脑脊液宏基因组二代测序在小儿神经外科术后颅内细菌感染诊断中的应用

目的探讨脑脊液宏基因组二代测序(mNGS)技术在小儿神经外科术后颅内细菌感染诊断中的应用。方法分析2020年1月1日—2023年8月31日在中南大学某医院儿童重症监护病房住院的神经外科手术后符合颅内细菌感染诊断标准(包括临床诊断及确诊)病例的临床资料,2021年10月起,在经验性使用抗颅内感染药物前送检脑脊液培养和mNGS检测。对脑脊液mNGS结果阴性病例,结合脑脊液培养结果及临床资料,不进行或尽早停用经验性抗颅内感染治疗并追踪随访。结果共纳入43例病例,其中临床诊断组38例,病原学诊断组5例。脑脊液常规及生化指标两组间比较,差异均无统计学意义(均P>0.05)。临床诊断组38例病例中,2020年1月—2021年9月10例临床诊断病例(对照组),临床诊断颅内感染后接受经验性抗菌药物治疗;2021年10月—2023年8月28例临床诊断颅内感染病例(干预组)mNGS病原学和脑脊液培养均阴性,16例病例未进行经验性抗颅内感染治疗,另12例在mNGS回报阴性后结合临床资料及时停止经验性抗颅内感染治疗,追踪随访28例病例均无细菌性脑膜炎发生,入颅抗菌药物平均使用时间[0(0,4)d]低于对照组10例临床诊断病例抗菌药物平均使用时间[8(7,11)d,P<0.05]。结论脑脊液mNGS可以提高神经外科术后颅内细菌感染病例病原学检出率,mNGS检测结果有助于指导神经外科术后颅内细菌感染临床诊断病例抗菌药物的合理使用。

宏基因二代测序技术对胸内淋巴结结核的诊断价值

目的:探讨宏基因二代测序技术(metagenomic next-generation sequencing,m NGS)在胸内淋巴结结核中的诊断价值。方法:采用回顾性研究方法,搜集2020年12月至2023年9月浙江省中西医结合医院结核病诊疗中心收治的122例疑似胸内淋巴结结核患者临床资料,所有患者均行支气管内超声引导下经支气管针吸活检术(endobronchial ultrasound-guided transbronchial needle aspiration,EBUS-TBNA)。穿刺标本同时进行mNGS、Gene Xpert MTB/RIF(简称“Xpert”)、PCR-荧光探针法(简称“RT-PCR”)、RNA恒温扩增荧光实时检测技术(简称“TB-SAT”)、BACTEC MGIT 960分枝杆菌全自动快速液体培养(简称“MGIT 960”)和涂片抗酸染色(简称“涂片”),比较6种方法对胸内淋巴结结核的诊断效能。结果:根据诊断标准,122例疑似患者中,最终89例诊断为胸内淋巴结结核,33例为非胸内淋巴结结核患者。以综合诊断结果为参照标准,m NGS对胸内淋巴结结核诊断的敏感度为89.9%(95%CI:81.7%~95.3%)、特异度为87.9%(95%CI:71.8%~96.6%)、准确率为89.3%(95%CI:82.5%~94.2%),AUC值为0.889(95%CI:0.819~0.939),明显高于Xpert、RT-PCR、TB-SAT、MGIT 960和涂片对胸内淋巴结结核检测的敏感度(68.5%、61.8%、33.7%、49.4%和11.2%)、特异度(93.9%、97.0%、97.0%、100.0%和100.0%)、准确率(75.4%、71.3%、50.8%、63.1%和35.2%)和AUC(0.812、0.794、0.747、0.653和0.556)。结论:m NGS检测对胸内淋巴结结核具有较高的临床诊断价值,尤其在其他结核病相关检测均阴性时,该技术可给临床诊断提供重要参考,但与传统的病原学检测手段相比较,特异度仍偏低,尤其在鉴别疾病良恶性时,需结合病理结果进行综合分析。

