近年来,引起手足口病的多种柯萨奇病毒逐渐引起人们的关注。为探索柯萨奇病毒进化和变异的潜在机制,本文以柯萨奇A2、A4、A6、A10、A12五种型别病毒的全基因组RNA为研究对象,针对编码结构蛋白的P1区和编码非结构蛋白的P2-P3区基因,分别...近年来,引起手足口病的多种柯萨奇病毒逐渐引起人们的关注。为探索柯萨奇病毒进化和变异的潜在机制,本文以柯萨奇A2、A4、A6、A10、A12五种型别病毒的全基因组RNA为研究对象,针对编码结构蛋白的P1区和编码非结构蛋白的P2-P3区基因,分别计算五种型别柯萨奇病毒的核苷酸和氨基酸遗传距离、相对同义密码子使用度(Relative synonymous codon usage,RSCU)、有效密码子数(Effective number of codon,ENC),并进行中性进化分析以及对应分析。结果表明,五种型别柯萨奇病毒的密码子使用均存在多样性,偏倚较弱;与G/C相比,它们的密码子第三位更偏向于使用A/U。ENC-plot分析表明,五种型别柯萨奇病毒P1区受到的突变压力作用均强于P2-P3区。然而,中性进化和对应分析的结果提示,突变压力对这些病毒密码子偏倚的形成仅起着较小的作用,而自然选择在病毒的进化过程中起着更重要的作用。本研究基于密码子水平的生物信息学分析,评估了突变压力和自然选择在柯萨奇A2、A4、A6、A10、A12这五种型别病毒进化中的作用,为深入了解柯萨奇病毒的遗传进化机制提供了理论依据。展开更多
文摘近年来,引起手足口病的多种柯萨奇病毒逐渐引起人们的关注。为探索柯萨奇病毒进化和变异的潜在机制,本文以柯萨奇A2、A4、A6、A10、A12五种型别病毒的全基因组RNA为研究对象,针对编码结构蛋白的P1区和编码非结构蛋白的P2-P3区基因,分别计算五种型别柯萨奇病毒的核苷酸和氨基酸遗传距离、相对同义密码子使用度(Relative synonymous codon usage,RSCU)、有效密码子数(Effective number of codon,ENC),并进行中性进化分析以及对应分析。结果表明,五种型别柯萨奇病毒的密码子使用均存在多样性,偏倚较弱;与G/C相比,它们的密码子第三位更偏向于使用A/U。ENC-plot分析表明,五种型别柯萨奇病毒P1区受到的突变压力作用均强于P2-P3区。然而,中性进化和对应分析的结果提示,突变压力对这些病毒密码子偏倚的形成仅起着较小的作用,而自然选择在病毒的进化过程中起着更重要的作用。本研究基于密码子水平的生物信息学分析,评估了突变压力和自然选择在柯萨奇A2、A4、A6、A10、A12这五种型别病毒进化中的作用,为深入了解柯萨奇病毒的遗传进化机制提供了理论依据。
