水貂圆环病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立与应用

为快速检测水貂圆环病毒(MiCV),本试验根据MiCV Cap基因序列设计合成特异性引物,建立了水貂圆环病毒SYBR Green II实时荧光定量PCR检测方法。结果显示,该方法在模板浓度为1.0×10^(6)~1.0×10^(1) copies/μL范围内呈良好线性关系,相关系数为0.9983。本试验建立的检测方法对水貂阿留申病毒、猪圆环病毒2型、水貂肠炎病毒、犬瘟热病毒和猪伪狂犬病毒进行检测均无特异性扩增,批内和批间CV均小于2%,对重组阳性质粒的检测下限为1.0×10^(1) copies/μL,比普通PCR的敏感度高100倍,对阳性样品DNA的检测下限为2.38×10^(-2) pg/μL,比普通PCR的敏感度高1000倍。应用该方法对吉林省部分毛皮动物养殖场的水貂、狐狸、貉和环境样品进行检测,结果其阳性率分别为57.23%、48.42%、39.71%和68.48%。上述结果表明,本研究建立的实时荧光定量PCR检测方法具有良好的灵敏性、特异性和重复性,为MiCV的诊断及流行病学调查提供技术支持。

食品和饲料中火鸡源性成分的实时荧光PCR检测方法

为对产品真实性提供技术支撑,作者建立了食品和饲料中火鸡源性成分的检测方法。采用TaqMan探针实时荧光PCR方法,对火鸡源性成分特异性、灵敏度进行检测并进行实际应用。实验表明,建立的检测方法具有特异性和高灵敏度,检测限为0.001%。通过对市售食品和饲料样品的检测,建立的方法适用于食品和饲料中火鸡源性成分的检测。

梭子蟹肌孢虫SYBR Green I实时定量PCR检测方法的建立与应用

梭子蟹肌孢虫(Ameson portunus)是感染三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)的常见病原之一,该研究以其SSU rRNA基因为靶标建立了SYBR Green I实时定量PCR检测方法。结果显示:该方法扩增效率为101.45%,检测灵敏度下限可达2.0×10~1拷贝·μL^(-1),特异性、组内重复性和组间重复性均好。利用该荧光定量PCR方法对一批来自"牙膏病"流行区的养殖三疣梭子蟹样品进行检测,梭子蟹肌孢虫检出率为82.35%。检测结果显示,活蟹的每毫克肌肉平均带虫量大幅低于死蟹,表明该地区梭子蟹的死亡与肌孢虫的感染密切相关,而且,当梭子蟹肌孢虫载量达到1.0×10~9拷贝·mg^(-1)时三疣梭子蟹存在暴发疾病甚至死亡的风险。另外,通过对比检测发现,梭子蟹肌孢虫套式PCR方法对这批样品的检出率为64.71%,表明该研究建立的荧光定量PCR方法具有更高的灵敏度。

禽坦布苏病毒TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的建立

【目的】建立禽坦布苏病毒(Avian Tembusu virus,ATmV)TaqMan实时荧光定量PCR检测方法。【方法】根据ATmV非结构蛋白NS1的基因特征,设计特异性的引物和探针,建立基于TaqMan探针检测ATmV的实时荧光定量PCR检测方法,对其特异性、重复性进行检测。用建立的TaqMan实时荧光定量PCR检测方法和之前建立的RT-PCR方法同时对临床15份疑似ATmV感染的病料进行检测,计算其符合率。【结果】成功建立了检测ATmV的实时荧光定量PCR检测方法,当NS1基因含量为(2.67×102)^(2.67×107)拷贝/μL时有良好的线性扩增,其扩增相关系数为0.998,扩增效率为99.9%。建立的ATmV实时荧光定量PCR检测方法敏感度高,最低检测限为2.67×102拷贝/μL;特异性强,对水禽常见病毒(如Ⅰ型鸭肝炎病毒、新型鸭呼肠孤病毒、禽流感病毒、禽Ⅰ型副粘病毒与番鸭细小病毒等)检测均为阴性;重复性好,组内变异系数和组间变异系数分别为0.39%~1.17%和0.51%~1.82%。对临床送检的15份病料,TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的阳性率为73.33%(11/15),RTPCR方法的阳性率为60.0%(9/15),2种方法的符合率为100.0%。【结论】建立了基于TaqMan探针的ATmV实时荧光定量PCR检测方法,该方法可应用于ATmV感染的早期检测。

