大型奶牛养殖环境源大肠埃希菌毒力基因与系统进化分群

对甘肃2个大型奶牛养殖环境的大肠埃希菌(Escherichia coli,E.coli)分离株进行系统进化分群和毒力基因分布情况研究,分析系统群与E.coli主要毒力基因之间的潜在关联,以期为E.coli的研究和防治提供参考。利用PCR方法对281株E.coli分离株进行系统进化分群鉴定和毒力基因检测。281株E.coli分离株被分为8个系统进化群,B1、A、E、F、D、C、B2群和隐支Ⅰ或Ⅱ的占比分别为51.96%,28.47%,11.39%,2.85%,1.78%,1.07%,0.71%,0.36%,有4株为未知系统群。毒力基因检测结果显示,ompA、ibeB、ompT、iroN、traT、iucD、fyuA和irp2的阳性率分别为100%,98.58%,76.16%,71.53%,68.33%,64.06%,30.96%,30.25%。不同年份和养殖环境的部分毒力基因的分布存在明显差异,携带8个所鉴定的毒力基因的菌株在B1、B2群和粪土源中的分布较多;traT在2017年的分布明显低于2018和2019年;traT和iroN在粪土源分离株中的分布高于污水源。系统群与毒力基因的关联性分析结果显示,A群与ompT和traT存在负相关性;B1群与ompT、irp2、fyuA和iucD存在正相关性;E群与irp2、fyuA和iucD存在负相关性,与iroN存在正相关性。系统进化分群以B1群为主,不同年份和养殖环境的部分毒力基因的分布有明显的差异;部分毒力基因的分布与系统群存在联系。

奶牛养殖场环境大肠杆菌的ERIC-PCR分型和系统进化分群

旨在了解奶牛养殖场环境中大肠杆菌流行情况及遗传多样性,探究不同样品分离菌株的遗传关系及系统进化分群情况,收集2017—2019年新疆某大型奶牛场养殖环境中的209份样品进行大肠杆菌分离和16S rRNA鉴定,对非重复菌株进行ERIC-PCR分型和系统进化分群试验。结果显示,共分离到338株大肠杆菌,分离率为67.46%。ERIC-PCR将其分为Ⅰ~ⅩⅣ共14型。Ⅳ(196株)型为优势型;其次为Ⅰ型(59株)、Ⅴ(31株)、Ⅹ(11株);剩余41株分布于其他10种型。除2株未分群外,其他被分为6个群,B1群(75.45%)分布最多,其次是A群(18.34%)、C群(2.96%)、D或E群(1.18%)、F群(0.30%)。综上表明,奶牛养殖场环境中大肠杆菌存在广泛的DNA多样性,且不同时间及来源菌株间存在较近的亲缘关系;系统进化分群以B1群为主。

奶牛全方位养殖技术丛书

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