天然脱氧核糖核酸分子中碱基价键的振动变化

天然脱氧核糖核酸分子中碱基价键的振动变化余多慰，柯惟中（南京师范大学南京２１００９７）ＲａｍａｎＣｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃＡｎａｌｙｓｅｓｏｆＴｈｅＴｗｏＣｏｖａｌｎｅｃｅＢｏｎｄｓｂｙＴｈｅＢａｓｅＳｌｄｅｏｆＧｌｙｃｏｓｉｄｌｃＢｏｎｄｉｎＤＮ...

高效液相色谱-电化学检测法测定脱氧核糖核酸分子氧化损伤标志物8-羟基脱氧鸟苷

采用螯合剂 Fe2 + H2 O2 作为Fenton型反应的氧化源 ,与小牛胸腺脱氧核糖核酸反应生成 8 羟基脱氧鸟苷 ( 8 OhdG) ,建立脱氧核糖核酸 (DNA)分子氧化损伤的体外反应模型 ,用高效液相色谱 电化学检测方法对 8 OhdG进行定量。建立的方法灵敏度高 ,最低检出限 30fmol,线性范围宽 ,从 0 .32pmol到3.2nmol,相关系数达 0 .9996,方法能够适用于生物体与细胞脱氧核糖核酸分子低水平氧化损伤的检测。

脱氧核糖核酸分子在高分子溶液3个不同浓度区间的电泳迁移行为

借鉴高分子亚浓溶液线团收缩理论 ,研究了脱氧核糖核酸 (DNA)片段在高分子溶液全浓度区间的电泳迁移行为。结果表明 ,在高分子稀溶液、亚浓溶液和浓溶液 3个不同浓度区间 ,DNA的电泳迁移行为各不同 ,DNA片段的分离在这 3个浓度区间也存在差异。

测定药物小分子与脱氧核糖核酸相互作用方法的研究进展

目的介绍测定药物小分子与脱氧核糖核酸相互作用方法的近年进展,为抗肿瘤药物的体外筛选以及新药设计提供参考。方法对9种分析技术在研究药物小分子与DNA相互作用机制的方面的基本原理、研究热点及其应用作了评述。结果小分子与DNA相互作用的模式较为复杂,归纳起来大致可分为非共价结合、共价结合和剪切作用3类。其中,非共价作用有3种方式:静电作用、嵌入作用和沟槽作用结论对于DNA靶向分子/DNA复杂体系的研究,必须综合运用各种方法和手段进行全方位的研究才能得到比较可靠的结论。

孔雀石绿在核酸表面分子的长距组装及其共振光散射法测定脱氧核糖核酸

研究了在表面活性剂十六烷基三甲基溴化铵(CTMAB)的存在下孔雀石绿与DNA作用的共振光散射光谱。加入DNA后,在pH9.5～10.0范围内,400nm和482nm处出现增强的共振散射峰。考察了影响因素和最佳反应条件的选择,据此拟定了一种DNA的纳克级测定方法。此方法灵敏度高,干扰小,检测限低,实验结果令人满意。

脱氧核糖核酸分子标记在药材中的应用

目的了解脱氧核糖核酸(DNA)分子标记在中药材中的应用进展,对其在藻类、菌类、种子植物和动物类药材中的鉴定、遗传多样性研究、物种进化和亲缘关系的确定等方面进行综述,为中药材的研究提供新的方法和指导。方法对近几年来国内外该领域相关文献资料检索、分析、整理和总结。结果 DNA分子标记在该领域中有广泛的应用,给中药材的生产开发注入了新的活力,具有广阔的应用前景。结论 DNA分子标记作为中药材研究还有待发展和完善。

一种新型蚯蚓脱氧核糖核酸酶相对分子质量的测定

目的测定从蚯蚓组织中提取纯化的一种新型脱氧核糖核酸酶的相对分子质量。方法采用凝胶过滤层析法、十二烷基磺酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)法和基质辅助激光解吸附电离飞行时间质谱法三种方法测定一种新型蚯蚓脱氧核糖核酸酶(EWD1)的相对分子质量。结果凝胶过滤层析法、SDS-PAGE法和质谱法测定其相对分子质量分别为126440、136320和157190。结论EWD1由两个亚基组成,其相对分子质量最终确定为157190。

