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病原宏基因组高通量测序生物信息学分析质量评价的研究现状与思考
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作者 刘东来 关文达 +3 位作者 吴林寰 王浩 杨子峰 许四宏 《中国食品药品监管》 2024年第5期34-41,共8页
病原宏基因组高通量测序(mNGS)技术已成为感染病原学诊断的新工具,由实验操作(湿实验)和生物信息学分析(干实验)两部分组成。干实验由算法和数据库构成,其功能是对湿实验产生的测序数据进行分析处理后输出检测结果。干实验的性能受到测... 病原宏基因组高通量测序(mNGS)技术已成为感染病原学诊断的新工具,由实验操作(湿实验)和生物信息学分析(干实验)两部分组成。干实验由算法和数据库构成,其功能是对湿实验产生的测序数据进行分析处理后输出检测结果。干实验的性能受到测序数据中复杂多变的干扰因素的影响,包括临床样本中大量的人源核酸、试剂与耗材携带的微生物核酸、采样与湿实验引入的环境微生物核酸、数据库中基因组质量不均一或不同物种基因组之间的相似性过高导致的错误比对与注释,以及算法与参数差异对分类鉴定的影响等。上述干扰因素可能来自mNGS检测各个环节,不仅可能导致干实验输出错误的物种鉴定和微生物检测结果,也给干实验的质量控制与评价带来较大挑战。本文综述了mNGS干实验质量控制的关键问题以及关于质量评价方法的思考。 展开更多
关键词 病原基因组高通量 生物信息学分析 质量评价 数字参考品
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基于宏基因组高通量测序技术的水痘带状疱疹病毒脑炎/脑膜炎的临床特点分析
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作者 崇丽宁 韩翠芝 +1 位作者 刘松 韩敬哲 《中华神经医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期1006-1011,共6页
目的基于宏基因组高通量测序(mNGS)技术探讨水痘带状疱疹病毒(VZV)脑炎/脑膜炎患者脑脊液中检出序列数与临床特点的关系。方法选取哈励逊国际和平医院神经内科自2016年1月至2022年10月收治的54例VZV脑炎/脑膜炎患者为研究对象。采用mNG... 目的基于宏基因组高通量测序(mNGS)技术探讨水痘带状疱疹病毒(VZV)脑炎/脑膜炎患者脑脊液中检出序列数与临床特点的关系。方法选取哈励逊国际和平医院神经内科自2016年1月至2022年10月收治的54例VZV脑炎/脑膜炎患者为研究对象。采用mNGS检测患者脑脊液中VZV的序列数,根据检出序列数是否>1000将患者分为低检出序列数组(≤1000)和高检出序列数组(>1000)。比较2组患者临床特征、辅助检查结果、治疗和预后的差异。结果mNGS结果显示,低检出序列数组患者26例,高检出序列数组患者28例。与低检出序列数组比较,高检出序列数组患者的年龄较大[48.0(35.5,65.3)岁vs.63.0(54.0,71.8)岁],应用免疫抑制剂者占比较高(0.0%vs.14.3%),脑膜刺激征者占比较低(46.2%vs.17.9%),精神行为异常(15.4%vs.42.9%)、癫痫(3.8%vs.28.6%)、意识障碍者占比较高(11.5%vs.42.9%),脑脊液压力较大[150.0(127.5,177.5)mmH_(2)O vs.185.0(152.5,210.0)mmH_(2)O],脑电图结果阳性率较高(11.8%vs.47.7%),出院时预后不良率较高(26.9%vs.66.7%),差异均有统计学意义(P<0.05)。结论低检出序列数患者临床表型倾向于脑膜炎型,高检出序列数患者临床表型倾向于脑炎型。高检出序列数患者易脑脊液压力升高、脑电图结果异常、预后不良。 展开更多
关键词 水痘带状疱疹病毒 脑炎/脑膜炎 基因组高通量 临床特点
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Xpert MTB/RIF联合宏基因组高通量测序对菌阴肺结核的诊断价值分析
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作者 李红玲 余思婕 于媛媛 《中国现代医生》 2024年第12期32-36,共5页
目的探讨Xpert MTB/RIF联合宏基因组高通量测序对菌阴肺结核的诊断价值。方法回顾性分析2019年12月至2022年5月诊断为菌阴肺结核的70例患者,分别进行XpertMTB/RIF检测、宏基因组高通量测序及二者联合检测。采用固体培养法和比例法对生... 目的探讨Xpert MTB/RIF联合宏基因组高通量测序对菌阴肺结核的诊断价值。方法回顾性分析2019年12月至2022年5月诊断为菌阴肺结核的70例患者,分别进行XpertMTB/RIF检测、宏基因组高通量测序及二者联合检测。采用固体培养法和比例法对生化病原菌进行诊断并分析诊断效能。采用预测值绘制受试者操作特征曲线。结果Xpert MTB/RIF诊断阳性率75.57%,阴性率21.43%;宏基因组高通量测序诊断阳性率78.57%,阴性率21.43%;联合诊断阳性率88.57%,阴性率11.43%。Xpert MTB/RIF检测敏感度为77.55%、特异性为59.86%,曲线下面积(area under the curve,AUC)为0.827;宏基因组高通量测序检测敏感度为77.47%、特异性为61.02%,AUC为0.808;联合检测敏感度为89.75%、特异性为89.57%,AUC为0.925。结果显示Xpert MTB/RIF联合宏基因组高通量测序在菌阴肺结核中诊断的敏感度、特异性均高于单一检测(P<0.05)。结论XpertMTB/RIF联合宏基因组高通量测序在菌阴肺结核诊断中具有较好的应用价值,值得临床推广使用。 展开更多
