刍议活动性肺结核早期检验中半巢式全自动实时荧光定量PCR检测与涂片抗酸染色法的应用研究

目的评估半巢式全自动实时荧光定量PCR检测与涂片抗酸染色法在活动性肺结核早期检验中的应用效能。方法选取2022年9月—2023年9月于平邑县结核病防治所就诊的90例疑似肺结核患者为研究对象,采用Xpert MTB/RIF技术、涂片抗酸染色法检验及简单法固体培养法同时检测90例疑似肺结核患者痰标本,对检测结果进行比较。结果以固体培养结果作为金标准,痰培养阳性率85.56%,阴性率14.44%。Xpert MTB/RIF阳性率84.44%、阴性率15.56%。涂片抗酸染色法检验阳性率48.88%、阴性率51.11%。Xpert MTB/RIF检验的灵敏度97.40%、准确度96.67%、阳性预测值98.68%以及阴性预测值85.71%均高于涂片抗酸染色法检验50.64%、52.22%、88.64%、17.39%,差异有统计学意义(χ^(2)=43.768、46.722、5.922、22.546,P均<0.05)。结论与涂片抗酸染色法相比,在活动性肺结核早期检验中采用半巢式全自动实时荧光定量PCR检测(Xpert MTB/RIF)的应用效能更高。

非洲猪瘟病毒一步法巢式锁核酸荧光定量PCR方法的建立

试验基于非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)B646L(P72)蛋白基因序列,建立一种高灵敏度和高特异性的检测方法。采用Oligo 7软件设计一步法巢式锁核酸荧光定量PCR(One Step NestedLocked Nucleic Acid real-time PCR,LNA-OSN-PCR)的嵌套引物以及探针,并对外引物进行锁核酸修饰。建立并优化LNA-OSN-PCR反应体系和条件,确立LNA-OSN-PCR标准曲线,并检验LNA-OSN-PCR方法的灵敏度、特异性和重复性。采用LNA-OSN-PCR方法,对96份临床疑似患病样品进行检测,同时与普通荧光探针PCR方法进行比较。试验确立并优化了LNA-OSN-PCR的反应条件和体系,建立的LNA-OSN-PCR标准曲线,具有较好的线性(R2=0.9945)。该方法的最低检测限为3×10^(-1)copies/μL,变异系数小于3%,并且与其他病毒或细菌核酸无交叉反应。LNA-OSN-PCR方法与OIE推荐的荧光定量PCR方法比较,检测灵敏度提高10~100倍,在对96份临床疑似患病核酸样品进行检测中,检出55份阳性,41份阴性,比常规的荧光定量PCR具有更高的阳性检出率。并且能获得典型的扩增曲线。试验结合一步法巢式PCR和锁核酸修饰,建立了ASFV一步法巢式锁核酸荧光定量PCR,为检测ASFV提供一种高灵敏度和高特异性且经济实惠的检测方法。

快速检测洋葱伯克霍尔德菌巢式荧光定量PCR法建立

目的建立能直接快速应用于临床检测洋葱伯克霍尔德菌的巢式荧光定量PCR法。方法根据洋葱伯克霍尔德菌recA基因序列设计用于普通PCR扩增的外引物,同时设计用于荧光定量PCR的内引物。分别以洋葱伯克霍尔德菌等细菌的标准株为模板,以外引物进行第一轮PCR扩增;所得PCR产物为模板,以内引物进行染料法荧光定量PCR检测recA基因表达水平,评估巢式荧光定量PCR法的特异性。同时将洋葱伯克霍尔德菌的菌液和基因组DNA进行浓度梯度稀释,继续进行巢式荧光定量PCR,确定此方法的灵敏度。最后用巢式荧光定量PCR法和Vitek 2 Compact仪器分别鉴定35例临床标本,比较两者的检出能力。结果巢式荧光定量PCR法只针对洋葱伯克霍尔德菌有扩增曲线,而对其他菌株无检测信号。同时,巢式荧光定量PCR法的检测下限是1×10^1 CFU/mL的菌液和1×10^⁃5 ng/μL的基因组DNA,具有较高的灵敏度。巢式荧光定量PCR法能有效检测出14例临床标本存在洋葱伯克霍尔德菌感染(检出率为40.0%),而Vitek 2 Compact仪器仅检测出10例(检出率为28.6%),其中4例无法识别。结论巢式荧光定量PCR法具有有效、快速和直接应用于临床检测的优点,并且特异、灵敏和准确等特点,值得在临床推广。

