尾分析法检测肉鸡肥度性状关联的RAPD标记

以肉仔鸡为试验对象 ,按公、母分群饲养 ,分别测定 49日龄体重、腹脂重、腹脂率和血浆 VLDL浓度 ,并对各性状表型值分为高、低两组 ,提取每组单个个体及其混合血样 DNA后 ,对核 DNA模板进行 PCR扩增。结果显示 :1各个体 DNA扩增条带在混合 DNA扩增条带中均能出现 ,表明用混合 DNA可替代单个 DNA进行群体遗传结构分析 ;2比较各性状表型值高、低组的混合 DNA扩增片段后发现 ,公、母鸡群分别有 1 2、8个 RAPD标记与性状关联。结果表明 :在数量性状位点标记检测时 ,用尾分析 (选择 DNA池 )方法可明显减少基因型检测次数 。

尾分析法在不同规模群体中开展全基因组关联研究

旨在将尾分析法与全基因组关联分析相结合,初步确定两尾选择的标准。首先,对样本量为2 000、1 500、1 000、500的群体进行全基因组关联分析(GWAS),探索群体规模大小对GWAS结果的影响,然后对各样本量两尾的20%、15%、12%、10%、8%、5%进行GWAS,探索两尾比例的大小对GWAS结果的影响。研究结果表明,检测出的显著关联SNP数目随群体规模及两尾比例的减小而减少。初步确定两尾选择标准为:遗传力为0.38左右的性状,样本量为2 000、1 500、1 000、500,两尾选择比例分别为8%、10%、10%、20%;遗传力为0.50左右的性状,样本量为2 000、1 500、1 000、500,两尾选择比例分别为5%、5%、10%、15%。以此标准为基础进行GWAS,既能有效检测出最显著SNP位点或区间,又能最大程度地降低研究成本,提高研究效率。

尾分析法检测北极狐自咬症关联的RAPD标记

以健康北极狐(Alopex lagopus)和患自咬症北极狐个体为研究对象,运用尾分析法,采用RAPD技术在分子水平上分析北极狐自咬症病因,并初步找到与自咬症相关联的RAPD标记,将该标记片段克隆测序,得到了北极狐自咬症特异序列,序列长658bp。