脱氧尿嘧啶及尿嘧啶DNA糖基化酶抗PCR产物污染能力研究

目的探讨脱氧尿嘧啶及尿嘧啶DNA糖基化酶抗PCR产物污染的能力。方法用Taq-Man荧光定量PCR检测方法进行定量检测。将一系列不同浓度的含dUTP的HBVvDNA PCR扩增产物作为污染源,分别加至含dUTP/UDC的PCR反应体系和普通荧光定量PCR反应体系中,在荧光定量PCR仪上进行定量检测,从而得出含dUTP/UDC的PCR反应体系的抗污染能力。结果最佳抗污染实验条件:UDG酶含量0.05 U,消化时间37℃5 min,灭活时间92℃1 min;dUTP100%代替dTTP。含0.05 U的UDG抗污染反应体系对每管浓度为103拷贝/ml的污染物可完全消化,并随UDC含量的增高及消化时间的延长,抗污染能力增强。结论dUTP/UDG反应体系的应用能有效防止PCR产物污染,但抗污染能力是有一定限度的,尚需加强实验室标准化管理,才能真正达到抗污染效果。

尿嘧啶DNA糖基化酶在PCR防污染中的应用

1.PCR"残留污染" 在PCR操作过程中,最容易出现"污染"问题,原因主要有如下几种情况:①模板的交叉污染:在样品采集或处理中,气溶胶、加样器取样时的泡沫或其他原因引起样品或模板的交叉污染,造成假阳性,属于正常DNA(由A、T、G、C四种碱基组成)引起的污染;②扩增产物的污染:在扩增过程中,将碱基T置换成U,使得扩增产物为U-DNA(由A、U、G、C四种碱基组成),由于产物量特别大,容易溢漏引起污染,造成假阳性;③核酸酶、蛋白酶的污染造成假阴性;在这三种情况中最为严重是第二种,即称之为"残留污染",因为PCR扩增的放大倍数高达千万倍,而且在实际应用中扩增一直在反复进行,造成扩增产物的大量堆积,难于将其控制降解,即使是荧光PCR也很难避免扩增产物的污染,为了使得PCR结果更加可靠、准确,有必要在反应管完全封闭后于管内通过酶或其他方法,将操作过程中可能带入的残留污染物破坏,使其不能成为新一轮扩增的模板,从UDG的生物学性质可知,它是完成这一任务的最佳选择.

中国人群耐药Ph阳性急性淋巴细胞白血病高比例ABL激酶区G∶C→A∶T突变和尿嘧啶-N-糖基化酶异常表达研究

大多数费城染色体阳性急性淋巴细胞白血病(Ph+ALL)患者在使用酪氨酸激酶抑制剂(TKI)治疗后常表现为复发时间短及易出现ABL激酶区突变现象。为进一步研究Ph+ALL患者使用TKI治疗后易复发特点,本研究采用直接测序法检测了35例TKI耐药Ph+ALL患者ABL激酶区突变。结果发现,77.1%(27/35)患者存在ABL激酶区突变,其中T315I突变患者占ABL激酶区突变患者55.6%,特别是首次发现G:C→A:T突变Ph+ALL患者占总ABL激酶区突变Ph+ALL患者77.8%(21/27),包括T315I、E255K和E459K。其次,8例具有两种或两种以上ABL激酶区突变Ph+ALL患者染色体均为复杂核型,5例染色体由初诊单纯t(9;22)进展为复杂核型的TKI耐药Ph+ALL均出现ABL激酶区突变;并且,尿嘧啶-N-糖基化酶2(UNG2)在耐药Ph+ALL组中转录水平表达显著低于初诊组,具有统计学差异(P<0.05),而细胞核内UNG2缺失能增加G:C→A:T突变几率。结论:中国人群TKI耐药Ph+ALL具有高比例ABL激酶区G:C→A:T突变和高度基因组不稳定性。耐药Ph+ALL患者低表达UNG2可能是耐药Ph+ALL患者发生高比例ABL激酶区G:C→A:T突变的因素之一。

疱疹病毒尿嘧啶DNA糖基化酶基因及其编码蛋白的研究进展

概述了疱疹病毒尿嘧啶DNA糖基化酶基因的特点、编码蛋白的基本功能和分布定位及与其他蛋白的相互作用的研究进展并进行了展望,以期为该基因的深入研究提供参考。认为,疱疹病毒尿嘧啶DNA糖基化酶基因属于早期基因,其编码的蛋白通过与其他蛋白相互作用共同完成DNA的修复与合成。

