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基于COI基因的赣北地区小泡巨鼠的鉴定
1
作者
陈飞
胡海军
+3 位作者
刘占斌
陶卉英
钱科
郑卫青
《中华卫生杀虫药械》
CAS
2023年第6期495-498,共4页
目的以线粒体细胞色素C氧化酶亚基(COI)基因为目的基因,利用DNA条形码技术对未知鼠样本进行鉴定.方法采用夹夜法对九江市武宁县宋溪镇某村的鼠密度进行调查,经形态学初步鉴定后,以捕获的1只无法明确鉴定的大型鼠样本为对象,提取基因组DN...
目的以线粒体细胞色素C氧化酶亚基(COI)基因为目的基因,利用DNA条形码技术对未知鼠样本进行鉴定.方法采用夹夜法对九江市武宁县宋溪镇某村的鼠密度进行调查,经形态学初步鉴定后,以捕获的1只无法明确鉴定的大型鼠样本为对象,提取基因组DNA并采用COI基因通用引物BatL5310和R6036R进行PCR扩增及测序,将测序结果在NCBI网站进行BLAST比对,采用MEGA7软件选择最大似然法构建系统发育树.结果共捕获小型兽类7只,密度为3.38%,经形态学鉴定有褐家鼠2只,黑线姬鼠2只,臭鼩鼱2只,形态学初步鉴定为青毛巨鼠或小泡巨鼠的未知鼠1只,提取的未知鼠样本DNA通过PCR成功扩增出COI基因目的条带,与NCBI基因库中小泡巨鼠(KP995219)序列同源性高达100%,系统发育树显示该鼠样本与小泡巨鼠(KP995219、KP995203)处于同一分支,遗传距离分别为0、0.0016,而青毛巨鼠(NC_036730)单独处于另一分支,遗传距离较远.结论赣北地区首次报道小泡巨鼠,采用COI基因的DNA条形码技术可快速、准确的进行鼠种鉴定,有助于弥补非常见鼠形态学鉴定困难的不足.
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关键词
小泡巨鼠
DNA条形码
细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因
系统发育
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职称材料
小泡巨鼠对森林种子选择和贮藏的观察
被引量:
35
2
作者
肖治术
张知彬
王玉山
《兽类学报》
CAS
CSCD
北大核心
2003年第3期208-213,共6页
小泡巨鼠是四川省都江堰林区一种占优势的鼠种 ,取食多种林木种子和果实 ,可能影响这些树种的更新。于 2 0 0 1年秋季 ,调查了小泡巨鼠对栓皮栎、树、栲树、石栎、青冈和油茶等 6种重要林木种子的选择和贮藏 ,并初步探讨了其对森林更...
小泡巨鼠是四川省都江堰林区一种占优势的鼠种 ,取食多种林木种子和果实 ,可能影响这些树种的更新。于 2 0 0 1年秋季 ,调查了小泡巨鼠对栓皮栎、树、栲树、石栎、青冈和油茶等 6种重要林木种子的选择和贮藏 ,并初步探讨了其对森林更新的影响。结果表明 ,小泡巨鼠对上述 6种林木种子有很强的选择性 ,种子的营养价值和单宁含量是影响其选择和贮藏的主要因素。小泡巨鼠喜好取食和贮藏单宁含量较低的栲树、油茶和石栎种子 ,而不喜好取食和贮藏单宁含量较高的树、青冈和栓皮栎种子。小泡巨鼠在围栏内分散贮藏了部分种子 (特别是石栎和油茶种子 ) ,且绝大部分贮藏点仅有 1粒种子。小泡巨鼠对种子的选择和贮藏可能对有关林木的更新产生积极影响。
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关键词
小泡巨鼠
森林
种子
选择
贮藏
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职称材料
种子类别和埋藏深度对雌性小泡巨鼠发现种子的影响
被引量:
13
3
作者
肖治术
张知彬
《兽类学报》
CAS
CSCD
北大核心
2004年第4期311-314,共4页
2001年9~12月,在四川省都江堰林区实验围栏内研究了栓皮栎、树、栲树、石栎、青冈和油茶种子与6种埋藏深度对小泡巨鼠雌性成体发现埋藏种子的影响。结果表明:1)由于不同种子在种子大小、营养价值和单宁含量等存在差异,雌性小泡巨鼠...
