基于宏基因组测序和纯培养技术解析胀袋生抽酱油的微生物类群

该研究采用宏基因组测序技术对胀袋生抽酱油微生物类群进行了解析,对其微生物菌株进行了分离鉴定,并对分离株是否可导致酱油胀气进行了验证。宏基因组结果表明,胀袋生抽酱油样品中平均相对含量大于1.0%的微生物主要由嗜盐四联球菌(Tetragenococcus halophilus)、酸鱼联合乳杆菌(Ligilactobacillus acidipiscis)、植物乳植物杆菌(Lactiplantibacillus plantarum)、耐酸乳杆菌(Lactobacillus acetotolerans)、棒状腐败乳杆菌(Loigolactobacillus coryniformis)、短促生乳杆菌(Levilactobacillus brevis)和屎肠球菌(Enterococcus faecium)构成,平均相对含量分别为28.01%、25.50%、9.45%、2.49%、1.83%、1.53%和1.33%;采用纯培养技术,分离出的49株细菌被鉴定为6个属下的11个种,其中枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、破布子联合乳杆菌(Ligilactobacillus pobuzihii)、蛋白原酶腐败乳杆菌(Loigolactobacillus rennini)和L.acidipiscis分离株占总分离株数的39.22%、19.61%、11.76%和9.80%,分离出的2株酵母菌均被鉴定为扣囊复膜酵母(Saccharomycopsis fibuligera);产气验证实验发现,所有分离株均不能单独引起生抽酱油的胀袋现象。由此可见,胀袋生抽酱油具有较高的微生物多样性,在后续研究引入培养组学策略以获得更多的分离株,亦或考虑多菌株的协同作用,对酱油涨袋这一产业问题的解决可能具有积极的意义。

脑脊液宏基因组二代测序在小儿神经外科术后颅内细菌感染诊断中的应用

目的探讨脑脊液宏基因组二代测序(mNGS)技术在小儿神经外科术后颅内细菌感染诊断中的应用。方法分析2020年1月1日—2023年8月31日在中南大学某医院儿童重症监护病房住院的神经外科手术后符合颅内细菌感染诊断标准(包括临床诊断及确诊)病例的临床资料,2021年10月起,在经验性使用抗颅内感染药物前送检脑脊液培养和mNGS检测。对脑脊液mNGS结果阴性病例,结合脑脊液培养结果及临床资料,不进行或尽早停用经验性抗颅内感染治疗并追踪随访。结果共纳入43例病例,其中临床诊断组38例,病原学诊断组5例。脑脊液常规及生化指标两组间比较,差异均无统计学意义(均P>0.05)。临床诊断组38例病例中,2020年1月—2021年9月10例临床诊断病例(对照组),临床诊断颅内感染后接受经验性抗菌药物治疗;2021年10月—2023年8月28例临床诊断颅内感染病例(干预组)mNGS病原学和脑脊液培养均阴性,16例病例未进行经验性抗颅内感染治疗,另12例在mNGS回报阴性后结合临床资料及时停止经验性抗颅内感染治疗,追踪随访28例病例均无细菌性脑膜炎发生,入颅抗菌药物平均使用时间[0(0,4)d]低于对照组10例临床诊断病例抗菌药物平均使用时间[8(7,11)d,P<0.05]。结论脑脊液mNGS可以提高神经外科术后颅内细菌感染病例病原学检出率,mNGS检测结果有助于指导神经外科术后颅内细菌感染临床诊断病例抗菌药物的合理使用。

