SYBR GreenⅠ染料-实时荧光定量聚合酶链式反应法检测发酵乳中的霉菌和酵母含量

目的建立一种应用SYBR GreenⅠ染料的实时荧光定量聚合酶链式反应法快速检测发酵乳中的霉菌和酵母菌。方法本研究针对霉菌与酵母菌的保守序列设计引物,确定最优反应体系与反应条件。通过熔解曲线以及非目标菌株的检测验证该方法的特异性;通过菌悬液的梯度稀释检测确定该方法的灵敏度;通过菌悬液与发酵乳样品混合后进行检测,确定该方法的检出限,并得到标准曲线。结果该方法能够特异性的检测发酵乳中的霉菌、酵母菌,无交叉反应。该方法检测霉菌、酵母菌的灵敏度均为10^(2) CFU/mL,并且当菌悬液与发酵乳样品混合后,并没有降低该方法的检出限。在10^(2)~10^(6) CFU/mL浓度范围内,菌液浓度的对数值与循环阈值(cyclethreshold,Ct)具有良好的线性关系,可以在市售样品的检测中通过Ct值计算样品中目标菌的含量,更快的判断发酵乳是否被霉菌、酵母菌污染。结论该方法可用于发酵乳中霉菌和酵母菌的快速检测,为发酵乳的食品安全提供了技术保障。

多重实时荧光定量聚合酶链式反应在芝麻酱掺假鉴别中的应用

目的研究基于分子生物学技术,建立多重实时荧光定量聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)技术检测芝麻酱中的植物源性成分,实现芝麻酱的快速掺假鉴别,突破单标准单物种检测的局限性。方法该研究以芝麻2S albumim mRNA基因、花生Ara b2基因、大豆Lectin基因、玉米adh1基因设计特异性引物和探针,优化反应体系,建立多重实时荧光定量PCR技术检测芝麻酱中的芝麻源性成分、花生源性成分、大豆源性成分、玉米源性成分,并应用于市售的芝麻酱样本检测分析。结果该方法高效低成本,特异性好,对小米、绿豆等10种非目标源性成分无特异性扩增;对芝麻源性成分、花生源性成分、大豆源性成分、玉米源性成分的最低检出限为100 pg/μL,具有较高的灵敏度;应用建立的方法,对市售21份芝麻酱样本进行检测分析,检测结果与标签标注不符合的有4份,标签标注符合率为80.95%,与参比方法检测结果一致。结论建立的多重实时荧光定量PCR技术对加工成品的检测具有较好的适用性,为芝麻酱的掺假鉴别提供了一种新的分子生物学方法。

Taq Man探针实时荧光定量聚合酶链式反应检测低温酸乳中常见的霉菌和酵母

为提高低温酸乳中霉菌和酵母菌检测效率,根据保守基因延伸因子1α(elongation factor 1α,EF-1α)序列分别针对霉菌与酵母菌设计引物与探针,利用实时荧光定量聚合酶链式反应,基于TaqMan探针分别建立霉菌和酵母菌检测方法。以低温酸乳中常见真菌与乳酸菌基因组DNA为扩增模板进行特异性检验,并对方法灵敏度与重复性进行检验,同时构建标准曲线。结果表明:根据EF-1α基因设计的引物与探针特异性良好;所构建的标准曲线相关系数均大于0.99;该方法检测酵母菌的灵敏度为101 CFU/mL,检测霉菌的灵敏度为102 CFU/mL;重复性检验中组内与组间的变异系数均小于2%,表明方法具有良好的可靠性与稳定性,适用于低温酸乳中霉菌与酵母菌的快速检测。

实时定量聚合酶链反应的研究及应用(综述)

实时定量聚合酶链反应(real-timequantitativePCR,RQ-PCR)是综合PCR、分子杂交和酶动力学的一种新技术,它根据荧光共振能量转移(fluorescenceresonanceenergytranslation,FRET)的原理进行.目前已经成功地开发出TaqManTM、molecularbeaconprobe、amplifluortechnologies、LightCycler和single-labeledprobe几种相关的技术,并广泛地应用于病毒学、遗传性疾病和肿瘤等方面的诊断检测.实验研究表明:RQ-PCR作为一种快速、准确的核酸检测方法,在临床及生物学研究方面均具有相当的实用价值.

