定量竞争性RT-PCR检测耐受山梨酸钾的大肠杆菌菌株中acrA-mRNA表达水平

采用含有亚抑菌浓度(1/2×MIC)山梨酸钾的LB琼脂平板连续传代的方法,对大肠杆菌(Escherichia coli)进行诱导,获得具有一定耐受性的大肠杆菌菌株;通过定量竞争性RT-PCR检测诱导后的各个菌株与未经诱导的各个菌株的acrA-mRNA的表达水平。结果表明,各个菌株经过含有亚抑菌浓度山梨酸钾的LB琼脂连续培养10代后获得的诱导菌株,与普通LB琼脂平板连续培养10代后获得的菌株相比可以耐受更高浓度的山梨酸钾,并且acrA-mRNA表达水平在诱导后的各个菌株中比未经诱导的各个菌株均有一定程度的提高。说明大肠杆菌主动外排系统AcrAB-TolC中acrA基因的表达水平提高可能与大肠杆菌对山梨酸钾的耐受程度增加有一定相关性。

采用定量竞争PCR技术定量分析猪DNA

当今的许多肉产品都可能由几种动物的肉按照不同比例组成。为保证消费者不受欺骗 ,有必要对复合食物产品的成分同时进行定性和定量监测。多聚链式聚合反应 (PCR)等以 DNA为基础的技术被广泛应用于种类鉴定 ,但利用当前的技术不能测出某种特定成分的比例。本研究报道了一种用于猪 DNA检测和定量分析的定量竞争多聚链式聚合反应技术 (QC-PCR的开发和评定 ,该技术采用一种以生长激素基因 sus scrofa为基础的新型猪特异性 PCR系统。构建一个与猪的目标序列在长度上仅差 3 0 bp的 DNA竞争物 ,与目标序列一起用于 PCR。用来自牛、羊、肉鸡和火鸡的 DNA对这个新引物的特异性进行了评价。通过含有猪 DNA和相应数量牛 DNA的混合物的共同扩增使竞争物的浓度调到猪 DNA含量的2 %或 2 0 %。

定量竞争核糖核酸(RNA)多聚酶反应法检测丙型肝炎病毒RNA水平:高滴度病毒血症与疾病进展期相关

目前认为丙型肝炎病毒(HC)感染是慢性肝炎肝硬化及终末期肝病的主要原因.此外,新近认为HCV至少与两种肝外综合征有关,包括原发性混合性冷沉淀球蛋白血症和膜增生性肾小球肾炎.有症状或无症状的HCV感染者的血浆或血清中,用RNA多聚酶链反应法(RNA—PCR)检测HCV—RNA基因组是HCV感染的最敏感标志物.在用干扰素治疗慢性丙型肝炎时,病毒RNA阴转与临床反应有很好的相关.而病毒RNA再阳预示复发.精确检测病毒血症患者的HCV—RNA水平能增进我们对HCV感染、传播和发病机理的了解,亦有助于对慢性丙型肝炎患者进行临床分期和治疗.因此,建立了一种定量竟争(QC)RNA—PCR检测法来检测临床样本中的HCV—RNA实际水平.该方法在RNA提取,cDNA合成和PCR扩增过程中的一个合成的HCV—RNA分子作为内对照物.由于HCV分溶物的HCV—RNA 5’端核苷酸高度保守,故选该区做为靶序列.PCR对该编码区要比HCV基因组的其他区更加灵敏,而且与5’端编码区相对稳定,易于处理和贮存,可能与该区有丰富的二级结构有关.应用定量竞争PCR检测法.检测了121例病毒血症患者的HCV—RNA水平,包括无症状的供血员,慢性肝炎病人及将行肝移植的晚期肝病病人.

用定量竞争PCR检测和定量IBDV cDNA与RNA

最近,美国研究人员研制了一种定量竞争PCR。用这种方法可以测定传染性囊病病毒(IBDV)的互补DNA(cDNA)和RNA水平,并且可以用竞争PCR(QC-PCR)扩增达到定量的水平。将竞争者一个野生型IBDV cDNA的缺失突变型做连续10倍稀释,将病毒RNA逆转录后用IBDV cDNA进行协同扩增。用琼脂糖凝胶电泳、染色和光密度扫描后。

竞争性RT-PCR法及对大肠杆菌acrA基因mRNA表达水平的定量研究

建立了用于检测大肠杆菌(Escherichia coli)ATCC25922的acrA基因mRNA表达水平的定量竞争性RT-PCR(QC-RT-PCR)体系。PCR合成目标片段的突变型片段(321bp)作为内标准模板(Internal standard,IS),与目标片段一致的片段(389bp)作为目标模板(Target standard,TS),优化两种模板共扩增体系;梯度稀释IS与等量大肠杆菌cDNA样本共扩增,扫描电泳条带,软件分析数据。结果表明,引物设计合适,以IS和TS为模板实现共扩增,产物(321bp和389bp)通过1.5%琼脂糖凝胶电泳有效分离;梯度稀释IS与cDNA共扩增产物出现亮度梯度电泳条带;获得一元回归曲线y=-0.345+0.097x(相关系数r=0.959,标准差s=0.05997)。该研究成功构建内标准模板,优化的共扩增PCR体系实现了对大肠杆菌ATCC25922中acrA基因mRNA表达水平的检测,具有简便、高效、敏感度高等优点。

