TaqMan多重实时定量PCR快速检测3种常见食源性病原菌

建立一种可同时快速检测大肠杆菌O157:H7、单增李斯特菌和蜡样芽孢杆菌的多重实时定量PCR(qPCR)方法。依据大肠杆菌O157:H7 tir基因、单增李斯特菌mpl基因和蜡样芽孢杆菌entFM基因的保守序列分别设计特异性引物和TaqMan探针,建立多重qPCR反应体系,进行灵敏度、特异性和稳定性试验,同步检测人工染菌牛奶样品中的病原菌并与国家标准方法作对比。结果表明,建立的多重qPCR方法灵敏度高,最低检出限为12 CFU/mL;特异性强,只对3种目标菌进行PCR扩增;稳定性好,各重复性试验中Ct值的变异系数<1%;所有受污染样品阳性检出率均为100%,与国家标准方法检测结果一致,且检测周期缩短至6 h。本研究建立的TaqMan多重qPCR方法能同时快速、准确地检测乳品中的大肠杆菌O157:H7、单增李斯特菌和蜡样芽孢杆菌,为食品安全提供技术支撑。

实时定量PCR应用于研讨式分组实验教学实践

实时定量PCR作为一项生命科学及其相关领域的重要技术,已成为高校生物实验教学中不可或缺的知识内容。以分子生物学实验基础教学内容为依托,围绕实时定量PCR技术面向本科生开设了综合性实验。在充分考虑学生的理论和操作水平以及本科实验教学特点的基础上,对实验设计和实验方法进行了优化,并采取研讨式分组教学模式,提高教学效率与教学质量的同时,更突出了学生在实验教学中的主体地位,有助于培养学生的科学思维、科学素养以及综合实践能力。

罗非鱼戴维斯黄杆菌实时定量PCR检测方法的建立及应用

戴维斯黄杆菌(Flavobacterium davisii)是柱形病病原之一,严重影响罗非鱼养殖产业.为了实现对其快速和准确的诊断,本研究以TonB基因为靶基因构建了重组质粒,建立了戴维斯黄杆菌的实时定量PCR检测方法,并将其应用到罗非鱼感染戴维斯黄杆菌后的载菌量测定研究.结果表明:特异性引物TonB-F/R与不同基因型的黄杆菌及罗非鱼其他常见病原无交叉反应,所建立的绝对定量检测方法是常规PCR检测方法灵敏度的100倍,其重复性和稳定性良好;罗非鱼感染戴维斯黄杆菌后其鳃组织载菌量显著高于其他组织,符合该疾病的侵染特点.综上所述,该实时定量PCR检测方法具有快速、高灵敏度和强特异性等优势,可准确评估戴维斯黄杆菌的感染程度,对柱形病的预防具有重要价值.

实时定量PCR在皮肤癣菌病分子诊断中的研究进展

皮肤癣菌是皮肤癣菌病的致病真菌。传统直接镜检和培养,存在耗时费力、敏感性低、经验要求高等缺点。实时定量PCR(quantitative real time PCR,qPCR)技术具有快速、特异性高、敏感性高、无PCR后污染等优点,目前已应用于皮肤癣菌临床标本检测。该文通过回顾国、内外文献,介绍qPCR在皮肤癣菌病分子诊断研发、临床应用的研究进展。

实时定量PCR测定治疗性HBV DNA疫苗工程菌的质粒拷贝数

目的 比较不同的定量方法和总DNA制备方法对实时定量PCR(real-time quantitative PCR, qPCR)测定治疗性HBV DNA疫苗工程菌的质粒拷贝数(plasmid copy number, PCN)的影响,为建立快速简便的治疗性HBV DNA疫苗工程菌的PCN测定方法提供参考。方法 通过试剂盒提取法、Triton X-100煮沸法和培养基煮沸法分别制备总DNA样品用于qPCR检测,使用绝对定量方法和相对定量方法计算不同制备方法样品的PCN,并对测定结果进行统计学分析。结果 试剂盒提取法制备的样品经绝对定量和相对定量计算PCN,结果分别为43.10±4.02和42.92±3.98,显著低于Triton X-100煮沸法的结果(69.32±6.51和68.58±6.42)以及培养基煮沸法的结果(75.73±7.46和76.15±7.50)。任一样品制备方法,比较其绝对定量和相对定量结果,差异均无统计学意义。结论 qPCR的绝对定量和相对定量计算方法都适用于治疗性HBV DNA疫苗工程菌PCN测定,Triton X-100煮沸法更适合于总DNA模板制备。