2001年9~12月,在四川省都江堰林区实验围栏内研究了栓皮栎、树、栲树、石栎、青冈和油茶种子与6种埋藏深度对小泡巨鼠雌性成体发现埋藏种子的影响。结果表明:1)由于不同种子在种子大小、营养价值和单宁含量等存在差异,雌性小泡巨鼠对个体最大的石栎种子发现率最高,油茶(脂肪含量高)和栲树(单宁含量低)次之,单宁含量较高的树、青冈和栓皮栎则较低;2)埋藏深度与雌性小泡巨鼠发现栓皮栎种子的比例呈显著负相关,即随着埋藏深度增加,小泡巨鼠发现埋藏种子的比例则减少。
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关键词
种子类别
埋藏深度
雌性
小泡巨鼠
四川
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职称材料
河南省哺乳动物分布新纪录——小泡巨鼠
4
作者
路纪琪
刘彬
《四川动物》
CSCD
北大核心
2008年第3期435-435,共1页
关键词
小泡巨鼠
Leopoldamys
edwardsi
新纪录
河南
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职称材料
基于illumina测序技术分析小泡巨鼠肠道微生物多样性
被引量:
1
5
作者
轩断断
黎元莉
+8 位作者
张冠男
丁林威
曹佩佩
贾瑞杰
郑玉爱
周晓君
潘良源
胡守奎
牛莉娜
《中华预防医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第4期512-518,共7页
为探讨海南岛的小泡巨鼠肠道微生物群落组成及其菌群多样性。2019年12月于海南医学院-香港大学热带传染病联合实验室提取25只海南岛的成年小泡巨鼠(14只雄和11只雌性)粪便样本DNA,基于IonS5TMXL测序平台,利用单端测序(Single-End)的方法...
为探讨海南岛的小泡巨鼠肠道微生物群落组成及其菌群多样性。2019年12月于海南医学院-香港大学热带传染病联合实验室提取25只海南岛的成年小泡巨鼠(14只雄和11只雌性)粪便样本DNA,基于IonS5TMXL测序平台,利用单端测序(Single-End)的方法,构建小片段文库进行单端测序。通过对测序片段剪切过滤,操作分类单元(Operational Taxonomic Units,OTUs)聚类,利用mothur方法与SSUrRNA数据库对OTUs进行物种注释及丰度分析,并进一步开展α多样性分析(Alpha Diversity)和β多样性分析(Beta Diversity)。结果显示,从25只小泡巨鼠肠道粪便样本中共得到高质量序列1481842条,归属为14个门、85个科、186个属。从门分类水平上,小泡巨鼠的主要核心生物群有厚壁菌门(Firmicutes,46.04%),拟杆菌门(Bacteroidetes,25.34%);随后依次为变形菌门(Proteobacteria,17.09%),柔壁菌门(Tenericutes,7.38%),放线菌门(Actinobacteria,1.67%);这5个门占所有菌门的97.52%。属水平上螺杆菌属(Helicobacter)所占比例最大,为12.44%;其次为乳杆菌属(Lactobacillus,11.39%),梭菌属(Clostridium,6.19%),支原体属(Mycoplasma,4.23%),黄杆菌属(Flavonifractor,3.52%)。综上,高通量测序分析表明海南岛小泡巨鼠肠道菌群结构复杂,菌种多样,具有进一步研究的意义。
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关键词
肠道微生物
高通量测序
操作分类单元
小泡巨鼠
原文传递
题名
基于COI基因的赣北地区小泡巨鼠的鉴定
1
作者
陈飞
胡海军
刘占斌
陶卉英
钱科
郑卫青
机构
传染病预防控制国家重点实验室研究基地
海南医学院
公安部南昌警犬基地
出处
《中华卫生杀虫药械》
CAS
2023年第6期495-498,共4页
基金
南昌市医疗技术支撑计划重点项目(2022-KJZC-024)
南昌市医疗技术支撑计划一般项目(2022-KJZC-018)
文摘
目的以线粒体细胞色素C氧化酶亚基(COI)基因为目的基因,利用DNA条形码技术对未知鼠样本进行鉴定.方法采用夹夜法对九江市武宁县宋溪镇某村的鼠密度进行调查,经形态学初步鉴定后,以捕获的1只无法明确鉴定的大型鼠样本为对象,提取基因组DNA并采用COI基因通用引物BatL5310和R6036R进行PCR扩增及测序,将测序结果在NCBI网站进行BLAST比对,采用MEGA7软件选择最大似然法构建系统发育树.结果共捕获小型兽类7只,密度为3.38%,经形态学鉴定有褐家鼠2只,黑线姬鼠2只,臭鼩鼱2只,形态学初步鉴定为青毛巨鼠或小泡巨鼠的未知鼠1只,提取的未知鼠样本DNA通过PCR成功扩增出COI基因目的条带,与NCBI基因库中小泡巨鼠(KP995219)序列同源性高达100%,系统发育树显示该鼠样本与小泡巨鼠(KP995219、KP995203)处于同一分支,遗传距离分别为0、0.0016,而青毛巨鼠(NC_036730)单独处于另一分支,遗传距离较远.结论赣北地区首次报道小泡巨鼠,采用COI基因的DNA条形码技术可快速、准确的进行鼠种鉴定,有助于弥补非常见鼠形态学鉴定困难的不足.