经宏基因组二代测序确诊的支气管扩张合并脓肿诺卡菌感染2例报告并文献复习

目的总结经宏基因组二代测序(mNGS)确诊的支气管扩张合并脓肿诺卡菌感染的病原学特点、临床特征和治疗要点。方法回顾性分析2例经mNGS确诊的支气管扩张合并脓肿诺卡菌感染患者的临床资料,并结合文献总结该病的病原学特点、临床特征和治疗要点。结果2例支气管扩张合并脓肿诺卡菌感染患者均存在咳嗽咳痰、可伴咯血的症状,查体可闻及肺部音,胸部CT提示肺部斑片影、胸膜增厚、支气管扩张,其中1例合并2型糖尿病、高血压,1例合并冠心病,且2例均合并甲状腺功能减退。2例患者初始经验性抗感染药物为头孢曲松钠,采用气管抽吸物mNGS确诊其菌株分型为脓肿诺卡菌后改用甲氧苄啶-磺胺甲恶唑(复方磺胺甲恶唑片)治疗,均好转出院。结论支气管扩张合并脓肿诺卡菌感染缺乏临床特异性,且病原菌培养周期长,容易造成漏诊而延误诊治。mNGS可帮助临床医师快速明确脓肿诺卡菌诊断,磺胺类药物为首选治疗药物,该类患者预后相对较好。

宏基因组二代测序技术在血液病患者合并感染诊疗中的应用

探讨宏基因组二代测序(mNGS)在血液病合并感染诊疗中的临床应用价值。对比分析2021年8月至2022年12月吉林省人民医院血液科血液病合并感染患者的传统病原体检测结果与mNGS检测结果,探讨mNGS在血液病合并感染时诊疗的优势及临床应用价值。共纳入患者20例,经mNGS检测,16例呈阳性,包括细菌感染3例、真菌感染1例、病毒感染4例,两种以上感染8例;4例呈阴性。mNGS病原体检出率和检出种类显著高于传统检测方法。根据mNGS检测结果调整临床用药后,治疗效果良好。与传统病原体检测方法相比,mNGS对血液病合并感染具有较高的检出率,检出更全面,显著提高了患者的生存率及生活质量,对于临床用药具有指导意义。研究结果表明病原宏基因组二代测序可为该类感染提供病原学证据以辅助血液病合并感染的治疗。

宏基因组二代测序技术辅助诊断中枢神经系统贝氏柯克斯体感染性血管炎1例

Q热是由贝氏柯克斯体感染引起的人畜共患病,临床表现多样且无特异性,贝氏柯克斯体颅内感染罕见,经常被误诊和漏诊,导致部分患者预后不佳。此文报告1例宏基因组二代测序(mNGS)技术辅助诊断的中枢神经系统贝氏柯克斯体颅内感染性血管炎病例,提示mNGS技术在Q热快速诊断中起到重要作用,通过早期诊断,精准治疗,明显改善患者预后。在此基础上回顾国内外相关文献,总结贝氏柯克斯体颅内感染的临床表现和诊治经验,供国内外同行参考。

宏基因组二代测序诊断高毒力肺炎克雷伯杆菌所致肝脓肿并发眼内炎1例

高毒力肺炎克雷伯杆菌(hvKp)是肺炎克雷伯杆菌的一个变种,与传统的肺炎克雷伯杆菌相比,它具有更高的侵袭性和毒性。hvKp能够导致多种严重的感染,如肝脓肿,并可能通过血流播散到身体其他部位,如眼内,导致眼内炎。hvKp在亚洲常见,尤其是与糖尿病患者的感染有关。hvKp毒性与其特定的基因型和毒力因子有关,这使得其感染难以治疗,需要及时的医疗干预。本文通过宏基因组二代测序(mNGS)确诊hvKp所致肝脓病肿并发眼内炎1例,与传统病原学诊断相比,mNGS可有效降低治疗时间及费用。

病原宏基因组高通量测序生物信息学分析质量评价的研究现状与思考

病原宏基因组高通量测序(mNGS)技术已成为感染病原学诊断的新工具,由实验操作(湿实验)和生物信息学分析(干实验)两部分组成。干实验由算法和数据库构成,其功能是对湿实验产生的测序数据进行分析处理后输出检测结果。干实验的性能受到测序数据中复杂多变的干扰因素的影响,包括临床样本中大量的人源核酸、试剂与耗材携带的微生物核酸、采样与湿实验引入的环境微生物核酸、数据库中基因组质量不均一或不同物种基因组之间的相似性过高导致的错误比对与注释,以及算法与参数差异对分类鉴定的影响等。上述干扰因素可能来自mNGS检测各个环节,不仅可能导致干实验输出错误的物种鉴定和微生物检测结果,也给干实验的质量控制与评价带来较大挑战。本文综述了mNGS干实验质量控制的关键问题以及关于质量评价方法的思考。