食品中单增李氏菌实时荧光PCR检测鉴定方法的建立

运用实时荧光PCR(Real timePCR)技术建立了对食品中单增李氏菌进行检测的快速方法,设计的引物和探针的序列特异性强,省去凝胶电泳的繁琐,降低了污染的可能性.在对26种病原菌进行检测过程中,运用实时荧光PCR法和经典培养法进行比较,结果表明用实时荧光PCR法检测单核细胞增多李斯特氏菌,更快速、敏感、特异性更高.

鸭瘟病毒TaqMan实时荧光定量PCR方法的建立

根据鸭瘟病毒(DEV) gE基因的特征,设计特异性引物和探针,经条件优化后,建立检测DEV的TaqMan实时荧光定量PCR方法.结果表明:当gE基因含量为1.0×10~1～1.0×10~6拷贝·μL^(-1)时,建立的实时荧光定量PCR检测方法有良好的线性扩增,其标准曲线方程为:y=-3.480x+37.955,扩增相关系数为0.999;敏感性强,最低检测限为10拷贝·μL^(-1);特异性好,仅对DEV强毒株和弱毒活疫苗株检测到阳性扩增信号,对鸭源其他传染病病原(番鸭细小病毒、鹅细小病毒、鸭腺病毒A型、鸭甲肝病毒1型、鸭甲肝病毒3型、番鸭呼肠孤病毒、新型鸭呼肠孤病毒、H9N2亚型禽流感病毒、禽1型副粘病毒、鸭源大肠杆菌、鸭疫里默氏杆菌、鸭源禽多杀性巴氏杆菌)检测均为阴性;重复性好,组内变异系数和组间变异系数分别为0.62%～1.14%和0.69%～2.40%.对临床送检疑似DEV感染的14份样品进行检测,并与常规PCR方法、病毒分离鉴定进行比较,阳性率分别为85.71%(12/14)、71.43%(10/14)和57.14%(8/14);且与常规PCR方法、病毒分离鉴定的阳性符合率均为100%.本试验建立的TaqMan实时荧光定量PCR方法,可用于开发DEV快速诊断试剂盒,用于开展DEV流行病学调查.

食品和饲料中猫源性成分实时荧光PCR检测方法

采用实时荧光PCR方法对食品和饲料中猫源性成分进行TaqMan探针检测。结果表明:该检测方法具有特异性强、灵敏度高的特点,在动物和植物材料基质中,均能检出0.01%的猫源性成分,适用于市售食品和饲料中猫源性成分的检测。

实时定量PCR方法检测鼻咽癌病人全血EB病毒拷贝数的实验研究

EBV在多种肿瘤中存在,并在相关肿瘤的发病中起一定的作用.本文应用实时定量PCR方法检测鼻咽癌与健康对照全血EBV拷贝数.结果表明在73例鼻咽癌病人与83例正常对照中,NPC组中EBV阳性率为46.6%,对照组阳性率为13.3%.对照组平均EB病毒拷贝数为3.9×104拷贝/μgDNA,高于鼻咽癌组(1.7×105拷贝/μgDNA).全血EBV的感染与鼻咽癌的发生相关,而裂解状态EBV在细胞转化过程中的作用可能更大.应用实时定量PCR进行全血EBV的检测可用于鼻咽癌的分子诊断.