关键词 Xpert MTB/RIF 基因组高通量 菌阴肺结核 诊断价值
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宏基因组测序技术(mNGS)对肺泡灌洗液病原的诊断价值
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作者 李加雄 金晓菲 卢惠伦 《当代医药论丛》 2024年第4期116-120,共5页
目的:本研究旨在评估宏基因组测序技术(mNGS)在肺泡灌洗液样本中用于病原体检测的诊断价值,比较其与传统方法的检出率,并分析mNGS检测结果对肺部感染患者临床治疗的指导作用。方法:研究纳入2021年5月至2023年5月期间收治的86例行支气管... 目的:本研究旨在评估宏基因组测序技术(mNGS)在肺泡灌洗液样本中用于病原体检测的诊断价值,比较其与传统方法的检出率,并分析mNGS检测结果对肺部感染患者临床治疗的指导作用。方法:研究纳入2021年5月至2023年5月期间收治的86例行支气管肺泡灌洗的肺部感染患者为研究对象。对所有患者的灌洗液均实施mNGS检测和传统方法检测。以最终诊断结果为“金标准”,比较两种检测方法的阳性检出率,并对比mNGS阳性组与阴性组患者的预后指标。结果:最终诊断结果为阳性65例,阴性21例,其中混合感染共计49例;共检出164株病原体,其中耶氏肺孢子菌、结核分枝杆菌比例为13/7。mNGS的总检测准确率明显高于传统检测方法(P<0.05);在耶氏肺孢子菌检测准确率的比较上,mNGS检测的准确率明显高于传统检测方法(P<0.05),但在结核分枝杆菌检测准确率的比较上,mNGS与传统检测方法无明显差异(P>0.05);在真菌、细菌混合感染的检测准确率比较上,mNGS检测明显高于传统检测方法(P<0.05)。在抗生素调整率、CRP水平、平均住院时间、机械通气时间等预后指标的比较上,mNGS阳性组与阴性组比较差异有统计学意义(P<0.05)。结论:mNGS技术在肺泡灌洗液样本中用于病原体检测具有较高的诊断价值,能够提高阳性检出率并对肺部感染患者的临床治疗产生积极的指导作用,有助于改善患者预后。 展开更多
关键词 基因组技术 肺泡灌洗液 病原体检 阳性检出率 预后
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基于宏基因组测序和纯培养技术解析胀袋生抽酱油的微生物类群 被引量:1
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作者 王玉荣 席啦 +3 位作者 易宗伟 付彩霞 葛东颖 郭壮 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期165-170,177,共7页
该研究采用宏基因组测序技术对胀袋生抽酱油微生物类群进行了解析,对其微生物菌株进行了分离鉴定,并对分离株是否可导致酱油胀气进行了验证。宏基因组结果表明,胀袋生抽酱油样品中平均相对含量大于1.0%的微生物主要由嗜盐四联球菌(Tetra... 该研究采用宏基因组测序技术对胀袋生抽酱油微生物类群进行了解析,对其微生物菌株进行了分离鉴定,并对分离株是否可导致酱油胀气进行了验证。宏基因组结果表明,胀袋生抽酱油样品中平均相对含量大于1.0%的微生物主要由嗜盐四联球菌(Tetragenococcus halophilus)、酸鱼联合乳杆菌(Ligilactobacillus acidipiscis)、植物乳植物杆菌(Lactiplantibacillus plantarum)、耐酸乳杆菌(Lactobacillus acetotolerans)、棒状腐败乳杆菌(Loigolactobacillus coryniformis)、短促生乳杆菌(Levilactobacillus brevis)和屎肠球菌(Enterococcus faecium)构成,平均相对含量分别为28.01%、25.50%、9.45%、2.49%、1.83%、1.53%和1.33%;采用纯培养技术,分离出的49株细菌被鉴定为6个属下的11个种,其中枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、破布子联合乳杆菌(Ligilactobacillus pobuzihii)、蛋白原酶腐败乳杆菌(Loigolactobacillus rennini)和L.acidipiscis分离株占总分离株数的39.22%、19.61%、11.76%和9.80%,分离出的2株酵母菌均被鉴定为扣囊复膜酵母(Saccharomycopsis fibuligera);产气验证实验发现,所有分离株均不能单独引起生抽酱油的胀袋现象。由此可见,胀袋生抽酱油具有较高的微生物多样性,在后续研究引入培养组学策略以获得更多的分离株,亦或考虑多菌株的协同作用,对酱油涨袋这一产业问题的解决可能具有积极的意义。 展开更多