2种微小RNA实时定量PCR检测方法的比较

目的:对目前最常用的检测微小RNA(miRNA)的茎环实时定量PCR法和PAP实时定量PCR法进行比较。方法:分别用茎环实时定量PCR法和PAP实时定量PCR法检测人乳腺癌细胞MCF-7中U6和23种miRNA的表达,利用定量PCR分析软件和琼脂糖凝胶电泳方法,将2种方法在引物设计难度、特异性与灵敏度,以及检测通量方面进行比较。结果:茎环法的特异性和灵敏度比PAP法高,但引物设计难度大,检测通量低;PAP法引物设计难度较低,检测通量较高,但特异性和灵敏度较差。结论:茎环法实时定量PCR适于有针对性地检测小规模miRNA,而PAP法则适于大规模miRNA筛选实验。

柑橘黄化花叶病毒的实时定量PCR检测及其在寄主植株中的时空分布规律

【背景】柑橘黄化花叶病毒(citrus yellow mosaic virus,CYMV)是首先发现于印度并对其柑橘产业造成严重危害的一种杆状DNA病毒。目前,CYMV已被美国、日本、新西兰、欧洲和地中海地区列入检疫性有害生物名单,具有传入我国的潜在风险。【目的】建立CYMV的实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR,qPCR)检测体系;筛选CYMV敏感柑橘品种;明确CYMV在寄主植株中的时空分布规律,为该病毒的监控提供技术支持。【方法】根据NCBI中CYMV外壳蛋白(coat protein,CP)基因保守序列,利用软件Primer Premier 5设计qPCR检测引物8对,通过常规PCR筛选扩增效果好、特异性强的引物。通过对引物浓度、退火温度等反应条件优化,建立CYMV的qPCR检测体系,并进一步通过对不同柑橘病原的检测评价所建体系的特异性;以梯度稀释的1.98×109—1.98 copies/μL的质粒标准品平行进行常规PCR及qPCR检测,评价所建方法的灵敏度;随机采集田间柑橘样品,平行进行常规PCR及qPCR检测,评价所建方法的适用性。将CYMV接种到玉环柚(Citrus grandis)、强德勒柚(C.grandis)、22号枳(Poncirus trifoliata)等15个柑橘品种,进行症状观察和分子检测以筛选敏感指示植物。在接种后不同时间,分别自MV甜橙(C.sinensis)植株不同组织部位取样,以柑橘生长因子1α基因为内参基因,利用所建体系进行qPCR检测,从而明确CYMV在寄主植株中的时空分布规律。【结果】建立了CYMV的qPCR检测体系,其最佳引物为CYMV-qF7/R7,最佳引物浓度为200 nmol·L^(-1),最佳退火温度为63℃。该检测体系的特异性强,检测灵敏度是常规PCR的1000倍。对来自不同地区的660个田间柑橘样品的检测结果表明,qPCR检测与常规PCR检测结果一致,除阳性对照外均未检测到CYMV阳性植株。不同柑橘品种接种试验结果表明,15个柑橘品种中,玉环柚和强德勒柚最早表现出强烈的黄化花叶典型侵染症状,可以作为敏感指示植物。qPCR检测结果表明,老叶中的CYMV滴度最高,老皮和根病毒滴度较高,嫩皮中的滴度较低。CYMV在植株中的相对含量,7—9月最高,此后逐月下降,并在次年1月达到最低值,从次年2月开始,CYMV的相对含量开始上升,与环境温度变化趋势一致。【结论】建立了特异性强、灵敏度高的CYMV实时荧光定量PCR检测方法,利用该方法明确了CYMV在寄主植株中的时空分布规律。此外,玉环柚和强德勒柚可作为CYMV敏感指示植物。