宏基因组二代测序和细胞因子在PD相关腹膜炎早期诊断中的应用

目的探究宏基因组二代测序(metagenomic second-generation sequencing,mNGS)技术在早期检测腹膜透析相关腹膜炎(peritoneal dialysis-associated peritonitis,PDAP)患者细菌感染的病原学价值,了解不同细菌感染类型中细胞因子分布差异,构建相关风险预测模型。方法收集2020年4月─2023年4月就诊于安徽医科大学第一附属医院,符合国际腹膜透透协会(international society for peritoneal dialysis,ISPD)诊断标准的腹膜透析(peritoneal dialysis,PD)患者的临床资料,同时将其入院4小时内PD流出液送检mNGS检查及普通培养,并测定上清液中细胞因子水平,比较mNGS检测与实验室微生物培养病原学诊断结果,综合临床意义分为革兰氏阳性菌(G+菌)组、革兰氏阴性菌(G-菌)组和培养阴性(G0)组,比较2组细胞因子水平差异,确认危险因素并构建风险预测模型,同时进行效能检测。结果共50例PD相关腹膜炎患者纳入本研究,mNGS检测中41例患者检出病原体,检测阳性率高于微生物培养(χ^(2)=0.059,P=0.440),mNGS检测时间低于微生物培养(t=5.180,P<0.001)。多因素Logistics回归分析提示PD液中高白细胞介素(IL)10(OR=1.010,95%CI:1.000~1.020,P=0.024)、低IL-6(OR=0.620,95%CI:0.360~0.890,P=0.038)及高血清降钙素原(OR=1.200,95%CI:1.050~1.530,P=0.016)、低C反应蛋白水平(OR=1.014,95%CI:1.010~1.050,P=0.035)为PDAP预测G-菌感染的独立危险因素。ROC曲线及列线图结果显示上述炎症因子联合较单一因子对预测G-菌感染价值更大。结论mNGS在早期快速检测PDAP病原体方面显示了极大的诊断潜力,PD流出液中细胞因子IL-6、IL-10及血清降钙素原、C反应蛋白水平的整合提高了mNGS结果解释的精确度,依据细胞因子构建的风险预测模型可以较好区分不同种类细菌相关PDAP腹膜炎的患者。

宏基因组二代测序技术在布鲁菌脊柱炎诊治中的应用价值

目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)技术在布鲁菌脊柱炎诊治中的价值。方法手术治疗36例布鲁菌性脊柱炎患者,收集术前血液标本和术中病灶区组织标本(髓核、软骨终板、黄韧带、纤维环),采用Giemsa染色、试管凝集试验(SAT)、血培养、多重聚合酶链式反应技术(PCR)检测和mNGS评估不同组织样本。另选取30例椎间盘突出患者作为阴性对照组。结果静脉血的mNGS、SAT、多重PCR检测阳性率比较差异均无统计学意义(P>0.05)。髓核的mNGS与多重PCR检测阳性率比较差异无统计学意义(P>0.05)。软骨终板、黄韧带和纤维环的mNGS检测阳性率均大于多重PCR检测阳性率(P<0.05)。髓核中多重PCR和mNGS检测阳性率均高于静脉血、软骨终板、黄韧带和纤维环(P<0.05)。敏感性、阴性预测值:mNGS均高于Giemsa染色、血培养和SAT(P<0.05);mNGS与多重PCR检测比较差异均无统计学意义(P>0.05)。临床诊断一致性mNGS最好,多重PCR和SAT较好,Giemsa染色一般,血培养较差。结论mNGS可以作为布鲁菌脊柱炎的有效检测手段,其敏感性和准确率高,尤其适用于术前无法明确诊断且术后病理结果为阴性但需确诊的患者,可为布鲁菌脊柱炎的精准治疗提供重要的病原学依据。

