基于COI基因的赣北地区小泡巨鼠的鉴定

目的以线粒体细胞色素C氧化酶亚基(COI)基因为目的基因,利用DNA条形码技术对未知鼠样本进行鉴定.方法采用夹夜法对九江市武宁县宋溪镇某村的鼠密度进行调查,经形态学初步鉴定后,以捕获的1只无法明确鉴定的大型鼠样本为对象,提取基因组DNA并采用COI基因通用引物BatL5310和R6036R进行PCR扩增及测序,将测序结果在NCBI网站进行BLAST比对,采用MEGA7软件选择最大似然法构建系统发育树.结果共捕获小型兽类7只,密度为3.38%,经形态学鉴定有褐家鼠2只,黑线姬鼠2只,臭鼩鼱2只,形态学初步鉴定为青毛巨鼠或小泡巨鼠的未知鼠1只,提取的未知鼠样本DNA通过PCR成功扩增出COI基因目的条带,与NCBI基因库中小泡巨鼠(KP995219)序列同源性高达100%,系统发育树显示该鼠样本与小泡巨鼠(KP995219、KP995203)处于同一分支,遗传距离分别为0、0.0016,而青毛巨鼠(NC_036730)单独处于另一分支,遗传距离较远.结论赣北地区首次报道小泡巨鼠,采用COI基因的DNA条形码技术可快速、准确的进行鼠种鉴定,有助于弥补非常见鼠形态学鉴定困难的不足.

小泡巨鼠对森林种子选择和贮藏的观察

小泡巨鼠是四川省都江堰林区一种占优势的鼠种 ,取食多种林木种子和果实 ,可能影响这些树种的更新。于 2 0 0 1年秋季 ,调查了小泡巨鼠对栓皮栎、树、栲树、石栎、青冈和油茶等 6种重要林木种子的选择和贮藏 ,并初步探讨了其对森林更新的影响。结果表明 ,小泡巨鼠对上述 6种林木种子有很强的选择性 ,种子的营养价值和单宁含量是影响其选择和贮藏的主要因素。小泡巨鼠喜好取食和贮藏单宁含量较低的栲树、油茶和石栎种子 ,而不喜好取食和贮藏单宁含量较高的树、青冈和栓皮栎种子。小泡巨鼠在围栏内分散贮藏了部分种子 (特别是石栎和油茶种子 ) ,且绝大部分贮藏点仅有 1粒种子。小泡巨鼠对种子的选择和贮藏可能对有关林木的更新产生积极影响。

种子类别和埋藏深度对雌性小泡巨鼠发现种子的影响

2001年9～12月,在四川省都江堰林区实验围栏内研究了栓皮栎、树、栲树、石栎、青冈和油茶种子与6种埋藏深度对小泡巨鼠雌性成体发现埋藏种子的影响。结果表明:1)由于不同种子在种子大小、营养价值和单宁含量等存在差异,雌性小泡巨鼠对个体最大的石栎种子发现率最高,油茶(脂肪含量高)和栲树(单宁含量低)次之,单宁含量较高的树、青冈和栓皮栎则较低;2)埋藏深度与雌性小泡巨鼠发现栓皮栎种子的比例呈显著负相关,即随着埋藏深度增加,小泡巨鼠发现埋藏种子的比例则减少。

基于illumina测序技术分析小泡巨鼠肠道微生物多样性

为探讨海南岛的小泡巨鼠肠道微生物群落组成及其菌群多样性。2019年12月于海南医学院-香港大学热带传染病联合实验室提取25只海南岛的成年小泡巨鼠(14只雄和11只雌性)粪便样本DNA,基于IonS5TMXL测序平台,利用单端测序(Single-End)的方法,构建小片段文库进行单端测序。通过对测序片段剪切过滤,操作分类单元(Operational Taxonomic Units,OTUs)聚类,利用mothur方法与SSUrRNA数据库对OTUs进行物种注释及丰度分析,并进一步开展α多样性分析(Alpha Diversity)和β多样性分析(Beta Diversity)。结果显示,从25只小泡巨鼠肠道粪便样本中共得到高质量序列1481842条,归属为14个门、85个科、186个属。从门分类水平上,小泡巨鼠的主要核心生物群有厚壁菌门(Firmicutes,46.04%),拟杆菌门(Bacteroidetes,25.34%);随后依次为变形菌门(Proteobacteria,17.09%),柔壁菌门(Tenericutes,7.38%),放线菌门(Actinobacteria,1.67%);这5个门占所有菌门的97.52%。属水平上螺杆菌属(Helicobacter)所占比例最大,为12.44%;其次为乳杆菌属(Lactobacillus,11.39%),梭菌属(Clostridium,6.19%),支原体属(Mycoplasma,4.23%),黄杆菌属(Flavonifractor,3.52%)。综上,高通量测序分析表明海南岛小泡巨鼠肠道菌群结构复杂,菌种多样,具有进一步研究的意义。