mRNA三级结构中局部碱基对参量与蛋白质折叠速率的相关性

为研究mRNA三级结构对蛋白质折叠速率的影响,首先计算所选蛋白质相应mRNA的三级结构,在此基础上计算局部碱基对参量,分析这些参量对蛋白质折叠速率的影响;然后将所选蛋白质按照不同的蛋白质折叠类型和二级结构进行分组,进而分析局部碱基对参量与不同类蛋白质折叠速率的相关性。结果表明,局部碱基对参量中两碱基原点y轴方向相对位移(Stretch)、两碱基原点z轴方向相对位移(Stagger)、两碱基平面绕x轴旋转夹角(Buckle)和绕y轴旋转夹角(Propeller)均与蛋白质折叠速率存在相关性,说明mRNA三级结构的局部碱基对参量是影响蛋白质折叠速率的有效因素。

局部碱基对梯阶参量对蛋白质折叠速率的影响

相关研究表明mRNA序列中GC含量、回文密度和二级结构对蛋白质折叠速率都有重要影响,为了研究mRNA三级结构是否对蛋白质折叠速率也存在重要影响,收集了具有实验折叠速率的蛋白质作为研究对象,对其中的每一个蛋白质,计算其相应mRNA三级结构中各种局部碱基对梯阶参量值,并分析了这些参量值与相应蛋白质折叠速率的相关性。将蛋白质按照二级结构分类,进一步研究各局部碱基对梯阶参量对二级结构类蛋白质折叠速率的影响。结果显示,mRNA三级结构局部碱基对梯阶参量值与蛋白质折叠速率呈现出不同程度的相关性。表明短轴滑移量(shift)、长轴滑移量(slide)、z轴滑移量(rise)和平面短轴转角(tilt)等是影响蛋白质折叠速率的有效因素,说明mRNA三级结构对蛋白质折叠速率有重要影响。

mRNA三级结构局部碱基对螺旋参量对蛋白质折叠速率的影响

为研究局部碱基对螺旋参量对蛋白质折叠速率的作用机制,收集了100个具有实验折叠速率的蛋白质,通过计算获得各个蛋白质相对应的mRNA三级结构数据,筛选出其中的局部碱基对螺旋参量,深入研究这些参量与蛋白质折叠速率之间的相关性;将所选蛋白质按照折叠类型和二级结构进行分组,进而分析这些参量对不同类蛋白质折叠速率影响的差异。研究结果表明,蛋白质折叠速率与X-disp、Y-disp、h-Rise、Incl(η)、Tip(θ)和h-Twist六个参量存在不同程度的相关性,说明mRNA三级结构的局部碱基对螺旋参量在调控蛋白质折叠速率方面发挥了重要作用。