单增李斯特氏菌SureTect实时PCR检测方法的比较研究

目的评估食品中单增李斯特氏菌SureTect实时PCR检测方法的性能。方法按照ISO 16140:2003/Amd 1:2011《食品和动物饲料微生物学-可替代方法的验证方案》的要求对该方法进行了实验室内的方法比较研究(即实验室内的验证)。结果对于不同的食品类别,该方法的相对准确性在77%~85%之间,相对特异性在72%~83%之间,相对灵敏度在72%~91%之间,相对检测限在0.02~0.06 CFU/g。统计检验表明,该方法与参照方法在相对准确性、相对特异性和相对灵敏度方面无显著性差异,两种方法的相对检测限也无显著性差异。使用50株目标菌株和30株非目标菌株进行方法选择性实验,两种方法检测结果均一致。结论单增李斯特氏菌SureTect实时PCR检测方法是一种快速、准确和灵敏的检测方法。

猪圆环病毒3型TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的建立

【目的】建立检测猪圆环病毒3型(Porcine circovirus 3,PCV3)感染的TaqMan实时荧光定量PCR方法。【方法】通过分析明确PCV3复制相关蛋白Rep基因特征,设计针对Rep基因的特异性引物和探针,经条件优化后建立检测PCV3感染的TaqMan实时荧光定量PCR方法。【结果】建立的TaqMan实时荧光定量PCR方法敏感性好,最低检测限为42.2拷贝·μL-1;特异性强,对常见猪群传染病均无交叉反应;重复性好,组内变异系数和组间变异系数均在1.48%以内。对福建省2014年至2018年保存的193份组织样品进行检测发现,PCV3在福建省猪群中存在较高的阳性感染率(65.80%),且和PCV2混合感染率较高(52.85%)。【结论】本方法的建立为开展Rep基因在PCV3复制和感染过程中的作用机制提供检测方法。

实时荧光RT-PCR方法检测马铃薯V病毒

为了给马铃薯V病毒提供快速灵敏的检测技术以防止其传播扩散,根据其外壳蛋白基因核苷酸保守序列设计引物和TaqMan探针,通过特异性及灵敏度试验建立该病毒的实时荧光RT-PCR检测方法。该方法检测灵敏度高,至少可检测到36 pg/μL的总RNA;对马铃薯V病毒、马铃薯Y病毒、马铃薯A病毒、李痘病毒及马铃薯X病毒具有良好的特异性。该方法快速、灵敏、无需任何PCR后处理且交叉污染风险小,可用于马铃薯V病毒的快速检测。

应用巢式-实时定量PCR方法检测慢性乙型肝炎患者PBMC中HBV cccDNA

乙型肝炎病毒共价闭合环状DNA（HBV cccDNA）是HBV复制的原始模板，是HBV持续感染的关键因素。外周血单核细胞（PBMc）中HBV cccDNA的存在状态及动态变化成为研究HBV肝外分布及复制问题的热点。诸多研究证实，PBMC中存在HBVDNA，但是否存在HBV复制模板HBV cccDNA及复制过程，却有不同意见。

小鼠肝炎病毒实时荧光定量PCR方法的建立及在部分啮齿类动物的应用

目的建立小鼠肝炎病毒(MHV)实时荧光定量PCR检测方法,并初步应用于实验裸鼹鼠等啮齿类动物的检测。方法选择MHV E基因保守区域设计合成特异性引物和探针,建立荧光定量PCR方法,并对方法特异度、敏感度、线性、重复性和稳定性进行方法学验证。同时用建立的方法对79只清洁级小鼠、35只SPF小鼠、63只裸鼹鼠、10只长爪沙鼠、20只金黄仓鼠和4只黄鼠进行MHV检测。结果成功建立了MHV实时荧光定量PCR方法;方法的线性范围为(1×10~1~1×10~9)拷贝/μL,与仙台(SV)病毒、呼肠孤病毒3型(Reo3)、小鼠肺炎病毒(PVM)、牛冠状病毒(BCV)均无交叉反应,方法的检测敏感度为10拷贝/μL。重复性和稳定性试验显示实验间变异系数均小于5%。检测结果显示63只裸鼹鼠、35只SPF小鼠、10只长爪沙鼠、20只金黄仓鼠和4只黄鼠均为阴性。79只清洁级小鼠MHV阳性率为22.78%。建立的方法与RT-PCR比较,可信度达97.47%。结论建立的MHV荧光定量PCR方法特异、敏感,能够对多种啮齿类动物体内携带的MHV进行检测。