扩展青霉菌实时定量PCR内参基因挖掘与应用

实时定量聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)技术因其高效且便捷的特点在基因表达检测中被广泛应用。实时定量PCR结果数据处理策略之一是使用内参基因进行基因表达数据的标准化。文章基于扩展青霉菌孢子不同生长阶段的RNA-seq数据,挖掘和注释了694个稳定表达的候选内参基因;随机挑选出Knr4、Isy1、Spt5、Nucb、Hp1、Hp2、Whth、Hp3、Gph3、Pwi、Taf4、Hp4、Asy、GTPase在内的14个基因,以4、25℃条件下PDB培养基生长6、12、24、36 h的扩展青霉菌为材料,进行实时定量PCR实验。实时定量PCR数据基于geNorm和NormFinder 2种软件的综合分析,表明Isy1、Spt5、Nucb、Hp1适合作为内参基因。以Isy1和Spt5分别作为内参基因,检测Gh30基因在4、25℃条件下扩展青霉菌生长发育过程中的基因表达,显示出一致的基因表达水平,进一步验证了挖掘得到的内参基因的可靠性。该研究为扩展青霉菌的分子生物学研究提供了优良的内参基因,同时提供了一种高效的内参基因的挖掘和鉴定方法。

一种细胞中HBV闭合环状DNA含量的快速实时定量PCR方法

目的 基于实时实时定量PCR技术建立一种快速测定HepG2．2．15细胞中HBV闭合环状DNA（HBV cccDNA）的方法。方法 与结果利用正常HBV基因组松驰环状DNA（HBV rcDNA）与HBV cccDNA在结构上的差异，即HBV rcDNA负链有缺口而HBV cccDNA是完整闭合环状DNA的特点而设计-对跨过此缺口的引物，从而区分HBV rcDNA与HBV cccDNA；同时利用实时定量PCR技术作为定量的手段，定量检测HepG2．2．15细胞中的HBV cccD—NA的浓度。由HBV基因组中扩增相应的片段M，以此片段构建pGEM／M—T质粒作为标准品模板。

Bt毒素诱导下小菜蛾实时定量PCR内参基因的筛选

【目的】筛选出Bt毒素诱导后的小菜蛾Plutella xylostella(L.)的实时定量PCR最适内参基因。【方法】选取核糖体18S rRNA(18S rRNA)、肌动蛋白(ACTB)、延伸因子(EF1)、3-磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)、核糖体蛋白L32(RPL32)、核糖体蛋白S13(RPS13)、核糖体蛋白S20(RPS20)和β-微管蛋白(TUB)基因作为候选内参基因,以geNorm、Normfinder和BestKeeper软件分析这8个基因在Bt毒素诱导后的小菜蛾不同品系中肠组织中的表达稳定性。并应用筛选出来的内参基因分析小菜蛾氨肽酶2(aminopeptidase N2,APN2)基因的表达水平。【结果】geNorm软件以RPS13和EF1为最稳定内参基因,NormFinder和BestKeeper软件均以RPS13和RPL32为最稳定基因。使用3种不同内参基因分析Bt毒素诱导后的小菜蛾Bt抗性和敏感品系中ANP2表达水平时,新的内参基因EF1和传统内参基因RPL32表现了良好的稳定性,二者作为标准化因子,ANP2表达量结果基本一致,而使用18S rRNA作为内参基因,却导致部分表达量分析结果有所误差。【结论】筛选出PRS13,RPL32和EF1可以作为小菜蛾某些试验条件下的内参基因,对小菜蛾基因表达研究奠定了一定基础,也对其他昆虫内参基因的筛选具有参考价值。

西南鸢尾花色变异实时定量PCR内参基因的筛选与验证

为筛选适用于不同花色西南鸢尾花色合成途径相关基因表达分析的内参基因,本研究根据西南鸢尾及其白花变型白花西南鸢尾花蕾组织的转录组测序数据,筛选了6个常用内参基因(ɑ-TUB、β-TUB、AQP、ACT、GAPDH、UBQ),同时以百合18S做为对照内参基因,在西南鸢尾及其白花变型白花西南鸢尾的花蕾组织中,分别通过反转录PCR(RT-PCR)初筛和RT-qPCR检测表达量,并利用geNorm、NormFinder和BestKeeper软件对7个候选内参基因的稳定性进行评价。RT-PCR初筛结果显示,7个候选内参基因引物的特异性均较好,在6个样品间没有明显差异;RT-qPCR分析表明,7个候选内参基因的表达量存在一定差异,其中18S表达量最高,UBQ最低;geNorm、NormFinder和BestKeeper分析结果表明,ACT表现最稳定,最适合做为内参基因,β-TUB相对稳定性最低;以Actin为内参对西南鸢尾类黄酮/花青素和类胡萝卜素2类色素合成途径中部分相关基因的RT-qPCR分析结果与转录组测序结果相一致。本研究为鸢尾属植物花色素合成相关基因表达分析内参基因的筛选以及鸢尾属植物资源利用和花色育种研究提供了理论参考。