耐热菌的竞争定量PCR检测方法优化与建立

【目的】研究苹果浓缩汁中耐热菌(Alicyclobacillusacidoterrestris)的定量PCR快速检测法。【方法】通过引物设计、PCR扩增及凝胶纯化试剂盒回收,构建并获得耐热菌的PCR竞争模板;用获得的竞争模板作为定量内标物建立耐热菌的竞争定量PCR(QC-PCR)检测体系。【结果】经对建立的QC-PCR检测体系优化,目标模板检测灵敏度由5×104个分子/PCR体系,提高到50个分子/PCR体系,竞争模板和目标模板分子共扩增可检测到5×102个目标模板分子/PCR体系,并能从人工回添苹果浓缩汁样品中定量检测到5×103cfu/PCR体系的耐热菌,整个检测时间为4～5h,比传统的细菌培养皿培养记数法时间(4～5d)大大缩短。【结论】本研究建立的耐热菌竞争定量PCR检测法特异、快速,可作为微生物PCR竞争模板构建和建立竞争定量PCR的方法学参考,也可用于商品果汁和苹果浓缩汁工业化生产中耐热菌的快速检测和质量安全控制。

检测猪圆环病毒DNA的竞争定量PCR方法的建立及初步应用

建立了定量检测猪圆环病毒DNA的竞争PCR方法.应用PCR扩增PCV-2 ORF2上490 bp片段P3P4,克隆到pMD 18-T载体获得目标模板.构建含692 bp的c-P3P4 DNA片段的竞争模板,其携带与目标DNA和靶DNA相同的引物结合区.以定量的竞争模板同一系列稀释的竞争模板进行竞争PCR扩增,以产物的荧光强度(IOD)绘制标准曲线,结果当反应体系中起始模板的量为1.0×107 cop/μL,循环次数小于或等于30时,原始模板数以指数增长.由此确定目标模板和竞争模板的最适工作浓度并用该方法检测感染细胞内的PCV-2基因组的拷贝数和临床样品中的PCV-2 DNA含量,结果发现临床样品中的PCV-2 DNA含量达到一定程度(肺中1.0145×108 copies/mL,血中0.8×107 copies/mL,淋巴中9.698×108 copies/mL),猪表现临床症状,而病毒在感染细胞内的复制在80 h基因的拷贝数达到最高,这为今后的研究奠定了基础.

宿根矮化病菌的竞争定量PCR检测方法建立

利用宿根矮化病菌的特异检测引物,构建竞争定量PCR检测的非同源模板,建立宿根矮化病菌的竞争定量PCR检测方法。实验中非同源模板(竞争模板)构建是采用PCR方法对大肠杆菌基因组进行低严谨度扩增,回收合适的DNA片段并将其构建到T-esay载体上,通过测序和序列比对,除两端引物序列完全相似外,其余部分没有同源性,因此可以作为定量检测的非同源模板。通过计算非同源模板的拷贝数,进行竞争定量PCR检测宿根矮化病,建立宿根矮化病菌的标准竞争曲线和直线回归方程。本研究建立的竞争定量PCR检测方法操作简单、特异性和敏感性高,适合于宿根矮化病菌的检测,并可为其它病菌竞争定量PCR检测方法的建立提供参考。

鸭坦布苏病毒竞争定量PCR检测方法的建立与应用

在现行PCR检测鸭坦布苏病毒(DTMUV)方法的基础上,设计制备DTMUV竞争模板并以其为定量内标物建立竞争定量PCR(QC-PCR)体系。该体系特异性强、灵敏性高,竞争模板和目标模板可在400个分子/μL的水平上共扩增。临床应用结果表明,建立的体系能够满足简单快速确定病毒含量的要求。

猪TNF-α竞争定量RT-PCR标准曲线的建立

根据GenBank中猪TNF-α的序列设计引物,采用RT-PCR技术扩增402 bp的部分基因片段,并克隆到pGEM-T载体中,构建成含TNF-α部分基因片段的重组质粒.利用反向PCR技术构建与扩增402 bp片断共用同一对引物,但缺失137 bp的竞争重组子.通过重组质粒与竞争重组子竞争定量PCR方法(qc-PCR),建立猪TNF-α的标准竞争曲线和直线回归方程.