宏基因组二代测序辅助诊断鹦鹉热一例并文献复习

目的:探讨鹦鹉热的临床特征、流行病学特点、诊治及预后。方法:回顾性分析山东省千佛山医院呼吸与危重症医学科收治的1例鹦鹉热衣原体肺炎患者,对其诊治过程进行分析。以“Psittacosis”为检索词检索PubMed数据库,以“鹦鹉热”为检索词检索万方数据库、维普数据库及中国知网,对相关文献进行分析。结果:患者,男性,52岁,因“发热、咳嗽20 d”入院,既往有高血压病史。患者于院外先后经过莫西沙星和头孢哌酮钠舒巴坦钠抗感染治疗,但病情未见改善。转入我科后,通过肺泡灌洗液宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)检出鹦鹉热衣原体,确诊为鹦鹉热衣原体肺炎。经左氧氟沙星联合米诺环素治疗后好转出院。通过回顾文献发现,鹦鹉热是一种人畜共患疾病,可累及全身多系统,其中呼吸系统受累最为常见。此病可在人际间传播。宏基因组高通量测序技术相较于血清学、病原体分离培养、聚合酶链反应(polymerase chain reaction, PCR)等传统检测手段具有优越性。治疗首选四环素类药物,疗程为2~3周。该病的预后较好,整体病亡率约为1%。结论:鹦鹉热为人畜共患疾病,需要早期治疗。该疾病临床特征和检查结果缺乏特异性,误诊率和漏诊率均较高。宏基因组高通量测序技术在诊断该病方面具有优势。治疗首选四环素类药物,预后较好。

基于16S rRNA基因及宏基因组测序解析藏猪肠道菌群组成特征

【目的】旨在通过分析藏猪肠道菌群组成及其功能注释,探讨藏猪肠道菌群与其耐粗饲和抗逆性能的关系。【方法】以66头藏猪粪便微生物为试验材料,提取DNA样本,利用16S rRNA基因测序技术分析在门水平和属水平藏猪的肠道菌群组成,构建共有核心菌的菌群互作网络,结合27头藏猪肠道微生物宏基因组测序数据,进行KEGG通路和碳水化合物代谢酶(CAZymes)数据库注释分析,以期阐明与藏猪纤维代谢能力强和抗病力等优良特性相关的功能通路。【结果】(1)16S rRNA测序分析结果显示,拟杆菌门(Bacteroidetes)(39.34%~60.72%)和厚壁菌门(Firmicutes)(24.65%~38.5%)在藏猪肠道微生物门水平上占优势,而在属水平则依次是普雷沃氏菌属(Prevotella)、密螺旋体属(Treponema)和琥珀酸弧菌属(Succinivibrio)的丰度最高;(2)利用Cytoscape软件构建藏猪肠道样品中共有的26个核心菌属之间的互作网络,各菌群在网络中存在合作关系和竞争关系,证明藏猪肠道菌群结构比较稳定;(3)宏基因组鸟枪法测序结果显示,在KEGG功能注释中藏猪肠道主要富集营养物质合成代谢和遗传信息处理相关通路,包括氨基酸的生物合成、碳代谢、群体感应通路等。此外,使用CAZymes数据库注释显示藏猪肠道中的糖基转移酶(GTs)基因家族相对丰度最高,主要为GT2、GT4和GT41基因,其次是糖苷水解酶基因家族(GHs)的GH13、GH2和GH3基因。【结论】藏猪具有丰富且独特的微生物组成和功能通路,与免疫和抗病相关的疣微菌门(Verrucomicrobia)和阿克曼氏菌(Akkermansia)是藏猪肠道特有的高丰度菌属,可能与藏猪适应高海拔低氧低温的环境及其抗病性能有关;与粗纤维代谢相关的密螺旋体属Treponema、Sphaerochaeta、纤维杆菌属Fibrobacter在藏猪肠道中富集,能够帮助藏猪降解饲粮中的粗纤维,适应半放牧的饲养模式。研究结果有助于了解肠道微生物在藏猪耐粗饲和抗逆性中的作用机制,为今后对藏猪优良特性的开发利用提供新的思路。