蚯蚓新型脱氧核糖核酸酶的相对分子质量测定

目的测定蚯蚓组织中一种新型脱氧核糖核酸酶(EWD3)的相对分子质量。方法采用凝胶过滤层析法、十二烷基磺酸钠-聚丙烯酰氨凝胶电泳法(SDS-PAGE)和基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法(MALDI-TOF-MS)3种方法测定一种新型蚯蚓脱氧核糖核酸酶(EWD3)的相对分子质量。结果凝胶过滤层析法、SDS-PAGE法和质谱法测定其相对分子质量分别为55080、58270和63460。结论凝胶过滤层析法和SDS-PAGE法可以常规粗略测定蛋白的相对分子质量,质谱法可以比较准确测定蛋白的相对分子质量,EWD3为单亚基蛋白,其相对分子质量约在55000￣65000之间。

从沃森-克里克发现DNA双螺旋分子结构说起——纪念《核酸的分子结构—脱氧核糖核酸的结构》发表60周年

60周年前的1953年，美国生物学家沃森（JD．W8tSOn．1928-）和英国物理学家克里克（FCrick，1916-）共同提出DNA双螺旋分子结构模型．并从分子层面阐明了DNA如何携带遗传信息及复制的机制，由此揭示了生命遗传的奥秘，奠定了分子生物学的基础。

三种方法测定蚯蚓脱氧核糖核酸酶(EWD_2)的分子量

目的用不同方法测定蚯蚓组织中一种新型脱氧核糖核酸酶分子量。方法采用凝胶过滤层析法、SDS-PAGE法和基质辅助激光解吸附电离飞行时间质谱法(MALDI-TOF)三种方法测定一种新型蚯蚓脱氧核糖核酸酶(EWD2)的分子量。结果凝胶过滤层析法、SDS-PAGE法和质谱法测定其分子量分别为62.16kD、62.08kD和69.075kD。结论EWD2为单亚基脱氧核糖核酸酶,其分子量在60-70kD。

Ru(phen)_2 dppx^(2+)光谱探针法研究道诺霉素与脱氧核糖核酸的相互作用

以核酸分子“光开关”Ru(phen)2dppx2+为探针,分别采用紫外-可见吸收光谱法和荧光光谱法研究了抗癌药物道诺霉素(daunomycin,DNM)与小牛胸腺DNA之间的作用方式,结果表明:DNM是以插入的方式与DNA相互作用。Scatchard方程的研究表明,Ru(phen)2dppx2+与小牛胸腺DNA的结合比为1∶4~1∶5;表观结合常数为2.58×107L/mol。DNM加入后,表观结合常数大大降低,这也表明道诺霉素主要是以插入方式与DNA结合。作为研究核酸分子的荧光探针,与溴化乙锭相比,Ru(phen)2dppx2+具有灵敏度高、毒性低、稳定性好、选择性好、使用方便等优点。

蚯蚓体内一组脱氧核糖核酸酶的酶学性质研究

目的:研究一组新型蚯蚓脱氧核糖核酸酶(earthworm desoxyribonucleases,EWDs)的主要生化性质。方法:采用SDS-PAGE、MALDI-TOF、紫外分光光度方法。结果:确定了EWD1,EWD2、EWD3(总称为:EWDs)的分子量分别为157.2kDa,69.1kDa和63.5kDa。37℃,pH4.6以小牛胸腺DNA为底物时,EWDs的Km值分别为1.58mg/ml,3.95mg/ml,1.52mg/ml;Vmax分别为5.36mg/(ml·min),2.87mg/(ml·min),4.89mg/(ml·min)。EWDs在55℃保温10min,酶活性完全丧失,在40℃以下酶活性都比较稳定。这3种脱氧核糖核酸酶最适pH值分别是5.2,4.4,4.8,酸性条件下较稳定。Mn2+,Ca2+是蚯蚓组织脱氧核糖核酸酶EWD1,EWD2,EWD3的抑制剂,Mg2+对EWD3有较明显的抑制作用。结论:蚯蚓组织中发现的脱氧核糖核酸酶EWDs具有独特的酶学特征,不同于已经发现的DNaseⅠ和DNaseⅡ,是种新型的脱氧核糖核酸酶,但其作用机理和分类有待于进一步的研究和归类。

