多重嵌合引物对四引物扩增受阻突变体系PCR的改进及在卵巢癌相关位点中的应用

目的:建立一种简单快速的方法,可同时检测两个卵巢癌相关单核苷酸多态性位点rs608995和rs749292。方法:采用多重嵌合引物策略改进四引物扩增受阻突变体系聚合酶链式反应(PCR),通过设计rs608995和rs749292的特异性嵌合引物,经单管一次PCR,琼脂糖电泳分析产物长度。结果:对46份全血样本,电泳结果均与测序一致,可准确分型。结论:经多重嵌合引物策略改进的四引物扩增受阻突变体系PCR可简便、快速、准确的获得2个位点的分型结果。

短串联重复序列基因座嵌合引物复合扩增

目的 探索一种新的短串联重复序列 (short tandem repeats,STR)基因座复合扩增方法即嵌合引物 STR复合扩增法。方法 采用公共引物和基因座特异性嵌合引物的复合扩增技术 ,扩增 4个STR基因座 ,用聚丙烯酰胺电泳对 PCR产物分离 ,银染。结果 建立了法医 STR基因座嵌合引物复合扩增方法 ,可正确分型。结论 这种方法扩增条件易于优化 ,不同基因座扩增条件的齐同性要求不高 ,对引物二聚体有一定程度的包容性 ,是一种成本低、效率高的法医

7种猪场常见高致死病原GeXP检测方法的建立

本研究旨在建立能同时检测猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、伪狂犬病病毒(PRV)、猪细小病毒(PPV)、猪圆环病毒2型(PCV2)、坏死梭杆菌(Fn)和副猪嗜血杆菌(Hps)7种猪场常见高致死性流行病原的多重PCR检测方法。利用7种病原体的保守序列设计7对特异性引物,同时合成了Cy-5标记的通用引物。将通用引物分别连接到特异性引物的5′端形成7对特异性嵌合引物。优化反应条件,分别使用7组嵌合引物和通用引物混合,扩增7种病原的混合cDNA/DNA,验证其单重PCR的特异性。利用GeXP多重基因表达遗传分析系统,混合7种嵌合引物和通用引物,扩增单一病原的cDNA/DNA,验证其多重PCR特异性;将其他常见猪病病原的基因组作为干扰的阳性标本,利用7对混合嵌合引物和通用引物进行多重PCR分析,扩增加入了阳性标本的混合模板,验证其多重PCR的抗干扰能力。利用重组质粒和体外转录的RNA进行梯度稀释,确定GeXP多重检测体系的灵敏度。结果表明,7种不同引物分别进行GeXP单重及多重检测,均能检测出特异性目的片段的信号,无明显的干扰片段信号出现;GeXP多重检测抗干扰试验结果显示,在混入3种干扰病原模板后,依然可同时特异性检测出7种病原;GeXP多重检测灵敏度分析显示,在10~3拷贝/μL浓度条件下能检测到7种不同基因的特异性结果。本研究建立的同时检测7种猪场常见高致死性流行病原的GeXP检测方法具有高通量、高特异性和高灵敏度的特点,为快速诊断猪流行性疾病的交叉感染和混合感染提供了新型的检测方法。

稻曲病菌的Nested PCR检测(英文)

为设计稻曲病菌(Ustilaginoidea virens)专化性PCR引物,测定了1991-2001年采集的多个水稻品种、不同水稻产区的菌株的ITS和5.8S rDNA区序列。U. virens的ITS1、ITS2和5.8S rDNA区域的长度为 624-625bp, 序列高度保守。在与麦角菌科其它种比较的基础上,设计了U. virens专化性嵌合引物。采用PCR方法可以灵敏地检测目标真菌,并且与传统的组织观察结果很好地吻合。这一结果为深入研究稻曲病的侵染规律和建立田间早期诊断技术提供了可能。

