15个物种Toll样受体5基因密码子使用偏好性分析

【目的】探究Toll样受体5(TLR5)基因的密码子使用模式,并分析TLR5基因密码子使用偏好性的影响因素。【方法】综合运用CodonW、BioEdit和R等软件对筛选的15个不同物种TLR5基因完整编码区(CDS)序列核苷酸组成和密码子使用模式进行计算和统计,再基于同义密码子相对使用度(RSCU)和CDS分别进行聚类分析,推测TLR5基因发挥相似生物学功能的物种,并通过ENC-plot、Neutrality-plot和PR2-plot 3种绘图分析造成密码子偏好性现象的可能因素。【结果】9个物种TLR5基因CDS密码子第3位碱基GC含量(GC3)>0.5,14个物种有效密码子数(ENC)值>35,15个物种密码子AU偏斜度(AU skew)和GC偏斜度(GC skew)值<0;不同物种TLR5基因CDS有31个高频密码子,其中21个以G或C结尾,此外GCC、AGA、AGG和CUG表现为较高的RSCU值,为优势密码子;RSCU层次聚类和系统发育聚类结果不完全相同,但两种聚类方法均提示猪、牛和羊TLR5基因的密码子使用特点相似,鸡和绿头鸭相似,虹鳟和鲫鱼相似;ENC-plot分析发现各物种TLR5基因均分布在标准曲线下方较远位置,Neutrality-plot显示密码子第1、2位GC含量的平均值(GC12)和GC3含量呈极显著正相关(P<0.01),PR2-plot则显示密码子第3位碱基使用频率不一致。【结论】不同物种TLR5基因密码子使用模式存在偏好性现象,该现象是物种进化过程中受碱基突变和翻译选择双重影响的结果,其中碱基突变是主要影响因素。研究结果可为后续TLR5基因的生物学功能挖掘提供新的角度和理论认识。

使君子科3种红树植物叶绿体基因组密码子使用偏好性分析

为探究使君子科(Combretaceae)红树植物叶绿体基因组密码子使用偏好性及其影响因子,对拉关木(Laguncularia racemosa C.F.Gaertn.)、红榄李〔Lumnitzera littorea(Jack)Voigt〕、榄李(Lumnitzera racemosa Willd.)叶绿体基因组的52个共有蛋白质编码序列(CDS)进行密码子第1、第2、第3位碱基的GC含量(分别为GC 1、GC 2、GC 3)、密码子总GC含量(GC all)、有效密码子数(ENC)和相对同义密码子使用度(RSCU)分析;在此基础上,对每种植物的GC 1、GC 2、GC 3、GC all和ENC值进行相关性分析,并对每种植物叶绿体基因组进行中性绘图、ENC-plot、PR2-plot和最优密码子分析;此外,还基于rbcL基因序列和叶绿体基因组共有CDS的RSCU值对使君子科11种植物进行聚类分析。结果表明:3种植物叶绿体基因组GC all值的均值为38.0%~38.2%,GC 1、GC 2和GC 3值的均值均低于50%,均表现为GC 1值的均值最大、GC 3值的均值最小,且GC 3值的均值明显低于GC 1和GC 2值的均值,并与二者呈不显著正相关;ENC值的均值为47.2~47.3,且3种植物叶绿体基因组中ENC值大于45的基因占比均高于70%。3种植物叶绿体基因组中的高频密码子均有29个,以A或U结尾的高频密码子占比达96.6%。中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析结果表明3种植物叶绿体基因组密码子使用偏好性主要受自然选择的影响。拉关木、红榄李和榄李叶绿体基因组的最优密码子分别有8、6和10个,且多以A或U结尾;共有最优密码子有4个,分别为CGA、AGA、GGA、ACA。聚类分析结果表明红榄李和榄李均首先聚在一起,说明二者的亲缘关系较近。综上所述,3种红树植物叶绿体基因组密码子偏好以A或U结尾,且密码子使用偏好性主要受自然选择的影响。