DNA切除修复标志物在肺癌、食管癌组织中的表达

[目的 ]研究切除修复中切除修复鼠缺陷交叉互补基因 2 (ERCC2 )蛋白、尿嘧啶DNA糖基化酶 (UDG)、细胞增殖核抗原 (PCNA)在肺癌和食管癌组织中的表达水平差异。 [方法 ]通过免疫组织化学和原位杂交方法研究三种生物标志物在不同部位的肿瘤组织和非肿瘤组织之间的表达水平进行比较。 [结果 ]ERCC2蛋白和mRNA、UDG蛋白在肺和食管良性病变中的表达水平均明显高于其癌和癌周组织。UDGmRNA水平在食管良性病变组织中明显高于癌和癌周组织 ,在肺良性病变、癌和癌周组织中无显著差异。PCNA蛋白和mRNA在肺和食管癌和癌周组织中的表达水平均明显高于良性病变组织。三种标志物蛋白和mRNA表达水平在癌组织和癌周正常组织之间均无明显差异。 [结论 ]ERCC2、UDG表达水平在良性病变组织中明显高于肿瘤组织、PCNA表达水平在肿瘤组织中明显高于良性病变组织。

采用十二烷基硫酸钠抑制PCR产物中残留尿苷酶

目的 :研究抑制PCR产物中残留尿苷酶 (uracilDNAglycosylase ,UDG)活性的试剂。 方法 :采用DNA EIA技术检测在全dU DNA扩增物中含有稳定剂和不含稳定剂的样品 ,置室温 2 4h和 37℃ 4 8h的DNA杂交百分率。结果 :(1)在PCR产物中加入稳定剂A液和B液置室温 2 4h ,取 5 μl直接杂交 ,其杂交百分率为 6 1.4 70 %和6 8.996 % ,对照组为 99.2 83%。 (2 )在 30 μlPCR产物中加入稳定剂后 ,并加 1×PCR缓冲液稀释至 70 μl,置 37℃4 8h取 10 μl样品杂交 ,5 μl和 2 .5 μlA液组杂交百分率为 71.0 92 %和 6 7.6 91% ,对照组为 6 8.0 2 0 %和 6 3.90 6 %。5 μl和 2 .5 μlB液组杂交百分率为 91.333%和 80 .30 7% ,对照组为 6 3.90 6 %和 6 8.0 2 0 %。 结论 :B液可抑制PCR产物残留UDG活性 ,对保护全dU

dUTP/UDG反应体系在荧光定量PCR中抗污染能力评价

目的 探讨dUTP/UDG反应体系在荧光定量PCR中抗PCR产物污染的能力。方法 用TaqMan荧光定量PCR检测方法进行定量检测。将一系列不同浓度的含dUTP的HBV DNA PCR扩增产物作为污染源 ,分别加至含dUTP/UDG的PCR反应体系和普通荧光定量PCR反应体系中 ,在荧光定量PCR仪上进行定量检测 ,从而得出含dUTP/UDG的PCR反应体系的抗污染能力。结果 1.最佳抗污染实验条件 :UDG酶含量 0 .0 5U ,消化时间 37℃ 5min ,灭活时间 92℃ 1min ;dUTP10 0 %代替dTTP ,四种底物浓度相等。 2 .含 0 .0 5U的UDG抗污染反应体系对每管浓度为 10 3 拷贝 /ml的污染物可完全消化 ,并随UDG含量的增高及消化时间的延长 ,抗污染能力增强。结论 dUTP/UDG反应体系的应用能有效防止PCR产物污染 ,但抗污染能力是有一定限度的 ,尚需加强实验室标准化管理 ,才能真正达到抗污染效果。

抗污染扩增试剂在法医物证检验中的应用

客观、准确的法医遗传检验结果是作出准确鉴定意见的基础。随着检验设备、扩增检测试剂检验灵敏度日益增加,防控实验室污染、样品污染的压力与日俱增,其中PCR扩增产物对检测结果的污染最难防控。本文测试一款抗污染扩增试剂盒NH-18A,该试剂盒包含16个常染色体STR基因座,1个性别识别基因座(Amel)和一个Y染色体插入缺失基因座(Indel),NH-18A通过STR复合扩增可得到含有尿嘧啶碱基的DNA片段,该类型的DNA片段在50℃时可被尿嘧啶DNA糖基化酶(UDG)高效水解,每次新一轮PCR扩增前增加一步50℃保温孵育可以彻底消除既往扩增产物对结果的污染威胁。经实验验证,NH-18A具有优异的抗扩增产物污染能力,且替换碱基扩增不改变DNA分型结果,检测灵敏度和DNA产物片段稳定性不降低,后续电泳分析不受影响。利用此试剂盒可以有效消除扩增产物对鉴定结果的污染。

细菌双杂交验证古菌UDG与TRX相互作用的研究

目的验证别府硫化叶菌(Sulfolobus tokodaii,S.tokodai)i DNA碱基切除修复中重要的酶-尿嘧啶-DNA糖基化酶(uracil-DNA glycosylase,StoUDG)与硫氧还蛋白(thioredoxin,StoTRX)之间的相互作用,方法将StoUDG和StoTRX的基因分别克隆到细菌双杂交载体上,共转化至报告菌株,从筛选平板上检测StoUDG和StoTRX相互作用的强弱.结果 (1)pBT-TRX与pTRG-UDG等细菌双杂交质粒共转化至报告菌株,可使报告菌株在含氯霉素、四环素和卡那霉素的LB平板上生长;(2)含pBT-TRX与pTRG-UDG质粒的细菌双杂交报告菌株可在筛选平板上缓慢生长,且不发生自激活.结论 StoUDG与StoTRX存在较弱的相互作用,提示StoTRX参与依赖于StoUDG的DNA碱基切除修复过程,