8种猪呼吸道和繁殖障碍病病原体GeXP检测方法的建立

【目的】建立了一种同时鉴别H1、H3亚型猪流感、猪繁殖与呼吸障碍综合征、猪瘟、猪日本乙型脑炎、猪圆环病毒病、猪细小病毒病和猪伪狂犬病8种病毒性呼吸道和繁殖障碍病病原体的GeXP高通量检测方法。【方法】根据这8种病原体的基因保守序列,设计并合成了9对特异性引物,在每对特异性引物的5＇端均加上一段通用引物,形成特异性嵌合引物。运用GeXP单重PCR方法,以单一病毒cDNA/DNA为模板验证引物的可行性;建立GeXP多重PCR方法,以单一病毒cDNA/DNA模板、阳性cDNA/DNA混合模板验证GeXP多重检测体系的特异性和准确性;将含猪圆环病毒、猪细小病毒和猪伪狂犬病病毒靶基因的克隆质粒及体外转录的RNA（H1、H3亚型猪流感、猪繁殖与呼吸障碍综合征、猪瘟、猪日本乙型脑炎）分别梯度稀释为10^3,10^2,10^1拷贝/μl,运用GeXP多重PCR方法进行单一病原体灵敏度分析;根据单一病原体的灵敏度分析结果,优化各对特异性嵌合引物的工作浓度,将含有体外转录好的6种RNA模板和3种克隆质粒等量混合,将混合物梯度稀释为10^4,10^3,10^2,10^1拷贝/μl,运用GeXP多重PCR方法分析同时检测8种病原体的灵敏度。运用建立好的GeXP多重检测体系对23份临床样品进行检测,并与常规单重PCR进行比较,对该GeXP多重检测体系的临床应用进行评价。【结果】基于GeXP系统的单重PCR检测体系和GeXP多重PCR检测体系均能扩增出特异性片段,验证了引物的可行性、GeXP多重检测体系的特异性和准确性;GeXP多重检测体系的单一病原模板灵敏度分析结果显示,多重检测体系对单一病原体检测的下限均为10-1拷贝/μl;GeXP多重检测体系在8种病原体同时检测的灵敏度分析结果显示,多重检测体系可在10^3拷贝/μl水平可同时检测到8种病原体;比较GeXP多重PCR检测方法和常规PCR方法对临床样品的检测结果,两种检测方法的检测结果相符。【结论】成功建立了基于GeXP系统的多重PCR检测体系,可以同时检测8种猪呼吸道和繁殖障碍性疾病病原体;本研究建立的同时鉴别8种猪呼吸道和繁殖障碍性疾病病原体的GeXP检测方法具有高通量、特异性强和灵敏度高的特点,为猪病毒性呼吸道和繁殖障碍性疾病的分子诊断提供了新型的检测方法。

9种鸭病毒病GeXP多重PCR检测方法的建立及其应用

旨在建立一种能够同时鉴别H5、H7和H9亚型禽流感病毒、基因A型鸭甲肝病毒、鸭坦布苏病毒、鸭瘟病毒、减蛋综合征病毒、新城疫病毒、鸭圆环病毒、番鸭呼肠孤病毒和番鸭细小病毒9种常见鸭病毒病的GeXP多重PCR检测方法。根据这些病原体在GenBank上公布的保守基因序列,设计合成了12对特异性GeXP引物。用单一病毒或混合病毒样品的cDNA/DNA模板优化反应条件,同时以其他常见鸭病病原体及鸭组织器官核酸为对照,验证所建立的GeXP方法的特异性和准确性。以106至101拷贝·μL-1梯度稀释的克隆质粒或体外转录RNA来检测GeXP方法的敏感性。随机选取不同浓度的模板(103和107拷贝·μL-1)进行干扰性试验,并与单一病原体为模板的GeXP多重PCR的检测结果比较。最后用该方法检测150份临床样品,与普通PCR方法的结果作比较,所有阳性结果样品均进行测序,进一步验证所建立的GeXP检测方法的可靠性。结果显示,单重或多重模板的GeXP检测均能特异性扩增出相应片段,不能扩增其他常见鸭病病原体,并且可在103拷贝·μL-1水平上同时特异地检测出9种鸭病原体。GeXP干扰性试验结果显示,当3种不同浓度的模板组合时,本试验所建立的方法依然可同时检测出所有病原体,与单重检测比较,未影响其检出。比较GeXP多重PCR方法和普通PCR方法对150份临床样品的检测结果,结果显示GeXP方法更为敏感与准确。笔者建立的同时鉴别9种鸭病毒病的GeXP多重PCR检测方法,具有高通量、特异性强和灵敏度高的特点,为混合感染的鸭病毒病临床样品提供了快速分子诊断新方法。

