基于生物质谱的蛋白质组学绝对定量方法研究进展

蛋白质组学定量方法包括相对定量和绝对定量两部分。相对定量蛋白质组学(也称比较蛋白质组学)是指对不同生理病理状态下细胞、组织或体液蛋白质表达量的相对变化进行比较分析;绝对定量蛋白质组学是测定细胞、组织或体液蛋白质组中每种蛋白质的绝对量或浓度。目前蛋白质组学的绝对定量方法主要有基于内标法的蛋白质组学绝对定量方法和基于质谱数据统计分析的非标记方法。蛋白质组学定量的信息可以帮助了解蛋白质在相互作用网络中所起的作用;通过对临床生物标记物绝对量的分析,可以帮助直观地判断疾病的发生和发展过程,这对于临床诊断和疾病治疗都具有现实的指导意义。

总三碘甲状腺原氨酸定量标记免疫分析试剂盒质量标准的验证

目的对总三碘甲状腺原氨酸(Total triiodothyroxine,TT3)定量标记免疫分析试剂盒质量标准进行验证。方法对具有代表性的6个厂家的TT3定量标记免疫分析试剂盒进行外观和物理检查后,进行线性、最低检出限、准确性、精密度、质控品测定值、特异性和稳定性验证。结果 6个厂家的TT3定量标记免疫分析试剂盒外观和物理检查均达到要求;最低检出限最高为0.3 ng/ml;质控数据均呈3个梯度;准确性、精密度、特异性及稳定性良好。该类试剂盒基本满足此行业标准规定的要求,也基本符合此类试剂盒的现阶段的技术要点。结论 TT3定量标记免疫分析试剂盒质量标准的制定,对此类试剂盒的实验方法及质量标准进行了规范,进而促进产品质量的不断提高,也为该产品的检验检测、临床使用评价及监管提供了技术依据。

总甲状腺素定量标记免疫分析试剂盒行业标准的制定及验证

目的制定总甲状腺素(total thyroxine,TT4)定量标记免疫分析试剂盒行业标准,并进行验证。方法对3种不同免疫分析方法(时间分辨法、化学发光法、磁微粒免疫法)的5个厂家的TT4定量标记免疫分析试剂盒的外观和物理检查、线性、最低检出限、准确性、精密度、质控品测定值、特异性、稳定性8项行业标准进行验证。结果 5个厂家的TT4定量标记免疫分析试剂盒的外观和物理检查、线性、最低检出限、精密度、稳定性均达到要求,准确性、质控品测定值、特异性良好。该行业标准能反映现阶段该类试剂盒的技术要点,可对此类试剂盒进行科学的质量评价。结论制定了TT4定量标记免疫分析试剂盒的行业标准,并进行了验证,该行业标准的制定有利于对该类试剂盒的质量进行合理控制,促进厂家提高生产水平,同时为相似类型行业标准的制定提供了参考。

应用iTRAQ对唐氏综合征胎儿脐带血的蛋白质组学研究

目的筛选并鉴定唐氏综合征胎儿与健康对照者差异性表达蛋白质,以寻找唐氏综合征胎儿的生物标记物。方法应用同位素标记相对和绝对蛋白定量法和功能聚类分析法筛查和分析唐氏综合征胎儿脐带血和正常胎儿脐带血的差异表达蛋白。结果共筛选鉴定到506种差异表达蛋白,其中最显著的3种蛋白分别是基质蛋白-3、胸腺肽β10和骨桥蛋白。结论唐氏综合征胎儿和正常胎儿脐带血血清蛋白存在较多差异表达蛋白,其中基质蛋白-3、胸腺肽β10和骨桥蛋白等显著差异蛋白可能作为潜在的临床筛查生物标志物。

基于质谱技术对结直肠腺癌组织表达蛋白质的分析

目的分析结直肠腺癌蛋白质组学图谱,评价蛋白质分子作为潜在结直肠腺癌的肿瘤标志物的诊断价值。方法本研究纳入26例结直肠腺癌患者,分别采集患者的结直肠腺癌组织和其癌旁正常组织,我们使用非标定量法(label free)对26个结直肠腺癌组织和26个匹配的正常组织进行了大规模的蛋白质组学检测,分析结直肠腺癌蛋白质组学图谱。用ROC曲线对候选肿瘤标志物进行诊断效能分析。结果主成分分析(PCA)结果表明,肿瘤组织和正常组织的蛋白质组之间有明显的区别。我们共鉴定了3674个蛋白,具有统计学意义的差异蛋白419个,其中包括226个上调蛋白和193个下调蛋白;筛选出2个具有诊断价值的结直肠腺癌候选标志物,RNA结合基序蛋白3(RBM3)的曲线下面积为0.793,灵敏度为80.0%,特异性为71.4%;中性粒细胞胞质因子1(NCF1)的ROC曲线下面积为0.802,灵敏度为85.7%,特异性为72.7%。结论结直肠腺癌发生时,机体发生明显的蛋白质分子水平的变化,NCF1和RBM3可作为辅助诊断的潜在肿瘤标志物。

Lnc RNA TUC338影响人类宫颈癌细胞的蛋白组学分析

目的探究长链非编码RNA TUC338影响人类宫颈癌细胞的分子机制。方法将人类宫颈癌细胞Hela细胞分为实验组(TUC338组)与对照组(rLV组),分别感染rLV-hTUC338-ZsGreen-Puro慢病毒及rLV-ZsGreen-Puro慢病毒,RT-PCR检测两组细胞Lnc RNA TUC338表达量,并对两组细胞进行蛋白质谱分析。结果感染慢病毒后所有细胞均有绿色荧光显示,RT-PCR结果显示TUC338组Lnc RNA TUC338表达量较rLV组增加,两组均显示较多的蛋白条带;非标记定量法蛋白测序共检测到4323个蛋白。蛋白差异分析显示:与rLV组比较,在TUC338组中下调的蛋白有194个,上调的蛋白有225个。其中,重要的下调蛋白有:LAMB1、HNRNPH3、COX2等,上调蛋白有:EPPK1、ITPR1、AKR1C2等。最显著的下调GO为磷酸化修饰功能,上调GO为细胞骨架功能,最显著的下调KEGG通路为半乳糖代谢通路,上调KEGG通路为肌动蛋白细胞骨架调节通路。共检测到含WD40 repeat结构域(WD40 repeat)等20个蛋白结构域。rLV组和rLV-TUC338组中有显著差异的结构域包括Haem peroxidase,animal等。主要亚细胞成分及主要差异亚细胞成分均为核蛋白,分别占34.23%、24.22%。rLV组和rLVTUC338组中下调的互作网主要包括:prot1(P37268)-prot2(O95864)、prot1(Q6FGH9)-prot2(Q13363)等。上调的互作网主要包括:prot1(P60520)-prot2(A0A024RBQ5)、prot1(P60520)-prot2(Q06330)等。结论Lnc RNA TUC338影响了人类宫颈癌细胞的蛋白组学,是宫颈癌的抑癌基因,并通过糖代谢、磷酸化、细胞骨架这3个通路抑制肿瘤发展。