套式PCR检测恶性疟原虫Pfcrt基因76号编码多态性及RFLP分析

目的检测恶性疟原虫氯喹抗性转运基因 ( Pfcrt) 76编码多态性及其用该多态性显示恶性疟原虫对氯喹反应性进行评价。方法用套式 PCR/RFLP技术检测现场采集的滤纸血滴上恶性疟原虫 crt基因 76编码的赖氨酸野生型多态性及苏氨酸突变型多态性 ,并对恶性疟原虫的氯喹反应性进行体内法测定。结果 34份滤纸血样中 ,32份的恶性疟原虫 crt基因 76号编码为苏氨酸 (突变型 ) ,突变型比例为 94 .1 2 % ;34份血样中 2 1份做氯喹抗性体内观察 ,该 2 1个病例中 1 4份血样恶性疟原虫 crt基因 76号编码为突变型 ,体内法观察同样显示恶性疟原虫对氯喹有抗性 ,两种方法显示恶性疟原虫对氯喹有抗性的符合率为 66.67%。结论套式 PCR/RFLP检测 Pfcrt基因 76号编码多态性 ,其方法简便、快速 ,但其多态性对氯喹反应性的提示尚需进一步评价。

套式PCR检测斑节对虾白斑症病毒(WSSV)

解剖患白斑症斑节对虾的鳃组织 ,制备成不同稀释倍数的模板 ,对其进行白斑症病毒 (WSSV)的 PCR扩增 ,结果显示所建立的套式 PCR的灵敏度大约为一步 PCR的 10 4 倍 ;对感染病毒后不同时期的斑节对虾进行 PCR检测 ,发现感染早期经一步 PCR检测为 WSSV阴性的样品 ,套式 PCR的检测结果为阳性 ;对发病虾塘中的几种甲壳类动物进行 PCR检测 ,发现经一步 PCR检测为阴性的长臂虾、秉氏厚蟹和褶痕相手蟹等宿主 ,套式 PCR的检测结果为阳性。表明所建立的 WSSV套式 PCR检测法较普通的一步

牛支原体套式PCR检测方法的建立

为建立牛支原体检测方法,本研究采用牛支原体的oppD/F基因的两对特异性引物,建立了牛支原体的套式PCR检测方法。该套式PCR可以从100ccu/mL(color change unit颜色变化单位)的牛支原体培养物中检出目的片段;同时还可以从病牛肺脏、病牛鼻拭子中扩增出目的片段,而且结果与病原分离结果一致。特异性试验结果表明,该方法与其它支原体无交叉反应,是一种特异性强、敏感性高的牛支原体检测方法。

套式PCR检测奶牛粪便中隐孢子虫

为了检测样品中的微量隐孢子虫 ,从含有不同数量隐孢子虫卵囊的奶牛粪便中 ,直接提取DNA用作初始PCR(Initial PCR)模板 ,以稀释的初始PCR的产物为模板进行套式PCR(Nested PCR) ,用两对人工合成寡核苷酸分别作为两PCR的引物 ,扩增大小分别为 540pb、2 58pb的特异片段。PCR产物经电泳鉴定 ,可从阳性粪便标本DNA抽提物中扩增出目的片段 ,而阴性对照不能扩增目的片段 ;初始PCR、套式PCR的敏感小生最低可分别检测到含卵囊1 0 0、5个 /g粪便。初步应用结果表明某奶牛场的奶牛自然感染率为 1 6 4%。试验表明套式PCR的敏感性比普通PCR约高 1 0 0倍 。

