奥密克戎BA.2变异株感染者不同部位样本核酸阴转时间及影响因素分析

目的分析严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)奥密克戎BA.2变异株感染者不同部位样本的核酸阴转时间及其影响因素。方法采用实时荧光PCR序贯检测海军军医大学(第二军医大学)第一附属医院217例确诊为新型冠状病毒肺炎(COVID-19)且基因测序确认病毒株为奥密克戎BA.2变异株患者的鼻咽拭子、痰液和肛拭子SARS-CoV-2核酸,比较不同部位样本核酸阴转时间。采用分层分析及多元线性回归分析法探讨不同部位样本核酸阴转时间的影响因素。结果217例COVID-19确诊患者的年龄为32.0(24.0,50.5)岁,男128例(59.0%)、女89例(41.0%);无症状感染者8例(3.7%)、轻型184例(84.8%)、普通型21例(9.7%)、重型3例(1.4%)、危重型1例(0.5%);接受莫努匹韦抗病毒治疗者70例(32.3%)。鼻咽拭子、痰液和肛拭子的SARS-CoV-2核酸阴转时间分别是13.0(11.0,17.0)、16.5(13.0,21.0)、10.0(5.3,11.0)d,两两比较差异均有统计学意义(P均<0.001)。年龄≥60岁、合并基础疾病尤其是高血压、冠状动脉疾病或神经系统疾病、临床分型为普通型是鼻咽拭子标本核酸阴转时间延长的危险因素;男性、合并基础疾病是痰液标本核酸阴转时间延长的危险因素;男性是肛拭子标本核酸阴转时间延长的危险因素。多元线性回归分析显示,临床分型为危重型是鼻咽拭子SARS-CoV-2核酸阴转时间延长的独立危险因素(P<0.05),男性和合并基础疾病是痰液核酸阴转时间延长的独立危险因素(P均<0.05)。结论在奥密克戎BA.2变异株感染患者中,痰液标本核酸阳性持续时间最长、肛拭子最短;男性、合并基础疾病患者痰液标本核酸阴转时间较长。

广西钦州市一起由奥密克戎BA.2变异株引起的新型冠状病毒肺炎本土疫情流行病学特征

目的分析广西钦州市一起本地聚集性新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情的调查处置过程和流行病学特征,为今后的COVID-19疫情防控工作提供参考。方法收集本起疫情病例流行病学和临床表现信息、实验室检测结果和专题分析报告,采用描述性流行病学方法进行分析。结果本起COVID-19疫情自2022年3月12—24日共持续13 d,报告感染者97例。男性49例,女性48例;年龄中位数M(P25,P75)为32岁(17,44.5);无症状感染者79例,确诊病例18例。潜伏期中位数为3 d,潜隐期中位数为2 d。共排查出密接3841人,61人转为感染者,密接续发率1.59%。明确家庭内传播的疫情共8起,家庭续发率为65%(95%CI:20%~100%);涉及3起大规模聚集性疫情:娱乐会所包厢内聚集、婚礼聚餐、新居宴聚餐,罹患率分别为63.64%、9.38%、12.16%。疫情首先在娱乐会所包厢内暴发,最长的传播链至少传至5代。病毒基因测序显示为奥密克戎BA.2变异株。结论通过对一起新型冠状病毒奥密克戎BA.2变异株引起的聚集性疫情分析发现,早期采取措施对控制疫情有重要意义。

