采用定量竞争PCR技术定量分析猪DNA

当今的许多肉产品都可能由几种动物的肉按照不同比例组成。为保证消费者不受欺骗 ,有必要对复合食物产品的成分同时进行定性和定量监测。多聚链式聚合反应 (PCR)等以 DNA为基础的技术被广泛应用于种类鉴定 ,但利用当前的技术不能测出某种特定成分的比例。本研究报道了一种用于猪 DNA检测和定量分析的定量竞争多聚链式聚合反应技术 (QC-PCR的开发和评定 ,该技术采用一种以生长激素基因 sus scrofa为基础的新型猪特异性 PCR系统。构建一个与猪的目标序列在长度上仅差 3 0 bp的 DNA竞争物 ,与目标序列一起用于 PCR。用来自牛、羊、肉鸡和火鸡的 DNA对这个新引物的特异性进行了评价。通过含有猪 DNA和相应数量牛 DNA的混合物的共同扩增使竞争物的浓度调到猪 DNA含量的2 %或 2 0 %。

用定量竞争PCR检测和定量IBDV cDNA与RNA

最近,美国研究人员研制了一种定量竞争PCR。用这种方法可以测定传染性囊病病毒(IBDV)的互补DNA(cDNA)和RNA水平,并且可以用竞争PCR(QC-PCR)扩增达到定量的水平。将竞争者一个野生型IBDV cDNA的缺失突变型做连续10倍稀释,将病毒RNA逆转录后用IBDV cDNA进行协同扩增。用琼脂糖凝胶电泳、染色和光密度扫描后。

耐热菌的竞争定量PCR检测方法优化与建立

【目的】研究苹果浓缩汁中耐热菌(Alicyclobacillusacidoterrestris)的定量PCR快速检测法。【方法】通过引物设计、PCR扩增及凝胶纯化试剂盒回收,构建并获得耐热菌的PCR竞争模板;用获得的竞争模板作为定量内标物建立耐热菌的竞争定量PCR(QC-PCR)检测体系。【结果】经对建立的QC-PCR检测体系优化,目标模板检测灵敏度由5×104个分子/PCR体系,提高到50个分子/PCR体系,竞争模板和目标模板分子共扩增可检测到5×102个目标模板分子/PCR体系,并能从人工回添苹果浓缩汁样品中定量检测到5×103cfu/PCR体系的耐热菌,整个检测时间为4～5h,比传统的细菌培养皿培养记数法时间(4～5d)大大缩短。【结论】本研究建立的耐热菌竞争定量PCR检测法特异、快速,可作为微生物PCR竞争模板构建和建立竞争定量PCR的方法学参考,也可用于商品果汁和苹果浓缩汁工业化生产中耐热菌的快速检测和质量安全控制。

宿根矮化病菌的竞争定量PCR检测方法建立

利用宿根矮化病菌的特异检测引物,构建竞争定量PCR检测的非同源模板,建立宿根矮化病菌的竞争定量PCR检测方法。实验中非同源模板(竞争模板)构建是采用PCR方法对大肠杆菌基因组进行低严谨度扩增,回收合适的DNA片段并将其构建到T-esay载体上,通过测序和序列比对,除两端引物序列完全相似外,其余部分没有同源性,因此可以作为定量检测的非同源模板。通过计算非同源模板的拷贝数,进行竞争定量PCR检测宿根矮化病,建立宿根矮化病菌的标准竞争曲线和直线回归方程。本研究建立的竞争定量PCR检测方法操作简单、特异性和敏感性高,适合于宿根矮化病菌的检测,并可为其它病菌竞争定量PCR检测方法的建立提供参考。

鸭坦布苏病毒竞争定量PCR检测方法的建立与应用

在现行PCR检测鸭坦布苏病毒(DTMUV)方法的基础上,设计制备DTMUV竞争模板并以其为定量内标物建立竞争定量PCR(QC-PCR)体系。该体系特异性强、灵敏性高,竞争模板和目标模板可在400个分子/μL的水平上共扩增。临床应用结果表明,建立的体系能够满足简单快速确定病毒含量的要求。

玉米转基因成分的非同源模板竞争定量PCR检测

建立了玉米转基因成分中35S启动子非同源模板的竞争定量PCR检测系统.竞争定量PCR的关键问题是内标物的制备.实验中非同源模板的构建是采用PCR方法对大肠杆菌基因组进行低严紧型扩增,回收预期DNA片段并将其构建到T easy载体上.通过调整非同源模板浓度使竞争物PCR产物亮度与1%GMO玉米的亮度相同,从而确定转基因玉米的检出限为1%.然后以确定的内标物浓度与不同含量的GMO玉米样品进行竞争定量PCR反应,以此进一步确定样品中GMO的含量范围.

