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胃癌中异常表达剪接因子的生物信息学分析及功能
被引量:
1
1
作者
张爱东
史娟
《中国医学科学院学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第3期289-296,共8页
目的采用生物信息学方法分析胃癌中有表达差异的剪接因子,研究异常表达的富含丝氨酸苏氨酸蛋白家族中的剪接因子10(SRSF10)对胃癌细胞表型的影响。方法通过癌症基因组图谱数据库(TCGA)下载胃癌以及癌旁组织的RNA-seq数据,对其采用生物...
目的采用生物信息学方法分析胃癌中有表达差异的剪接因子,研究异常表达的富含丝氨酸苏氨酸蛋白家族中的剪接因子10(SRSF10)对胃癌细胞表型的影响。方法通过癌症基因组图谱数据库(TCGA)下载胃癌以及癌旁组织的RNA-seq数据,对其采用生物信息学方法进行分析,最终得到胃癌中差异表达的剪接因子。从中挑选出SRSF10研究其对胃癌发生发展的影响,利用RNA干扰技术构建SRSF10敲低的胃癌细胞,同时采用MTS、Transwell以及细胞划痕方法研究敲低SRSF10后对胃癌细胞表型的影响。结果胃癌中差异表达的剪接因子有48个,其中表达上调35个,表达下调13个。挑选表达上调的剪接因子SRSF10进行进一步研究,发现SRSF10敲低后的胃癌细胞与正常胃癌细胞相比增殖减慢,迁移能力降低,划痕愈合能力下降。结论胃癌患者中存在较多有表达差异的剪接因子,可能在胃癌发生发展中起到重要作用。剪接因子SRSF10在胃癌发生发展中可能发挥重要的作用。
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关键词
胃癌
癌症基因组图谱数据库
剪接
因子
富含丝氨酸苏氨酸蛋白家族中的剪接因子10
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职称材料
题名
胃癌中异常表达剪接因子的生物信息学分析及功能
被引量:
1
1
作者
张爱东
史娟
机构
中国医学科学院
出处
《中国医学科学院学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第3期289-296,共8页
基金
国家自然科学基金(81572755)。
文摘
目的采用生物信息学方法分析胃癌中有表达差异的剪接因子,研究异常表达的富含丝氨酸苏氨酸蛋白家族中的剪接因子10(SRSF10)对胃癌细胞表型的影响。方法通过癌症基因组图谱数据库(TCGA)下载胃癌以及癌旁组织的RNA-seq数据,对其采用生物信息学方法进行分析,最终得到胃癌中差异表达的剪接因子。从中挑选出SRSF10研究其对胃癌发生发展的影响,利用RNA干扰技术构建SRSF10敲低的胃癌细胞,同时采用MTS、Transwell以及细胞划痕方法研究敲低SRSF10后对胃癌细胞表型的影响。结果胃癌中差异表达的剪接因子有48个,其中表达上调35个,表达下调13个。挑选表达上调的剪接因子SRSF10进行进一步研究,发现SRSF10敲低后的胃癌细胞与正常胃癌细胞相比增殖减慢,迁移能力降低,划痕愈合能力下降。结论胃癌患者中存在较多有表达差异的剪接因子,可能在胃癌发生发展中起到重要作用。剪接因子SRSF10在胃癌发生发展中可能发挥重要的作用。
关键词
胃癌
癌症基因组图谱数据库
剪接
因子
富含丝氨酸苏氨酸蛋白家族中的剪接因子10
Keywords
gastric cancer
The Cancer Genome Atlas
splicing factor
serine/arginine-rich splicing factor
10
分类号
Q753 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
胃癌中异常表达剪接因子的生物信息学分析及功能
张爱东
史娟
《中国医学科学院学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020
1
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