24份忍冬属材料叶绿体基因组密码子使用偏好性分析

使用CodonW1.4.2和SPSS 22.0等软件对24份忍冬属(Lonicera Linn.)材料叶绿体基因组进行密码子偏好性分析,并基于叶绿体基因组序列构建了系统发育树。结果显示:24份忍冬属材料叶绿体基因组中1314个蛋白质编码基因的GC含量为38.7%,密码子第3碱基位置的GC含量(GC_(3))最低,仅为31.4%,表明其密码子偏好以A或U结尾;根据基因功能将1314个基因分为5类,每类显示出特定的密码子特征;24份忍冬属材料叶绿体基因组的有效密码子数(ENC)为50.2,表明密码子使用偏好性较低。密码子适应指数(CAI)、密码子偏好指数(CBI)和最优密码子使用频率(FOP)与GC_(3)值、总GC含量(GC_(all))和同义密码子第3碱基位置的GC含量(GC_(3s))呈显著或极显著相关,说明密码子第3碱基位置的碱基组成对基因表达有很大影响。中性绘图、PR2-plot和ENC-plot以及对应性分析结果表明影响密码子使用模式的因子并不单一,自然选择起主要作用,突变压力起次要作用。基于相对同义密码子使用度(RSCU)和高、低表达组的RSCU差值(ΔRSCU),共鉴定出29个高频密码子和18个最优密码子,且大部分以A或U结尾。系统发育分析结果显示:24份忍冬属材料聚为一支,各物种间的进化相似且亲缘关系较近。综合分析结果表明:忍冬属植物叶绿体基因组密码子使用偏好性低且富含A或U,受到自然选择和突变压力的双重影响,其中自然选择占主导地位。

珊瑚菜叶绿体基因组密码子使用偏性分析

为探究珊瑚菜(Glehnia littoralis F.Schmidt ex Miq.)叶绿体基因组密码子使用偏性及其影响因子,本研究基于珊瑚菜叶绿体基因组测序数据筛选到51个蛋白质编码基因,并对其密码子使用模式进行分析。结果显示:珊瑚菜叶绿体基因组密码子总GC含量(G_(Call))为38.8%,密码子第3位碱基的GC含量(GC3)最低,仅为29.2%,3个位置碱基的GC含量均小于50%,表明珊瑚菜叶绿体基因组密码子偏好使用A或U。珊瑚菜叶绿体基因组有效密码子数(ENC)为34.6~54.5,密码子适应指数(CAI)为0.100~0.270,密码子偏好指数(CBI)为-0.190~0.226,最优密码子使用频率(FOP)为0.276~0.550,表明珊瑚菜叶绿体基因组密码子使用偏性较弱;相关性分析结果表明珊瑚菜叶绿体基因组密码子第3位碱基的组成对基因表达有很大影响。中性绘图分析、PR2-plot分析、ENC-plot分析和对应性分析结果表明珊瑚菜叶绿体基因组密码子使用偏性受自然选择和突变的共同影响,以自然选择为主;基于相对同义密码子使用度(RSCU)和高、低表达组的RSCU差值(ΔRSCU)共获得16个最优密码子,且大部分以A或U结尾。综合分析结果表明:珊瑚菜叶绿体基因组密码子使用偏性较弱,且主要受自然选择的影响。

甘蔗属种及其近缘属种蔗茅的全基因组密码子偏好性分析

【目的】为解析甘蔗基因组的密码子使用特征,提高异源基因在甘蔗中的表达效率。【方法】以已发布的甘蔗属种(热带种LA-purple、割手密NP-X和AP85-441)及其近缘属种蔗茅(Yunnan2009-3)基因组为数据,利用Python、CodonW1.4.2进行密码子偏好性分析,同时通过中性绘图、ENC-plot、PR2-plot等分析探讨密码子偏好性形成的影响因素,并结合转录组测序数据分析密码子偏好性参数与基因表达水平的相关性。最后,基于RSCU均值与7个主要模式生物种(玉米、高粱、水稻、拟南芥、烟草、大肠杆菌、酿酒酵母)的密码子使用模式进行比较分析。【结果】显示热带种、割手密和蔗茅的基因组都富含GC,平均GC含量为56.3%,且GC3>GC1>GC2,倾向于使用以G/C结尾的密码子,平均ENC值为48.45,偏好性较低。中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析表明它们的密码子偏好性受到自然选择、突变压力等多种因素的共同影响,其中自然选择占主导作用。相关性分析表明密码子偏好性参数与基因实际的转录表达水平存在显著相关性,但相关性不强。根据RSCU和?RSCU值,确定了13个最优密码子,均以C或G结尾,密码子使用特性在全基因组和染色体组水平上无差异。通过比较发现,甘蔗的核苷酸组成及密码子偏好性与玉米、高粱和水稻较为相似,而与拟南芥、烟草、大肠杆菌和酵母具有显著差异。【结论】甘蔗热带种、割手密和蔗茅的密码子偏好性高度相似,其形成受自然选择和突变因素的影响。此外,对甘蔗优异基因功能异源验证时可优先选择玉米、水稻和高粱作为异源表达系统。