鸭腺病毒A型TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的建立

试验旨在建立鸭腺病毒A型(duck adenovirus A,DAdV-A)TaqMan实时荧光定量PCR检测方法。根据DAdV-A Hexon基因序列设计特异性引物和探针,建立了基于TaqMan探针检测DAdV-A的实时荧光定量PCR检测方法,对其特异性、灵敏性、重复性进行检测,用建立的TaqMan实时荧光定量PCR检测方法和常规PCR方法同时对福建地区临床收集的85份番鸭源病料进行DAdV-A感染的检测,比较其符合率。结果表明,试验成功建立了检测DAdV-A的实时荧光定量PCR检测方法,其扩增相关系数为0.996,扩增效率为99.9%;特异性强,对鸭常见病原(如鸭瘟病毒、鹅细小病毒、番鸭细小病毒、鸭圆环病毒、鸭源大肠杆菌、鸭疫里默氏杆菌和鸭源禽多杀性巴氏杆菌)检测均为阴性;灵敏度高,最低检测限为8.37拷贝/μL;重复性好,组内变异系数和组间变异系数分别为0.54%~1.28%和0.61%~2.39%。对临床送检的85份病料,TaqMan实时荧光定量PCR方法的阳性率为7.06%(6/85),PCR方法的阳性率为5.88%(5/85),且PCR检测的阳性样品经TaqMan实时荧光定量PCR方法检测均为阳性,符合率为100%。本研究建立了基于TaqMan探针检测DAdV-A的实时荧光定量PCR检测方法,为鸭群中开展DAdV-A的分子流行病学研究提供了有效技术手段。

猪细环病毒k2型SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR方法的建立

为建立检测猪细环病毒k2型（Porcine Torque teno sus virus k2,PTTSu Vk2）SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法,本研究根据PTTSu Vk2 ORF2基因序列特征设计引物,建立基于SYBR GreenⅠ检测PTTSu Vk2的实时荧光定量PCR方法,该方法在PTTSu Vk2 ORF2基因含量为1.92×102~1.92×107 copies/μL反应范围内有很好的线性关系。扩增产物溶解曲线分析仅出现单一特异峰,无引物二聚体,Tm值为（83.83±0.08）℃,对猪圆环病毒（Porcine circovirus type 1 and type 2,PCV1和PCV2）、猪细小病毒（Porcine parvovirus,PPV）、猪博卡病毒5型（Porcine bovavirus type 5,Pbo V5）、猪细环病毒1a型（PTTSu V 1a）和1b型（PTTSu V 1b）核酸均无阳性信号扩增,可重复性好,组内变异系数为0.39%~1.69%,组间变异系数0.69%~2.19%。本方法的建立可用于定量分析PTTSu Vk2感染噬性组织器官和感染程度,为PTTSu Vk2的流行病学研究及临床诊断等提供了一种可靠的方法。

香蕉细菌性枯萎病菌实时荧光PCR检测方法的建立

根据香蕉细菌性枯萎病菌与其它细菌菌株16SrDNA序列差异,设计并合成一对引物和一条具有稳定点突变特异性探针,建立了对香蕉细菌性枯萎病菌的实时荧光PCR检测方法。除烟草青枯病菌和马铃薯青枯病菌外,还对其它属细菌菌株进行了荧光PCR检测。结果表明,只有香蕉细菌性枯萎病菌产生荧光,其它细菌都没有荧光产生。从而证明此方法特异性强,灵敏度高,适合病害的快速诊断和口岸检验检疫应用。

鸡病毒性关节炎实时荧光RT-PCR检测方法的建立

本文旨在建立实时荧光RT-PCR方法检测鸡病毒性关节炎病原,针对特异性的禽呼肠孤病毒S1基因设计了1对引物及探针,经优化反应体系,确定引物和探针的最优浓度配比,建立了鸡病毒性关节炎实时荧光RT-PCR检测方法。结果显示:该方法灵敏度高、特异性强、检测时间短,可应用于鸡病毒性关节炎的普查监测和检验检疫。

