不同物种肌生成素(MyoG)密码子使用模式分析

肌生成素(MyoG)是最重要的肌生成调节因子(MRFs)之一,是控制骨骼肌生成的关键调控因子。密码子使用偏倚(codon usage bias, CUB)是目前基因组特有的一种特征,可以揭示物种间的特异性差异。此外,在基因序列密码子使用模型中,碱基组成的动态变化可以更好地了解某一基因的分子机制和进化关系。本研究从GenBank数据库中选取8个物种的MYOG编码序列,用R软件计算其核苷酸组成(GC含量)和遗传指标,包括有效密码子数(ENC)、相对同义密码子使用(RSCU)和相对密码子使用偏量(RCBS)。然后,对不同物种MYOG密码子的密码子偏好性和碱基组成的动态进行了分析比较。结果表明,不同物种的MYOG密码子使用受GC偏置的影响,尤其是GC3s偏置。最优密码子偏倚以A/U结束。CUG、GUG、AUG、AGC和GUU在不同物种中均表现出较高的RSCU值,是最优密码子。人与鸡的密码子功能性质相似,牛与羊的密码子功能性质相似。ENC值与GC3s呈极显著负相关(P<0.01)。最优密码子频率的FOP值越高,说明不同物种的MYOG在密码子使用上存在较大的偏性。

全基因组分析九种鸟类密码子使用模式

不同生物的蛋白编码基因中密码子偏倚现象普遍存在,其通常被认为是突变偏倚和自然选择共同作用的结果。本研究利用9种鸟类的全基因组数据探究了密码子偏倚模式、影响密码子偏倚的因素以及密码子偏倚的驱动力量等,试图从这些方面加深对鸟类基因组的理解。结果显示,物种密码子偏倚模式的分层聚类结果与物种间亲缘关系联系不大,而与密码子第三位碱基组成、tRNA基因拷贝数相关。密码子偏倚强的基因往往具有基因长度较短、密码子第三位碱基的GC含量(GC3)高的特性,而且GC3是影响密码子偏倚的关键因素。通过非编码区估计突变偏倚的强度,解析突变偏倚和选择约束对密码子使用的相对作用大小,发现密码子第三位碱基组成受到极强的突变偏倚以及同方向的自然选择的共同作用。