15种植物δ8-FAD2基因密码子使用模式比较

为明确草本油料、木本油料与非油料作物内δ8-FAD2基因密码子的使用偏好性及其影响因素的差异,为进一步通过基因调控改良油料作物品质提供研究基础,从GenBank数据库选取15种不同类型植物的δ8-FAD2完整基因序列,对其密码子使用偏好性进行分析;并使用CodonW软件分析序列,得出A3、T3、C3、G3、GC3、有效密码子数(ENC)、相对同义密码子使用度(RSCU)等重要参数;通过相关指数分析、多种参照体系的最优密码子确定、ENC-plot绘图分析、PR2-plot分析及系统关系分析对比15种植物的基因序列。结果表明,15种植物δ8-FAD2基因密码子使用偏好性均较弱且偏好使用A或T结尾;δ8-FAD2基因共有17个优势密码子,最优密码子多达21个;不同植物δ8-FAD2基因的最优密码子有所差异。通过ENC-plot和PR2-plot分析得出,油料作物的δ8-FAD2基因密码子使用偏好性要强于非油料作物,木本植物间其密码子偏好性的受压力情况基本类似,而草本植物间各不相同。分别基于RSCU值和完整基因序列进行聚类分析,发现物种间的亲缘关系并不是密码子使用偏好性的决定性因素。

赖草属叶绿体基因组密码子偏好性分析

以16种赖草属植物叶绿体基因组的50条基因序列为研究对象,使用密码子碱基组成分析、中性绘图分析、PR2-plot绘图分析、ENC-plot绘图分析、基因参数相关性分析和聚类分析等多种生物信息学方法分析赖草属叶绿体基因组密码子偏好性,结果表明:(1)赖草属叶绿体基因组密码子富含A和U,高频密码子也多以A/U结尾。(2)赖草属有效密码子数值在39.81~61.00之间。(3)16种赖草属植物根据聚类分析可分为两组,Leymus multicaulis、Leymus karelinii、Leymus racemosus、Leymus secalinus、Leymus ramosus、Leymus paboanus、Leymus duthiei、Leymus chinensis、Leymus arenarius为一组,Leymus coreanus、Leymus komarovii、Leymus triticoides、Leymus cinereus、Leymus condensatus、Leymus mollis、Leymus angustus为一组。综合分析表明,16种赖草属植物密码子偏好性受多种因素影响,选择作用影响较大,密码子的偏好性较弱,种间进化差异不显著,基因间偏差小。

鹅源新城疫病毒基因组密码子使用分析

新城疫病毒(Newcastle Disease Virus,NDV)的跨种间传播机制是近年来研究的热点。选择NDV鹅源毒株ZJ1、SF02以及鸡源株、鸽源株和疫苗株La Sota株的全基因组序列,对其6个结构蛋白基因编码区序列运用SMS和Codon W软件进行了密码子使用分析,同时从物种密码子数据库获得鹅、鸡的密码子使用数据,与NDV基因组密码子使用情况进行比较。结果显示:鹅源、鸡源、鸽源与疫苗株NDV的基因组密码子使用情况基本一致;基因组密码子使用的偏向性较小,全基因组ENC值为57,6个编码基因的NEC值从54～60不等;基因组在密码子使用上存在28个优先使用的密码子,其中8个为高频使用密码子。鹅源NDV与鹅、鸡密码子使用偏性基本一致,仅5～6个密码子存在差异。

橄榄转录组密码子使用偏好性及其影响因素

为了解橄榄密码子使用偏好特征,以福榄1号橄榄为材料,利用codonW和EMBOSS等软件分析橄榄转录组密码子使用偏好性参数,并探讨偏好性形成的可能因素。结果表明,橄榄转录组平均有效密码子数(ENc)、密码子G和C(GC)含量及密码子第3位上G和C(GC3s)含量分别为51.80、0.435和0.377,表明橄榄转录组密码子使用偏好性较弱,且倾向使用富含A和T且以A或T结尾的密码子。橄榄转录组高低表达基因样本之间同义密码相对使用度(RSCU)差异较小,其中CGC、ATC、CTC和ACC等可作为橄榄最优密码子群。密码子组分分析、中性绘图分析、ENc-GC3s关联分析和偏倚分析结果表明,橄榄转录组密码子使用偏好性可能是以突变压力为主,多种作用方式共同影响的结果。此外,烟草和酵母菌可作为橄榄目标基因异源转化的理想受体系统。本试验结果为进一步研究橄榄遗传背景和分子进化提供了一定的科学依据。

