基于WGCNA挖掘天津猴鸡裸颈性状相关基因

天津猴鸡是中国珍贵的裸颈鸡遗传资源,为在全基因组范围内探究其裸颈发育相关基因,本研究采集天津猴鸡杂交F_(1)代裸颈鸡和常羽鸡颈部皮肤组织用于转录组测序。加权基因共表达网络分析(WGCNA)结果显示,识别到的10个基因模块中只有蓝绿色(turquoise)和蓝色(blue)基因模块与裸颈表型显著相关,共计583个基因;GO功能富集分析富集到脂滴组织、甘油三酯储存负调控以及肌肉收缩等脂肪和肌肉相关生物学过程等条目;KEGG通路分析也富集到多条脂肪代谢相关通路,包括PPAR信号通路和甘油酯代谢等;蛋白质互作网络分析结果显示ACTN2基因编码的蛋白质的连通性最高,其次是MYL10基因编码的蛋白质,另外,还发现多个密切参与毛囊发育的基因,包括SOX9和PPARGC等。本研究结果将为进一步揭示并完善鸡裸颈的形成和发育奠定基础,同时对天津猴鸡的保护、开发和利用具有重要意义。

基于简化基因组测序的天津猴鸡遗传进化研究

为从基因组水平探究天津猴鸡群体遗传进化过程中的选择信号,补充完善地方鸡种选择信号图谱,发掘天津猴鸡的重要种质特性基因,试验根据纬度分布、遗传关系等条件筛选包括天津猴鸡群体在内的20个地方鸡种及2个引进鸡品种作为研究对象,利用简化基因组测序技术开展基因组测序,分析比较天津猴鸡群体与其他鸡种群体的遗传差异,并对进化过程中受到选择的基因进行基因功能注释。结果显示:在天津猴鸡群体中检测出265869个SNP标记;遗传结构上天津猴鸡群体与狼山鸡等聚为一类,亲缘关系较近;受选择基因主要参与氨基酸生物合成、细胞内信号转导以及神经系统发育等通路或生物学过程;检测到6个与种质特性相关的受选择基因,与神经系统发育、激素调节和抗热应激等生理功能紧密相关。研究结果部分揭示了天津猴鸡的裸颈性状形成和抗热应激特性,为天津猴鸡的保护和种质特性评价提供重要理论依据。