套式／多重PCR方法应用于疟疾诊断与监测的初步评价

目的与镜检法比较评价标签引物-套式/多重PCR(UT-PCR)在疟疾监测中的应用价值。方法在海南、云南省恶性疟和间日疟混合流行区和广西疟疾控制区的疟疾监测中,采集初诊为疟疾或疑似疟疾的发热患者的血片与滤纸血样400份,在双盲条件下比较镜检法与UT-PCR的初检结果,对结果不一致的血片再次镜检复查,同时对其滤纸血样重复PCR2～3次;评估UT-PCR与镜检法的敏感性和特异性。结果400例发热患者血样中,镜检法初检检出疟原虫阳性234例,其中恶性疟125例,间日疟109例;UT-PCR检出疟原虫阳性235例,其中恶性疟124例,间日疟109例;恶性疟和间日疟混合感染2例。两法初检结果一致的血样占92.5%(370/400),其中阴性154例,阳性216例(间日疟117例,恶性疟99例)。复查25份初检结果不一致的血样,包括镜检阴性PCR阳性11例,镜检阳性PCR阴性10例,镜检为恶性疟PCR为间日疟3例,镜检为间日疟而PCR为混合感染1例,其中15份与UT-PCR的初检结果一致,7份"假阳性"原因不明,仅3份为PCR的假阴性。根据复查结果评估PCR的敏感性为99.6%,特异性为98.8%。结论采用更敏感的UT-PCR疟疾诊断方法有助于解决疟疾诊断与鉴别诊断中的疑难问题,提高疟疾监测的质量和效率。

猪圆环病毒2型套式PCR检测方法的建立及应用

根据GenBank登录的猪圆环病毒 2型 (PCV2 )的全基因组序列 ,设计了 2对引物 ,建立了检测PCV2的套式PCR方法。对该方法用序列分析、酶切等方法进行了鉴定。同时用该套式PCR方法对华南地区 2 87个猪场的 15 6 0份样品进行了检测 ,结果 ,983份为PCV2阳性 ,阳性率为6 3%。

Ⅰ型鸭肝炎病毒逆转录套式PCR检测方法的建立

根据GenBank中登录的Ⅰ型鸭肝炎病毒(DHV-Ⅰ)A66株的RNA聚合酶基因序列,设计合成了2对引物,建立了适合DHV-Ⅰ快速检测的逆转录套式PCR方法(RT-nested-PCR),采用该方法对DHV-ⅠA66弱毒株和R85952强毒株进行了检测。结果显示,均能扩增到304 bp的条带,而正常鸭胚、健康鸭肝组织、鸭瘟病毒、鹅细小病毒、禽流感病毒(H9亚型)、新城疫病毒、传染性腔上囊病病毒、减蛋综合征病毒、鸭源大肠杆菌、鸭疫里氏杆菌和鸭源多杀性巴氏杆菌的扩增结果均为阴性。该方法第1次扩增的敏感性是100 pg,第2次扩增的敏感性是1 fg,第2次比第1次扩增的敏感性高105倍。表明,所建立的逆转录套式PCR方法可用于鸭病毒性肝炎(DVH)的临床诊断、病料检测和分子流行病学调查等。

采用套式PCR检测水库产毒微囊藻

根据所测定的微囊藻毒素合成酶mcyB基因的部分核苷酸序列,设计并筛选出两对特异性引物,用于产毒微囊藻的套式PCR检测。套式PCR针对毒素基因的检测结果与ELISA针对微囊藻毒素的检测结果相一致,但灵敏度更高。套式PCR的检测下限达1—10个微囊藻细胞/反应。采用套式PCR对广东12个主要供水水库的247份水样进行了产毒微囊藻检测,共检出阳性水样82份,阳性率为33.2%。这些阳性水样分布于除深圳水库以外的其他11个水库;其中汤溪水库水样套式PCR检出阳性率最高,达67.4%,其水样一步PCR的检出阳性率亦达25.6%,值得引起水文部门重视,并进行进一步跟踪监测。

猪肺炎支原体套式PCR检测方法的建立及应用

根据GenBank中登录的猪肺炎支原体P36(L-乳酸脱氢酶)全基因序列,设计合成了2对引物,建立套式PCR方法。运用该方法对猪肺炎支原体不同菌株培养物进行了扩增,并对经肺内免疫猪支原体肺炎活疫苗后支气管肺泡灌洗液进行了检测。结果表明,不同菌种均能扩增出427 bp的目的条带,而其他病原菌未出现特异性扩增条带。建立的套式PCR方法检测猪肺炎支原体的最低检测限度为10个CCU(颜色变化单位)。支气管肺泡灌洗液检测结果表明,经肺内免疫的猪支气管肺泡灌洗液扩增结果均为阳性。