实时荧光定量聚合酶链反应在丙型肝炎诊断中的临床应用价值

目的探讨丙型肝炎病毒抗体(抗-HCV)和丙型肝炎病毒核酸(HCV RNA)荧光定量检测在丙型肝炎诊断中的临床应用价值。方法采用实时荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)和酶联免疫吸附试验(ELISA)检测358例血清中HCV RNA载量及抗-HCV。结果 358例慢性丙型肝炎患者抗-HCV和HCV RNA检出率分别为78.8%和54.2%,经χ2检验差异有统计学意义(P<0.05),HCV RNA的平均载量为4.85×105 copies/mL。结论FQ-PCR检测血清中HCV RNA的载量,是判定HCV感染的直接证据,它反映HCV的活动性和复制程度,有利于抗病毒治疗的疗效观察。抗-HCV和HCV RNA联合检测对丙型肝炎病毒的早期诊断有重要临床应用价值。

实时定量聚合酶链反应与巢式聚合酶链反应在289例白血病融合基因检测中的比较

目的比较实时定量聚合酶链反应(RT-PCR)与巢式聚合酶链反应(nPCR)在白血病融合基因BCR/ABL、PML/RARa及AML1/ETO检测中的结果。方法分别应用RT-PCR与nPCR对289例急慢性白血病初诊和完全缓解的患者BCR/ABL、PML/RARa及AML1/ETO融合基因进行检测,结合患者骨髓细胞形态学及临床转归予以分析。结果 46例初诊慢性粒细胞白血病(CML)患者中,RT-PCR与nPCR检测BCR/ABL融合基因阳性率分别为95.7%和93.5%(P=0.997);69例完全缓解CML患者中,RT-PCR与nPCR检测阳性率分别为78.4%和58.1%(P<0.05)。32例初诊急性早幼粒细胞白血病(APL)患者中,RT-PCR与nPCR检测PML/RARa融合基因阳性率分别为93.8%和90.6%(P=0.996);114例完全缓解APL患者中,RT-PCR与nPCR检测阳性率分别为12.3%和7.0%(P<0.05)。12例初诊急性粒细胞白血病M2(ANLL-M2)患者中,RT-PCR与nPCR检测AML1/ETO融合基因阳性率分别为50.0%和50.0%(P=1.0);16例完全缓解ANLL-M2患者中,RT-PCR与nPCR检测阳性率分别为50.0%和12.5%(P<0.05)。结论 RT-PCR较nPCR更为敏感而准确,应用RT-PCR可以提高微小残留病的检出率,为临床诊断和治疗提供更为有效的分子生物学依据。

实时荧光定量聚合酶链反应检测支气管肺泡灌洗液中结核分枝杆菌-DNA对肺结核的诊断价值

目的探讨实时荧光定量聚合酶链反应法(FQ-PCR)检测支气管肺泡灌洗液(BALF)中结核分枝杆菌-DNA(TB-DNA)对肺结核的诊断价值。方法肺结核52例(菌阳20例,菌阴32例),肺炎35例,采用FQ-PCR法检测其支气管肺泡灌洗液中TB-DNA水平。结果52例肺结核组的阳性率为65.4%(菌阳19例,菌阴15例),35例非肺结核组的阳性率为5.7%,经统计学比较,FQ-PCR法检出结核杆菌阳性率显著高于痰涂片抗酸染色和培养法(P均<0.05),FQ-PCR法特异性高。结论FQ-PCR法检测BALF中TB-DNA为痰涂片阴性及无痰患者提供良好的诊断依据。

实时荧光定量聚合酶链反应快速检测下呼吸道痰液标本耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的临床应用

目的应用实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)检测耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)核酸,寻求呼吸道标本MRSA的快速检测技术。方法 收集临床分离的75株金黄色葡萄球菌菌株及97份下呼吸道感染患者的合格痰液标本,应用实时荧光定量PCR快速检测法检测标本中Nuc及MecA基因,并以常规培养+头孢西丁纸片扩散法的检测结果为标准,判断实时荧光定量PCR与传统方法检测结果的一致性,及该方法对下呼吸道痰液标本检测的敏感度、特异度。结果以常规培养+头孢西丁纸片扩散法的检测结果为对照,实时荧光定量PCR快速检测法检测金黄色葡萄球菌菌株中MRSA的敏感度及特异度均为100.0%,检测下呼吸道痰液标本MRSA的敏感度为100.0%、特异度为84.7%。结论应用实时荧光定量PCR快速检测下呼吸道痰液标本MRSA的敏感度高,特异性强,操作时间短,与常规培养+药物敏感试验的检测结果具有良好的一致性,具有较高的临床应用价值。