35S启动子定量PCR非同源竞争模板的构建

利用35S启动子特异引物,以大肠杆菌基因组DNA为异源模板,经低严谨度PCR扩增并回收克隆适宜DNA片段,构建了35S启动子的非同源竞争对照。测序结果表明,该片段与35S启动子相应序列即靶序列除两端引物序列完全相同外,其他部分没有同源性。利用该非同源竞争对照,建立了转基因玉米35S启动子的QC-PCR技术体系,并进行了校正。

猪圆环病毒2型竞争定量PCR检测方法的建立及应用

根据猪圆环病毒2型(PCV2)BF的序列设计引物,扩增472bp的ORF2部分基因片段,并克隆到pGEM-T载体中,构建含PCV2-ORF2部分基因片段的重组质粒。利用XbaⅠ限制性内切酶消化后获得共用同1对引物但缺失196bp的竞争重组子。通过重组质粒与竞争重组子间的竞争定量PCR方法(qc-PCR),建立猪PCV2-ORF2的标准竞争曲线和直线回归方程,并对PCV2试验感染猪血清中PCV2核酸的动态变化进行了研究。

赤拟谷盗HSP70基因克隆和竞争定量PCR检测

为研究赤拟谷盗Tribolium castaneum受到热胁迫后高度保守的热激蛋白70(heat shock protein70,HSP70)基因的表达变化,本研究扩增了681bp的赤拟谷盗hsp70片段,编码227个氨基酸残基,GenBank登录号为HM345948。同源性分析表明:赤拟谷盗hsp70核苷酸序列与马铃薯甲虫Leptinotarsa decemlineata的hsp70(GenBank登录号:AF322911.1)同源性最高,为97%;其推测的蛋白序列与马铃薯甲虫、甘蓝夜蛾Mamestra brassicae、黑腹果蝇Drosophila melanogaster和美洲斑潜蝇Liriomyza sativae的HSP70蛋白均有94%以上的同源性。利用RT-PCR技术得到与赤拟谷盗hsp70进行竞争定量的内部竞争物,以等量的目标cDNA和一系列稀释的竞争模板进行竞争PCR扩增,构建了hsp70的竞争定量PCR检测体系,该体系标准曲线的线性方程为Y=1.032X-1.618(r2=0.975)。这些结果为赤拟谷盗的hsp70定量检测提供了方便,并为热控技术防治害虫提供了基础资料。

定量竞争性RT-PCR检测耐受山梨酸钾的大肠杆菌菌株中acrA-mRNA表达水平

采用含有亚抑菌浓度(1/2×MIC)山梨酸钾的LB琼脂平板连续传代的方法,对大肠杆菌(Escherichia coli)进行诱导,获得具有一定耐受性的大肠杆菌菌株;通过定量竞争性RT-PCR检测诱导后的各个菌株与未经诱导的各个菌株的acrA-mRNA的表达水平。结果表明,各个菌株经过含有亚抑菌浓度山梨酸钾的LB琼脂连续培养10代后获得的诱导菌株,与普通LB琼脂平板连续培养10代后获得的菌株相比可以耐受更高浓度的山梨酸钾,并且acrA-mRNA表达水平在诱导后的各个菌株中比未经诱导的各个菌株均有一定程度的提高。说明大肠杆菌主动外排系统AcrAB-TolC中acrA基因的表达水平提高可能与大肠杆菌对山梨酸钾的耐受程度增加有一定相关性。

定量PCR的非同源对照模板的构建

建立了HCVRNA和hTERTmRNA的竞争定量PCR系统。对照模板的构建方法是 :利用计算机辅助优选设计连接引物 ,低严紧型扩增大肠杆菌DNA ,回收并克隆预期的DNA片段。该片段与靶序列除两端引物序列完全相同外 ,无同源性 ,因此可作为非同源对照模板。这种构建非同源对照模板的方法 ,简便易行 。

猪IL-18 mRNA定量RT-PCR检测方法的建立

根据GenBank中猪白介素(IL)-18基因序列,设计1对引物,用RT-PCR技术从猪肺泡巨噬细胞总RNA中扩增出其411 bp cDNA片段,将其与pGEM-T Easy载体连接,经转化、筛选阳性克隆、酶切与测序鉴定后,构建出含猪IL-18 cDNA部分片段的重组质粒。后用反向PCR技术构建出与扩增411 bp片段共用同1对引物,但缺失174 bp的竞争重组质粒。通过上述2种质粒的竞争PCR方法,建立了猪IL-18 mRNA的标准竞争曲线,得到其直线回归方程^y=0.583 2x-2.903 4(R2=0.9898)。

