为筛选胶质瘤外泌体中参与肿瘤迁移的差异蛋白,寻找可能抑制肿瘤细胞迁移的作用靶点.本试验分别对具有不同迁移能力的A172、U251胶质瘤细胞系培养上清液进行了差异性探究.结果显示,A172条件培养基具有更强的迁移促进作用,而外泌体为促...为筛选胶质瘤外泌体中参与肿瘤迁移的差异蛋白,寻找可能抑制肿瘤细胞迁移的作用靶点.本试验分别对具有不同迁移能力的A172、U251胶质瘤细胞系培养上清液进行了差异性探究.结果显示,A172条件培养基具有更强的迁移促进作用,而外泌体为促进肿瘤迁移的主要成分.随后利用串联质量标签(tandem mass tag,TMT)定量质谱法对其外泌体进行的蛋白质组学分析发现,差异蛋白(倍数改变≥2)主要富集于核糖体、间隙连接、泛素介导的蛋白降解三个KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)信号通路.通过分析共获得了50种具有显著表达差异的外泌体蛋白,可作为胶质瘤的外泌体检测标志物及抑制肿瘤细胞迁移的潜在作用靶点.展开更多
目的揭示肥胖诱发脂肪组织线粒体蛋白质组的变化,并探索变化的可能机制,实现针对小鼠脂肪组织线粒体蛋白质组的深度测序和准确定量。方法利用数据依赖型(DDA)质谱方法鉴定小鼠白色脂肪组织和棕色脂肪组织中的线粒体蛋白;利用新型SWATH(s...目的揭示肥胖诱发脂肪组织线粒体蛋白质组的变化,并探索变化的可能机制,实现针对小鼠脂肪组织线粒体蛋白质组的深度测序和准确定量。方法利用数据依赖型(DDA)质谱方法鉴定小鼠白色脂肪组织和棕色脂肪组织中的线粒体蛋白;利用新型SWATH(sequential windowed acquisition of all theoretical mass spectra)质谱技术定量肥胖小鼠和野生型小鼠不同脂肪组织中线粒体蛋白,同时对表达差异的线粒体蛋白进行功能分析。实验步骤:1用组织线粒体提取试剂盒特异性提取不同类型脂肪组织线粒体蛋白;2用10%聚丙烯酰胺凝胶电泳预分离线粒体蛋白;3利用DDA方法建立线粒体蛋白质谱文库;4利用SWATH质谱方法定量线粒体蛋白;5利用Peak View2.0软件提取碎片离子色谱峰并进行积分计算其峰面积;6根据KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路和GO(Gene Ontology)功能分类分析肥胖小鼠和正常小鼠脂肪组织表达差异蛋白的生物功能。结果在白色脂肪组织和棕色脂肪组织分别准确鉴定并定量线粒体定位蛋白1000和1039种,3次生物学重复实验中共鉴定包括线粒体氨肟还原成分1在内的25种线粒体蛋白在白色脂肪组织特异性表达,包括非偶联蛋白3在内的21种线粒体蛋白在棕色脂肪组织特异性表达。肥胖小鼠与正常小鼠相比,白色脂肪组织中共有25种线粒体蛋白表达显著上调(上调倍数≥2,P<0.01),有47种线粒体蛋白表达显著下调(下调倍数≥2,P<0.01);棕色脂肪组织中有26种线粒体蛋白表达显著上调(上调倍数≥2,P<0.01),有21种线粒体蛋白表达显著下调(下调倍数≥2,P<0.01)。结论脂肪组织线粒体蛋白质组的定量及生物信息学的分析表明,肥胖导致线粒体内三羧酸循环、氧化磷酸化、脂肪酸的合成和降解以及对外源性物质的代谢等重要的信号通路发生紊乱,并准确鉴定、定量其相关表达差异蛋白,为肥胖导致代谢紊乱的机制研究提供重要的数据支持。展开更多
目的:应用Tandem mass tag(TMT)技术联合高内涵筛选(HCS)寻找潜在的胃癌相关基因。方法:利用TMT技术从胃癌及癌旁组织中筛选差异表达蛋白质,应用GO和KEGG数据库进行注释和信号通路富集并结合PubMed数据库结果,筛选出胃癌中未见或较少报...目的:应用Tandem mass tag(TMT)技术联合高内涵筛选(HCS)寻找潜在的胃癌相关基因。方法:利用TMT技术从胃癌及癌旁组织中筛选差异表达蛋白质,应用GO和KEGG数据库进行注释和信号通路富集并结合PubMed数据库结果,筛选出胃癌中未见或较少报道的上调目的基因。通过shRNA技术敲减基因,HCS技术比较敲减对细胞增殖的影响,筛选出肿瘤增殖相关基因并通过检测mRNA含量、克隆形成和CCK8进行验证。结果:通过TMT从胃癌和癌旁组织定量到差异表达蛋白1008个(上调649个,下调359个),25个目的基因敲减后HCS结果显示SF3B4敲减抑制细胞增殖,验证发现SF3B4是潜在的胃癌细胞增殖相关基因。结论:TMT技术结合HCS为肿瘤相关基因的筛选提供新的可能性。本研究提示SF3B4是潜在的胃癌增殖相关基因,为研究胃癌发生机制提供新线索。展开更多
目的建立液相-高分辨质谱联用(LC-HRMS)法测定盐酸二甲双胍缓释片中7种亚硝胺杂质的检测方法。方法以十八烷基键合相硅胶为填料的色谱柱(100 mm×4.6 mm, 3μm);以0.1%甲酸-水为流动相A,0.1%甲酸-甲醇为流动相B,线性梯度洗脱;质谱...目的建立液相-高分辨质谱联用(LC-HRMS)法测定盐酸二甲双胍缓释片中7种亚硝胺杂质的检测方法。方法以十八烷基键合相硅胶为填料的色谱柱(100 mm×4.6 mm, 3μm);以0.1%甲酸-水为流动相A,0.1%甲酸-甲醇为流动相B,线性梯度洗脱;质谱采用电喷雾离子源,平行反应监测模式。结果 7种亚硝胺杂质在1~100 ng/mL范围内线性关系良好;定量限在0.5~1 ng/mL之间;进样精密度RSD值在3.3%~7.4%之间;7种亚硝胺杂质的加样回收率在82.6%~111.4%的范围内。结论该方法准确度和专属性好、灵敏度高,适用于盐酸二甲双胍缓释片中亚硝胺基因毒性杂质的检查与控制。展开更多