实时荧光定量聚合酶链反应在HBV YMDD基因变异检测中的应用

目的以DNA测序法为标准,探讨实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)技术检测乙型肝炎(下称乙肝)病毒YMDD基因变异的敏感性和特异性。方法选取68例乙肝患者经拉米夫定治疗前及治疗9个月后其血清采用荧光定量PCR技术联合检测HBV DNA及YMDD变异,并随机选取10例(5例实时荧光定量PCR提示YMDD变异;5例提示未变异)慢性乙肝患者做DNA测序,分析二者的检测结果。结果拉米夫定治疗前HBVDNA的载量,两组相比差异无统计学意义(P>0.05),9个月后YMDD的变异率为14.7%(10/68);YMDD变异型组HBV DNA无l例阴转,YMDD野生型组HBV DNA阴转率为79.3%(46/58),差异有统计学意义(P<0.01);10例测序法所测结果与实时荧光定量PCR完全相符,总符合率为100.0%。结论实时荧光定量PCR技术联合检测HBV DNA及YMDD变异具有很好的临床应用前景。

实时荧光定量聚合酶链反应技术对结核性脑膜炎的诊断价值

目的探讨实时荧光定量聚合酶链反应技术(RT-PCR)对结核性脑膜炎的诊断价值。方法分别采用涂片法、RT-PCR法对结核性脑膜炎、疑似结核性脑膜炎以及非结核性脑膜炎患者的脑脊液标本进行检测,并对检测结果进行比较分析。结果涂片法共检出10例阳性,其中结核性脑膜炎7例(70.00%),疑似结核性脑膜炎3例(30.00%);RT-PCR法共检出46例阳性,其中结核性脑膜炎31例(67.39%),疑似结核性脑膜炎15例(32.61%)。对结核性脑膜炎患者检测,涂片法阳性率(12.28%)低于RT-PCR法阳性率(54.39%),差异有统计学意义(P<0.05);对疑似结核性脑膜炎患者检测,涂片法阳性率(2.91%)低于RT-PCR法阳性率(14.56%),差异有统计学意义(P<0.05);脑脊液涂片法检测结核性脑膜炎的灵敏度为12.28%,漏诊率为87.72%,RT-PCR法检测的灵敏度为54.39%,漏诊率为45.61%,差异有统计学意义(P<0.05)。结论 RT-PCR法诊断结核性脑膜炎具有灵敏度好,准确度高等特点,临床有重要的指导意义。

白色念珠菌实时荧光定量聚合酶链反应检测体系的建立

目的建立白色念珠菌实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)检测体系,实现白色念珠菌的早期、快速检测,为临床医生对白色念珠菌感染的诊断提供指导。方法使用白色念珠菌及其他真菌标准株,利用Primer Premier 5.0和Beacon Designer 7.7设计引物探针。同时对镁离子(Mg2+)、三磷酸脱氧核糖核苷酸(dNTP)、引物及探针浓度等参数进行优化,选出最佳反应体系,并验证反应体系的特异性、重复性,分析反应体系的最低检测限,对临床分离出的45例白色念珠菌进行检测。结果设计的引物探针仅能对白色念珠菌进行特异性扩增,反应体系不同底物浓度与Ct值之间成良好的线性关系,反应体系的最低检测限为5CFU/mL,且反应体系稳定性、重复性好,对临床分离菌株的检测阳性率为100%。结论成功设计了白色念珠菌特异性的引物探针,并建立了实时荧光定量PCR检测体系,能快速、准确地检出白色念珠菌。

实时荧光定量聚合酶链反应快速检测产毒铜绿微囊藻

以铜绿微囊藻(Microcystis aeruginosa)产毒株微囊藻毒素合成酶基因(mcyA)为靶序列设计了一对特异性引物,运用实时荧光定量聚合酶链反应(qPCR)方法,对铜绿微囊藻进行了定性定量检测。结果表明,仅含铜绿微囊藻脱氧核糖核酸(DNA)模板的样品有扩增,对照组小球藻(Chlorella)没有检测到扩增信号;扩增产物熔解曲线平稳,峰尖且窄,熔解温度为(83±1)℃,证明该聚合酶链反应扩增产物极为特异。以重组质粒pMD-18T-mcyA为标准品,所得标准曲线具有高度线性相关性,重复性好,符合制备实时定量聚合酶链反应标准曲线的要求。利用该方法建立的标准曲线对实验室培养获得的铜绿微囊藻DNA样品进行定量检测,与显微镜计数结果基本一致。