应用循环逆转录PCR技术检测丙型肝炎病毒RNA

循环逆转录 (circulatoryreversetranscription ,CRT)是线性增长逆转录cDNA产量的一种新技术。为了将该技术用于检测HCVRNA ,通过改变CRT的循环次数 ,结合竞争PCR ,作出标准曲线。采用 16次CRT加 34次循环PCR检测了 136例HCVELISA阳性、5 4例HCVELISA阴性和 10 8例临床可疑病人全血标本 ,并与逆转录PCR(RT -PCR)和巢式PCR (NT -PCR)的检测结果相比较 ,显示HCVRNA总检出率分别为 :5 7 9%、35 6 %、5 8 6 %。结果提示 ,CRT -PCR是一种简便有效的提高RNA检测灵敏度的方法 。

转基因大豆非同源对照模板QC-PCR检测方法的建立

建立了转基因大豆CP4EPSPS基因的非同源对照模板QC-PCR检测方法。非同源竞争对照构建方法如下:利用CP4EPSPS基因特异引物,以大肠杆菌基因组DNA为异源模板,在低严谨度PCR扩增,回收适宜DNA片段并克隆到pMD-8载体上。该片段与CP4EPSPS基因相应序列除两端引物序列完全相同外,其他部分没有同源性。

猪繁殖与呼吸综合征病毒感染对猪肺泡巨噬细胞外源性抗原加工递呈相关分子和共刺激分子的影响

采用定量竞争PCR技术对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)感染后不同时相猪肺泡巨噬细胞(PAM)中外源性抗原加工递呈相关分子SLA-DRI、i链和SLA-DM分子及共刺激分子CD40、CD80、CD86的mRNA转录动态进行了定量检测。结果表明,PRRSV感染后PAM的SLA-DR mRNA转录水平在3、7和14 d下调,低于对照组;感染后3 d,Ii链、SLA-DM和CD40的mRNA转录水平极显著下调(P<0.01);CD80和CD86mRNA转录水平也在感染后3 d明显下调(P<0.05)。用流式细胞术检测PAM表面的SLA-DR抗原的结果表明,在感染后3 d短暂上升,7 d之后一直低于对照组。由此说明,PRRSV感染早期对猪肺泡巨噬细胞的外源性抗原加工和递呈功能产生显著影响,导致其外源性抗原递呈功能下降,进而影响机体的体液免疫应答。

猪圆环病毒2型感染对猪CD80和CD86 mRNA表达的影响

通过构建猪共刺激分子CD80和CD86的缺失cDNA竞争分子,用竞争PCR技术定量检测了猪圆环病毒2型(PCV2)感染后猪肺泡巨噬细胞(PAM)中CD80和CD86的mRNA水平,分析了PCV2感染对猪共刺激分子CD80和CD86的mRNA表达的影响。结果显示,PCV2感染后,PAM中CD80和CD86的mRNA水平变化趋势一致,只是CD86的升降幅度更大。在PCV2感染后3d,CD80与CD86的mRNA水平下降至最低,随后迅速上升,至14d达到高峰,尔后快速下降,21d及以后恢复正常。本研究结果表明,PCV2初期可明显抑制猪共刺激分子CD80和CD86的基因转录。

转基因食品的定量PCR检测方法

近年来转基因食品定性检测方法发展迅速,然而目前转基因成分GMO的准确定量检测在国际贸易中日趋重要。我们这里介绍三种定量检测方法:半定量PCR法,定量竞争PCRQC-PCR法和实时定量PCR法。半定量PCR法比较简单,但结果不是很精确。定量竞争PCR的特点是含有内部标准子。近来开展的实验室合作研究表明,与定性PCR法相比,定量竞争PCR降低了实验室之间的误差。而实时定量PCR法可在提取DNA后3h内,测出每克起始样品的总DNA量及2pg转基因成分的量,但这套PCR系统目前价格昂贵。

植物转基因产品检测方法的评价

对植物转基因产品进行检测包括筛选、鉴定和定量三个步骤。定性PCR和Southern印迹是筛选的常用方法。由于假阴性或假阳性结果的存在 ,外源基因类型的鉴定需要结合使用针对转入的外源基因的特异性引物。竞争定量PCR ,实时PCR和酶联免疫分析可以确定转基因成分含量。本文进一步讨论了各种检测方法的优缺点、灵敏度以及适用范围。并且认为 ,在比较分析的基础上 ,使用国际公认的检测方法 ,根据目的和条件的不同 。