The gut microbiota is a complex ecosystem composed of many bacteria and their metabolites.It plays an irreplaceable role in human digestion,nutrient absorption,energy supply,fat metabolism,immune regulation,and many o...The gut microbiota is a complex ecosystem composed of many bacteria and their metabolites.It plays an irreplaceable role in human digestion,nutrient absorption,energy supply,fat metabolism,immune regulation,and many other aspects.Exploring the structure and function of the gut microbiota,as well as their key genes and metabolites,will enable the early diagnosis and auxiliary diagnosis of diseases,new treatment methods,better effects of drug treatments,and better guidance in the use of antibiotics.The identification of gut microbiota plays an important role in clinical diagnosis and treatment,as well as in drug research and development.Therefore,it is necessary to conduct a comprehensive review of this rapidly evolving topic.Traditional identification methods cannot comprehensively capture the diversity of gut microbiota.Currently,with the rapid development of molecular biology,the classification and identification methods for gut microbiota have evolved from the initial phenotypic and chemical identification to identification at the molecular level.This review integrates the main methods of gut microbiota identification and evaluates their application.We pay special attention to the research progress on molecular biological methods and focus on the application of high-throughput sequencing technology in the identification of gut microbiota.This revolutionary method for intestinal flora identification heralds a new chapter in our understanding of the microbial world.展开更多
It was concluded that the described HPLC method could be used for the assayof salmon calcitonin in injection, as it offers qualified selectivity, accuracy and precision ofanalysis.
文摘为筛选胶质瘤外泌体中参与肿瘤迁移的差异蛋白,寻找可能抑制肿瘤细胞迁移的作用靶点.本试验分别对具有不同迁移能力的A172、U251胶质瘤细胞系培养上清液进行了差异性探究.结果显示,A172条件培养基具有更强的迁移促进作用,而外泌体为促进肿瘤迁移的主要成分.随后利用串联质量标签(tandem mass tag,TMT)定量质谱法对其外泌体进行的蛋白质组学分析发现,差异蛋白(倍数改变≥2)主要富集于核糖体、间隙连接、泛素介导的蛋白降解三个KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)信号通路.通过分析共获得了50种具有显著表达差异的外泌体蛋白,可作为胶质瘤的外泌体检测标志物及抑制肿瘤细胞迁移的潜在作用靶点.
