定向RNA-Seq技术在铜绿假单胞菌的应用

目的探讨定向转录组测序技术在铜绿假单胞菌的应用,为研究基因组的注释和表达调控提供重要手段。方法抽提菌体RNA并去除rRNA,连接接头后用特异性引物反转录成cDNA,PCR扩增后测序;所得数据采用Bowtie和rSeq软件分析。结果在所有26 557 654条读段中,除去无效读段209 928条,与基因组匹配的读段为26 347 726条,测序结果能覆盖几乎99%的基因组,78.7%的基因来源于两个方向转录本映射读段,读段数最高的基因是ssrA,发现新的基因2 283个。结论成功建立了铜绿假单胞菌中的定向RNA-Seq技术。