基于宏基因组测序对中国北方地区生乳中嗜冷菌的群落结构研究

本研究旨在利用宏基因组测序探究中国北方地区生乳中嗜冷菌群落结构的多样性。在冬季从中国内蒙古地区和北京地区的14个牧场共采集14份生乳样品,分离纯化可培养嗜冷菌和提取生乳中微生物总DNA,并利用16S rDNA测序和宏基因组测序结合的方法对生乳中嗜冷菌进行分析。结果发现,北京地区和内蒙古地区生乳中嗜冷菌的群落结构无显著性差异。两个地区生乳中优势嗜冷菌属均是假单胞杆菌属、寡养单胞菌属和短波单胞杆菌属。全局和概述图谱、氨基酸代谢和碳水化合物代谢是最主要的功能代谢途径,且嗜冷菌中含有多种抗生素抗性基因。综上,本研究利用传统培养和宏基因组测序准确测定了生乳中嗜冷菌群落的物种和功能信息,有助于了解生乳中嗜冷菌的生命活动及为嗜冷菌风险评估提供基础信息,促进中国北京及内蒙古牧场开展防控。

应用宏基因组二代测序诊断异基因造血干细胞移植后早期侵袭性真菌病患者的临床分析

目的 分析异基因造血干细胞移植(allogeneic hematopoietic stem cell transplantation, allo-HSCT)后早期应用宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)诊断侵袭性真菌病(invasive fungal disease, IFD)患者的临床转归。方法 回顾性分析2021年7月至2022年10月在浙江大学医学院附属第一医院接受allo-HSCT患者,移植后早期(100 d内)出现以下情况之一:(1)经验性抗细菌治疗72 h及以上持续发热,且血培养阴性患者;(2)既往抗感染有效后再次出现不明原因高热;(3)下呼吸道症状合并肺部CT病灶,经验性抗感染治疗无效。送检移植后外周血或支气管镜肺泡灌洗液行mNGS检测,并分析患者的总体生存率(overall survival, OS)和非复发死亡率(non-relapse mortality, NRM)。结果 纳入60例患者,送检外周血标本47例,肺泡灌洗液标本13例。mNGS检测病原学阴性组19例,非真菌阳性组30例,真菌阳性组11例;真菌阳性组中曲霉菌3例、毛霉菌5例、热带念珠菌2例、阿萨丝孢酵母菌1例。11例真菌阳性患者经调整抗真菌治疗8例获完全缓解。60例患者1年OS和1年NRM分别为70.0%(95%CI:64.1%~75.9%)和20.0%(95%CI:11.9%~32.5%)。真菌阳性组1年OS为54.5%(95%CI:49.5%~69.5%),1年NRM为36.4%(95%CI:15.5%~70.3%);阴性组、真菌阳性组和非真菌阳性组1年OS (P=0.487)和1年NRM (P=0.358)差异无统计学意义。真菌阳性组与非真菌阳性组OS(P=0.238)和NRM (P=0.154)上的差异亦无统计学意义。结论 mNGS可快速诊断allo-HSCT后早期IFD,有利于及时有效治疗,改善患者的预后。