抗污染PCR与斑点杂交检测血清HBVDNA的比较

目的探讨含dUTP/尿嘧啶DNA糖基化酶的PCR扩增(dUTP/UDG-PCR,抗污染PCR)和斑点杂交检测血清HBVDNA的敏感性和特异性.方法慢性病毒性肝炎患者178例,应用尿嘧啶DNA糖基化酶的PCR扩增及斑点杂交方法分别检测其血清HBVDNA.结果经抗污染PCR检测出HBVDNA阳性标本69份,阳性率为37.86%;经斑点杂交检测出HBVDNA阳性标本54份,阳性率为30.34%.两者比较差异没有显著性(x2=2.79,P>0.05),但可以看出抗污染PCR检测HBVDNA的阳性率高于斑点杂交.两种方法同时检出阳性标本52份,同时检出阴性标本107份,抗污染PCR与斑点杂交检测血清HBVDNA的符合率为89.32%(159/178)结论抗污染PCR的特异性高,其敏感性高于斑点杂交.

类鼻疽伯克霍尔德氏菌UDPE检测方法的建立和应用

目的 建立防止产物污染的UDPE(UDG -DuplexPCR -EIA)技术 ,用于检测类鼻疽伯克霍尔德氏菌。方法 选择类鼻疽伯克霍尔德氏菌FUR(FerricUptakeRegulator)基因为靶序列 ,设计两对引物进行PCR扩增 ,用UDG(尿嘧啶糖基化酶 )防止PCR产物污染 ,并用微孔板杂交 -酶联显色检测扩增的PCR产物片段 ;用不同的模板考察方法的特异性和灵敏度。结果 该检测系统可以特异性地检测类鼻疽伯克霍尔德氏菌 ;对于纯DNA模板 ,检测灵敏度可以达到 10fg/ μl;对于系列稀释菌液提取的模板 ,灵敏度可达 0 1个菌 / μl;对于模拟污水标本、模拟组织标本和模拟土壤标本的检测灵敏度分别为 10个菌 / μl,10 0个菌 / μl和 10 0个菌 / μl;检测系统可以防止 10 9个PCR产物分子的污染 ;检测系统可以在 37℃下稳定保存 7d。结论 本研究建立了稳定的 ,防止产物污染 。

UDPE在鼠疫腐败材料检测中的应用

[目的 ]探讨UDPE在鼠疫腐败材料检测中的实际应用价值。[方法 ]用鼠疫EV菌感染小白鼠 ,未腐败前同时进行反向血凝试验 (RIHA)及UDPE检测 ,确认感染 ;经实验室模拟自然腐败不同天数后 ,再次检测。 [结果 ]经 16d以下(含 16d)腐败的脏器 (肝、脾 )RIHA和UDPE法检测均阳性 ,经 5 0d腐败取骨髓材料 ,UDPE法检测阳性率比RIHA法高。[结论 ]UDPE法适用于鼠疫腐败材料的检测。

顺铂对A549细胞DNA损伤修复生物标记物表达的影响

目的 研究顺铂对肺癌A5 49细胞中切除修复鼠缺陷交叉互补基因 2 (ERCC2 )蛋白、尿嘧啶DNA糖基化酶 (UDG)、细胞增殖核抗原 (PCNA)在肺癌和食管癌组织中表达水平的影响。方法 通过彗星试验、RT PCR和蛋白印记法研究 3种生物标记物在顺铂处理和未处理A5 49细胞之间的表达水平。分为染毒前、染毒 12h、染毒 2 4h、停止染毒 12h、停止染毒 2 4h 5个不同时间段组 ,每组细胞数均为 1× 10 6个 /ml。结果 在低浓度顺铂 (IC2 0 剂量 )作用下 ,染毒 2 4h内DNA损伤程度的变化与作用时间成正比 ,染毒 12h、2 4h尾相 (单位 :mm)分别为 5 0 2± 0 6 8和 7 2 2± 0 5 3,与阴性对照的尾相2 73± 0 2 9比较有明显差异。停止染毒 2 4h尾相为 3 6 4± 0 70 ,与阴性对照比较无明显差异。ERCC2、UDG和PCNA的mRNA水平和蛋白质水平在细胞染毒后均明显升高 ,染毒 2 4h后mRNA水平分别为 0 71± 0 0 8、0 74± 0 0 6和 0 82± 0 0 9,均明显高于阴性对照 (分别为 0 2 8± 0 0 5、0 31± 0 0 5和 0 37± 0 0 6 ) ;蛋白质表达水平分别为 4 37± 0 5 7、5 47± 0 46和 2 2 1± 0 47,均明显高于阴性对照(分别为 2 2 1± 0 47、2 5 4± 0 38和 3 2 1± 0 47)。停止染毒后 3种酶的mRNA分别为 0 31±