关键词 生抽酱油 胀气 基因组 纯培养 微生物
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脑脊液宏基因组二代测序在小儿神经外科术后颅内细菌感染诊断中的应用
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作者 谢岷 司道林 +2 位作者 何剑 邓小鹿 王霞 《中国感染控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期475-481,共7页
目的探讨脑脊液宏基因组二代测序(mNGS)技术在小儿神经外科术后颅内细菌感染诊断中的应用。方法分析2020年1月1日—2023年8月31日在中南大学某医院儿童重症监护病房住院的神经外科手术后符合颅内细菌感染诊断标准(包括临床诊断及确诊)... 目的探讨脑脊液宏基因组二代测序(mNGS)技术在小儿神经外科术后颅内细菌感染诊断中的应用。方法分析2020年1月1日—2023年8月31日在中南大学某医院儿童重症监护病房住院的神经外科手术后符合颅内细菌感染诊断标准(包括临床诊断及确诊)病例的临床资料,2021年10月起,在经验性使用抗颅内感染药物前送检脑脊液培养和mNGS检测。对脑脊液mNGS结果阴性病例,结合脑脊液培养结果及临床资料,不进行或尽早停用经验性抗颅内感染治疗并追踪随访。结果共纳入43例病例,其中临床诊断组38例,病原学诊断组5例。脑脊液常规及生化指标两组间比较,差异均无统计学意义(均P>0.05)。临床诊断组38例病例中,2020年1月—2021年9月10例临床诊断病例(对照组),临床诊断颅内感染后接受经验性抗菌药物治疗;2021年10月—2023年8月28例临床诊断颅内感染病例(干预组)mNGS病原学和脑脊液培养均阴性,16例病例未进行经验性抗颅内感染治疗,另12例在mNGS回报阴性后结合临床资料及时停止经验性抗颅内感染治疗,追踪随访28例病例均无细菌性脑膜炎发生,入颅抗菌药物平均使用时间[0(0,4)d]低于对照组10例临床诊断病例抗菌药物平均使用时间[8(7,11)d,P<0.05]。结论脑脊液mNGS可以提高神经外科术后颅内细菌感染病例病原学检出率,mNGS检测结果有助于指导神经外科术后颅内细菌感染临床诊断病例抗菌药物的合理使用。 展开更多
关键词 基因组二代 中枢神经系统感染 神经外科 儿童
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经宏基因组二代测序技术确诊的非HIV耶氏肺孢子菌重症肺炎患者临床特征及药物治疗
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作者 展冠军 孟珊珊 +5 位作者 徐家兵 何杰 蒙钟经 李妮妮 刘中秋 陆瑾 《中华医院感染学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第20期3046-3052,共7页
目的探究经宏基因组二代测序技术确诊的非人类免疫缺陷病毒(HIV)耶氏肺孢子菌重症肺炎患者的临床特征,对治疗的药物进行合理性分析。方法去回顾性分析2021年1月-2023年12月在东南大学附属中大医院重症监护病房住院且经支气管肺泡灌洗液... 目的探究经宏基因组二代测序技术确诊的非人类免疫缺陷病毒(HIV)耶氏肺孢子菌重症肺炎患者的临床特征,对治疗的药物进行合理性分析。方法去回顾性分析2021年1月-2023年12月在东南大学附属中大医院重症监护病房住院且经支气管肺泡灌洗液和(或)血二代测序结合临床确诊的16例非HIV耶氏肺孢子菌重症肺炎患者的临床资料,分析基础疾病、实验室检查指标、影像学表现、药物治疗及转归等情况。结果16例非HIV耶氏肺孢子菌重症肺炎患者中,男性7例,女性9例,年龄29~77岁。急性生理和慢性健康(APACHE)Ⅱ评分均值为(19.90±8.40)分,序贯器官衰竭(SOFA)评分中位数6.50(4.80)分;大部分以咳嗽、咳痰、胸闷气短、发热等症状起病;10例有自身免疫性基础疾病,肿瘤4例,1例为肾移植术后;住院前使用激素史11例,化疗或使用免疫抑制剂9例;入ICU后(首次检查结果)总淋巴细胞计数中位数0.38(0.54)×10^(9)/L,C-反应蛋白为(111.51±81.40)mg/L,CD_(4)^(+) T细胞计数<200个/μl为60.00%(9/15),CD_(4)^(+)T细胞计数中位数为112.30(230.52)个/μl,(1,3)-β-D葡聚糖>200pg/ml及乳酸脱氢酶>250U/L均为10例,白蛋白为(27.08±4.04)g/L;16例患者中宏基因组二代测序技术检出巨细胞和(或)EB病毒为9例(56.25%),13例检测血浆中巨细胞病毒DNA和(或)EB病毒DNA中8例为阳性;在磺胺甲唑/甲氧苄啶联合(不联合)棘白菌素治疗的基础上,75.00%(12/16)患者使用了抗病毒药物,93.75%(15/16)患者使用激素,56.25%(9/16)患者使用丙种球蛋白,62.50%(10/16)患者使用胸腺肽,93.75%(15/16)患者经验性或目标性使用其他抗菌药物,经治疗后9例(56.25%)好转。结论非HIV耶氏肺孢子菌重症肺炎患者的自身免疫性基础疾病较多,以混合感染为主,病死率较高,宏基因组二代测序技术可为该类感染提供较好的病原学证据,除抗耶氏肺孢子菌治疗的磺胺甲噁唑/甲氧苄啶及棘白菌素类药物外,激素、丙种球蛋白、胸腺肽及其他抗菌药物的使用应个体化,需更多的临床数据支持。 展开更多