巢式实时荧光定量PCR检测RA患者外周血单个核细胞TGF-βRⅡmRNA

目的建立检测人外周血单个核细胞(PBMC)中转化生长因子βⅡ型受体(TGF-βRⅡ)mRNA实时荧光定量PCR方法,并探讨其在RA中的临床意义。方法跨内含子设计外引物,并根据扩增片段,设计一对内引物,采用巢式实时荧光定量PCR(nested-real-time-PCR)方法。首次扩增采用减少引物、酶浓度、及循环次数的方法保持扩增片段的高度特异性,再进行第二次PCR扩增作实时荧光定量检测,同时以β-actin作内参,二者比值作为TGF-βRⅡ表达水平指标。结果Ct值和模板起始浓度对数值之间具有良好的线性关系(r2=0.999);检测最低浓度可达101拷贝。RA患者组和健康对照组的TGF-βRⅡ与β-actin的比值分别为0.45±0.11和0.37±0.10,两者有显著差异(P<0.01);RA治疗前、后两者比值分别为0.46±0.11和0.40±0.11,治疗后下降13.0%。结论巢式实时灾光定量PCR检测PBMC中TGF-βRⅡmRNA的方法简便,特异,重复性好,可信度高,其表达水平对RA具有一定的诊断价值,并可作为评价该病治疗效果的一种方法。

巢式-荧光定量PCR技术快速检测生殖支原体

目的建立生殖支原体巢式-荧光定量PCR快速检测技术。方法针对生殖支原体MgPa基因的保守片段(1414~1561bp),利用Primer express3.0设计引物及探针,巢式PCR扩增临床样本,纯化后克隆到载体,制备阳性标准品。优化PCR反应条件,研究其特异性、灵敏性和重现性。结果构建了含MgPa基因的重组质粒,以不同浓度的重组质粒制作标准曲线,在101~109拷贝数之间有较好的线性关系。该方法检测阳性率高达15.4%,能特异性检测生殖支原体,而人型支原体、解脲脲原体、沙眼衣原体等检测为阴性;灵敏度高,可检测到10个拷贝数;3组重复试验的变异系数均小于3%。结论本研究建立了生殖支原体的快速检测技术,具有检测阳性率高、特异性强、灵敏度高、重现性好等特点。

外周血癌细胞中多种肿瘤标记物基因检测预测乳腺癌患者转移和预后的意义

目的:筛选一组可检测乳腺癌循环癌细胞的标记物基因,分析乳腺癌患者相对循环癌细胞数(Lc)与临床病理特征的关联。方法:收集乳腺癌患者142例(乳腺癌组)和正常女性60人(正常对照组)外周血标本。利用CGAP提供的SAGE Genie数据库中数字基因表达演示工具,筛选一组可用于检测乳腺癌循环癌细胞的标记物基因(FAM83A、NPY1R和KRT19)。应用定量巢式PCR方法检测研究对象外周血中标记物基因的表达水平,并通过公式计算患者Lc值。结果:在乳腺癌组患者外周血中肿瘤标记物基因FAM83A、NPY1R和KRT19的表达水平均明显高于正常对照组(P<0.001)。142例乳腺癌患者中有113例(79.6%)至少表达1个肿瘤标记物基因。乳腺癌患者Lc值与其临床分期和远处转移有关联(P<0.001)。Kaplam-Meier生存曲线,Lc值小于2的患者生存时间明显长于Lc值大于2者(P=0.005)。结论:筛选了一组检测乳腺癌外周血循环癌细胞的标记物基因,联合该组基因计算的Lc值与患者临床分期和远处转移有关联,并可辅助判断乳腺癌预后。