关键词
小泡巨鼠
DNA条形码
细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因
系统发育
Keywords
Leopoldamys edwardsi
DNA barcoding
mitochondrial cytochrome C oxidase subunit I(CO I)
phylogeney
分类号
R184.3 [医药卫生—流行病学]
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职称材料
题名
小泡巨鼠对森林种子选择和贮藏的观察
被引量:
35
2
作者
肖治术
张知彬
王玉山
机构
中国科学院动物研究所农业虫鼠害综合治理研究国家重点实验室
出处
《兽类学报》
CAS
CSCD
北大核心
2003年第3期208-213,共6页
基金
国家重点基础规划资助项目 (G2 0 0 0 0 4680 2 )
中国科学院知识创新工程重要方向资助项目 (KSCX2 -SW -10 5和KSCX2 -SW-10 3 )
文摘
小泡巨鼠是四川省都江堰林区一种占优势的鼠种 ,取食多种林木种子和果实 ,可能影响这些树种的更新。于 2 0 0 1年秋季 ,调查了小泡巨鼠对栓皮栎、树、栲树、石栎、青冈和油茶等 6种重要林木种子的选择和贮藏 ,并初步探讨了其对森林更新的影响。结果表明 ,小泡巨鼠对上述 6种林木种子有很强的选择性 ,种子的营养价值和单宁含量是影响其选择和贮藏的主要因素。小泡巨鼠喜好取食和贮藏单宁含量较低的栲树、油茶和石栎种子 ,而不喜好取食和贮藏单宁含量较高的树、青冈和栓皮栎种子。小泡巨鼠在围栏内分散贮藏了部分种子 (特别是石栎和油茶种子 ) ,且绝大部分贮藏点仅有 1粒种子。小泡巨鼠对种子的选择和贮藏可能对有关林木的更新产生积极影响。
关键词
小泡巨鼠
森林
种子
选择
贮藏
Keywords
Edward's long tailed rat ( Leopoldam ys edwardsi )
Seeds
Selection
Scatter hoarding
Forest regeneration
分类号
Q958.122.5 [生物学—动物学]
Q959.837 [生物学—动物学]
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职称材料
题名
种子类别和埋藏深度对雌性小泡巨鼠发现种子的影响
被引量:
13
3
作者
肖治术
张知彬
机构
中国科学院动物研究所农业虫鼠害综合治理研究国家重点实验室
出处
《兽类学报》
CAS
CSCD
北大核心
2004年第4期311-314,共4页
基金
国家重点基础规划资助项目(G2000046802)
中国科学院知识创新工程重要方向资助项目(KSCX2-SW-105和KSCX2-SW-103)
文摘
2001年9~12月,在四川省都江堰林区实验围栏内研究了栓皮栎、树、栲树、石栎、青冈和油茶种子与6种埋藏深度对小泡巨鼠雌性成体发现埋藏种子的影响。结果表明:1)由于不同种子在种子大小、营养价值和单宁含量等存在差异,雌性小泡巨鼠对个体最大的石栎种子发现率最高,油茶(脂肪含量高)和栲树(单宁含量低)次之,单宁含量较高的树、青冈和栓皮栎则较低;2)埋藏深度与雌性小泡巨鼠发现栓皮栎种子的比例呈显著负相关,即随着埋藏深度增加,小泡巨鼠发现埋藏种子的比例则减少。
关键词
种子类别
埋藏深度
雌性
小泡巨鼠
四川
Keywords
Edward's long-tailed rats (Leopoldamys edwardsi)
Seed species
Burial depth
Seed recovery
Dujiangyan forest
分类号
Q959.837 [生物学—动物学]
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职称材料
题名
河南省哺乳动物分布新纪录——小泡巨鼠
4
作者
路纪琪
刘彬
机构
郑州大学生物工程系
出处
《四川动物》
CSCD
北大核心
2008年第3期435-435,共1页
基金
国家重点基础研究发展计划(2007CB109106)资助
关键词
小泡巨鼠
Leopoldamys
edwardsi
新纪录
河南
分类号
Q959 [生物学—动物学]