五个鸡群中催乳素基因密码子使用频率与产蛋量的关系分析

通过鸡催乳素基因编码区基因扫描,发现3个SNP位点,分别是外显子2的C1607T、外显子5的C5749T和T5821C,3个SNP均没有改变氨基酸的编码.同时发现不同的单倍型间存在不同的密码子使用频率.对5个鸡群共370只鸡进行SSCP的基因型检测,共发现7种单倍型,结合44周龄产蛋量分析,发现不同单倍型的平均产蛋量存在显著性差异.结合密码子使用频率分析,发现使用高频密码子的单倍型个体产蛋量相对高.通过酶联免疫方法检测催乳素表达量,结果显示,使用高频密码子的个体,激素水平较高,其中使用2个高频密码子的单倍型个体和使用1.5个密码子的单倍型个体之间存在极显著差异.研究结果表明,密码子使用频率与产蛋量在一定的范围内呈现正相关趋势.

芍药花色调控基因的密码子使用模式及其影响因素分析

【目的】芍药花色的优劣影响其观赏价值和商业价值,研究芍药花色调控基因的密码子使用偏好性和密码子使用模式的影响因素,为芍药花色调控基因在m RNA翻译、转基因设计、新基因表达与功能预测以及分子生物进化研究提供参考。【方法】根据前期芍药花色嵌合体品种‘金辉’转录组测序筛选的6 345个芍药花色调控基因,并根据CDS序列特征和大于300 bp原则进行过滤后最终获得的2 234个基因序列作为研究对象,利用Mobyle软件计算GC含量、第1与2位密码子的平均GC含量(GC12)、第3位密码子的GC含量(GC3s)、有效密码子数ENC、密码子适应指数CAI、相对同义密码子使用度RSCU等密码子偏性指标,其次进行中性绘图(GC12 vs.GC3)、ENC-GC3s绘图以及PR2(Parity Rule 2)绘图分析,并运用多元统计分析方法探讨突变压力和选择作用对密码子使用模式的影响程度,最后以5%CAI值作为高、低表达样本组,计算这两个样本组的同义密码子相对使用度,利用卡方检验Chi-square test分析两组之间的显著性差异来确定最优密码子。【结果】芍药花色相关基因的密码子GC3s含量为46.37%,大部分基因GC含量主要分布在30%—55%;中性绘图分析表明GC3s与GC12呈极显著的正相关(R2=0.202,P<0.01);ENC-GC3s绘图表明大部分基因分布在标准曲线周围,也有一部分基因分布在标准曲线下方较远的位置,同时大部分基因(ENCexp-ENCobs)/ENCexp比值集中分布在0.0—0.4;PR2绘图分析显示密码子第三位T的使用频率高于A,C使用频率高于G,表明嘌呤(A和G)与嘧啶(T和C)的使用频率并不均衡;对应性分析COA(Correspondence Analysis)表明,第一轴上显示了38.09%的差异,其他3个轴分别为18.42%、15.09%、14.59%,表明芍药花色调控基因的密码子使用模式评价以第一轴(Axis 1)为主;突变压力和选择作用分析发现,第一主轴与GC3s、CAI的相关系数均达到极显著正相关(R2=0.736,P<0.01;R2=0.286,P<0.01);利用△RSCU和卡方显著性检验的方法,确定了21个为芍药花色调控相关基因的最优密码子,其中18个以G或C结尾,仅CGU、GGU等2个密码子以U结尾。【结论】芍药花色调控基因的最优密码子多数以G/C结尾,并且密码子使用模式主要受到碱基差异(R2=0.736)和基因表达水平(R2=0.286)共同作用的影响,其中碱基差异占主导因素。本研究了解了芍药花色调控基因的密码子使用模式情况,为通过密码子改造开展芍药花色遗传改良以及分子进化研究提供了一定的理论依据。

