一种基于寡核苷酸微阵列芯片的多重可扩增探针杂交技术

多重可扩增探针杂交技术 (multiplexamplifiableprobehybridization ,MAPH)是近年来发展起来的一种用于基因组中DNA拷贝数检测的新技术。并发展了一种基于寡核苷酸微阵列芯片的MAPH技术。该方法根据所检测的DNA序列 ,制备若干具有通用引物的PCR产物作为可扩增探针组 ,与固定在尼龙膜上待测的基因组DNA杂交。用磁珠回收特异性杂交的探针 ,经生物素标记的通用引物扩增后 ,与相应的寡核苷酸微阵列芯片杂交。该特异性的寡核苷酸微阵列芯片包括 10个抗肌营养不良基因的外显子探针和阴性、阳性探针。杂交清冼后 ,链霉亲和素 Cy3染色用芯片扫描仪得到杂交的荧光图像。分析荧光信号的强度差异给出特定基因片段拷贝数的变化。该方法用微阵列技术代替MAPH中的电泳检测技术 ,可大幅度增加检测的通量。选择了一个正常男性、一个正常女性和一个肌营养不良症患者的基因组DNA来进行验证。结果表明 。

寡核苷酸微阵列芯片在人乳头瘤病毒基因分型检测中的应用评估

目的探讨寡核苷酸微阵列芯片技术在人乳头瘤病毒(HPV)检测中的实用价值。方法使用HPV寡核苷酸微阵列芯片试剂盒对227例宫颈拭子样本进行16种高危型(HPV-16,18,31,33,35,39,45,51,52,53,56,58,59,66,68,CP8304)和5种低危型(6,11,42,43和44)检测,所检测的样本为HC2探针捕捉法检测所得到的HPV高危型和低危型样本,用以评估该DNA微阵列试剂的性能。结果190例经HC2法检测为高危型HPV阳性以及30例被HC2法检测为低危型的样品被寡核苷酸微阵列芯片试剂盒检测出具体的高危和低危HPV型别,总共检测出13种高危型和5种低位危型HPV亚型,在高危亚型中,各型检出率分别是16型26.01%、58型20.18%、52型14.71%、68型7.59%、31型7.13%、33型6.37%、66型6.24%、18型4.05%、59型2.18%、39型1.10%、56型1.50%、45型1.40%、51型1.07%;在低危亚型中,各型检出率分别为6型45.43%、11型29.70%、42型14.11%、43型5.89%和44型5.00%。单一HPV亚型感染及2种、3种HPV亚型混合感染分别为60.46%、29.89%、9.65%。7例经HC2检测为高危型,但寡核苷酸微阵列芯片试剂盒未能检测出HPV的具体型别,寡核苷酸微阵列芯片试剂盒与HC2法高危型HPV检测结果的符合率为96.92%(220/227)。结论HPV寡核苷酸微阵列芯片试剂盒与HC2法高危型HPV检测阳性符合率高,并可以明确具体分析21种HPV型别,是一种准确、高效、经济的HPV型别检测方法,可用于HPV的常规基因型分型诊断及人群筛查。

一种高密度寡核苷酸微阵列芯片的制备技术

21世纪,生命科学将成为整个科学领域带动性学科,生物技术将成为人类解决食物、能源、环境等重大经济和社会问题的关键技术,生物产业仍以医药生物技术产业化为“龙头”,农业生物技术为核心,环境与海洋生物技术为两翼,成为世人关注的焦点。本期栏目刊发此类文章,目的在于:一方面向广大读者介绍未来生物技术领域一些基本常识;另一方面,希望加快中国家禽业生物技术的研究与应用。

Genotype of ethanol metabolizing enzyme genes by oligonucleotide microarray in alcoholic liver disease in Chinese people

OBJECTIVE: To explore the relationship between genetic polymorphisms of the ethanol metabolizing enzymes and the occurrence of alcoholic liver disease (ALD). METHODS: Sixty-five healthy male controls and 165 alcoholisms (including 122 ALD patients and 43 male alcohol abusers without liver complications defined as alcohol-dependent) were analyzed by polymerase chain reaction and hybridized with oligonucleotide microarray to detect the polymorphisms of the ethanol metabolizing enzymes genes. RESULTS: The frequencies of alcohol dehydrogenase gene 2 * 1 ( ADH2 * 1 ) allele were shown as 37.69%, 46.51% and 59.02% in control, alcohol-dependent and ALD groups respectively; while those of ADH2 * 2 allele were shown as 62.31 %, 53.49% and 40.98% respectively. No ADH2 * 3 was detected in any of the subjects. The frequency of ADH2 * 1 was significantly higher in alcoholisms (ALD group and alcohol-dependent group) than in healthy controls ( P