脑脊液宏基因组二代测序在急诊疑似中枢神经系统感染中的应用

目的评估宏基因组二代测序(mNGS)在急诊疑似中枢神经系统感染中的应用价值。方法对2019年9月至2023年12月西安交通大学第二附属医院急诊科收治的确诊或疑似中枢神经系统(CNS)感染,且行脑脊液样本常规检测及mNGS检测的109例患者进行回顾性研究分析,根据最终诊断分为颅内感染组(n=59)和非颅内感染组(n=50)。比较两组患者基本资料和临床检查结果,将有意义的指标纳入回归分析,建立预测模型,对预测模型进行检验,绘制受试者工作特征(ROC)曲线,计算曲线下面积(AUC)。结果mNGS阳性(95%CI 5.247~64.230)、头痛(95%CI 1.471~14.990)、脑脊液白细胞计数>16(95%CI 1.211~11.962)×10^(6)/L及颅内压>170(95%CI 1.034~9.801)cmH_(2)O是急诊中枢神经系统感染的独立预测因素,预测模型得到的AUC为0.911,大于mNGS和传统检验的0.801和0.832。结论脑脊液mNGS可有效识别引起中枢神经系统感染性疾病的病原体。mNGS与临床症状及常规微生物检测结合,可在明确病原体的同时,大大提高诊断效能。

肺泡灌洗液宏基因组二代测序对老年人肺曲霉菌病的诊断价值研究

目的 研究肺泡灌洗液(bronchial alveolar lavage fluid, BALF)宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)在老年肺曲霉菌病中的诊断价值。方法 纳入190例符合肺曲霉菌病诊断的病人,按照年龄≥60岁分为老年组和非老年组,分析传统微生物培养、血清曲霉半乳甘露聚糖抗原检测(GM试验)、BALF GM试验及BALF mNGS在2组病人中的阳性率。结果 老年组和非老年组中BALF mNGS阳性率最高,其次为BALF GM试验。2组BALF GM试验阳性率差异有统计学意义。ROC曲线得出老年组和非老年组BALF GM试验的诊断效能均优于血清GM试验,且老年组BALF GM试验的敏感度和特异度高于非老年组。在血清GM试验<0.5的99例老年病人中,61例行BALF mNGS,49例(80.3%)阳性;BALF GM试验<0.8的28例老年病人中,26例行BALF mNGS,全部阳性。结论 老年人和非老年人肺曲霉菌病诊断中,BALF mNGS阳性率最高,其次为BALF GM试验。对于GM试验阴性仍高度怀疑肺曲霉菌感染的病人行BALF mNGS将大大提高检出率,BALF GM试验结合BALF mNGS检测将使肺曲霉菌病的诊断准确率显著提高。

宏基因组二代测序在耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌医院感染暴发中的应用

目的 探讨宏基因组二代测序(mNGS)技术在耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌(CRAB)医院感染暴发事件调查中的应用。方法 应用mNGS及传统病原学培养方法对某院重症监护病房(ICU)2023年6月8—22日5例检出CRAB患者进行病原学检测,对可能污染的环境进行微生物采样及细菌培养、鉴定和药物敏感试验,同时采取综合控制措施并评价其效果。结果 mNGS结果回报所需时间短于培养所需时间[(3.92±1.05)d VS (6.24±0.25)d,P<0.001]。5例患者的标本培养分离出CRAB,mNGS检测结果显示均检出OXA-23耐药基因,经专家综合判断4例患者为医院感染,1例患者为标本污染。依据《医院感染暴发控制指南》中的医院感染暴发定义,此事件考虑为医院感染暴发。环境卫生学监测结果显示,暴发时环境中CRAB检出率为51.30%(59/115),主要集中在医务人员手与呼吸机表面,实施多学科联合感染控制措施后,医生手卫生依从率及呼吸机消毒落实率分别由40.83%(49/120)、33.33%(16/48)提高至82.61%(95/115)、83.33%(30/36)。患者预后良好,后续监测未发现新病例,此医院感染暴发事件得到有效控制。结论 mNGS具有精准度高、耗时短、准确率高的特点,可以应用于医院感染暴发防控及耐药基因组研究,对多重耐药菌感染患者的抗感染治疗及医院感染防控措施的制定具有重要意义。持续提高消毒效果及手卫生依从率是防控CRAB感染的重要手段。