光谱法研究氧氟沙星-铽络合物与脱氧核糖核酸的相互作用

以氧氟沙星 铽 (Tb3+ )作为荧光探针 ,利用荧光光谱、吸收光谱研究了氧氟沙星 铽 (Tb3+ )络合物与脱氧核糖核酸 (DNA)的相互作用。研究表明 :在实验条件下 ,脱氧核糖核酸能显著增强氧氟沙星 Tb3+ 体系的荧光 ,据此建立了脱氧核糖核酸的测定方法 ,线性范围为 5 .0× 1 0 - 6 ～ 1 .0× 1 0 - 4mol L ;检出限为 1 .7× 1 0 - 6mol L,通过人血清中DNA测定的回收率实验 ,结果令人满意。实验还表明 :氧氟沙星 Tb3+ 探针与DNA分子之间主要是沟槽式结合。

脱氧核糖核酸柔性的分子动力学模拟:Amber bsc1和bsc0力场的对比研究

脱氧核糖核酸(DNA)的结构柔性对DNA生物功能的实现具有重要作用,全原子分子动力学模拟是一种研究DNA结构柔性的重要方法.DNA的分子动力学力场在Amber bsc0基础上有了进一步的发展,即Amber bsc1.本文采用基于最新bsc1力场和先前bsc0力场的分子动力学模拟对DNA的宏观柔性和微观柔性进行对比研究,发现力场的改进对DNA宏观柔性参量的预测有一定改善,即所预测的拉伸模量和扭转-伸缩耦合比与实验值更为接近,而弯曲持久长度和扭转持久长度两种力场结果皆与实验值一致.微观分析发现,除了滑移量稍变大,bsc1力场得到的微观结构参量如扭转角和倾斜角与实验值更为接近,且新力场下DNA宏观柔性的改善与DNA的微观结构参量及其涨落紧密相关.

基体辅助激光解吸/电离飞行时间质谱在脱氧核糖核酸分析中的样品制备与纯化方法及进展

样品的制备与纯化是基体辅助激光解吸/电离飞行时间质谱(MALDITOFMS)能成功用于脱氧核糖核酸(DNA)分析的关键所在。近年来对DNA样品制备与纯化方法的探讨和改进已取得了一些新的进展。本文就此作一简要概述。

甲基紫6B共振光散射法测定脱氧核糖核酸

基于甲基紫 6B与脱氧核糖核酸在酸性条件下共振光散射的增强效应 ,建立了测定DNA的共振光散射法。在 pH值为 2 .0～ 3.0的三羟甲基氨基甲烷 -盐酸缓冲溶液中 ,甲基紫 6B与fsDNA、ctDNA分子作用后共振光散射增强 ,其强度增加值与DNA的浓度呈线性关系 ,线性范围分别为 0～ 1.0、0～ 1.5mg/L ,相关系数分别为 0 .9993、0 .9997,检出限分别为 15 .3、12 .2 μg/L ,用于DNA合成样品的测定 ,测定结果的精密度、准确度较高。

地龙脱氧核糖核酸酶的部分性质研究及作用初探

目的研究地龙体内两种新型脱氧核糖核酸酶(LDs)的部分生化性质,并对其作用进行初步探索。方法采用Sephacryl-200柱层析、毛细管等电聚焦电泳法、琼脂糖凝胶电泳等方法。结果初步得出LD1、LD2分子量为126、62kDa;确定了等电点分别为6.12、6.05。LD1、LD2对细菌质粒DNA、λDNA均有分解作用。结论地龙中的LDs是一种新型的脱氧核糖核酸酶。明确LDs的分子量、等电点有助于优化LDs的提取工艺以及LDs的进一步研究。对细菌质粒DNA、λDNA的降解提示LDs有可能对抗细菌的耐药性。