检测乙酰微小杆菌的双重实时荧光定量聚合酶链式反应方法的建立

以鲜切叶菜中的乙酰微小杆菌(Exiguobacterium acetylicum)为研究对象,建立定量检测E.acetylicum的双重实时荧光定量聚合酶链式反应(real-time polymerase chain reaction,RT-PCR)方法。以前期试验发掘到的微小杆菌(Exiguobacterium sp.)的特异性基因P401_RS0117025和E.acetylicum的特异性基因oxi_50582462为检测靶点,对其设计特异性探针,并对反应体系进行优化,以12株E.acetylicum为阳性对照,以4株微小杆菌属内其他种的菌株以及10株非微小杆菌的腐败菌/致病菌作为阴性对照,对建立的RT-PCR进行特异性检测;通过标准曲线的制备、灵敏度、可重复性来评价该方法的有效性。最后,应用该RT-PCR方法对不同贮藏日期鲜切叶菜中的E.acetylicum进行检测。结果表明:本研究设计的探针特异性良好;检测靶点P401_RS0117025与oxi_50582462的标准曲线的R2值分别为0.994和0.999,且重复性好;该方法的DNA检测限为1.629×10^(-7)ng/μL,纯菌菌落检测限为3.4 CFU/m L,并能对鲜切叶菜中的E.acetylicum进行灵敏检测。此外,还建立了"Ct(阈值)-Nt(菌体浓度)"的数量关系,能对供试样品中的E.acetylicum进行绝对定量。总之,本研究建立了准确、灵敏、高效检测食品中腐败菌E.acetylicum的RT-PCR定量方法,为食品货架期预测提供了理论依据。

实时荧光定量聚合酶链反应法检测肺结核患者痰标本价值的对照研究

目的探讨不同方法对肺结核的诊断价值。方法以实时荧光定量聚合酶链反应法、痰直接涂片找抗酸杆菌法、痰结核杆菌培养法对我院56例确诊肺结核患者痰标本检查比较。结果荧光定量PCR法检出结核杆菌阳性率显著高于痰涂片抗酸染色和培养法,其他非肺结核结果阳性率仅为2.7%,特异度较高。结论实时荧光定量聚合酶链反应法对肺结核诊断方面灵敏度及特异度较高,同时反映抗结核治疗过程中痰标本中的结核杆菌的数量变化,对抗结核药物疗效有良好的监控效果,应列入肺结核常规实验室检查项目。

实时荧光定量聚合酶链反应检测复发性阿弗他溃疡患者中人类疱疹病毒5型和8型的潜伏

目的采用实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)检测轻型复发性阿弗他溃疡(RAU)患者4种样本中人类疱疹病毒5型(HHV-5)和8型(HHV-8)的潜伏情况。方法选择18例轻型RAU患者为试验组,同时选择健康者23名为对照组进行临床采样,样本包括唾液、病变区脱落细胞、病变区组织块及外周血。然后用实时荧光定量PCR检测4种样本中HHV-5和HHV-8的DNA。结果HHV-5仅在试验组患者病损区组织块样本中能检测到,而在对照组的组织块样本中没有检测到。试验组和对照组的血液和唾液样本中均有HHV-5阳性检出,但两组比较其差异无统计学意义(P>0.05);试验组和对照组的脱落细胞样本中均无HHV-5阳性检出。试验组和对照组的4种样本中HHV-8均检出阴性。结论HHV-5在RAU患者的溃疡区可能有潜伏。

实时荧光定量聚合酶链反应检测结核分枝杆菌在结核性脑膜炎诊断中的价值

目的探讨实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)法检测结核分枝杆菌在结核性脑膜炎诊断中的价值。方法对181例临床确诊的结核性脑膜炎患者、可疑结核性脑膜炎患者和非结核性脑膜炎患者的脑脊液标本采用涂片、实时荧光定量PCR 2种方法进行检测,对其结果进行对比分析。结果 181例脑脊液标本中,脑脊液涂片检测阳性率为2.21%(4/181),PCR检测阳性率为12.15%(22/181);脑脊液涂片、PCR法检测51例临床确诊的结核性脑膜炎患者脑脊液标本阳性率分别为5.88%(3/51)和25.49%(13/51);检测80例临床可疑结核性脑膜炎患者脑脊液标本阳性率分别为1.25%(1/80)和11.25%(9/80),2种方法的阳性检测率比较差异有统计学意义(χ2=10.654,P<0.05)。50例非结核性脑膜炎患者脑脊液标本涂片及PCR检测均为阴性。结论实时荧光定量PCR法检测结核分枝杆菌具有较高的临床价值,可作为临床结核病检测诊断的有效方法之一。