关键词 耶氏肺孢子菌 重症肺炎 基因组二代 临床特征 用药分析 非人类免疫缺陷病毒
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宏基因组二代测序技术辅助诊断中枢神经系统贝氏柯克斯体感染性血管炎1例
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作者 蔡衍珊 刘子凡 《中国感染控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期628-630,共3页
Q热是由贝氏柯克斯体感染引起的人畜共患病,临床表现多样且无特异性,贝氏柯克斯体颅内感染罕见,经常被误诊和漏诊,导致部分患者预后不佳。此文报告1例宏基因组二代测序(mNGS)技术辅助诊断的中枢神经系统贝氏柯克斯体颅内感染性血管炎病... Q热是由贝氏柯克斯体感染引起的人畜共患病,临床表现多样且无特异性,贝氏柯克斯体颅内感染罕见,经常被误诊和漏诊,导致部分患者预后不佳。此文报告1例宏基因组二代测序(mNGS)技术辅助诊断的中枢神经系统贝氏柯克斯体颅内感染性血管炎病例,提示mNGS技术在Q热快速诊断中起到重要作用,通过早期诊断,精准治疗,明显改善患者预后。在此基础上回顾国内外相关文献,总结贝氏柯克斯体颅内感染的临床表现和诊治经验,供国内外同行参考。 展开更多
关键词 Q热 贝氏柯克斯体 感染性血管炎 基因组二代 mngs
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经宏基因组二代测序确诊的支气管扩张合并脓肿诺卡菌感染2例报告并文献复习
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作者 李娟 王倩 +1 位作者 黄国虹 宋雅君 《广西医学》 CAS 2024年第8期1278-1281,共4页
目的总结经宏基因组二代测序(mNGS)确诊的支气管扩张合并脓肿诺卡菌感染的病原学特点、临床特征和治疗要点。方法回顾性分析2例经mNGS确诊的支气管扩张合并脓肿诺卡菌感染患者的临床资料,并结合文献总结该病的病原学特点、临床特征和治... 目的总结经宏基因组二代测序(mNGS)确诊的支气管扩张合并脓肿诺卡菌感染的病原学特点、临床特征和治疗要点。方法回顾性分析2例经mNGS确诊的支气管扩张合并脓肿诺卡菌感染患者的临床资料,并结合文献总结该病的病原学特点、临床特征和治疗要点。结果2例支气管扩张合并脓肿诺卡菌感染患者均存在咳嗽咳痰、可伴咯血的症状,查体可闻及肺部音,胸部CT提示肺部斑片影、胸膜增厚、支气管扩张,其中1例合并2型糖尿病、高血压,1例合并冠心病,且2例均合并甲状腺功能减退。2例患者初始经验性抗感染药物为头孢曲松钠,采用气管抽吸物mNGS确诊其菌株分型为脓肿诺卡菌后改用甲氧苄啶-磺胺甲恶唑(复方磺胺甲恶唑片)治疗,均好转出院。结论支气管扩张合并脓肿诺卡菌感染缺乏临床特异性,且病原菌培养周期长,容易造成漏诊而延误诊治。mNGS可帮助临床医师快速明确脓肿诺卡菌诊断,磺胺类药物为首选治疗药物,该类患者预后相对较好。 展开更多
关键词 诺卡菌 肺部感染 支气管扩张 基因组二代 病例报告
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宏基因组二代测序技术在血液病患者合并感染诊疗中的应用
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作者 封韬 付堃 +2 位作者 张智慧 芦小单 高鹏 《长春师范大学学报》 2024年第4期87-91,共5页
探讨宏基因组二代测序(mNGS)在血液病合并感染诊疗中的临床应用价值。对比分析2021年8月至2022年12月吉林省人民医院血液科血液病合并感染患者的传统病原体检测结果与mNGS检测结果,探讨mNGS在血液病合并感染时诊疗的优势及临床应用价值... 探讨宏基因组二代测序(mNGS)在血液病合并感染诊疗中的临床应用价值。对比分析2021年8月至2022年12月吉林省人民医院血液科血液病合并感染患者的传统病原体检测结果与mNGS检测结果,探讨mNGS在血液病合并感染时诊疗的优势及临床应用价值。共纳入患者20例,经mNGS检测,16例呈阳性,包括细菌感染3例、真菌感染1例、病毒感染4例,两种以上感染8例;4例呈阴性。mNGS病原体检出率和检出种类显著高于传统检测方法。根据mNGS检测结果调整临床用药后,治疗效果良好。与传统病原体检测方法相比,mNGS对血液病合并感染具有较高的检出率,检出更全面,显著提高了患者的生存率及生活质量,对于临床用药具有指导意义。研究结果表明病原宏基因组二代测序可为该类感染提供病原学证据以辅助血液病合并感染的治疗。 展开更多
关键词 基因组二代 血液病 感染 传统检方法
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宏基因组二代测序诊断高毒力肺炎克雷伯杆菌所致肝脓肿并发眼内炎1例
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作者 王立峰 蒋贵宇 +1 位作者 李青松 李永宁 《中国急救复苏与灾害医学杂志》 2024年第8期1113-1116,共4页