1起由奥密克戎BA.2引起的原因不明新冠肺炎本土聚集性疫情流行病学特征分析

目的通过分析1起原因不明新型冠状病毒肺炎(简称新冠肺炎)本土聚集性疫情流行病学特征,为下一步制定科学防控措施提供依据。方法通过回顾性调查方法对在2022年3-4月发生在海珠区12例本土聚集性疫情的发生原因、传播方式、疫苗接种效果及防控措施等因素,采用描述流行病学方法进行分析。结果这起疫情共报告12例感染者,均为确诊病例。临床表现:发热10例(占83.33%),咽痛7例(占58.33%),咳嗽7例(占58.33%),乏力5例(占41.67%),头痛或头晕4例(占33.33%),胃肠道症状2例(占16.67%),肌肉酸痛1例(占8.33%)。临床分型:轻症10例(占83.33%),普通型2例(占16.67%),无重症和死亡病例。发病时间最早为3月27日,最后1例为4月15日。发病高峰集中在4月8和10日,共5例(占41.67%)。病例最短潜伏期2 d,最长14 d,平均6.55 d。按聚集性分布,羊羊服装公司7例(占58.33%),广州市三中学校3例(占25.00%),家庭发病2例(占16.67%)。男女性别比为1∶3,发病年龄最小18岁,最大59岁,12例病例均为青壮年,其中21~<60岁为9例(占75.00%),18~<21岁为3例(占25.00%)。职业分布:职员最多,占58.33%,其次家务待业占25.00%,学生占16.67%。通过1∶3+匹配病例对照研究,对58名高风险密切接触者接种疫苗的发病比较,发病与未发病的疫苗接种率差异无统计学意义(χ^(2)=0.861,P>0.05)。用1∶1+匹配病例对照研究,对58名高风险密切接触者性别发病比较,发病的男女性别比与未发病的男女性别比之间的差异无统计学意义(χ^(2)=0.325,P>0.05)。结论这起疫情由奥密克戎BA.2引起,感染来源不明,存在隐匿传播。因此加强个人防护,发挥医疗单位、药房哨点作用和行业监测作用是新冠肺炎常态化防控十分必要的措施。

威海市一例输入性新型冠状病毒奥密克戎BA.2的全基因组测序分析

目的结合高通量测序技术和生物信息学技术,从新冠肺炎感染者咽拭子标本中直接测定病毒基因组序列,并从基因组水平上了解输入性新型冠状病毒(novel coronavirus 2019,2019-nCoV)的全基因组特征和变异情况,从而进行病毒的分型和溯源。方法选取1例威海市境外输入性2019-nCoV感染病例的咽拭子标本,采用2019-nCoV全基因组序列捕获结合NGS高通量测序技术进行全基因组测序。所得测序数据使用病毒变异分析软件,进行序列拼接和变异位点分析;对病毒进行分型,并构建进化树,追踪病毒的潜在来源。结果成功获得2019-nCoV的全基因组序列,基因组全长29808 bp,平均测序深度达5013.11×;全基因组共发生51处核苷酸突变,分布于8个编码区(ORF1ab、S、ORF3a、E、M、ORF6、ORF7a和N);病毒分型结果显示病毒属于奥密克戎BA.2型;进化分析显示,该病毒序列与来自日本的参考株共同处于同一分支。结论本研究构建的测序方法和分析结果可用于2019-nCoV的变异分析和病例溯源,对COVID-19疫情防控具有重要意义。

新型冠状病毒奥密克戎变异株BA.5、BA.2亚型感染成人和儿童临床特征的分析

目的了解和比较上海市儿童和成人感染新型冠状病毒奥密克戎变异株BA.5、BA.2亚型的临床特征。方法收集2022年12月1日至2023年1月20日奥密克戎变异株BA.5亚型主导流行期复旦大学附属儿科医院收治的524例新型冠状病毒感染住院儿童的临床资料,包括年龄、性别、临床症状、实验室检查结果等,并对同期家庭内密切接触者临床资料进行收集,与2022年4月4日至4月30日奥密克戎变异株BA.2亚型主导流行期复旦大学附属儿科医院收治的新型冠状病毒感染住院儿童和家庭内感染者临床特征进行比较;对BA.5亚型感染的儿童与成人、危重型与非危重型病例的临床资料进行比较。统计学分析采用独立样本t检验、曼-惠特尼U检验、χ^(2)检验或Fisher确切概率法。结果524例患儿的年龄范围为5 d至16岁,其中男301例(57.4%),女223例(42.6%),危重型29例(5.5%),非危重型495例(94.5%)。危重型患儿的发热热峰、气促发生率、肺炎发生率、基础疾病发生率均高于非危重型患儿,差异均有统计学意义(t=12.06,χ^(2)=34.90、10.04、31.10,均P<0.05);实验室检查方面,危重型患儿淋巴细胞计数减少发生率,C反应蛋白,降钙素原,白细胞介素-6,肝功能、肾功能、肌酸激酶同工酶异常比例均高于非危重型患儿,差异均有统计学意义(χ^(2)=8.18,Z=-4.61,Z=-4.28,Z=-5.13,χ^(2)=195.90,Fisher确切概率法,χ^(2)=136.13,均P<0.05)。非危重型BA.5亚型感染者中,儿童组症状感染比例高于成人组,儿童组发热、胃肠道症状(恶心、呕吐、腹泻)发生率高于成人组,而成人组咳嗽发生率高于儿童组,差异均有统计学意义(χ^(2)=11.16、11.83、8.50、28.14,均P<0.05)。2022年12月1日至2023年1月20日和2022年4月4日至4月30日分别收集到588例和355例儿童病例、791例和755例成人病例。儿童组中,BA.5亚型感染患儿咳嗽、惊厥、危重病例发生率较BA.2亚型感染患儿高,差异均有统计学意义(χ^(2)=37.95、40.78、15.54,均P<0.001)。成人组中,BA.5亚型感染者发热热峰、热程、发热发生率、咳嗽发生率、胃肠道症状发生率均高于BA.2亚型感染者,差异均有统计学意义(t=-4.40,Z=-9.64,χ^(2)=47.29、124.09、29.90,均P<0.001)。结论上海地区奥密克戎变异株BA.5亚型流行高峰时期,危重型患儿全身症状重,合并基础疾病发生率高于非危重型患儿。非危重型BA.5亚型感染者中,儿童症状感染比例高于成人,发热及胃肠道症状较成人多见,而成人咳嗽症状发生率高于儿童。BA.5亚型感染患儿惊厥、危重病例发生率较BA.2亚型高,BA.5亚型感染成人患者的全身症状较BA.2亚型重。

