一起季节性H3N2流感引起的学校聚集疫情全基因特征分析

分析一起学校季节性H3N2流感聚集疫情的流行特点和全基因组特征,为学校流感防控提供研究数据。对一起学校流感聚集疫情进行流行病学调查,采集咽拭子标本17份进行流感病毒核酸检测、病毒培养和全基因组测序,利用生物信息学软件分析基因进化变异特征。4份咽拭子标本季节性H3N2流感病毒核酸检测阳性,培养流感病毒毒株2株。2株毒株序列同源。同疫苗株A/Kansas/14/2017相比,8个基因节段的一致性范围是96.71%~98.88%。在进化树上,2条序列与疫苗株不在同一进化分支,亲缘性较远。HA蛋白信号肽发生2个氨基酸变异,抗原表位和受体结合位点分别发生5处和2处氨基酸变异。2条序列均发生金刚烷胺耐药位点变异,均未发生神经氨酸酶抑制剂耐药位点变异。2条序列的PA均发生K158R变异,PB2均发生K340R变异。该起学校聚集疫情由季节性H3N2流感病毒引起,病毒抗原已经发生漂移,应加强学校流感疫情监测和防控。

义乌市3起学校诺如病毒急性胃肠炎疫情的病原分子流行病学特征

目的了解2018年浙江省义乌市3起学校急性胃肠炎疫情检出的诺如病毒基因型别及分子流行病学特征。方法采集义乌市3起学校急性胃肠炎疫情报告的学生病例及其任课教师的肛拭子标本,采用实时荧光定量PCR检测诺如病毒核酸,检测阳性标本进一步测定核苷酸序列确定基因型,并进行同源性和系统进化分析。结果义乌市3起学校急性胃肠炎疫情共采集检测样本29份,其中诺如病毒核酸阳性19份;测序成功17株,包括GⅠ.5基因型9株,均来自同1所学校标本;GⅡ.P16-GⅡ.2基因型8株,来自另2所学校标本。结论引起2018年义乌市3起学校急性胃肠炎聚集性疫情的诺如病毒分别为GⅠ.5和GⅡ.P16-GⅡ.2基因型。这是义乌市首次发现GⅠ型诺如病毒引起的聚集性疫情。