宏基因组二代测序技术辅助诊断中枢神经系统贝氏柯克斯体感染性血管炎1例

Q热是由贝氏柯克斯体感染引起的人畜共患病,临床表现多样且无特异性,贝氏柯克斯体颅内感染罕见,经常被误诊和漏诊,导致部分患者预后不佳。此文报告1例宏基因组二代测序(mNGS)技术辅助诊断的中枢神经系统贝氏柯克斯体颅内感染性血管炎病例,提示mNGS技术在Q热快速诊断中起到重要作用,通过早期诊断,精准治疗,明显改善患者预后。在此基础上回顾国内外相关文献,总结贝氏柯克斯体颅内感染的临床表现和诊治经验,供国内外同行参考。

经宏基因组二代测序确诊的支气管扩张合并脓肿诺卡菌感染2例报告并文献复习

目的总结经宏基因组二代测序(mNGS)确诊的支气管扩张合并脓肿诺卡菌感染的病原学特点、临床特征和治疗要点。方法回顾性分析2例经mNGS确诊的支气管扩张合并脓肿诺卡菌感染患者的临床资料,并结合文献总结该病的病原学特点、临床特征和治疗要点。结果2例支气管扩张合并脓肿诺卡菌感染患者均存在咳嗽咳痰、可伴咯血的症状,查体可闻及肺部音,胸部CT提示肺部斑片影、胸膜增厚、支气管扩张,其中1例合并2型糖尿病、高血压,1例合并冠心病,且2例均合并甲状腺功能减退。2例患者初始经验性抗感染药物为头孢曲松钠,采用气管抽吸物mNGS确诊其菌株分型为脓肿诺卡菌后改用甲氧苄啶-磺胺甲恶唑(复方磺胺甲恶唑片)治疗,均好转出院。结论支气管扩张合并脓肿诺卡菌感染缺乏临床特异性,且病原菌培养周期长,容易造成漏诊而延误诊治。mNGS可帮助临床医师快速明确脓肿诺卡菌诊断,磺胺类药物为首选治疗药物,该类患者预后相对较好。

宏基因组二代测序技术在血液病患者合并感染诊疗中的应用

探讨宏基因组二代测序(mNGS)在血液病合并感染诊疗中的临床应用价值。对比分析2021年8月至2022年12月吉林省人民医院血液科血液病合并感染患者的传统病原体检测结果与mNGS检测结果,探讨mNGS在血液病合并感染时诊疗的优势及临床应用价值。共纳入患者20例,经mNGS检测,16例呈阳性,包括细菌感染3例、真菌感染1例、病毒感染4例,两种以上感染8例;4例呈阴性。mNGS病原体检出率和检出种类显著高于传统检测方法。根据mNGS检测结果调整临床用药后,治疗效果良好。与传统病原体检测方法相比,mNGS对血液病合并感染具有较高的检出率,检出更全面,显著提高了患者的生存率及生活质量,对于临床用药具有指导意义。研究结果表明病原宏基因组二代测序可为该类感染提供病原学证据以辅助血液病合并感染的治疗。

宏基因组二代测序诊断高毒力肺炎克雷伯杆菌所致肝脓肿并发眼内炎1例

高毒力肺炎克雷伯杆菌(hvKp)是肺炎克雷伯杆菌的一个变种,与传统的肺炎克雷伯杆菌相比,它具有更高的侵袭性和毒性。hvKp能够导致多种严重的感染,如肝脓肿,并可能通过血流播散到身体其他部位,如眼内,导致眼内炎。hvKp在亚洲常见,尤其是与糖尿病患者的感染有关。hvKp毒性与其特定的基因型和毒力因子有关,这使得其感染难以治疗,需要及时的医疗干预。本文通过宏基因组二代测序(mNGS)确诊hvKp所致肝脓病肿并发眼内炎1例,与传统病原学诊断相比,mNGS可有效降低治疗时间及费用。