高毒力肺炎克雷伯杆菌(hvKp)是肺炎克雷伯杆菌的一个变种,与传统的肺炎克雷伯杆菌相比,它具有更高的侵袭性和毒性。hvKp能够导致多种严重的感染,如肝脓肿,并可能通过血流播散到身体其他部位,如眼内,导致眼内炎。hvKp在亚洲常见,尤其是... 高毒力肺炎克雷伯杆菌(hvKp)是肺炎克雷伯杆菌的一个变种,与传统的肺炎克雷伯杆菌相比,它具有更高的侵袭性和毒性。hvKp能够导致多种严重的感染,如肝脓肿,并可能通过血流播散到身体其他部位,如眼内,导致眼内炎。hvKp在亚洲常见,尤其是与糖尿病患者的感染有关。hvKp毒性与其特定的基因型和毒力因子有关,这使得其感染难以治疗,需要及时的医疗干预。本文通过宏基因组二代测序(mNGS)确诊hvKp所致肝脓病肿并发眼内炎1例,与传统病原学诊断相比,mNGS可有效降低治疗时间及费用。 展开更多
关键词 肺炎克雷伯杆菌 肝脓肿 内源性眼内炎 基因组二代
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宏基因组高通量测序技术在中枢神经系统感染性疾病中的临床价值分析 被引量:3
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作者 陆旻雅 郭佳钰 +5 位作者 张栋 苏慧婷 高弈 赵颖 杨启文 徐英春 《协和医学杂志》 CSCD 2023年第5期1005-1010,共6页
目的 探讨宏基因组高通量测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)技术在中枢神经系统感染性疾病诊断中的临床价值。方法 依托中国医学科学院北京协和医院感染性疾病宏基因组检测平台,回顾性分析2022年4—12月临床诊断为中... 目的 探讨宏基因组高通量测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)技术在中枢神经系统感染性疾病诊断中的临床价值。方法 依托中国医学科学院北京协和医院感染性疾病宏基因组检测平台,回顾性分析2022年4—12月临床诊断为中枢神经系统感染性疾病患者的临床信息、常规实验室检测结果及mNGS结果等相关资料,评价mNGS技术在中枢神经系统感染性疾病诊断中的价值。结果 在39例临床诊断为中枢神经系统感染性疾病的患者中,29例(74.4%)检出疑似致病病原体特异性序列,其中11例(37.9%)检出细菌,13例(44.8%)检出病毒,3例(10.3%)检出真菌,1例(3.5%)检出细菌及病毒,1例(3.5%)检出真菌及病毒,真阳性率为74.4%。10例报告阴性结果,假阴性率为25.6%。mNGS技术的阳性率明显高于临床常规病原学检查(包括脑脊液涂片、培养、病原体抗原及核酸聚合酶链式反应)的阳性率(74.4%比23.7%)。结论 相较于现有的临床常规病原学检查手段,mNGS技术在中枢神经系统感染性疾病诊断中具有更高的真阳性率,可能有助于中枢神经系统感染性疾病的早期诊断。 展开更多
关键词 基因组高通量 中枢神经系统 感染 脑脊液
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宏基因组二代测序和细胞因子在PD相关腹膜炎早期诊断中的应用 被引量:1
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作者 何萌萌 符姣 +3 位作者 姚玲 邵小淇 李楠 张培 《中国血液净化》 CSCD 2024年第5期351-355,共5页
目的探究宏基因组二代测序(metagenomic second-generation sequencing,mNGS)技术在早期检测腹膜透析相关腹膜炎(peritoneal dialysis-associated peritonitis,PDAP)患者细菌感染的病原学价值,了解不同细菌感染类型中细胞因子分布差异,... 目的探究宏基因组二代测序(metagenomic second-generation sequencing,mNGS)技术在早期检测腹膜透析相关腹膜炎(peritoneal dialysis-associated peritonitis,PDAP)患者细菌感染的病原学价值,了解不同细菌感染类型中细胞因子分布差异,构建相关风险预测模型。方法收集2020年4月─2023年4月就诊于安徽医科大学第一附属医院,符合国际腹膜透透协会(international society for peritoneal dialysis,ISPD)诊断标准的腹膜透析(peritoneal dialysis,PD)患者的临床资料,同时将其入院4小时内PD流出液送检mNGS检查及普通培养,并测定上清液中细胞因子水平,比较mNGS检测与实验室微生物培养病原学诊断结果,综合临床意义分为革兰氏阳性菌(G+菌)组、革兰氏阴性菌(G-菌)组和培养阴性(G0)组,比较2组细胞因子水平差异,确认危险因素并构建风险预测模型,同时进行效能检测。结果共50例PD相关腹膜炎患者纳入本研究,mNGS检测中41例患者检出病原体,检测阳性率高于微生物培养(χ^(2)=0.059,P=0.440),mNGS检测时间低于微生物培养(t=5.180,P<0.001)。多因素Logistics回归分析提示PD液中高白细胞介素(IL)10(OR=1.010,95%CI:1.000~1.020,P=0.024)、低IL-6(OR=0.620,95%CI:0.360~0.890,P=0.038)及高血清降钙素原(OR=1.200,95%CI:1.050~1.530,P=0.016)、低C反应蛋白水平(OR=1.014,95%CI:1.010~1.050,P=0.035)为PDAP预测G-菌感染的独立危险因素。ROC曲线及列线图结果显示上述炎症因子联合较单一因子对预测G-菌感染价值更大。结论mNGS在早期快速检测PDAP病原体方面显示了极大的诊断潜力,PD流出液中细胞因子IL-6、IL-10及血清降钙素原、C反应蛋白水平的整合提高了mNGS结果解释的精确度,依据细胞因子构建的风险预测模型可以较好区分不同种类细菌相关PDAP腹膜炎的患者。 展开更多