密码子使用偏性量化方法研究综述

在基因组学水平上研究密码子使用偏性模式、成因并分析进化过程中的选择压力在基因组学研究中有重要意义。文章概述了目前提出的密码子使用偏性的量化方法及实现原理。目前研究发现:有些量化密码子偏性的方法受高表达基因参考数据集未完全注释的限制,不同密码子位置对变异和选择的影响不同,以及不同密码子位置处GC含量和嘌呤含量的贡献不同。由此展望密码子偏性量化方法发展方向为:需要设计不需要相关参考基因集合先验知识的密码子使用偏性量化方法;考虑不同位置处背景核苷酸组成的密码子使用偏性的量化方法;同时考虑基因表达水平的密码子使用偏性量化方法。最后,归纳了目前可用的密码子使用偏性的量化工具和数据库。

杨树派间不同种的遗传密码子使用频率分析(英文)

遗传密码子的简并性特征造成了不同物种使用的密码子存在偏爱性。了解不同物种的密码子使用特点,可以为外源基因导入过程中的基因改造提供依据,从而实现外源基因的高效表达。杨树是世界上广泛栽培的重要造林树种之一,已经成为林木基因工程研究的模式植物。本研究采用高频密码子分析法,对美洲山杨P.tremuloides,毛白杨P.tomentosa,美洲黑杨P.deltoids和毛果杨P.trichocarpa 4种杨树的蛋白质编码基因序列(CDS)进行了分析,计算出了杨树同义密码子相对使用频率(RFSC),确定了4种杨树的高频率密码子,发现虽然不同种类的杨树密码子使用上有一些差别,但是偏爱密码子的差别却很小,共性的密码子占绝大多数。仅有Pro,Thr和Cys等少数几个氨基酸的偏爱密码子有差别。这种“共性”提示我们,用不同种的杨树中任何一种杨树的偏爱密码子所设计的外源基因在其他杨树中也可以使用。

口蹄疫病毒O型与A型编码基因的密码子使用

对于54个编码口蹄疫病毒O型和A型多聚蛋白质编码序列密码子使用的方差分析表明,这两种血清型多聚蛋白质的密码子(GCC、GCG、AGA、CGG、GGC、GGU、CAC、CAU、AUA、AUU、CUG、CCC、AGC、UCU、ACA、ACC、ACG、ACU)使用偏性有显著区别。然而,通过对氨基酸使用偏性的分析,我们只是找出Ala、Arg、Leu、Phe、Ser在O和A型多聚蛋白质中的使用偏性有显著差异。由此我们发现,密码子的使用偏性比氨基酸使用偏性能提供更多的信息。通过对A型和O型的密码子使用整体性分析,两者密码子使用偏性的相似性可能与tRNA丰度相关的。这些密码子使用偏性的内在联系表明口蹄疫病毒A型和O型的基因组变异所涉及到同义密码子的选择上可能存在着某种选择机制。

鲤和斑马鱼HOX基因家族同义密码子使用偏性的分析

运用Codon W程序计算和统计分析了鲤和斑马鱼HOX基因家族密码子组成、同义密码子使用频率。结果表明,鲤和斑马鱼HOX基因家族的最优密码子分别为6和9种。鲤和斑马鱼以A或U结尾的密码子发生强烈偏向;最优密码子的使用频率(Fop)与密码子适应指数(CAI)、密码子偏爱指数(CBI)、基因的G+C含量(GC),尤其是第三位密码子的G+C百分含量(GC3S)之间呈极显著的正相关(鲤和斑马鱼的相关系数分别为r=0.5946和0.7884、0.9772和0.9616、0.3356和0.5380、0.5424和0.8144),而与有效等位基因数ENc存在显著负相关(相关系数r=-0.1241和0.3987)。实验表明:同义密码子第三位密码子碱基含量和组成直接影响着最优密码子使用偏性,基因的表达水平越高,对密码子的使用偏性越强。