猪IL-12p40竞争定量RT-PCR检测方法的建立

根据GenBank中猪IL-12p40的序列设计引物,采用RT-PCR技术扩增377 bp的部分基因片段,并克隆到pGEM-T Easy载体中,构建成含IL-12p40部分基因片段的重组质粒.利用反向PCR技术构建与扩增377 bp片段共用同一对引物但扩增255 bp片段的竞争重组子.通过重组质粒与竞争重组子竞争定量PCR方法(qc-PCR),建立了猪IL-12p40的标准竞争曲线和直线回归方程.

玉米转基因成分的非同源模板竞争定量PCR检测

建立了玉米转基因成分中35S启动子非同源模板的竞争定量PCR检测系统.竞争定量PCR的关键问题是内标物的制备.实验中非同源模板的构建是采用PCR方法对大肠杆菌基因组进行低严紧型扩增,回收预期DNA片段并将其构建到T easy载体上.通过调整非同源模板浓度使竞争物PCR产物亮度与1%GMO玉米的亮度相同,从而确定转基因玉米的检出限为1%.然后以确定的内标物浓度与不同含量的GMO玉米样品进行竞争定量PCR反应,以此进一步确定样品中GMO的含量范围.

35S启动子定量PCR非同源竞争模板的构建

利用35S启动子特异引物,以大肠杆菌基因组DNA为异源模板,经低严谨度PCR扩增并回收克隆适宜DNA片段,构建了35S启动子的非同源竞争对照。测序结果表明,该片段与35S启动子相应序列即靶序列除两端引物序列完全相同外,其他部分没有同源性。利用该非同源竞争对照,建立了转基因玉米35S启动子的QC-PCR技术体系,并进行了校正。

猪圆环病毒2型竞争定量PCR检测方法的建立及应用

根据猪圆环病毒2型(PCV2)BF的序列设计引物,扩增472bp的ORF2部分基因片段,并克隆到pGEM-T载体中,构建含PCV2-ORF2部分基因片段的重组质粒。利用XbaⅠ限制性内切酶消化后获得共用同1对引物但缺失196bp的竞争重组子。通过重组质粒与竞争重组子间的竞争定量PCR方法(qc-PCR),建立猪PCV2-ORF2的标准竞争曲线和直线回归方程,并对PCV2试验感染猪血清中PCV2核酸的动态变化进行了研究。

应用竞争性荧光定量聚合酶链反应检测乙型肝炎病毒DNA

目的:建立竞争性荧光定量聚合酶链反应(CFQ-PCR),并探讨CFQ-PCR在乙型肝炎病毒(HBV)临床检测中的意义.方法:根据HBV病毒adr亚型基因组序列合成一对HBV特异的引物,和一条特异的TaqMan探针;根据上述引物序列,采用分子克隆技术制备内对照DNA;再根据内对照序列合成一条内对照DNA特异的与上述TaqMan探针不同标记的TaqMan探针;将适量的内对照DNA加入到PCR反应体系中,使其与HBV靶序列共扩增.结果:在30μL CFQ-PCR反应体系中,加入约20拷贝内对照DNA能够稳定地获得共扩增曲线;经琼脂糖凝胶电泳分析,加入约100-500拷贝内对照DNA能够有效地获得共扩增产物条带信号;在210个临床HBsAg阳性血清标本的CFQ-PCR扩增中识别出8个未能有效扩增的标本,60份HBsAg阴性血清标本中识别出2个内对照未能有效扩增的标本,后经DNA纯化处理,上述全部标本的内对照均获得阳性扩增结果,其中有7个HBsAg阳性血清标本获得HBV DNA扩增阳性结果.结论:CFQ-PCR能够有效地提示临床标本HBV DNA体外扩增时由于扩增失败导致的假阴性,适合临床推广应用.

猪肺炎支原体竞争定量PCR检测方法的建立及初步应用（英文）

[目的]本试验旨在探索一种对猪肺炎支原体(Mycoplasma hyopneumoniae)培养物中的支原体进行快速检测的竞争定量PCR方法。[方法]设计一对Mhp特异性引物,检测Mhp培养物;又根据支原体种属保守基因序列设计一对引物,通过酶切缺失法构建竞争模板,其携带与目的片段相同的引物结合区。[结果]以一系列稀释的竞争模板的对数值为横坐标(X轴),竞争模板和目标模板扩增产物的光密度比值的校正值的对数值为纵坐标(Y轴)绘制标准曲线,根据Y=0所对应的竞争模板的量推算求得支原体的拷贝数。以变色单位的对数值为X轴,支原体的拷贝数为Y轴,绘制出标准曲线,两者之间高度相关。[结论]成功建立了一种快速测定Mhp培养物中支原体量的竞争PCR方法。