用半套式PCR检测蜱和啮齿动物中查菲埃立克体

目的 了解福建西北部林区查菲埃立克体 (Ehrlichiachaffeensis)的存在情况。方法 用 16SrRNA基因特异引物进行半套式PCR ,检测从福建武夷山和宁化采集的蜱类及野生动物中的查菲埃立克体DNA ,然后对有代表性的标本的扩增产物进行克隆和序列测定 ,并与GenBank中注册的核苷酸序列进行同源性比较。结果 从该地区的越原血蜱 ,野鼠(褐家鼠、黄毛鼠、黄胸鼠、社鼠、小家鼠 )和野兔的脾脏和 /或血块中均扩增出了查菲埃立克体的特异片段。越原血蜱成蜱 2 40组 (6 16只 ) ,31组阳性 ,最小阳性率 5 0 %。野鼠脾脏标本 39份 ,2 2份阳性。野鼠和野兔血块标本共 35份 ,14份阳性。 390bp的PCR产物经克隆、测序后分析发现其DNA序列与美国查菲埃立克体分离株对应位置一致。结论 福建西北部林区可能存在人单核细胞埃立克体病的自然疫源地。

RT套式PCR检测血浆HCV RNA及与抗HCV检测的比较

应用微量血清热变性法提取核酸 ,逆转录套式聚合酶链反应 (RT nestPCR)检测血浆HCVRNA ,并与抗HCVELISA检测结果比较 ,对HCVRNA阳性标本进行HGVRNA的筛查。结果在 32例抗HCV阳性和 2 0例抗HCV阴性血浆中 ,HCVRNA分别检出 18例和 2例 ,总符合率为 70 % ,2 0例HCVRNA阳性者中有 2例合并感染HBV ,1例合并感染HGV。

半套式PCR检测军团菌方法的建立及应用

目的 建立检测军团菌的分子生物学方法。方法 采用常规PCR对军团菌属 16SrRNA编码区域和嗜肺军团菌巨噬细胞感染增强子 (mip)基因编码区域进行扩增 ,同时采用半套式PCR对常规PCR的扩增结果进行确证。结果 采用常规PCR对军团菌属 16SrRNA编码区域进行扩增 ,5种军团菌 (包括 3种嗜肺军团菌 )扩增产物均可见6 5 4bp的特异性扩增带 ,非军团菌菌株PCR结果为阴性 ,采用半套式PCR对常规PCR扩增产物进行验证 ,扩增产物均可见 4 30bp扩增带 ;同时采用常规PCR对嗜肺军团菌mip基因编码区域进行扩增 ,3种嗜肺军团菌扩增产物均可见6 4 9bp扩增带 ,非嗜肺军团菌菌株均为阴性 ,采用半套式PCR对常规PCR扩增产物进行验证 ,3种嗜肺军团菌扩增产物均可见 399bp扩增带。敏感性为 10CFU/ml。并且应用此方法成功检测环境水样中分离的疑似军团菌菌株。结论 半套式PCR经济、简便、快速、敏感、特异 ,为军团菌的早期检测、环境监测。

逆转录-套式PCR鉴定福建省登革Ⅰ型病毒

目的检测急性感染者血清中的登革病毒,并判定其型别。方法从血清中提取病毒RNA,使用通用引物和型特异性引物,用逆转录-套式PCR方法扩增登革病毒特异性核酸片段,电泳后观察判定型别。同时还将扩增产物进行测序分析。结果用通用引物扩增5份标本,均出现511bp扩增带,在型特异性引物的扩增下均出现482bp的扩增带,初步判断为DVⅠ病毒。经测序分析进一步确定为DVⅠ病毒。结论运用此方法证实2004年福建省登革热流行系DVⅠ病毒引起。

