人类基因中同义密码子的偏好与密码子-反密码子间的结合强度密切相关吗?

分析了78个人类基因(19 967个密码子)中同义密码子的偏好使用情况, 计算了同义密码子的相对使用度和各种二核苷酸在密码子2,3位和3,4位的相对出现频率. 同时计算了密码子-反密码子碱基以Watson-Crick 配对时的堆积能. 结果显示人类基因对同义密码子的选择在所有密码子家族中都呈现明显一致的偏好：即偏好使用密码子-反密码子结合作用强的密码子, 恰好是以C结尾的密码子; 避免使用结合作用中度的密码子. 依据结果和数据分析, 推测人类基因对密码子的选择除了受基因组结构中isochore和genome signature 的影响外, 还和密码子-反密码子结合强度密切相关. 这些因素共同作用于人类基因, 从而在所有密码子家族中都呈现出对同义密码子明显一致的偏好现象.