7种食源性致病菌GeXP多重PCR检测方法的建立及其应用

本研究旨在建立一种能够同时鉴别包括大肠杆菌O157:H7、沙门菌、空肠弯曲菌、单核细胞增生李斯特菌、霍乱弧菌、副溶血弧菌和金黄色葡萄球菌7种常见食源性致病菌的GeXP多重PCR检测方法。根据这些致病菌在GenBank上公布的保守基因序列,设计合成了7对特异性GeXP引物。用单一或混合细菌样品的DNA模板优化反应条件,设置对照组,构建重组质粒,随机组合不同浓度的样品,验证所建立的GeXP方法的特异性、敏感性和准确性。最后用该方法检测120份临床样品,进一步验证所建立的GeXP检测方法的准确性和可靠性。结果显示,单一或混合模板的GeXP检测均能特异性出现相应清晰峰值,可在10~3拷贝·μL^-1水平上同时特异地检测出7种细菌病原体,不同浓度模板混合时,本试验所建立的方法依然可检测出对应病原体。检测120份临床样品,GeXP多重PCR阳性率为2.50%(3/120)~15.83%(19/120),普通PCR阳性率为2.50%(3/120)~15.00%(18/120),GeXP多重PCR多检出8份阳性,表明GeXP方法更为敏感与准确。本研究建立的同时鉴别7种食源性致病菌的GeXP多重PCR检测方法,具有高通量、特异性强和敏感性高的特点,为食源性常见致病菌感染或混合感染提供了快速分子诊断方法。

疟原虫种属同检多重PCR方法的建立和应用

目的建立高效的疟原虫种属特异性检测方法。方法设计疟原虫种(核糖体18S rRNA,4对)和属(线粒体基因,1对)特异性引物,与通用引物(5′-CGAGTCCTGCGGTCTCAAATT-3′)连接后,形成5对嵌合特异性引物。常规PCR确定各对引物的最佳退火温度和引物浓度,多重PCR优化5对引物混合后的最佳反应条件,建立反应体系(命名为P5-mPCR方法)。用P5-mPCR检测不同原虫密度的间日疟原虫(Pv)、三日疟原虫(Pm)、卵形疟原虫(Po)、恶性疟原虫(Pf)感染者血样和模拟混合感染样品,确定P5-mPCR方法的检测灵敏度。用日本血吸虫、刚地弓形虫、杜氏利什曼原虫、猪囊尾蚴、卫氏并殖吸虫、隐孢子虫等其他寄生虫感染者血样或虫体DNA评价P5-mPCR方法的特异性。用212份疟疾送检血样,与巢式PCR方法比较评价其应用价值。结果优化后的P5-mPCR反应体系各组分含量(体积比)为:DNA模板10%、引物Mix 5%、dd H_2O 35%,Taq酶预混液50%。反应体系的最佳循环条件为:95℃ 5 min;94℃ 15 s,58℃ 20 s,72℃ 20 s,循环5次;94℃ 15 s,62℃ 20 s,72℃ 20 s,循环10次;94℃ 15 s,68℃ 20 s,72℃ 20 s,循环25次;72℃ 3 min;10℃ 5 min。扩增产物的长度分别为:Pv 778 bp,Pm 582 bp,Po 400 bp,Pf 256 bp,疟原虫属334 bp。其检测灵敏度分别为4.49、5.45、6.39、4.07个虫/μl血(种特异性检测平均值为4.85个虫/μl血)和0.10~1.07个虫/μl血(属特异性检测的平均值为0.41个虫/μl血)。P5-mPCR检测含有50~200个虫/μl血的模拟混合样品,各特异性扩增条带均清晰可见;检测日本血吸虫、刚地弓形虫、杜氏利什曼原虫、猪囊尾蚴、卫氏并殖吸虫、隐孢子虫等其他寄生虫样品,结果均为阴性。巢式PCR和P5-mPCR检测212份疟疾送检血样,两种方法检测结果的一致性较高(Kappa=0.866,P<0.01),检出的阳性率分别为75.0%(159/212)和79.7%(169/212),差异具有统计学意义(χ~2=8.100,P<0.01)。从分型诊断来看,两者的差异主要来源于Pf(P<0.01)和Po(P<0.05)样品,对Pv、Pm和混合感染血样的检测结果,两种方法差异无统计学意义。结论建立的P5-mPCR方法具有敏感性高,特异性好,操作简便快速,检测结果易于判断,一次反应即可确定4种人体疟原虫。