套式/多重PCR诊断疟疾的敏感性、特异性和稳定性初探

目的提高标签引物-套式/多重PCR诊断疟疾的敏感性、特异性与稳定性。方法用滤纸法采集非疟疾发热病人血样30份及其他传染病(感冒,流感,伤寒,肝炎等)患者血样20份;抽取恶性疟和间日疟各1例患者血4m1,进行系列稀释制备不同疟原虫含量的感染血样;健康者血样作对照。用热裂解法制备DNA模板,用线粒体细胞色素氧化酶基因作为靶基因,应用相关软件和网络资源(PrimerPremier5.0,PUBMED,NCBI-BLAST和Mfold服务器)设计和优化标签引物-套式/多重PCR,并用于检测所采集制备的各种血样。结果间日疟与恶性疟患者血系列稀释为含1000、100、10和1个虫/μl后经标签引物-套式/多重PCR检测,恶性疟和间日疟患者各稀释含虫血样分别在611bp和255bp出现1条带,能检测到原虫密度均为1个虫/μl血;非疟疾发热病人血样30份及其他传染病患者血样均为阴性;健康者血样未出现扩增条带,每种血样反复测试3次以上均获得同样结果。结论经优化的标签引物-套式/多重PCR在疟疾诊断中具有较高的敏感性、特异性和稳定性。

猪传染性胸膜肺炎放线杆菌的套式PCR检测

根据猪传染性胸膜肺炎放线杆菌(Actinobacilluspleuropneumoniae,APP)apxⅣA毒素基因的序列,设计了两对特异性引物P1/P4和P6/P8,建立了检测APP全部15个血清型的套式PCR方法。对APP的15个国际标准血清型和国内的APP菌株进行了PCR检测,都能得到223bp的特异性扩增产物;检测的灵敏度可达1.3CFU,最低检出DNA浓度为9fg。

套式PCR直接检测印度腥黑穗病菌冬孢子

用印度腥黑穗病菌冬孢子制备模板DNA ,利用印腥特异性引物T3 /T6,T3 /T4和套式PCR(nestPCR)扩增技术直接检测印腥冬孢子 ,检测的灵敏度可达 1个冬孢子。检测时间缩短为 1天。这种简单、快速、灵敏、实用和准确的PCR检测技术适用于口岸印腥检疫的需要 ,解决了常规PCR检测中DNA制备需要萌发冬孢子和检测时间长的难题。

套式PCR检测蚊体内疟原虫的敏感性与特异性

目的：分析套式聚合酶链反应技术检测蚊体内疟原虫的敏感性与特异性。方法：采用２对针对间日疟原虫小亚单位核糖体核糖核酸基因（ＳＳＵｒＤＮＡ）的特异引物，利用套式ＰＣＲ技术，从蚊体ＤＮＡ样本中，扩增间日疟原虫ＳＳＵｒＤＮＡ片段，进行间日疟原虫的检测。结果：扩增产物经琼脂糖凝胶电泳分析，可见扩增出特异的约１２１ｂｐ大小的ＤＮＡ片段，估测每份蚊虫ＤＮＡ样本中含有３个以上子孢子或１００只蚊中含有１只阳性蚊即可得此片段，而对恶性疟原虫、食蟹猴疟原虫、约氏疟原虫及正常蚊虫ＤＮＡ不能扩增出此片段。结论：此法具有高度的敏感性和特异性。

中蜂囊状幼虫病病毒特异性半套式RT-PCR检测方法的建立及应用

基于中蜂囊状幼虫病病毒基因组序列AF469603中的RNA依赖的RNA聚合酶基因,建立该病毒的半套式RT-PCR检测方法。利用建立的方法检测有典型临床症状的病死中蜂幼虫,可扩增到特异的目的片段,序列分析得出,PCR扩增片段与AF469603同源性高于97%,与其他病原无同源性,表明该方法可用于临床诊断和流行病学研究。

利用半套式PCR扩增16S rRNA基因检测牛和猪附红细胞体

根据GenBank收录的猪和牛附红细胞体16SrRNA基因序列设计1对通用引物,在其上游引物内侧又设计1条分别针对猪和牛附红细胞体的特异性引物。以这4条引物对出现附红细胞体病典型症状及疑似症状的猪和牛的血样DNA进行半套式-PCR扩增。结果显示,该反应阳性率为58.3%,低于临床解剖和镜检结果。对该基因的序列测定结果进行分析,表明不同动物附红细胞体的16SrRNA基因同源性在80%以上。从该基因来看,附红细胞体与立克次氏体没有同源性,而与肺炎支原体和穿透支原体亲缘关系较近。