茶树新梢不同叶片中β-葡萄糖苷酶和β-樱草糖苷酶基因表达的实时定量PCR分析

在建立茶树基因表达绝对定量实时PCR检测方法后,检测了龙井43新梢不同部位叶片中的β-葡萄糖苷酶和β-樱草糖苷酶基因的表达情况,结果表明β-葡萄糖苷酶在一芽五叶新梢的第四叶中表达活性最高,为2.86E+08拷贝/μl,第四叶>第三叶>第五叶>第二叶>一芽一叶;而β-樱草糖苷酶基因在一芽一叶中最高,为4.31E+06拷贝/μl,一芽一叶>第二叶>第三叶>第四叶>第五叶。与茶叶香气密切相关两个基因在茶树不同部位的叶片中表达量和表达类型存在明显差异。本实验建立的实时荧光定量PCR可有效地用于茶树基因表达的定量分析。

地黄实时定量PCR内参基因的筛选

笔者通过RT-qPCR分析了地黄中7个传统内参基因18S、EF-1a、ACT11、UBQ10、UBQ5、TUB5、GAPDH和4个新报道的内参基因PP2A、RPⅡ、HSP90、TIP41的mRNA表达差异情况,分别利用Ct值比较,Ge Norm、Norm Finer和BestKeeper软件分析它们在2个发育时期、8种不同组织器官中表达稳定性。结果表明:在地黄花器官中(花瓣、花托、雄蕊、雌蕊、子房),TIP41和UB Q10表达稳定;在地黄生殖生长期和营养生长期不同器官中(根、茎、叶),TIP41和UB Q5表达稳定。因此,以上2组基因分别适宜作为不同营养器官的内参基因。

鸭病毒性肠炎病毒荧光实时定量PCR检测方法的建立和应用

根据已发表的鸭病毒性肠炎病毒(DEV)基因保守序列设计TaqMan探针,建立了检测 DEV的荧光实时定量PCR方法,用该法对DEV在鸭胚成纤维细胞(DEF)中的增殖进行了检测。结果显示,DEV接种DEF 22 h后开始释放,第50 h病毒在细胞和上清中的含量增幅均为1×103 左右,病毒主要存在于细胞中,其含量是上清的1×102-1×103倍。

猪细小病毒SYBR GreenⅠ实时定量PCR检测方法的建立

利用PCR技术扩增出猪细小病毒VP2保守区基因194 bp片段,并克隆到pGEMT载体上,纯化质粒作为PCR检测的标准模板,以10倍梯度稀释质粒为标准模板,进行SYBR GreenⅠ荧光定量PCR扩增并制作标准曲线,建立了猪细小病毒的荧光定量PCR检测方法。该方法检测灵敏度可达1.0×102拷贝/μL,与猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪圆环病毒、猪乙型脑炎病毒、猪伪狂犬病毒、猪瘟病毒和猪流感病毒不发生交叉反应,具有良好的特异性和重复性;对10份疑似病料和阴性病料进行了检测,发现10份均为荧光定量PCR阳性,而常规PCR只能检测出7份阳性。结果表明,建立的实时荧光定量PCR具有特异、敏感、快速、定量、重复性好等优点,可用于临床猪细小病毒(PPV)的检测。

实时定量PCR在乙型肝炎(HBV)诊断中的应用

随着对乙型肝炎治疗的深入研究 ,对乙型肝炎病毒 (HBV DNA)数量的确诊显得尤其重要。本文采用RealTimeQuantitativePCR(简称RQ PCR)方法 ,对 2 84例经ELISA检定的乙型肝炎患者血清标本进行HBV DNA定量检测。结果有 96例HBsAg(+ ) HBeAg(+ ) HBcAb(+ )的血清标本RQ PCR阳性率为 10 0 % ,病毒平均量 5 0 2× 10 5拷贝 μl;87例HBsAg(+ ) HBeAb(+ ) HBcAb(+ )的血清标本RQ PCR阳性率为 4 4% (38例 ) ,病毒平均量 1 0 2× 10 3 拷贝 μl,5 3例HBsAg(+ ) HBcAb(+ )的血清标本RQ PCR阳性率为 5 8% (31例 ) ,病毒平均量 6 6 9× 10 4拷贝 μl;而 4 6例正常对照组经检测全为阴性。可见RQ PCR的检测结果反映了不同患者的病情 ,对乙型肝炎的诊断、治疗具有临床指导价值。