补肺健脾法对伴有基础疾病的新型冠状病毒感染患者疗效分析

目的观察补肺健脾法对有基础疾病的新型冠状病毒感染老年患者的临床疗效及其对实验室检测指标的影响。方法符合纳入标准的确诊患者142例(治疗组),体检中心60岁以上有基础疾病的老年人108例(新型冠状病毒感染阴性)(对照组),治疗组患者常规西药对症治疗的基础上加用补肺健脾法,连续治疗10 d后,比较患者治疗前后及对照组的实验室血常规、炎症因子指标、肝肾功能指标、冠心病有关检测指标等,并观察患者治疗前实验室指标与性别的相关性。结果新型冠状病毒感染患者炎症指标显著升高,肝肾功能和心肌损害及凝血指标出现不同程度异常,男性患者的C反应蛋白(CRP)、血肌酐(Scr)、凝血酶原时间(PT)、国际标准比率(INR)明显高于女性患者。补肺健脾法治疗后,患者的血白细胞(WBC)、中性粒细胞(NEU)、淋巴细胞计数(LYM)、CRP、谷氨酸-丙酮酸转氨酶(ALT)、AST、Scr较治疗前明显下降;患者的肌酸激酶同工酶(CK-MB)、肌红蛋白(MB)等指标较治疗前显著改善(P<0.05);患者的纤维蛋白原(FIB)、部分活化凝血酶原时间(APTT)、D-二聚体、纤维蛋白降解产物(FDP)等指标较治疗前显著下降(P<0.05)。经补肺健脾法治疗后,男性和女性的实验室检测指标无显著差异。结论老年男性和女性新型冠状病毒感染后实验室检测指标存在显著差异。补肺健脾法对于伴有基础疾病的老年新型冠状病毒感染患者疗效显著,可减轻患者的炎症反应,改善其免疫功能,改善肝肾功能和心功能,利于恢复,治疗后男女实验室指标无差异。

新冠疫情下大型方舱医院信息系统建设及应用

目的:探索和寻求以大型方舱医院为代表的新型公共卫生防控与医疗设施信息系统建设方案与实践。方法:从上海3家大型方舱医院的实际业务需求出发,对其建设和运行特点,从基础设施、终端硬件、应用改造、运行维护等方面逐一进行分析,并结合本团队在实际工作中的经验总结系统建设思路和建设方案。结果:根据方舱医院的建设特点和其信息化需求,按照方舱医院应用功能规范要求,采用基于云平台的简化HIS及EMR作为核心业务系统,集成住院、护理、医技、药品管理等子模块,完成方舱医院信息系统的建设并实现医护业务的闭环管理。结论:5G、一体式医护终端、云平台、微服务等新技术的组合应用能够解决大型方舱医院建设周期短、规模大,信息化基础设施匮乏、用户多样性等问题。本研究为日后此类新型公共卫生防控与医疗设施信息化建设提供了新的建设思路和方法。