宏基因二代测序对颅内动脉瘤患者术后颅内感染病原微生物的诊断价值及相关因素分析

目的分析宏基因二代测序(mNGS)对颅内动脉瘤患者术后颅内感染病原微生物的诊断价值及影响因素。方法选取2021-01—2022-12哈励逊国际和平医院收治的60例颅内动脉瘤术后颅内感染患者为感染组,进行m NGS检测及细菌培养,比较两者对术后颅内感染病原微生物的检出率。纳入同期颅内动脉瘤术后未发生颅内感染患者63例为非感染组,收集一般资料,采用Logistic回归分析影响颅内动脉瘤患者术后颅内感染的因素,建立预测模型,绘制ROC曲线评估模型的预测效果。结果60例颅内动脉瘤术后颅内感染患者中mNGS检出病原微生物患者50例,检出率83.00%;细菌培养检出病原微生物患者36例,检出率60.00%,mNGS对病原微生物患者的检出率高于细菌培养(P<0.05)。Logistic多因素回归分析显示,糖尿病、手术时间≥4 h、术中出血量≥100 mL、动脉瘤破裂、脑脊液漏、置管时间≥7 d及术后未使用抗菌药物是颅内动脉瘤术后颅内感染的影响因素(P<0.05)。ROC曲线指标Prob的灵敏度84.00%,特异度67.00%,曲线下面积(AUC)为0.820。结论mNGS对颅内动脉瘤患者术后颅内感染病原微生物的诊断价值较高,糖尿病、手术时间、术中出血量、动脉瘤破裂、脑脊液漏、置管时间及术后使用抗菌药物与颅内动脉瘤术后颅内感染有关,以上述因素构建的预测模型对颅内感染的预测有指导作用。

脑脊液宏基因组二代测序在急诊疑似中枢神经系统感染中的应用

目的评估宏基因组二代测序(mNGS)在急诊疑似中枢神经系统感染中的应用价值。方法对2019年9月至2023年12月西安交通大学第二附属医院急诊科收治的确诊或疑似中枢神经系统(CNS)感染,且行脑脊液样本常规检测及mNGS检测的109例患者进行回顾性研究分析,根据最终诊断分为颅内感染组(n=59)和非颅内感染组(n=50)。比较两组患者基本资料和临床检查结果,将有意义的指标纳入回归分析,建立预测模型,对预测模型进行检验,绘制受试者工作特征(ROC)曲线,计算曲线下面积(AUC)。结果mNGS阳性(95%CI 5.247~64.230)、头痛(95%CI 1.471~14.990)、脑脊液白细胞计数>16(95%CI 1.211~11.962)×10^(6)/L及颅内压>170(95%CI 1.034~9.801)cmH_(2)O是急诊中枢神经系统感染的独立预测因素,预测模型得到的AUC为0.911,大于mNGS和传统检验的0.801和0.832。结论脑脊液mNGS可有效识别引起中枢神经系统感染性疾病的病原体。mNGS与临床症状及常规微生物检测结合,可在明确病原体的同时,大大提高诊断效能。

应用宏基因组二代测序诊断异基因造血干细胞移植后早期侵袭性真菌病患者的临床分析

目的 分析异基因造血干细胞移植(allogeneic hematopoietic stem cell transplantation, allo-HSCT)后早期应用宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)诊断侵袭性真菌病(invasive fungal disease, IFD)患者的临床转归。方法 回顾性分析2021年7月至2022年10月在浙江大学医学院附属第一医院接受allo-HSCT患者,移植后早期(100 d内)出现以下情况之一:(1)经验性抗细菌治疗72 h及以上持续发热,且血培养阴性患者;(2)既往抗感染有效后再次出现不明原因高热;(3)下呼吸道症状合并肺部CT病灶,经验性抗感染治疗无效。送检移植后外周血或支气管镜肺泡灌洗液行mNGS检测,并分析患者的总体生存率(overall survival, OS)和非复发死亡率(non-relapse mortality, NRM)。结果 纳入60例患者,送检外周血标本47例,肺泡灌洗液标本13例。mNGS检测病原学阴性组19例,非真菌阳性组30例,真菌阳性组11例;真菌阳性组中曲霉菌3例、毛霉菌5例、热带念珠菌2例、阿萨丝孢酵母菌1例。11例真菌阳性患者经调整抗真菌治疗8例获完全缓解。60例患者1年OS和1年NRM分别为70.0%(95%CI:64.1%~75.9%)和20.0%(95%CI:11.9%~32.5%)。真菌阳性组1年OS为54.5%(95%CI:49.5%~69.5%),1年NRM为36.4%(95%CI:15.5%~70.3%);阴性组、真菌阳性组和非真菌阳性组1年OS (P=0.487)和1年NRM (P=0.358)差异无统计学意义。真菌阳性组与非真菌阳性组OS(P=0.238)和NRM (P=0.154)上的差异亦无统计学意义。结论 mNGS可快速诊断allo-HSCT后早期IFD,有利于及时有效治疗,改善患者的预后。

