SARS冠状病毒的密码子偏爱性分析

为了分析SARS(SevereAcuteRespiratorySyndrome)冠状病毒的密码子偏爱性(codonpreference),为SARS冠状病毒基因表达中宿主系统的选择提供参考.运用EMBOSS(TheEuropeanMolecularBiologyOpenSoftwareSuite)的CHIPS(CodonHeterozygosityinaProtein codingSequence)和CUSP(Createacodonusagetable)程序对SARS冠状病毒的6个编码蛋白的基因进行分析,并将这6个编码序列拼接在一起进行全基因组的密码子偏爱性分析.分析结果与大肠杆菌、酵母及人的密码子偏爱性进行比较.结果显示SARS冠状病毒的CHIPS分析Nc(effectivenumberofcodons)值为53.338,S、E、M、N蛋白、3CL水解酶、RNA聚合酶的Nc值分别为45.733,61.000,59.040,46.618,46.924,51.902.编码SARS冠状病毒A,P,R,S,T,L等氨基酸的不同密码子使用频率有较大差异.大肠杆菌有25个、酵母有12个、人有20个密码子与SARS冠状病毒密码子使用偏爱性差异较大.因此可以得出结论:编码SARS冠状病毒氨基酸的密码子出现的频率较均一.SARS冠状病毒的密码子偏爱性与真核生物较接近,与原核生物相差较远,其基因表达选择在酵母等真核系统可能更为合适.

牛乳蛋白的遗传密码子使用频率分析

研究牛乳蛋白不同氨基酸的密码子使用频率对利用乳腺生物反应器表达目标蛋白过程中密码子的优化具有重要意义。本试验运用ENBOSS的CHIPS和SMS中的密码子使用工具对7种牛乳蛋白编码的基因进行了分析,并将这7个编码序列拼接在一起进行了乳蛋白全基因组的密码子偏爱性研究,同时与绵羊、猪及小鼠的乳蛋白密码子偏爱性进行了比较。结果表明:牛乳蛋白的CHIPS分析Nc值为51.867,αs1-CN、αs2-CN、-βCN、-κCN、α-LB、-βLG、LTF的Nc值分别为52.005、49.967、48.746、58.113、55.514、36.274、47.646,编码牛乳蛋白氨基酸的密码子出现频率较均一;牛乳蛋白V、A、R、I、T、L、Q、P等氨基酸的密码子使用频率与其他物种有较大差异。牛乳蛋白的密码子偏爱性与绵羊最为接近。