超声联合血浆游离DNA大规模平行测序无创产前筛查胎儿染色体异常的研究

目的利用超声及孕妇血浆游离DNA大规模平行测序(MPS)对高龄孕妇进行产前筛查,评价联合两种方法进行无创产前筛查胎儿染色体数目异常的灵敏度、特异度。方法选择≥35岁的高龄孕妇,进行产前超声筛查,并利用MPS方法检测孕妇血浆游离DNA。检测结果通过核型分析和产后随访得到验证。结果本研究共收集有效样本550例,超声联合孕妇血浆游离DNA MPS检测,共发现24例超声异常者,17例MPS异常者,经核型分析确诊14例胎儿染色体数目异常,包括6例T21,5例T18,1例47,XXY,2例Chr X-。联合筛查总检出率达5.8%,较单项筛查检出率增高,灵敏度100%,特异度96.64%,假阳性率3.36%。结论对于高龄孕妇联合超声筛查及孕妇血浆游离DNA MPS检测,可以提高产前筛查检出率,具有较高的灵敏度和特异性,同时还具有较低的假阳性率,联合利用可以提高诊断率。

大规模发掘及分型SNP技术平台的建立

目的 :建立发掘未知单核苷酸多态性 (singlenucleotidepolymorphisms,SNPs)和已知SNPs分型的技术平台。方法 :运用PCR产物双向大规模测序的方法发掘未知SNPs;运用基于聚合酶链反应 -限制性片段长度多态性 (poly merasechainreaction restrictionendonucleasedigestion ,PCR RFLP)、TaqMan技术对已知SNPs进行分型。结果 :建立了基于PCR产物双向大规模测序发掘未知SNP的技术平台 ,并以此在 2 7个个体的 6 9个乙型肝炎候选易感基因区域检测到 5 92个SNPs,核苷酸变异度为 (4 .5 1± 1.2 4 )× 10 - 4;建成基于PCR RFLP和TaqMan的SNP分型技术平台 ,这两种方法与直接测序法比较 ,PCR RFLP的检出率达到 10 0 % ,错误率几乎为 0 ,并且操作简单 ,成本低廉 ;TaqMan分型技术的检出率也可达到 10 0 % ,与测序结果的一致性达到 10 0 % ,并且过程简单、易于操作 ,结果直观 ,易于判断 ,也能快速得到结果。结论 :基于PCR产物双向大规模测序发掘未知SNPs的技术平台成熟可靠 ,适于准确、大规模地发掘未知SNPs;PCR RFLP技术和TaqMan分型技术均适用于今后大规模正常人群和疾病人群的SNPs分型 ,为进行关联分析以确定疾病相关的SNPs奠定了坚实的技术基础。

新一代测序技术的研究进展

大规模DNA测序技术是揭秘人类和其它生物遗传密码的重要技术,在分子生物学和基础医学领域有广泛应用。第二代测序技术的出现使DNA测序的通量大幅提高,测序的成本大幅下降,原来只有在大型测序中心才能完成的测序任务现在已经可以在更多的实验室展开。但是,早期的第二代测序技术仍然存在诸如文库构建过程复杂、测序成本依然较高等缺点。为了克服上述缺点,近三年发展了几种新的第二代和第三代测序技术,这些技术不仅继承了早期第二代测序技术通量高的优点,而且在文库构建等方面取得了重要突破,进一步简化了测序操作,降低了测序成本,缩短了测序时间。本文就几种最新的大规模测序技术的原理、特点与发展趋势进行简要介绍。