贵州遵义地区山羊Borna病毒P24基因片段的检测

目的探讨贵州遵义及周边地区山羊博尔纳病病毒(BDV)感染状况。方法采用荧光定量套式逆转录酶聚合酶链反应(FQ-nRT-PCR)检测了300只山羊外周血单个核细胞(PBMC)中BDVP24基因片段。对阳性产物进行基因序列测定,氨基酸顺序,及同源性分析。结果300只山羊PBMC中2只检出BDVP24基因阳性片段。山羊BDVP24基因片段阳性率为0.67(。BDVP24基因片段测序结果与GenBank提供的strainV毒株比较同源性为96.51%,有3个位点出现一致性沉寂突变,与BDV/MDCK毒株比较同源性为96.51%,有3个位点出现一致性沉寂突变,与C6BV毒株比较同源性为96.51%,有3个位点出现一致性沉寂突变,但所编码的氨基酸没有改变。结论贵州遵义及周边部分地区山羊存在BDV自然感染。

博尔纳病毒在宁夏的人和动物感染的检测

目的对临床VE患者以及其本人接触动物的检测,探讨BDV在宁夏地区的感染状况及感染机制,并分析BDV核酸和转化后的氨基酸序列,构建病毒种系发生的来源。方法应用巢式逆转录酶聚合酶链反应结合荧光定量PCR检测患者及其接触的动物的外周血单核细胞的p24和p40基因片段。对检测阳性标本进行连接测序,应用MEGA和DnaSP4.0软件对测序结果同国外的标准株HE80、H1766、strainV等进行核酸和氨基酸序列对比分析,并构建病毒基因的系统发生树。结果在60例VE患者及其接触的710绵羊中,PCR检测发现有3例阳性,阳性检出率5%;9头绵羊阳性,阳性检出率为1.27%。基因聚合分析显示人和动物BDV的核酸序列和编码氨基酸序列与德国马源性的HE80株同源性高达100%,重构基因系统发生树可见宁夏VE患者和牛羊BDV核苷酸序列与国外的标准株形成宁夏-德国-日本的混合支系,同时宁夏绵羊BDV序列也形成了一个独立的支系。结论宁夏地区人和牛羊存在BDV的自然感染,并且人的感染存在动物源性,其传染途径很可能是呼吸道的传播可能引起脑炎的非特异性的临床症状,病毒在种系发生中与德国马源性HE80株有极高的同源性,病毒可能由国外引入本土,不排除病毒株变异的可能,人和绵羊之间存在相互传染的可能。

宁夏绵羊脑组织博尔纳病病毒的自然感染状况

目的了解宁夏地区绵羊脑组织博尔纳病病毒(Borna disease virus,BDV)的自然感染情况,并分析其与德国马源性标准病毒株He/80的同源性。方法应用荧光定量巢式逆转录PCR(FQ-nRT-PCR)和RT-PCR分别检测宁夏地区163例绵羊脑组织中BDV p24、BDV p40基因片段,并对BDV p24阳性扩增产物进行测序,与国外标准病毒株进行比较。结果 163例绵羊脑组织中6例BDV p24、BDV p40均阳性,阳性率为3.68%(6/163)。测序后经基因序列比对,本实验检测阳性BDV p24片段的核苷酸序列与He/80同源性为100%。结论宁夏地区绵羊脑组织中可能存在动物源性BDV的隐性感染,阳性BDV p24核苷酸序列与He/80具有高度同源性。

宁夏地区绵羊博尔纳病病毒自然感染状况研究

目的探讨中国宁夏地区绵羊博尔纳病病毒(Borna disease virus,BDV)的自然感染状况,并分析比较中国宁夏地区绵羊自然感染BDVp24基因序列与国外人和动物来源BDV分离株及其标准株StrainV和He/80的同源性。方法采用巢式逆转录荧光定量PCR(FQ-nRT-PCR技术)检测了中国宁夏地区268例绵羊PBMCs中BDVp24基因片段,对阳性标本FQ-PCR产物进行基因序列测定,测序结果应用BLAST软件以及DNAsist5.0软件对测序结果分析,与国外人与动物来源的BDV分离株以及标准株StrainV和He/80进行序列比较。结果268例中4例绵羊外周血BDVp24基因片段阳性,阳性率为1.49%;测序分析结果表明,宁夏地区绵羊感染的BDVp24的核苷酸序列与马源性病毒株H3575同源性最近,同源性为98.84%(85/86),与标准株StrainV和He/80同源性为94.19%和100%。并且它们编码的氨基酸序列相同。结论宁夏地区绵羊中可能存在动物源性的BDV自然感染,该地区感染的BDVp24核苷酸序列与马源性病毒株H3575、标准株StrainV和He/80存在高度的同源性,其感染来源可能相同亦或存在相互之间感染的可能。