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职称材料
题名
基于illumina测序技术分析小泡巨鼠肠道微生物多样性
被引量:
1
5
作者
轩断断
黎元莉
张冠男
丁林威
曹佩佩
贾瑞杰
郑玉爱
周晓君
潘良源
胡守奎
牛莉娜
机构
海南医学院热带病转化医学教育部重点实验室海南医学院-香港大学热带传染病联合实验室海南医学院病原生物学教研室
三亚市人民医院检验科
北京大学首钢医院检验科
出处
《中华预防医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第4期512-518,共7页
基金
海南省自然科学基金项目(820RC650)
海南省教育厅项目(Hnky2019ZD-27)
+4 种基金
国家自然科学基金项目(82060377,81760376)
2020年海南医学院研究生创新科研课题(HYYS2020-18)
2021年海南省大学生创新创业训练计划项目(S202111810026)
2019年海南省大学生创新创业训练计划项目(S201911810034)
海南省科技专项资助项目(ZDYF2022SHFZ114)。
文摘
为探讨海南岛的小泡巨鼠肠道微生物群落组成及其菌群多样性。2019年12月于海南医学院-香港大学热带传染病联合实验室提取25只海南岛的成年小泡巨鼠(14只雄和11只雌性)粪便样本DNA,基于IonS5TMXL测序平台,利用单端测序(Single-End)的方法,构建小片段文库进行单端测序。通过对测序片段剪切过滤,操作分类单元(Operational Taxonomic Units,OTUs)聚类,利用mothur方法与SSUrRNA数据库对OTUs进行物种注释及丰度分析,并进一步开展α多样性分析(Alpha Diversity)和β多样性分析(Beta Diversity)。结果显示,从25只小泡巨鼠肠道粪便样本中共得到高质量序列1481842条,归属为14个门、85个科、186个属。从门分类水平上,小泡巨鼠的主要核心生物群有厚壁菌门(Firmicutes,46.04%),拟杆菌门(Bacteroidetes,25.34%);随后依次为变形菌门(Proteobacteria,17.09%),柔壁菌门(Tenericutes,7.38%),放线菌门(Actinobacteria,1.67%);这5个门占所有菌门的97.52%。属水平上螺杆菌属(Helicobacter)所占比例最大,为12.44%;其次为乳杆菌属(Lactobacillus,11.39%),梭菌属(Clostridium,6.19%),支原体属(Mycoplasma,4.23%),黄杆菌属(Flavonifractor,3.52%)。综上,高通量测序分析表明海南岛小泡巨鼠肠道菌群结构复杂,菌种多样,具有进一步研究的意义。
关键词
肠道微生物
高通量测序
操作分类单元
小泡巨鼠
Keywords
Intestinal flora
High throughput sequencing
Operational taxonomic units
Leopoldamys edwardsi
分类号
R37 [医药卫生—病原生物学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于COI基因的赣北地区小泡巨鼠的鉴定
陈飞
胡海军
刘占斌
陶卉英
钱科
郑卫青
《中华卫生杀虫药械》
CAS
2023
0
下载PDF
职称材料
2
小泡巨鼠对森林种子选择和贮藏的观察
肖治术
张知彬
王玉山
《兽类学报》
CAS
CSCD
北大核心
2003
35
下载PDF
职称材料
3
种子类别和埋藏深度对雌性小泡巨鼠发现种子的影响
肖治术
张知彬
《兽类学报》
CAS
CSCD
北大核心
2004
13
下载PDF
职称材料
4
河南省哺乳动物分布新纪录——小泡巨鼠
路纪琪
刘彬
《四川动物》
CSCD
北大核心
2008
0
下载PDF
职称材料
5
基于illumina测序技术分析小泡巨鼠肠道微生物多样性
轩断断
黎元莉
张冠男
丁林威
曹佩佩
贾瑞杰
郑玉爱
周晓君
潘良源
胡守奎
牛莉娜
《中华预防医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2022
1
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