDB数据库分析,在ILAREc-01中注释了553个毒力基因,并发现了肠细胞脱落位点毒力岛(LEE);ILAREc-01与FORC028、E2865和110512株具有较高的同源性。结论本研究进行了兔源肠致病性大肠埃希菌ILAREc-01的全基因组测序,完成了毒力基因和耐药基因的注释,并开展了遗传进化分析,为揭示该病原的致病机制和科学防控实验兔大肠埃希菌病提供了数据支撑。

汉中地区仔猪腹泻性大肠埃希氏菌的分离鉴定及生物学特性研究

为分析汉中地区仔猪腹泻性大肠埃希氏菌的血清型及耐药性等情况,2021-2022年采集汉中地区腹泻仔猪肛拭子及粪便样本72份,分离培养后经生化试验、16S rRNA PCR鉴定、O血清型鉴定及药物敏感性试验。结果显示,分离到58株大肠埃希氏菌;58株大肠埃希氏菌包含12种血清型,其中主要的流行血清型为O80、O138、O141;58株大肠埃希氏菌对氨苄西林、红霉素、氯霉素、克林霉素、四环素、环丙沙星、头孢噻吩、头孢曲松、阿米卡星9种药物的耐药率在50%以上。研究结果可为汉中地区有效防治仔猪大肠埃希氏菌病提供科学依据。

大肠埃希菌中表达多聚纳米抗体研究进展

利用大肠埃希菌(Escherichia coli)生产的多聚纳米抗体已经广泛应用于医疗诊断、治疗、食品检测等方面的研究。通过特定多聚体结构域与纳米抗体重组融合从而形成多聚体纳米抗体,具有可提高纳米抗体的稳定性、亲和力、抗水解能力,延长血清半衰期和增加检测灵敏度等优点。本文回顾总结了多聚化纳米抗体的形成机制、类型、功能以及研究的最新进展,综述其在抗肿瘤抗病毒的作用以及作为“探针”诊断疾病、检测食品、环境痕量污染物的应用,为多聚体纳米抗体应用于疾病治疗、诊断、检测试剂研发提供思路。