宏基因二代测序在脊柱感染性疾病诊断中的应用效果

目的 探讨宏基因二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)在脊柱感染性疾病诊断中的应用效果,并分析抗生素对mNGS检测结果的影响。方法 选择2020年12月至2023年3月南昌大学第一附属医院疑似脊柱感染并接受手术治疗的69例患者,收集患者的一般资料、mNGS检测结果、组织病理学结果、术前使用抗生素的种类、细菌培养结果、检出细菌种类等资料,分析mNGS对脊柱感染的检测效率及抗生素对mNGS检测结果的影响。结果 69例患者中mNGS检测阳性45例,阳性率为65.2%;细菌培养检出1例,阳性率为4.35%;组织病理检出56例,阳性率为81.1%。mNGS阳性率低于组织病理学阳性率(P=0.035)。mNGS检测出最多的致病细菌以金黄色葡萄球菌(17.7%)和结核分枝杆菌(17.7%)为主。术前使用抗生素的患者,mNGS总体阳性率为67.3%,与术前未使用抗生素患者的mNGS阳性率(65.0%)比较差异无统计学意义(P=0.851)。结论mNGS技术对早期诊断脊柱感染可提供重要的依据,并可明确致病菌,但阳性率低于组织病理学,术前使用抗生素对其mNGS检测结果干扰较小。

宏基因二代测序在脊柱感染诊治中的应用进展

脊柱感染(spinal infection,SI)是一种比较少见的感染性疾病,由于经验性使用抗生素使耐药菌感染的几率增加,同时检测技术的进步导致检出率增加,其发病率呈上升趋势。判断病原体的类型从而针对性地使用抗生素是治疗的关键,然而传统检测方法检出率低且耗时长,不利于脊柱感染的快速精确诊断。宏基因二代测序(metagenomics next-generation sequencing,mNGS)是一种可对样本中所有核酸片段进行测序的检测技术,其出现颠覆了传统检测方法,在脊柱感染的诊断与治疗中发挥重要作用。本文就mNGS在脊柱感染诊治中的应用进展进行综述。

宏基因组二代测序技术对结核性与非结核性脊柱感染疾病的诊断价值研究

背景结核性脊柱感染是脊柱外科比较棘手的疾病之一,其早期临床症状大多不典型,实验室检查、影像检查及组织病理学检查的特异性不高。病原学诊断是结核性脊柱感染诊断的“金标准”,但病原微生物培养存在周期长、阳性率低的缺点。宏基因组二代测序技术(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)目前已应用到临床的诊断中,但关于mNGS与其他常见临床检测方法之间比较的研究较少。目的探讨mNGS对结核性脊柱感染疾病的诊断价值。方法收集2021年2月—2023年9月收入解放军总医院第八医学中心脊柱外科的脊柱感染患者的病历信息,提取采集血液、脓液及病灶组织标本进行血清学检测、细菌培养、结核菌培养、病理学检查、X-pert和mNGS检测的结果,以临床诊断(病理学结果)为“金标准”,比较不同检测方式的诊断价值。结果共收集112例脊柱感染患者,男性68例,女性44例,年龄14~87(58.98±13.70)岁。临床诊断结果为非结核性脊柱感染63例,脊柱结核感染49例。mNGS法检出脊柱感染阳性90例(80.4%),微生物培养法检出阳性51例(45.5%)。判断脊柱感染中的结核性感染方面,mNGS阳性检出34例(69.39%);微生物培养阳性检出仅17例(34.69%)。mNGS法检出病原微生物102例,其中细菌70例。在mNGS、微生物培养、T-spot、X-pert对脊柱结核的临床诊断效能分析结果中,mNGS效能最高(AUC=0.839),其诊断的准确度最高,甚至高于目前临床常用的方法。mNGS以及4种方法联合的诊断效能最高,ROC-AUC(95%CI)分别为0.846(0.701~0.971)和0.876(0.773~0.962),显著高于其他3种单独方法,Delong检验P<0.05。结论宏基因二代测序技术能够快速、高效地对脊柱感染性疾病的病原微生物进行检测,并且对于结核性脊柱感染疾病有着较高的检出率、敏感度和特异度。该技术是诊断与鉴别脊柱感染性疾病较好、较快的方法,可为结核性脊柱感染性疾病的诊断提供指导。