不同植物CHI基因密码子使用特性及其影响因素分析

查耳酮异构酶(CHI)是类黄酮生物合成早期阶段的一个关键酶,在种皮发育和颜色形成过程中具有重要的调控作用,利用生物信息学软件分析22种植物CHI基因的密码子使用偏好性特点及其影响因素。结果表明:单子叶植物CHI基因偏好以碱基G/C结尾,而双子叶植物对碱基G/C和A/U结尾的偏好程度相似,双子叶植物具有较高的ENC值和较低的Fop值,表明双子叶植物CHI基因具有较弱的密码子偏好性;RSCU值聚类分析显示,AGG、AGA可能为植物CHI基因最优密码子;影响因素分析表明,不同植物CHI基因密码子不同位置的碱基组成差异程度较大,其偏好性主要受自然选择作用中的碱基组成(GC3s、GC12)影响较大,氨基酸平均亲水性(Gravy)对密码子使用偏好也有一定的影响;系统进化显示,大部分亲缘关系较近的物种密码子使用偏性也较相似,但某些传统分类上相似的物种存在一定的差异。

籼稻品种93-11同义密码子的使用偏性

利用籼稻品种 93 11的全基因组序列及相应的EST数据 ,对影响同义密码子用法的若干因子进行了详细分析。指出 93 11基因的表达水平 (mRNA丰度 )与 3个同义密码子偏性指标CAI、CPP和ENC相关极显著 (r =0 2 2 7 ,0 14 5 和 - 0 14 7 ) ,表明高表达的基因其同义密码子非随机使用的程度越大 ;基因长度与CAI和CPP极显著负相关 (r=- 0 4 13 和 - 0 4 80 ) ,与ENC极显著正相关 (r=0 2 10 ) ,暗示较短的基因具有更高的转录活性 ;编码区G +C含量对其同义密码子偏性的贡献率远高于mRNA丰度和基因长度 ,G +C含量与CAI、CPP和ENC相关系数分别高达 0 877 ,0 832 和 - 0 74 0 ;起始编码区内A、T、C、G 4种碱基呈明显的 3周期振荡 ,尤以ATG下游第一个密码子所在的 3个位点 (+4、+5和 +6 )偏置最强烈 ,由此认为在这 3个特殊位点有较高的自然选择压存在 ;93 11中 2 5个最优密码子的首次确定将对水稻转基因具有指导意义。

长囊水云叶绿体基因组密码子使用特征分析

长囊水云(Ectocarpus siliculosus)是一种重要的海洋褐藻,是褐藻研究的模式生物。以其叶绿体全基因组序列为基础,对密码子使用特征进行分析。结果显示,叶绿体基因组的GC尤其是GC3值较低,分别为31.8%和17.32%,偏向使用以A或T碱基结尾的密码子;全基因组具有较小的有效密码子数(ENC)值和较高的密码子适应指数(CAI)值,表明其具有较高的同义密码子使用偏性;密码子使用特征受到基因表达水平上的自然选择以及基因碱基组成中性突变的双重影响,其中选择的作用对高表达基因密码子使用偏性的影响比较突出,而突变是低表达基因密码子使用偏性的主要影响因素。另外,首次确定UUU,GUU,UCA等12个密码子为长囊水云叶绿体基因组的最优密码子。

一种基于密码子使用偏性的检测型基因芯片设计方法

首先预测特定蛋白密码子使用概率表 ,以确定序列中各氨基酸的编码密码子 ,这样可以将芯片表面探针的数量减少为原来的 4.47% .然后进一步考虑密码子在编码时的C G选择性分离原则、G T配对原则 ,以进一步将芯片表面探针的数量减少至 4.2 5 % .在对探针特异性要求不高的情况下 ,可以采用最优密码子使用概率表 ,以求最大限度的降低探针的数目 ,这样芯片表面探针的数量可减少到原来的 0 .2 0 % .通过上述方法 。

鲤鱼和斑马鱼同义密码子使用偏性分析

本研究利用鲤鱼454测序所获得的基因的表达序列和GeneBank中斑马鱼全部基因的编码序列,采用多重变量分析软件CodonW对鲤鱼和斑马鱼影响密码子用法的因素进行了分析。结果表明,两个在59种同义密码子中有27种为最优密码子。同时还指出,最优密码子的使用频率（Fop）与基因的G＋C含量（GC）,尤其是第三位密码子的G＋C百分含量（GC3S）、密码子适应指数（CAI）和密码子偏爱指数（CBI）之间均呈现极显著的正相关（鲤鱼和斑马鱼的相关系数分别为r=0.4108和0.4087、0.5354和0.5628、0.7547和0.7771、0.9803和0.9741）,而与有效等位基因数ENc存在显著负相关（相关系数r=-0.2832和-0.2390）。表明基因GC含量直接影响密码子使用的偏性,同时基因的表达水平越高,对密码子的使用偏向性越强。