关键词 腹膜透析 腹膜炎 基因组二代 分子诊断标志物
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宏基因组二代测序技术在布鲁菌脊柱炎诊治中的应用价值 被引量:1
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作者 张文升 齐立明 +3 位作者 张耀 马睿 张强 史宗新 《临床骨科杂志》 2024年第2期284-288,共5页
目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)技术在布鲁菌脊柱炎诊治中的价值。方法手术治疗36例布鲁菌性脊柱炎患者,收集术前血液标本和术中病灶区组织标本(髓核、软骨终板、黄韧带、纤维环),采用Giemsa染色、试管凝集试验(SAT)、血培养、多重聚... 目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)技术在布鲁菌脊柱炎诊治中的价值。方法手术治疗36例布鲁菌性脊柱炎患者,收集术前血液标本和术中病灶区组织标本(髓核、软骨终板、黄韧带、纤维环),采用Giemsa染色、试管凝集试验(SAT)、血培养、多重聚合酶链式反应技术(PCR)检测和mNGS评估不同组织样本。另选取30例椎间盘突出患者作为阴性对照组。结果静脉血的mNGS、SAT、多重PCR检测阳性率比较差异均无统计学意义(P>0.05)。髓核的mNGS与多重PCR检测阳性率比较差异无统计学意义(P>0.05)。软骨终板、黄韧带和纤维环的mNGS检测阳性率均大于多重PCR检测阳性率(P<0.05)。髓核中多重PCR和mNGS检测阳性率均高于静脉血、软骨终板、黄韧带和纤维环(P<0.05)。敏感性、阴性预测值:mNGS均高于Giemsa染色、血培养和SAT(P<0.05);mNGS与多重PCR检测比较差异均无统计学意义(P>0.05)。临床诊断一致性mNGS最好,多重PCR和SAT较好,Giemsa染色一般,血培养较差。结论mNGS可以作为布鲁菌脊柱炎的有效检测手段,其敏感性和准确率高,尤其适用于术前无法明确诊断且术后病理结果为阴性但需确诊的患者,可为布鲁菌脊柱炎的精准治疗提供重要的病原学依据。 展开更多
关键词 布氏菌性脊柱炎 基因组二代技术 病原学诊断
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宏基因组二代测序辅助诊断鹦鹉热一例并文献复习 被引量:1
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作者 袁永龙 李慧梅 马德东 《结核与肺部疾病杂志》 2024年第2期113-119,共7页
目的:探讨鹦鹉热的临床特征、流行病学特点、诊治及预后。方法:回顾性分析山东省千佛山医院呼吸与危重症医学科收治的1例鹦鹉热衣原体肺炎患者,对其诊治过程进行分析。以“Psittacosis”为检索词检索PubMed数据库,以“鹦鹉热”为检索词... 目的:探讨鹦鹉热的临床特征、流行病学特点、诊治及预后。方法:回顾性分析山东省千佛山医院呼吸与危重症医学科收治的1例鹦鹉热衣原体肺炎患者,对其诊治过程进行分析。以“Psittacosis”为检索词检索PubMed数据库,以“鹦鹉热”为检索词检索万方数据库、维普数据库及中国知网,对相关文献进行分析。结果:患者,男性,52岁,因“发热、咳嗽20 d”入院,既往有高血压病史。患者于院外先后经过莫西沙星和头孢哌酮钠舒巴坦钠抗感染治疗,但病情未见改善。转入我科后,通过肺泡灌洗液宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)检出鹦鹉热衣原体,确诊为鹦鹉热衣原体肺炎。经左氧氟沙星联合米诺环素治疗后好转出院。通过回顾文献发现,鹦鹉热是一种人畜共患疾病,可累及全身多系统,其中呼吸系统受累最为常见。此病可在人际间传播。宏基因组高通量测序技术相较于血清学、病原体分离培养、聚合酶链反应(polymerase chain reaction, PCR)等传统检测手段具有优越性。治疗首选四环素类药物,疗程为2~3周。该病的预后较好,整体病亡率约为1%。结论:鹦鹉热为人畜共患疾病,需要早期治疗。该疾病临床特征和检查结果缺乏特异性,误诊率和漏诊率均较高。宏基因组高通量测序技术在诊断该病方面具有优势。治疗首选四环素类药物,预后较好。 展开更多
关键词 鹦鹉热 衣原体 肺炎 基因组二代 总结性报告(主题)
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扩增子与宏基因组策略在猴痘病毒全基因组测序考核中的应用比较