肺泡灌洗液宏基因组二代测序对老年人肺曲霉菌病的诊断价值研究

目的 研究肺泡灌洗液(bronchial alveolar lavage fluid, BALF)宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)在老年肺曲霉菌病中的诊断价值。方法 纳入190例符合肺曲霉菌病诊断的病人,按照年龄≥60岁分为老年组和非老年组,分析传统微生物培养、血清曲霉半乳甘露聚糖抗原检测(GM试验)、BALF GM试验及BALF mNGS在2组病人中的阳性率。结果 老年组和非老年组中BALF mNGS阳性率最高,其次为BALF GM试验。2组BALF GM试验阳性率差异有统计学意义。ROC曲线得出老年组和非老年组BALF GM试验的诊断效能均优于血清GM试验,且老年组BALF GM试验的敏感度和特异度高于非老年组。在血清GM试验<0.5的99例老年病人中,61例行BALF mNGS,49例(80.3%)阳性;BALF GM试验<0.8的28例老年病人中,26例行BALF mNGS,全部阳性。结论 老年人和非老年人肺曲霉菌病诊断中,BALF mNGS阳性率最高,其次为BALF GM试验。对于GM试验阴性仍高度怀疑肺曲霉菌感染的病人行BALF mNGS将大大提高检出率,BALF GM试验结合BALF mNGS检测将使肺曲霉菌病的诊断准确率显著提高。

宏基因组二代测序在耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌医院感染暴发中的应用

目的 探讨宏基因组二代测序(mNGS)技术在耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌(CRAB)医院感染暴发事件调查中的应用。方法 应用mNGS及传统病原学培养方法对某院重症监护病房(ICU)2023年6月8—22日5例检出CRAB患者进行病原学检测,对可能污染的环境进行微生物采样及细菌培养、鉴定和药物敏感试验,同时采取综合控制措施并评价其效果。结果 mNGS结果回报所需时间短于培养所需时间[(3.92±1.05)d VS (6.24±0.25)d,P<0.001]。5例患者的标本培养分离出CRAB,mNGS检测结果显示均检出OXA-23耐药基因,经专家综合判断4例患者为医院感染,1例患者为标本污染。依据《医院感染暴发控制指南》中的医院感染暴发定义,此事件考虑为医院感染暴发。环境卫生学监测结果显示,暴发时环境中CRAB检出率为51.30%(59/115),主要集中在医务人员手与呼吸机表面,实施多学科联合感染控制措施后,医生手卫生依从率及呼吸机消毒落实率分别由40.83%(49/120)、33.33%(16/48)提高至82.61%(95/115)、83.33%(30/36)。患者预后良好,后续监测未发现新病例,此医院感染暴发事件得到有效控制。结论 mNGS具有精准度高、耗时短、准确率高的特点,可以应用于医院感染暴发防控及耐药基因组研究,对多重耐药菌感染患者的抗感染治疗及医院感染防控措施的制定具有重要意义。持续提高消毒效果及手卫生依从率是防控CRAB感染的重要手段。

