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棘孢木霉T4小分子疏水蛋白基因hyb2克隆及序列分析
被引量:
2
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作者
古丽吉米拉.米吉提
范海娟
+4 位作者
刘志华
王娜
窦恺
黄颖
王志英
《中国农学通报》
CSCD
2012年第34期85-91,共7页
为了深入研究生物防治菌棘孢木霉T4菌株小分子疏水蛋白hyb2的功能,基于已知小分子疏水蛋白基因hyb2部分cDNA序列设计引物,分别以棘孢木霉T4菌株菌丝体总mRNA和基因组DNA为模板,进行PCR扩增,克隆获得hyb2的全长cDNA和DNA序列,其GenBank...
为了深入研究生物防治菌棘孢木霉T4菌株小分子疏水蛋白hyb2的功能,基于已知小分子疏水蛋白基因hyb2部分cDNA序列设计引物,分别以棘孢木霉T4菌株菌丝体总mRNA和基因组DNA为模板,进行PCR扩增,克隆获得hyb2的全长cDNA和DNA序列,其GenBank接受号分别为JX014433和JX185070,cDNA序列编码区长度为321bp,编码106个氨基酸。BlastP相似性分析表明该基因与深绿木霉的Tahyd5a(ABS59366)基因同源性最高为87%,SignalP信号肽分析表明N端第16和17个氨基酸中间有一个信号肽剪切位点(AFA||AP)。Pfam蛋白家族分析表明它属于hydrophobin_2 superfamily家族。将棘孢木霉T4菌株小分子疏水蛋白基因hyb2对深绿木霉ATCC74058基因组和绿色木霉Gv29-8基因组进行同源性搜索,在2个近缘种的基因组上分别获得9个和8个同源序列。其中,深绿木霉ATCC74058的hyb-a-7和绿色木霉Gv29-8的hyb-v-5疏水蛋白与棘孢木霉hyb2相似性最高分别为87%和70%,2个序列分别位于深绿木霉ATCC74058染色体骨架5和绿色木霉Gv29-8染色体骨架22上。
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关键词
棘孢木霉
小分子疏水蛋白
基因克隆
生物信息学
序列
分
析
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题名
棘孢木霉T4小分子疏水蛋白基因hyb2克隆及序列分析
被引量:
2
1
作者
古丽吉米拉.米吉提
范海娟
刘志华
王娜
窦恺
黄颖
王志英
机构
东北林业大学林学院森保学科
出处
《中国农学通报》
CSCD
2012年第34期85-91,共7页
基金
黑龙江省博士后科研启动金"棘孢木霉的植物防御响应诱导蛋白Epl1功能研究"(LBH-Q10156)
黑龙江省青年科学基金项目"棘孢木霉转录组构建及生防机理研究"(QC2011C003)
国家自然科学基金项目"棘孢木霉的刺激植物响应蛋白Epl1诱导杨树系统抗病性机制"(31170601)
文摘
为了深入研究生物防治菌棘孢木霉T4菌株小分子疏水蛋白hyb2的功能,基于已知小分子疏水蛋白基因hyb2部分cDNA序列设计引物,分别以棘孢木霉T4菌株菌丝体总mRNA和基因组DNA为模板,进行PCR扩增,克隆获得hyb2的全长cDNA和DNA序列,其GenBank接受号分别为JX014433和JX185070,cDNA序列编码区长度为321bp,编码106个氨基酸。BlastP相似性分析表明该基因与深绿木霉的Tahyd5a(ABS59366)基因同源性最高为87%,SignalP信号肽分析表明N端第16和17个氨基酸中间有一个信号肽剪切位点(AFA||AP)。Pfam蛋白家族分析表明它属于hydrophobin_2 superfamily家族。将棘孢木霉T4菌株小分子疏水蛋白基因hyb2对深绿木霉ATCC74058基因组和绿色木霉Gv29-8基因组进行同源性搜索,在2个近缘种的基因组上分别获得9个和8个同源序列。其中,深绿木霉ATCC74058的hyb-a-7和绿色木霉Gv29-8的hyb-v-5疏水蛋白与棘孢木霉hyb2相似性最高分别为87%和70%,2个序列分别位于深绿木霉ATCC74058染色体骨架5和绿色木霉Gv29-8染色体骨架22上。
关键词
棘孢木霉
小分子疏水蛋白
基因克隆
生物信息学
序列
分
析
Keywords
Trichoderma asperellum
small molecular hydrophobin
gene cloning
bioinformatics
sequence analysis
分类号
S763.15 [农业科学—森林保护学]
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题名
作者
出处
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被引量
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1
棘孢木霉T4小分子疏水蛋白基因hyb2克隆及序列分析
古丽吉米拉.米吉提
范海娟
刘志华
王娜
窦恺
黄颖
王志英
《中国农学通报》
CSCD
2012
2
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参考文献
引证文献
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