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作者 黄枝妙 翁育伟 +4 位作者 陈炜 游丽斌 王金章 俞婷婷 林琦 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期944-949,共6页
目的比较扩增子与宏基因组测序在猴痘病毒全基因组测序考核中的应用效果,为猴痘病毒测序溯源与疫情防控提供技术参考。方法扩增子测序:对猴痘DNA先进行全基因组靶向扩增,再对扩增产物进行二代测序;宏基因组测序:对猴痘DNA直接进行二代... 目的比较扩增子与宏基因组测序在猴痘病毒全基因组测序考核中的应用效果,为猴痘病毒测序溯源与疫情防控提供技术参考。方法扩增子测序:对猴痘DNA先进行全基因组靶向扩增,再对扩增产物进行二代测序;宏基因组测序:对猴痘DNA直接进行二代测序。获得序列后使用CLC、IGV等软件分析2种不同测序方法的有效数据百分比、测序深度及不同测序深度下的病毒全基因组测序覆盖度等质量参数,评估测序质量。使用Nextclade进行病毒分型、序列突变及缺失情况分析,比较2种测序方法所获得序列的一致性及完整性。结果使用猴痘参比毒株MPXV-M5312_HM12_Rivers全基因序列(GenBank登录号:NC_063383.1)进行拼接后,扩增子测序和宏基因测序所获得有效数据百分比分别为99.72%和7.54%,测序深度范围分别为0×~334839×和44×~1000×,测序深度10×以上的位点覆盖度分别为90.3%和100%。通过IGV查看全基因组在不同测序深度下的覆盖情况发现,宏基因测序的全基因组位点测序深度覆盖均匀,而扩增子测序的全基因组位点测序深度覆盖不均、差异明显。病毒分型及序列一致性分析显示,2种方法所获得序列均为猴痘病毒IIb B.1分支,与参比序列相比宏基因测序结果存在73个突变位点,扩增子测序存在68个突变位点,深入分析发现扩增子测序有7个IIb B.1分支的共有突变位点未测到,还存在2个假阳性私有突变位点。结论在猴痘病毒全基因测序中可灵活使用扩增子测序或宏基因组测序方法,其中扩增子测序可以获得更多的有效数据量,而宏基因组测序在序列覆盖的均一性和准确性方面较好,本研究旨在为提高猴痘病毒全基因组测序成功率提供一点启发与技术参考。 展开更多
关键词 猴痘病毒 基因组 扩增子 基因
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宏基因组高通量测序技术的临床应用:现状、挑战与前景 被引量:1
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作者 刁振丽 李金明 《协和医学杂志》 CSCD 2023年第5期905-910,共6页
传统微生物学检测方法难以满足临床复杂多变的病原体检测需求。近年来,新兴的宏基因组高通量测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)技术被广泛应用于各种感染性疾病诊断、新发及突发传染病病因分析、耐药基因检测和宿主... 传统微生物学检测方法难以满足临床复杂多变的病原体检测需求。近年来,新兴的宏基因组高通量测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)技术被广泛应用于各种感染性疾病诊断、新发及突发传染病病因分析、耐药基因检测和宿主免疫应答分析等领域。mNGS检测流程十分复杂,检测过程中每一步骤引入的变异均会影响检测结果的准确性。检测方法缺乏标准化、人员认知和能力不足、仪器试剂成本高昂是mNGS临床推广面临的主要障碍,因此亟需对检测方法进行标准化、规范化,快速提升检测人员的认知和综合能力。未来,整合mNGS病原体信息、转录组信息和耐药基因信息以提高对感染性疾病患者的临床管理水平是mNGS检测的重要发展方向。 展开更多
关键词 基因组 高通量 感染 标准化
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基于宏基因组测序对中国北方地区生乳中嗜冷菌的群落结构研究
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作者 许文君 郑楠 +1 位作者 王加启 孟璐 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期3659-3668,共10页
本研究旨在利用宏基因组测序探究中国北方地区生乳中嗜冷菌群落结构的多样性。在冬季从中国内蒙古地区和北京地区的14个牧场共采集14份生乳样品,分离纯化可培养嗜冷菌和提取生乳中微生物总DNA,并利用16S rDNA测序和宏基因组测序结合的... 本研究旨在利用宏基因组测序探究中国北方地区生乳中嗜冷菌群落结构的多样性。在冬季从中国内蒙古地区和北京地区的14个牧场共采集14份生乳样品,分离纯化可培养嗜冷菌和提取生乳中微生物总DNA,并利用16S rDNA测序和宏基因组测序结合的方法对生乳中嗜冷菌进行分析。结果发现,北京地区和内蒙古地区生乳中嗜冷菌的群落结构无显著性差异。两个地区生乳中优势嗜冷菌属均是假单胞杆菌属、寡养单胞菌属和短波单胞杆菌属。全局和概述图谱、氨基酸代谢和碳水化合物代谢是最主要的功能代谢途径,且嗜冷菌中含有多种抗生素抗性基因。综上,本研究利用传统培养和宏基因组测序准确测定了生乳中嗜冷菌群落的物种和功能信息,有助于了解生乳中嗜冷菌的生命活动及为嗜冷菌风险评估提供基础信息,促进中国北京及内蒙古牧场开展防控。 展开更多