宏基因组二代测序和细胞因子在PD相关腹膜炎早期诊断中的应用

目的探究宏基因组二代测序(metagenomic second-generation sequencing,mNGS)技术在早期检测腹膜透析相关腹膜炎(peritoneal dialysis-associated peritonitis,PDAP)患者细菌感染的病原学价值,了解不同细菌感染类型中细胞因子分布差异,构建相关风险预测模型。方法收集2020年4月─2023年4月就诊于安徽医科大学第一附属医院,符合国际腹膜透透协会(international society for peritoneal dialysis,ISPD)诊断标准的腹膜透析(peritoneal dialysis,PD)患者的临床资料,同时将其入院4小时内PD流出液送检mNGS检查及普通培养,并测定上清液中细胞因子水平,比较mNGS检测与实验室微生物培养病原学诊断结果,综合临床意义分为革兰氏阳性菌(G+菌)组、革兰氏阴性菌(G-菌)组和培养阴性(G0)组,比较2组细胞因子水平差异,确认危险因素并构建风险预测模型,同时进行效能检测。结果共50例PD相关腹膜炎患者纳入本研究,mNGS检测中41例患者检出病原体,检测阳性率高于微生物培养(χ^(2)=0.059,P=0.440),mNGS检测时间低于微生物培养(t=5.180,P<0.001)。多因素Logistics回归分析提示PD液中高白细胞介素(IL)10(OR=1.010,95%CI:1.000~1.020,P=0.024)、低IL-6(OR=0.620,95%CI:0.360~0.890,P=0.038)及高血清降钙素原(OR=1.200,95%CI:1.050~1.530,P=0.016)、低C反应蛋白水平(OR=1.014,95%CI:1.010~1.050,P=0.035)为PDAP预测G-菌感染的独立危险因素。ROC曲线及列线图结果显示上述炎症因子联合较单一因子对预测G-菌感染价值更大。结论mNGS在早期快速检测PDAP病原体方面显示了极大的诊断潜力,PD流出液中细胞因子IL-6、IL-10及血清降钙素原、C反应蛋白水平的整合提高了mNGS结果解释的精确度,依据细胞因子构建的风险预测模型可以较好区分不同种类细菌相关PDAP腹膜炎的患者。

宏基因组二代测序技术在布鲁菌脊柱炎诊治中的应用价值

目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)技术在布鲁菌脊柱炎诊治中的价值。方法手术治疗36例布鲁菌性脊柱炎患者,收集术前血液标本和术中病灶区组织标本(髓核、软骨终板、黄韧带、纤维环),采用Giemsa染色、试管凝集试验(SAT)、血培养、多重聚合酶链式反应技术(PCR)检测和mNGS评估不同组织样本。另选取30例椎间盘突出患者作为阴性对照组。结果静脉血的mNGS、SAT、多重PCR检测阳性率比较差异均无统计学意义(P>0.05)。髓核的mNGS与多重PCR检测阳性率比较差异无统计学意义(P>0.05)。软骨终板、黄韧带和纤维环的mNGS检测阳性率均大于多重PCR检测阳性率(P<0.05)。髓核中多重PCR和mNGS检测阳性率均高于静脉血、软骨终板、黄韧带和纤维环(P<0.05)。敏感性、阴性预测值:mNGS均高于Giemsa染色、血培养和SAT(P<0.05);mNGS与多重PCR检测比较差异均无统计学意义(P>0.05)。临床诊断一致性mNGS最好,多重PCR和SAT较好,Giemsa染色一般,血培养较差。结论mNGS可以作为布鲁菌脊柱炎的有效检测手段,其敏感性和准确率高,尤其适用于术前无法明确诊断且术后病理结果为阴性但需确诊的患者,可为布鲁菌脊柱炎的精准治疗提供重要的病原学依据。

支气管肺泡灌洗液宏基因二代测序技术在重症肺炎患儿病原学检测中的应用价值

目的探讨支气管肺泡灌洗液(BALF)宏基因二代测序(mNGS)技术在重症肺炎(SP)患儿病原学检测中的应用价值。方法回顾选取2021年1月至2023年12月新疆医科大学第一附属医院收治的99例SP患儿为研究对象,收集患儿BALF标本并用mNGS与传统检测方法检测病原体,分析mNGS与传统检测方法病原体检出率、病原体分布情况,对比不同mNGS检出结果患儿治疗预后。结果99例受试患儿中mNGS检出病原体阳性85例(85.86%),传统检测方法检出阳性61例(61.62%),两种方法诊断一致性较高(kappa值=0.079,P=0.335);mNGS对细菌、真菌及病毒检出率均高于传统检测方法(P<0.05);mNGS对合并2种及≥3种病原体感染的检出率也高于传统检测方法(P<0.05)。mNGS法共检出病原体158株,传统检测方法共检出病原体86株。结论mNGS检测能提高重症肺炎患儿病原体检出率,尤其对于多重感染检出率更高,对指导临床用药和提高疗效具有较高应用价值。