文摘目的揭示肥胖诱发脂肪组织线粒体蛋白质组的变化,并探索变化的可能机制,实现针对小鼠脂肪组织线粒体蛋白质组的深度测序和准确定量。方法利用数据依赖型(DDA)质谱方法鉴定小鼠白色脂肪组织和棕色脂肪组织中的线粒体蛋白;利用新型SWATH(sequential windowed acquisition of all theoretical mass spectra)质谱技术定量肥胖小鼠和野生型小鼠不同脂肪组织中线粒体蛋白,同时对表达差异的线粒体蛋白进行功能分析。实验步骤:1用组织线粒体提取试剂盒特异性提取不同类型脂肪组织线粒体蛋白;2用10%聚丙烯酰胺凝胶电泳预分离线粒体蛋白;3利用DDA方法建立线粒体蛋白质谱文库;4利用SWATH质谱方法定量线粒体蛋白;5利用Peak View2.0软件提取碎片离子色谱峰并进行积分计算其峰面积;6根据KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路和GO(Gene Ontology)功能分类分析肥胖小鼠和正常小鼠脂肪组织表达差异蛋白的生物功能。结果在白色脂肪组织和棕色脂肪组织分别准确鉴定并定量线粒体定位蛋白1000和1039种,3次生物学重复实验中共鉴定包括线粒体氨肟还原成分1在内的25种线粒体蛋白在白色脂肪组织特异性表达,包括非偶联蛋白3在内的21种线粒体蛋白在棕色脂肪组织特异性表达。肥胖小鼠与正常小鼠相比,白色脂肪组织中共有25种线粒体蛋白表达显著上调(上调倍数≥2,P<0.01),有47种线粒体蛋白表达显著下调(下调倍数≥2,P<0.01);棕色脂肪组织中有26种线粒体蛋白表达显著上调(上调倍数≥2,P<0.01),有21种线粒体蛋白表达显著下调(下调倍数≥2,P<0.01)。结论脂肪组织线粒体蛋白质组的定量及生物信息学的分析表明,肥胖导致线粒体内三羧酸循环、氧化磷酸化、脂肪酸的合成和降解以及对外源性物质的代谢等重要的信号通路发生紊乱,并准确鉴定、定量其相关表达差异蛋白,为肥胖导致代谢紊乱的机制研究提供重要的数据支持。
文摘目的:应用Tandem mass tag(TMT)技术联合高内涵筛选(HCS)寻找潜在的胃癌相关基因。方法:利用TMT技术从胃癌及癌旁组织中筛选差异表达蛋白质,应用GO和KEGG数据库进行注释和信号通路富集并结合PubMed数据库结果,筛选出胃癌中未见或较少报道的上调目的基因。通过shRNA技术敲减基因,HCS技术比较敲减对细胞增殖的影响,筛选出肿瘤增殖相关基因并通过检测mRNA含量、克隆形成和CCK8进行验证。结果:通过TMT从胃癌和癌旁组织定量到差异表达蛋白1008个(上调649个,下调359个),25个目的基因敲减后HCS结果显示SF3B4敲减抑制细胞增殖,验证发现SF3B4是潜在的胃癌细胞增殖相关基因。结论:TMT技术结合HCS为肿瘤相关基因的筛选提供新的可能性。本研究提示SF3B4是潜在的胃癌增殖相关基因,为研究胃癌发生机制提供新线索。
文摘The gut microbiota is a complex ecosystem composed of many bacteria and their metabolites.It plays an irreplaceable role in human digestion,nutrient absorption,energy supply,fat metabolism,immune regulation,and many other aspects.Exploring the structure and function of the gut microbiota,as well as their key genes and metabolites,will enable the early diagnosis and auxiliary diagnosis of diseases,new treatment methods,better effects of drug treatments,and better guidance in the use of antibiotics.The identification of gut microbiota plays an important role in clinical diagnosis and treatment,as well as in drug research and development.Therefore,it is necessary to conduct a comprehensive review of this rapidly evolving topic.Traditional identification methods cannot comprehensively capture the diversity of gut microbiota.Currently,with the rapid development of molecular biology,the classification and identification methods for gut microbiota have evolved from the initial phenotypic and chemical identification to identification at the molecular level.This review integrates the main methods of gut microbiota identification and evaluates their application.We pay special attention to the research progress on molecular biological methods and focus on the application of high-throughput sequencing technology in the identification of gut microbiota.This revolutionary method for intestinal flora identification heralds a new chapter in our understanding of the microbial world.
文摘It was concluded that the described HPLC method could be used for the assayof salmon calcitonin in injection, as it offers qualified selectivity, accuracy and precision ofanalysis.
