小儿急性髓性白血病的CDKN2A和CDKN2B的拷贝数变异情况分析

目的探讨小儿急性髓性白血病(p-AML)的细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂(CDKN)2A和CDKN2B基因的拷贝数变异(CNV)情况。方法下载癌症基因组图谱TCGA数据库中1978例p-AML的标本全基因组或全外显子组测序的综合分析结果和相应临床病理特征,采用GISTIC2.0整合队列分析764例体细胞CNV表现,采用cBioPortal在线分析CDKN2A和CDKN2B参与的信号通路情况。结果764例体细胞CNV数据显示29553个基因存在CNV,发生率为0.1%~59.6%,主要类型为纯合删除(HOMDEL)和扩增(AMP),排名前10的癌症基因CDKN2A、CDKN2B、MTAP、PRSS1、IKZF1、PAX5、ETV6、MLLT3、LRP6和CDKN1B的发生率依次为36.1%(276/764)、33.6%(257/764)、26.6%(203/764)、25.3%(193/764)、12.8%(98/764)、11.5%(88/764)、10.5%(80/764)、9.9%(76/764)、8.4%(64/764)和7.5%(57/764);其中CDKN2A的CNV表现:缺失352例(Deep Deletion 276例+Shallow Deletion 76例)、正常(Diploid)392例和扩增19例(Gain 15例+Amplification 4例),而CDKN2B为缺失342例(Deep Deletion 257例+Shallow Deletion 85例)、正常(Diploid)399例和扩增22例(Gain 17例+Amplification 5例)。CDKN2A和CDKN2B CNV均与ETV6-RUNX1融合状态有关,且两者共同在细胞凋亡和细胞周期通路中发挥作用。结论p-AML的基因CNV情况较为普遍,其中发生率最高的癌基因CDKN2A和CDKN2B与常见t(12;21)(p13;q22)易位形成的ETV6/RUNX1融合基因有关,基因CNV情况在p-AML的诊治中有一定潜在价值,值得在临床上推广。