在发育性变化相关基因表达特性检测中内参基因的有效性和实时定量PCR解析方法的适用性

实时定量PCR技术(quantitative real-time PCR assay,rtQ-PCR)是一种快速检测核酸水平的方法。在多数相对定量法的运用过程中,会同时引入内参基因用以校正由于采样和操作误差所带来的样本之间核酸总量的差别。一个理想的内参基因的表达水平必须维持恒定或至少不受实际试验条件和机体发育变化的影响。由于作为候选内参基因的看家基因也可能会随着试验条件改变呈现出发育性变化和/或差异表达,故在相关研究中,内参基因的选择就成为试验的关键和难点。本研究采用rtQ-PCR技术,以鸭胚胎期和出雏早期肝脏中IGF-Ⅰ mRNA表达的发育性变化检测为例,探讨涉及发育性变化的基因表达解析过程中内参基因的选择,并评估绝对和相对定量两种解析方法的适用性。我们认为涉及发育性变化的基因表达解析过程中内参基因的选择时,采用2-ΔCt法对内参基因的有效性进行的组间评价,比Genorm等方法对内参基因的有效性进行的整体评价更为科学;涉及发育性变化的基因表达解析过程中,如果难以找到一个理想的内参基因时,绝对rtQ-PCR解析方法将比随意选取一种内参基因作为内标的相对rtQ-PCR解析方法更为简单和适用,结果的解析也更为直观和可靠。

大灰象甲实时定量PCR内参基因的筛选

【目的】筛选出适合分析大灰象甲Sympiezomias velatus成虫不同组织中基因表达水平的内参基因。【方法】利用转录组测序技术获得大灰象甲管家基因序列作为候选内参基因,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术分析候选基因在大灰象甲雌雄成虫触角、头、胸、腹和足中的表达量;并利用geNorm, NormFinder和BestKeeper软件及在线工具RefFinder评价候选基因的表达稳定性。以大灰象甲气味结合蛋白1(odorant bindng protein 1, OBP1)基因为目标基因验证候选基因在大灰象甲成虫不同组织中的表达稳定性。【结果】基于大灰象甲转录组数据首次鉴定得到β-肌动蛋白基因(ACT)、3-磷酸甘油醛脱氢酶基因(GAPDH)、18S核糖体RNA基因(18S rRNA)、60S核糖体蛋白L12基因(RPL12)、60S核糖体蛋白L32基因(RPL32)、40S核糖体蛋白S20基因(RPS20)、延伸因子2基因(EF2)、α-微管蛋白基因(TUA)和β-微管蛋白基因(TUB)共9个管家基因序列。geNorm分析结果显示,RPL12和RPS20是最稳定表达的内参基因,而BestKeeper和NormFinder分析结果显示最稳定表达的内参基因分别是TUA和TUB。综合各分析方法得出9个候选基因中TUB,TUA,RPS20和RPL12是最稳定表达的内参基因,而18S rRNA,ACT和GAPDH这3个广泛应用的内参基因则表现出最低的表达稳定性。最后以OBP1为目标基因对稳定性不同的4个候选基因进行稳定性验证,发现以TUB和RPL12为内参基因,OBP1在成虫不同组织之间的表达模式基本一致;而以RPL32为内参基因,表达模式与应用TUB作为内参基因时稍有不同,使用18S rRNA作为内参基因得到的OBP1表达模式则与应用TUB作为内参基因时的完全不一致。【结论】TUB,TUA,RPS20和RPL12可以作为分析大灰象甲成虫不同组织中基因表达水平的内参基因,为后续基因表达研究奠定了基础。

实时定量PCR 2^(-△△Ct)法检测非小细胞肺癌HER2基因的过表达

背景与目的正确评价HER2基因表达的状况对于肿瘤的施治具有重要的指导意义。以往的评价大多基于免疫组织化学法,但结果变异性大。本研究旨在探讨实时定量PCR 2^(-△△Ct)法检测非小细胞肺癌(non-small celllung cancer,NSCLC)HER2基因表达的可行性。方法采用实时定量PCR 2^(-△△Ct)法同时检测212例肺癌组织和与其匹配的非肿瘤组织HER2基因的表达,评价过表达水平。结果肺癌组织中HER2基因的表达水平高于非肿瘤组织(T=67,P<0.05),HER2基因的过表达率为34.0%。结论实时定量PCR2^(-△△Ct)