基于宏基因组二代测序的ICU感染性疾病患者病原体分布

目的基于宏基因组二代测序(mNGS)数据,分析重症监护室(ICU)感染性疾病患者的病原体分布情况,为临床抗感染治疗提供依据。方法回顾性分析7所综合性三甲医院ICU感染性疾病标本的mNGS报告结果,探讨ICU病原体分布情况。结果收集1083份感染性疾病标本的mNGS报告,总体检出率为85.50%。病原体种类172种,病原体例数1334例,检出的细菌的种类和数量最多,其次为病毒。革兰阴性菌例数(60.29%)较革兰阳性菌(39.71%)多,检出数前3位的革兰阴性菌为肺炎克雷伯菌(114例,22.75%)、鲍曼不动杆菌(78例,15.57%)和铜绿假单胞菌(66例,13.17%);革兰阳性菌为屎肠球菌(68例,20.61%)、纹带棒状杆菌(46例,13.94%)和金黄色葡萄球菌(31例,9.39%)。检出数前3位的真菌为白色念珠菌(79例,40.51%)、耶氏肺孢子菌(32例,16.41%)和近平滑念珠菌(16例,8.21%)。DNA病毒为主要的检出病毒,检出数前3位为巨细胞病毒(71例,27.52%)、人疱疹病毒1型(62例,24.03%)和EB病毒(57例,22.09%);RNA病毒中检出数前3位为HpgV病毒(13例,43.33%)、人冠状病毒229E型(4例,13.33%)、鼻病毒(3例,10.00%)和人冠状病毒HKU1型(3例,10.00%)。在不典型病原体中,鹦鹉热衣原体检出率最高(11例,55.00%)。结论革兰阴性菌是ICU感染性疾病患者的主要病原体,其次为病毒。动态监测ICU病原体分布情况有助于制定合理有效的抗感染治疗策略。

宏基因组病原学测序在下呼吸道感染的诊断价值和应用进展

下呼吸道感染(lower respiratory tract infection,LRTI)迄今仍是全球关注的重大卫生问题,及时准确地检出感染病原体是该病对因治疗的关键。现有各类微生物检测方法尚难满足日益发展的临床病原诊断需求。宏基因组下一代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)作为高通量、广覆盖、灵敏快速、无需预判的新型检测技术,可极大地提高感染性疾病的病因诊断率。本文综述了mNGS的概念、技术优势、在LRTI病原诊断的临床应用现状、以及mNGS当前面临的部分责任病原体序列数低,或与背景菌区分鉴别困难的挑战,并从技术和临床不同层面提出了应对措施和未来展望。

宏基因组测序在传染病检测中的应用

近年来,随着宏基因组测序技术在分子生物学领域的快速发展,宏基因组测序为传染病致病病原体尤其是未知病原的分型溯源和生物学特性研究提供了更加便捷、高效的手段。该技术相较于传统检测手段具有明显的时效性、灵敏度高等优点。快速、准确、广谱鉴定出病原体,有助于采用针对性的防控措施,是各种传染病预防控制的关键。本综述主要以高通量测序技术进展为基础,探讨宏基因组测序技术在细菌、病毒、真菌以及寄生虫等传染性疾病中的实际运用情况,并讨论了该技术可能面临的挑战和应用前景。

宏基因组二代测序在实体器官移植感染防控中的应用

器官移植已成为多种终末期疾病的有效治疗手段,但器官移植受者术后需长期服用免疫抑制药,导致免疫功能低下,使得细菌、病毒和真菌感染的发生率相对较高。以病原学培养、免疫学检测和聚合酶链反应为代表的传统微生物检测方法被广泛用于感染检测,但存在耗时长、需预先假定病原体等问题。宏基因组二代测序由于具有病原体检出率高、对病原谱检测全面的优点,近年来被广泛应用于器官移植领域的感染防控。本文就宏基因组二代测序技术在实体器官移植感染防控上的应用现状进行综述,以期对移植相关感染的诊断和治疗提供参考。