类风湿关节炎患者外周血单个核细胞IL-21R mRNA的检测及其临床意义

目的建立检测类风湿关节炎(RA)患者外周血单个核细胞(PBMC)IL-21R mRNA的巢式实时荧光定量PCR的方法,研究IL-21R mRNA在RA PBMC中的表达水平并探讨其临床意义。方法根据IL-21R mRNA序列,跨内含子设计外引物,采用巢式实时荧光定量PCR方法。首次扩增以增加原始模板浓度,并以减少引物、酶的浓度及循环次数的方法保持扩增片段的特异性,再以首次扩增产物为模板,进行二次PCR扩增作实时荧光定量检测;以β-actin作内参,以二者比值作为IL-21R mR-NA表达水平的指标。结果60例RA患者与30例健康人对照相比,RA患者组IL-21R mRNA表达上调(P<0.01);将RA患者关节功能分级作IL-21R mRNA表达水平比较,Ⅰ级、Ⅱ级相比无显箸差异(P(0.05);Ⅰ级、Ⅱ级分别与Ⅲ级以上相比,差异显著(P(0.01);RA活动期IL-21R mRNA水平较非活动期增高,治疗后IL-21R mRNA的表达明显下降,治疗前后比较有显著差异(P<0.01)。结论IL-21R mRNA在RA患者PBMC中高表达,其表达水平对RA的诊断和治疗具有重要的参考价值。本文建立的检测方法重复性好,敏感且特异,可作为一种常规检测手段应用于临床。

宁夏及其周边地区博尔纳病病毒感染的分子流行病学研究

目的探讨博尔纳病病毒(BDV)在宁夏及其周边地区的流行状况。方法采用巢式逆转录酶聚合酶链反应结合荧光定量PCR检测了52例病毒性脑炎(VE)患者和32名健康人外周血液(PBMC)和脑脊液有核细胞(CSFMC)、53例抑郁症(DD)患者和360只绵羊PBMC中BDV p24基因片段,对阳性产物进行基因序列测定、同源性和氨基酸顺序分析;并绘制系统发生树,分析BDV感染的分子流行病学特点。结果BDV p24基因片段阳性率在VE患者CSFMC为11．54％、DD患者PBMC 11．32％明显高于健康人0％(P<0．05);绵羊的PBMC为7．78％与健康人对比差异无统计学意义(P>0．05);系统发生树图形表明,绵羊PBMC目的基因片段与人类VE和DD核苷酸序列亲缘关系最近,来源于一个分支,并与德国H1766病毒株核苷酸序列亲缘关系最近,其变异性较小。结论宁夏及其周边地区部分VE、DD可能与BDV感染有关,健康绵羊存在BDV的自然感染,其流行可能具有一定的地域局限性;人类VE、DD的BDV感染可能存在潜在动物源性,有待于进一步研究。

新疆伊犁地区动物脑组织博尔纳病病毒p24基因片段的检测

目的了解新疆伊犁地区动物脑博尔纳病病毒（Borna disease virus，BDV）感染现状，分析该病毒的种系来源，预防我国BDV大规模暴发流行。方法采用巢式逆转录实时荧光定量聚合酶链反应（FQ—RT-PCR）的方法，对新疆地区200匹马、75头驴和100只牧羊犬脑组织标本进行BDVp24基因片段的检测。并对阳性标本进行BDV p40基因片段扩增电泳，同时排除GFP—p24和pMD-19质粒污染，最后克隆测序，进行基因同源性和氨基酸序列分析并分析BDV种系发生。结果3例伊犁马、4例伊犁驴和9例牧羊犬的脑组织标本BDV p24检测阳性，阳性率分别为1．5％、5．3％、9．0％；BDV p40基因片段检测和质粒标准品GFP—p24、pMD-19检测均为阴性；BDV pPA扩增产物序列与He／80株的同源性为100％。结论新疆伊犁地区马、驴和狗可能存在BDV脑内的自然感染，该地区BDV流行株与He／80株存在同源性。