变性温度和时间对实时定量聚合酶链反应检测乙型肝炎病毒的影响

背景:在实时荧光定量聚合酶链反应检测过程中,由于设计的热循环参数不同,检测结果常会出现假阳性或假阴性。目的:变性温度、变性时间以及聚合酶链反应运行的温度特性对实时荧光定量聚合酶链反应检测乙型肝炎病毒的影响。设计、时间及地点:对比观察实验,于2007-07-06/08在上海市安图医院PCR实验室完成。材料:LightCycler荧光聚合酶链反应检测仪由美国罗氏公司提供,乙型肝炎病毒核酸扩增聚合酶连反应荧光定量检测试剂盒由深圳匹基公司提供。方法:聚合酶链反应运行程序条件:变性温度分别为88～97℃,变性时间分别为5s和40s,退火和延伸60℃,40s,循环数40。主要观察指标:乙肝病毒遗传物质的数量。结果:聚合酶链反应运行温度上冲和下冲比较严重;变性时间对DNA浓度较低的样本影响很大,DNA很难被检测出;变性温度超过95℃,变性时间超过40s时,检测到的DNA的量明显降低;变性时间小于20s时,容易出现假阴性。结论:变性时间太短、变性温度太高且变性时间太长容易造成乙型肝炎病毒检测出假阴性。

实时荧光定量聚合酶链反应检测沙门菌(A～F群)方法的建立和应用

目的建立实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)检测沙门菌,评价其优越性。方法根据沙门菌保守的H ilA基因序列合成引物和探针,建立快速检测沙门菌的实时荧光定量PCR。结果所建立的实时荧光定量PCR具有简便、快速、敏感性高、特异性强、抗干扰性好和可重复性强等特点,与实际应用检测结果相符。结论建立的实时荧光定量PCR可用于口岸食品和公共场所从业人员的沙门菌检测。

实时荧光定量逆转录聚合酶链反应检测结肠癌中Syndecan-1 mRNA和HPA-1 mRNA的表达及临床意义

背景与目的:侵袭转移是导致结肠癌死亡率增加的主要原因,如何阻断肿瘤的侵袭转移成为目前研究的热点。本研究旨在检测Syndecan-1基因和HPA-1基因在结肠癌组织中的表达水平,探讨二者与结肠癌侵袭转移及预后的关系。方法:用实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)分别检测49例结肠癌、49例配对的癌旁组织(距癌2cm)和49例配对远离结肠癌的手术切缘正常组织(距癌5cm以上)的Syndecan-1和HPA-1基因的表达水平,分析二者与结肠癌临床病理特征的关系。结果:结肠癌中HPA-1mRNA的表达水平(40.56±11.75)显著高于癌旁组织(18.28±11.33)和正常组织(10.80±10.20)(P均<0.001),癌旁组织明显高于正常组织(P<0.05);正常结肠组织中Syndecan-1mRNA表达水平(61.21±12.96)显著高于癌旁组织(14.35±11.06)和结肠癌组织(10.12±8.58)(P均<0.001),癌旁组织明显高于结肠癌组织(P<0.05)。Syndecan-1mRNA的表达减弱和HPA-1的表达增强与肿瘤的分化程度、浸润深度、淋巴结转移、远处转移及TNM分期显著相关(P均<0.05)。Spearman等级相关分析证明了Syndecan-1mRNA和HPA-1的表达呈明显负相关(r=-0.405,P<0.05)。结论:Syndecan-1mRNA在结肠癌组织中呈低表达,HPA-1mRNA在结肠癌组织中呈高表达,且Syndecan-1mRNA的表达减弱与HPA-1的表达增强可促进结肠癌的侵袭转移。联合检测Syndecan-1mRNA及HPA-1mRNA对于指导结肠癌临床治疗及判断预后有重要价值。

实时荧光定量聚合酶链反应检测食管癌患者血清miR-100表达的意义

目的检测食管癌患者与健康人血清中miR-100的表达量差异,并探讨其作为食管癌分子诊断指标的可能性。方法采用实时荧光定量PCR方法,检测40例食管癌患者（研究组）和50例体检健康者（对照组）血清中miR-100的表达量,并进行统计学分析。结果研究组及对照组血清中miR-100的表达量分别为6.399±3.541、2.625±1.515,研究组明显高于对照组,差异有统计学意义（t=9.07,P〈0.05）。用于食管癌患者诊断的miR-100的ROC曲线下面积为0.832（95%置信区间为0.731-0.934）,当Cut off值为5.285时,miR-100诊断食管癌的灵敏度和特异度分别为65%和95%。结论食管癌患者血清中miR-100表达较健康人高,有望成为该疾病辅助诊断的新分子标志物。