基于宏基因组二代测序的ICU感染性疾病患者病原体分布

目的基于宏基因组二代测序(mNGS)数据,分析重症监护室(ICU)感染性疾病患者的病原体分布情况,为临床抗感染治疗提供依据。方法回顾性分析7所综合性三甲医院ICU感染性疾病标本的mNGS报告结果,探讨ICU病原体分布情况。结果收集1083份感染性疾病标本的mNGS报告,总体检出率为85.50%。病原体种类172种,病原体例数1334例,检出的细菌的种类和数量最多,其次为病毒。革兰阴性菌例数(60.29%)较革兰阳性菌(39.71%)多,检出数前3位的革兰阴性菌为肺炎克雷伯菌(114例,22.75%)、鲍曼不动杆菌(78例,15.57%)和铜绿假单胞菌(66例,13.17%);革兰阳性菌为屎肠球菌(68例,20.61%)、纹带棒状杆菌(46例,13.94%)和金黄色葡萄球菌(31例,9.39%)。检出数前3位的真菌为白色念珠菌(79例,40.51%)、耶氏肺孢子菌(32例,16.41%)和近平滑念珠菌(16例,8.21%)。DNA病毒为主要的检出病毒,检出数前3位为巨细胞病毒(71例,27.52%)、人疱疹病毒1型(62例,24.03%)和EB病毒(57例,22.09%);RNA病毒中检出数前3位为HpgV病毒(13例,43.33%)、人冠状病毒229E型(4例,13.33%)、鼻病毒(3例,10.00%)和人冠状病毒HKU1型(3例,10.00%)。在不典型病原体中,鹦鹉热衣原体检出率最高(11例,55.00%)。结论革兰阴性菌是ICU感染性疾病患者的主要病原体,其次为病毒。动态监测ICU病原体分布情况有助于制定合理有效的抗感染治疗策略。

宏基因组二代测序在实体器官移植感染防控中的应用

器官移植已成为多种终末期疾病的有效治疗手段,但器官移植受者术后需长期服用免疫抑制药,导致免疫功能低下,使得细菌、病毒和真菌感染的发生率相对较高。以病原学培养、免疫学检测和聚合酶链反应为代表的传统微生物检测方法被广泛用于感染检测,但存在耗时长、需预先假定病原体等问题。宏基因组二代测序由于具有病原体检出率高、对病原谱检测全面的优点,近年来被广泛应用于器官移植领域的感染防控。本文就宏基因组二代测序技术在实体器官移植感染防控上的应用现状进行综述,以期对移植相关感染的诊断和治疗提供参考。

宏基因组二代测序辅助诊断鹦鹉热一例并文献复习

目的:探讨鹦鹉热的临床特征、流行病学特点、诊治及预后。方法:回顾性分析山东省千佛山医院呼吸与危重症医学科收治的1例鹦鹉热衣原体肺炎患者,对其诊治过程进行分析。以“Psittacosis”为检索词检索PubMed数据库,以“鹦鹉热”为检索词检索万方数据库、维普数据库及中国知网,对相关文献进行分析。结果:患者,男性,52岁,因“发热、咳嗽20 d”入院,既往有高血压病史。患者于院外先后经过莫西沙星和头孢哌酮钠舒巴坦钠抗感染治疗,但病情未见改善。转入我科后,通过肺泡灌洗液宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)检出鹦鹉热衣原体,确诊为鹦鹉热衣原体肺炎。经左氧氟沙星联合米诺环素治疗后好转出院。通过回顾文献发现,鹦鹉热是一种人畜共患疾病,可累及全身多系统,其中呼吸系统受累最为常见。此病可在人际间传播。宏基因组高通量测序技术相较于血清学、病原体分离培养、聚合酶链反应(polymerase chain reaction, PCR)等传统检测手段具有优越性。治疗首选四环素类药物,疗程为2~3周。该病的预后较好,整体病亡率约为1%。结论:鹦鹉热为人畜共患疾病,需要早期治疗。该疾病临床特征和检查结果缺乏特异性,误诊率和漏诊率均较高。宏基因组高通量测序技术在诊断该病方面具有优势。治疗首选四环素类药物,预后较好。