关键词 生乳 嗜冷菌 基因组 地区 结构
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应用宏基因组二代测序诊断异基因造血干细胞移植后早期侵袭性真菌病患者的临床分析
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作者 姬玉涵 潘明月 +6 位作者 来晓瑜 刘丽珍 施继敏 赵妍敏 余建 杨露欣 罗依 《陆军军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期311-318,共8页
目的 分析异基因造血干细胞移植(allogeneic hematopoietic stem cell transplantation, allo-HSCT)后早期应用宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)诊断侵袭性真菌病(invasive fungal disease, IFD)患者的... 目的 分析异基因造血干细胞移植(allogeneic hematopoietic stem cell transplantation, allo-HSCT)后早期应用宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)诊断侵袭性真菌病(invasive fungal disease, IFD)患者的临床转归。方法 回顾性分析2021年7月至2022年10月在浙江大学医学院附属第一医院接受allo-HSCT患者,移植后早期(100 d内)出现以下情况之一:(1)经验性抗细菌治疗72 h及以上持续发热,且血培养阴性患者;(2)既往抗感染有效后再次出现不明原因高热;(3)下呼吸道症状合并肺部CT病灶,经验性抗感染治疗无效。送检移植后外周血或支气管镜肺泡灌洗液行mNGS检测,并分析患者的总体生存率(overall survival, OS)和非复发死亡率(non-relapse mortality, NRM)。结果 纳入60例患者,送检外周血标本47例,肺泡灌洗液标本13例。mNGS检测病原学阴性组19例,非真菌阳性组30例,真菌阳性组11例;真菌阳性组中曲霉菌3例、毛霉菌5例、热带念珠菌2例、阿萨丝孢酵母菌1例。11例真菌阳性患者经调整抗真菌治疗8例获完全缓解。60例患者1年OS和1年NRM分别为70.0%(95%CI:64.1%~75.9%)和20.0%(95%CI:11.9%~32.5%)。真菌阳性组1年OS为54.5%(95%CI:49.5%~69.5%),1年NRM为36.4%(95%CI:15.5%~70.3%);阴性组、真菌阳性组和非真菌阳性组1年OS (P=0.487)和1年NRM (P=0.358)差异无统计学意义。真菌阳性组与非真菌阳性组OS(P=0.238)和NRM (P=0.154)上的差异亦无统计学意义。结论 mNGS可快速诊断allo-HSCT后早期IFD,有利于及时有效治疗,改善患者的预后。 展开更多
关键词 基因组二代 基因造血干细胞移植 侵袭性真菌病
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脑脊液宏基因组二代测序在急诊疑似中枢神经系统感染中的应用
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作者 吕俊华 孙宝妮 +3 位作者 白郑海 王晓博 裴红红 潘龙飞 《中国急救医学》 CAS CSCD 2024年第4期356-360,共5页
目的评估宏基因组二代测序(mNGS)在急诊疑似中枢神经系统感染中的应用价值。方法对2019年9月至2023年12月西安交通大学第二附属医院急诊科收治的确诊或疑似中枢神经系统(CNS)感染,且行脑脊液样本常规检测及mNGS检测的109例患者进行回顾... 目的评估宏基因组二代测序(mNGS)在急诊疑似中枢神经系统感染中的应用价值。方法对2019年9月至2023年12月西安交通大学第二附属医院急诊科收治的确诊或疑似中枢神经系统(CNS)感染,且行脑脊液样本常规检测及mNGS检测的109例患者进行回顾性研究分析,根据最终诊断分为颅内感染组(n=59)和非颅内感染组(n=50)。比较两组患者基本资料和临床检查结果,将有意义的指标纳入回归分析,建立预测模型,对预测模型进行检验,绘制受试者工作特征(ROC)曲线,计算曲线下面积(AUC)。结果mNGS阳性(95%CI 5.247~64.230)、头痛(95%CI 1.471~14.990)、脑脊液白细胞计数>16(95%CI 1.211~11.962)×10^(6)/L及颅内压>170(95%CI 1.034~9.801)cmH_(2)O是急诊中枢神经系统感染的独立预测因素,预测模型得到的AUC为0.911,大于mNGS和传统检验的0.801和0.832。结论脑脊液mNGS可有效识别引起中枢神经系统感染性疾病的病原体。mNGS与临床症状及常规微生物检测结合,可在明确病原体的同时,大大提高诊断效能。 展开更多
关键词 中枢神经系统(CNS) 感染 疑似 基因组二代(mngs)
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