乙型肝炎病毒大S蛋白基因纵向研究方法及应用

目的:建立乙型肝炎病毒(HBV)大S蛋白基因纵向研究方法,并将其应用于疾病进程中HBV的准种动态研究.方法:以2例HBV感染者(对象A,男,38岁;对象B,女,22岁.对象A研究期间未经任何抗病毒治疗,B则1年持续接受ADV抗病毒药物治疗)体内不同时期的血清样本核酸提取物为模板,通过特异性扩增获取病毒大S蛋白基因序列并克隆测序,依据生物信息学方法对发生于序列结构不同区域的变异进行分析,利用比对数据对不同样本HBV准种予以描述与评价.结果:所得24条HBV大S蛋白基因序列中2条源于对象B样本的基因序列PreS2编码区存在30nt的缺失,其余22条序列大小均为1203bp;24条序列的HBV基因型均为C型.对象A大S蛋白基因序列分散值DA、DB、DC分别为:0.29、0.16、0.23,对象B则为0.80、2.30、1.82.来自对象A的全部10条HBV大S蛋白基因序列内部的"a"决定簇与参考基因完全一致;对象B的14条序列期初有2条(29%)期终有6条(86%)存在G145R突变,期终序列中有1条序列"a"决定簇内发现4个位点的突变.结论:人体内感染HBV以准种形式存在且可以用分散值DA、DB、DC对其进行描述,并应用于HBV准种动态的纵向研究.而抗病毒药物ADV的1年期治疗可使本例HBV准种分散性增高,可能增加本例耐药性突变出现的风险,同时增加本例"a"决定簇的变异出现.

不同基因型HBV大S蛋白生物信息学初步比较分析

目的对不同基因型HBV的大S蛋白进行生物信息学比较研究，并分析其意义。方法从Gen—Bank中获取不同基因型（A～J）HBV的大S蛋白核苷酸与氨基酸序列，采用Clustal X，Bioedit软件进行核苷酸和氨基酸序列比对，计算核苷酸和氨基酸同源性，应用在线软件TMHMMv2．0以及AntheProt5．0软件分析大S蛋白跨膜区、信号肽与二级结构。结果不同基因型大S蛋白基因核苷酸同源性为83．0％～95．3％，氨基酸同源性为79．5％～95．5％；preS1功能结构域（氨基酸1～75）含有多个高变异位点（氨基酸3、氨基酸28、氨基酸40、氨基酸43和氨基酸73）；S蛋白有4次跨膜，S蛋白膜外功能结构域（氨基酸99～172）较保守，含有多个保守的半胱氨酸残基位点；S蛋白中存在潜在信号肽结构，氨基酸27和氨基酸98为潜在信号肽断裂位点；不同基因型大S蛋白均富含潜在仪螺旋、B折叠和卷曲结构。结论不同基因型HBV大S蛋白中差异较大区域是preS1，而S区相对较保守，为抗HBV药物设计、基因工程疫苗改良和HBV的致病机制等的研究提供依据。

HBV基因型分析及B/C型共感染的血清病毒种群分析

为了解HBV大三阳青年妇女的HBV基因型及体内病毒种群特征,从19～35岁青年妇女HBV感染者血清样本中筛选出24例HBV血清学标志物检测结果为大三阳的样本进行HBV基因分型检测,14例为B型,9例为C型,1例为B/C基因型共感染。对14例大S蛋白基因通过特异性扩增、序列克隆和测序确认的分型结果与分型检测一致。发现的1例B/C共感染样本来自阿德福韦酯抗病毒治疗35周患者,大S蛋白基因序列分析显示10条序列中4条为B型,准种分散值为2.8;其6条为C型,准种分散值为0.6。α决定簇分析该患者体内病毒种群包含3种血清型。病毒种群分析结果提示本地区青年妇女HBV感染的基因型主要为B型和C型,B/C基因型共感染患者体内HBV病毒种群呈复杂的多基因型分布,不同基因型内部以准种形式存在。