猪IFN-γ竞争定量RT-PCR标准曲线的建立

根据GenBank中猪IFN-γ的序列设计引物,采用RT-PCR技术扩增380bp的部分基因片段,并克隆到pGEM-TEasy载体中,构建成含IFN-γ部分基因片段的重组质粒。利用反向PCR技术构建和扩增380 bp片段共用同一对引物但缺失163 bp的竞争重组子。通过重组质粒与竞争重组子,建立猪IFN-γ的标准竞争曲线和直线回归方程,为进一步检测IFN-γ的mRNA的转录水平变化奠定基础。

赤拟谷盗HSP70基因克隆和竞争定量PCR检测

为研究赤拟谷盗Tribolium castaneum受到热胁迫后高度保守的热激蛋白70(heat shock protein70,HSP70)基因的表达变化,本研究扩增了681bp的赤拟谷盗hsp70片段,编码227个氨基酸残基,GenBank登录号为HM345948。同源性分析表明:赤拟谷盗hsp70核苷酸序列与马铃薯甲虫Leptinotarsa decemlineata的hsp70(GenBank登录号:AF322911.1)同源性最高,为97%;其推测的蛋白序列与马铃薯甲虫、甘蓝夜蛾Mamestra brassicae、黑腹果蝇Drosophila melanogaster和美洲斑潜蝇Liriomyza sativae的HSP70蛋白均有94%以上的同源性。利用RT-PCR技术得到与赤拟谷盗hsp70进行竞争定量的内部竞争物,以等量的目标cDNA和一系列稀释的竞争模板进行竞争PCR扩增,构建了hsp70的竞争定量PCR检测体系,该体系标准曲线的线性方程为Y=1.032X-1.618(r2=0.975)。这些结果为赤拟谷盗的hsp70定量检测提供了方便,并为热控技术防治害虫提供了基础资料。

竞争性定量PCR检测恶性血液病造血干细胞移植术后克隆性TCRVγI-Jγ基因重排

目的 :为提高恶性血液病患者微小残留病 (MRD)检测的临床意义。方法 :构建竞争性定量聚合酶链反应 (PCR)检测技术并定量分析 3 1例恶性血液病患者 (包括 12例急性淋巴细胞白血病 ,10例急性非淋巴细胞白血病 ,6例非霍奇金淋巴瘤和 3例慢性粒细胞白血病 )造血干细胞移植术后TCRVγI Jγ基因重排。结果 :建立定量PCR方法的灵敏度为 10 -5水平 ;3 1例恶性血液病造血干细胞移植术后 1个月MRD的水平为 (3 16± 2 74)× 10 -5,移植后 1个月MRD水平显著低于移植前 [(4 2 1± 3 2 7)× 10 -5] (P <0 0 2 5 ) ;2 2例自体造血干细胞移植术后MRD为(3 47± 2 91)× 10 -5水平 ,显著高于 9例异基因造血干细胞移植术后 [(2 63± 2 2 1)× 10 -5] (P <0 0 5 ) ;MRD >40 0×10 -5的 13例病人中 2年内复发率为 5 3 8% (7/13 ) ,而MRD <40 0× 10 -5的 18例病人中仅有 2例 (11 1% )出现复发。MRD >40 0× 10 -5患者 2年内的复发率显著高于MRD <40 0× 10 -5患者 (P <0 0 1)。结论 :所构建竞争性定量PCR技术简便、快速、灵敏 ;定量检测恶性血液病造血干细胞移植术后MRD水平有利于预后预测。

采用竞争性定量PCR检测幽门螺杆菌cagA基因

目的建立竞争性定量 PCR 检测幽门螺杆菌 cagA 基因的方法。方法以重组 PCR 将乳糖操纵子中 Lac 阻抑蛋白特异性结合序列(21bp)重组入 cagA 基因397bp 的片段中构建内参标模援(rfcagA)。体外克隆并表达具有双功能的 GST-LacI 融合蛋白,其一端只有 GST 酶活性,另一端可特异性地与重组内参标模板结合。在定量 PCR 中,以 rfcagA 为内参标模板,pMC3 或 Hp 基因组 cagA 作为竞争性模板,PCR 产物的5′-端标记了生物素,可与包被了亲和素的微孔板结合,只有 rfcagA 的 PCR 产物可与融合蛋白结合而显色。结果 GST 底物的显色程度与样本的 ca-gA 含量呈负相关,当反应体系中的起始模板量为10-10~5拷贝,循环次数小于等于20次。原始模板数以指数方式增长,并建立了原始模板的考贝数与 A_(340)值同的标准曲线。用该方法检测12份已知菌株中的 cagA 含量,8份 cagA 阳性,cagA 基因的拷贝数为6.3×10^(10)-2.14×10^(11)/L,特异性为100%,敏感度达可检出 cagA 基因2倍的差别。结论这是一个特异、敏感及很实用的定量检测 cagA 基因的方法。