鸭肠炎病毒疫苗株EvaGreen实时荧光定量PCR方法的建立

鸭肠炎病毒(duck enteritis virus,DEV)疫苗株自1960年以来一直被用于防控DEV感染,该疫苗安全稳定、生产技术成熟、可快速诱导机体体液免疫和细胞免疫。DEV的基因组庞大,复制非必需区多,可容纳多个外源基因的插入,被广泛用来作为基因工程载体来开发疫苗。当前,尚未见仅针对DEV疫苗株的实时荧光定量PCR检测方法相关研究报道。本研究通过分析DEV疫苗株和强毒株UL2基因特点,明确DEV疫苗株在UL2基因上存在528bp连续核苷酸缺失,设计针对该差异的实时荧光定量PCR引物,建立了EvaGreen实时荧光定量PCR检测DEV疫苗株的方法。结果表明,建立的检测DEV疫苗株实时荧光定量检测方法,当UL2基因含量为5.25×101~5.25×106拷贝·μL^(-1)时有良好的线性扩增,其标准曲线方程Y轴截距为34.95,斜率为-3.218,扩增相关系数为0.999,扩增效率为100%;敏感性强,最低检测限为52.5拷贝·μL^(-1);特异性好,对DEV疫苗株扩增产物的熔解曲线分析,仅出现1个单特异峰值[Tm=(90.62±0.28)℃],无引物二聚体,对其他鸭源传染病病原(如鸭肠炎病毒强毒、番鸭细小病毒、鸭圆环病毒、番鸭源鹅细小病毒、新型基因重组型鸭细小病毒、鸭腺病毒A型、鸭源鹅多瘤病毒、鸭源大肠杆菌、鸭疫里默菌和鸭源禽多杀性巴氏杆菌)检测均为阴性;重复性好,组内变异系数和组间变异系数分别为0.55%~1.72%和0.92%~2.49%。本研究建立了DEV疫苗株实时荧光定量检测方法,为评价DEV活载体基因工程疫苗免疫防控机制提供参考。

鹅圆环病毒TB Green实时荧光定量PCR方法的建立及初步应用

鹅圆环病毒主要感染宿主的淋巴细胞,导致其免疫功能下降,造成继发感染和共感染。为建立鹅圆环病毒分子检测方法,本研究根据NCBI数据库中GoCV基因特征,设计特异性引物,建立检测GoCV的TB Green实时荧光定量PCR方法。结果显示,建立检测GoCV的TB Green实时荧光定量PCR方法,灵敏度高,最低检测限为54.10拷贝/μL;特异性好,与水禽常见传染病病原均无交叉反应,扩增产物的熔解曲线仅GoCV出现1个特异性单峰,Tm值为(84.46±0.09)℃;重复性好,组内和组间重复试验变异系数分别为0.26%~0.55%和0.23%~0.87%。利用建立的TB Green实时荧光定量PCR方法和常规PCR方法同时对64份临床样品进行GoCV感染的检测,结果显示,常规PCR方法检出阳性样品15份,阳性率为23.44%;TB Green实时荧光定量PCR方法检出阳性样品18份,阳性率28.13%,且15份PCR阳性样品经TB Green实时荧光定量PCR方法检测均为阳性,符合率为100%。本研究为后续开展GoCV感染的分子流行病学调查和致病机理研究提供技术支撑。

实时荧光定量PCR方法检测人癌组织中RFP蛋白的表达

目的检测RFP(Ret finger protein)蛋白在人正常组织及人癌组织中的分布。方法采用实时荧光定量PCR方法,以18 S rRNA为内对照,检测RFP在人正常组织及人癌组织中的表达水平。结果RFP表达水平子宫颈鳞状细胞癌组织高于正常子宫颈组织,子宫内膜腺癌组织高于正常子宫内膜组织,胃腺癌组织高于正常胃组织,食管鳞状细胞癌组织高于正常食管组织,而子宫内膜腺癌组织高于子宫颈鳞状细胞癌组织,胃腺癌组织高于食管鳞状细胞癌组织,脑癌组织高于正常脑组织。结论RFP可能成为治疗恶性肿瘤的一个潜在的分子靶点。