青蟹呼肠孤病毒和青蟹双顺反子病毒-1双重巢式PCR检测方法的建立

青蟹呼肠孤病毒(mud crab reovirus,MCRV)和青蟹双顺反子病毒-1(mud crab dicistrovirus-1,MCDV-1)是从近年发生大规模死亡的养殖拟穴青蟹体内分离的、对青蟹具有致病性的两种病毒。它们常常同时存在,给青蟹养殖业带来巨大经济损失。在疾病的防治中,快速高效的病毒检测方法对疾病诊断以及及时采取有效地防治措施具有重要的意义。本研究利用MCRV和MCDV-1基因保守区设计4对引物,建立了可同时检测这两种病毒的双重巢式PCR(duplex-nested PCR)检测方法。研究发现该方法对两种病毒的检测限都可以达到10个拷贝,并与鲍肌肉萎缩病毒(AbSV)、虾类传染性表皮与造血组织坏死症病毒(IHHNV)、大菱鲆红体病虹彩病毒(TRBIV)、对虾白斑综合症病毒(WSSV)、鱼类神经坏死病毒(NNV)和贝类急性病毒性坏死症病毒(AVNV)等水生动物常见病毒均无交叉反应,可以特异性地检测两种病毒。本方法具有高灵敏度、高特异性和简便快捷等特点,可作为一种快速诊断工具,检测拟穴青蟹中的MCRV和MCDV-1基因。

沙地葡萄茎痘伴随病毒双重巢式RT-PCR检测方法的建立与应用

根据GenBank数据库中的沙地葡萄茎痘伴随病毒(grapevine rupestris stem pitting-associated virus,GRSPaV)全基因组序列设计了2组巢式RT-PCR检测引物repF1/R1→repF2/R2和cpF1/R1→cpF2/R2,扩增片段分别为902 bp和438 bp。通过对第1轮PCR扩增中引物组合repF1/R1-cpF1/R1、dNTPs、Taq DNA聚合酶和cDNA用量的优化,以及第2轮PCR扩增中引物组合repF2/R2-cpF2/R2、dNTPs和Taq DNA聚合酶用量的优化,建立了GRSPaV双重巢式RT-PCR检测方法。采用该方法对109份葡萄样品进行检测,结果显示,2对普通PCR引物RSP 52/53和RSP 9F/9R的合计检出率为65.1%,2组单一巢式PCR引物repF1/R1→repF2/R2和cpF1/R1→cpF2/R2的检出率总和为93.6%,而双重巢式PCR引物组合repF1/R1-cpF1/R1→repF2/R2-cpF2/R2的检出率也达到93.6%。该技术在保证检测效率的基础上降低了检测成本,适用于大量田间样品的检测。

基于一步法RT-PCR的瓜类单粒种子携带CGMMV的快速检测技术

为探究直接检测瓜类单粒种子携带黄瓜绿斑驳花叶病毒(CGMMV)的快速检测技术,以一步法RT-PCR为基础,构建同时扩增CGMMV基因组3′端和5′端基因的(一步法)双重RT-PCR、双重IC-RT-PCR和巢式双重IC-RT-PCR技术,灵敏度分别为10-3、10-3、10-4,巢式双重IC-RT-PCR灵敏度比双重RT-PCR、双重IC-RTPCR高10倍。对不同种质、不同来源的种子及种子的不同部位进行检出率比较,巢式双重IC-RT-PCR检出率高于其它2个检测技术,试验种子种表带毒检出率高于种子组织研磨物,商用种子种表带毒检出率低于种子组织研磨物。为有效阻断毒源,建议同时对种表和种子组织研磨物进行检测,种表采用双重RT-PCR检测,种子组织研磨物采用双重IC-RT-PCR或巢式双重IC-RT-PCR检测。

甘蔗宿根矮化病菌PCR检测技术研究

以甘蔗茎组织总DNA为模板,以16S rRNA基因赖氏细菌属(L eif son ia)通用引物为第一轮引物、甘蔗宿根矮化病菌(L eif son ia xy li subsp.xy li,Lxx)亚种特异引物为第二轮引物建立了Lxx巢式PCR检测技术。根据已报道的Lxx巴西分离物基因组全序列(G enB ank登录号AE 016822.1)设计了扩增致病相关基因片段的3个引物对,经多种组合进行了RCR检验,筛选出两个特异性好、灵敏高的引物对,建立了Lxx的多重PCR检测技术。克隆测序表明,PCR产物与巴西分离物基因组相应区段同一率为99%以上,从而证实了上述PCR技术的正确性。检测结果表明,广东样品的阳性率为90%,海南样品的阳性率为60%。

猪囊等孢球虫和十二指肠贾第虫双重巢式PCR检测方法的建立与应用

为建立同步检测猪囊等孢球虫和十二指肠贾第虫的方法,根据猪囊等孢球虫SSU rRNA和十二指肠贾第虫gdh基因位点建立并优化了一套双重巢式PCR方法,同时对该方法的敏感性、特异性和重复性在临床样品检测中进行验证。结果显示,利用该双重巢式PCR扩增的SSU rRNA和gdh目的产物大小分别为530和432 bp,与单病原巢式PCR的检测结果一致。该方法对猪囊等孢球虫和十二指肠贾第虫的检测下限分别为3.85×10^(-4)和5.51×10^(-3)ng/μL;与毕氏肠微孢子虫、安氏隐孢子虫和大肠杆菌基因组DNA均无交叉反应;利用单巢式PCR和建立的双重巢式PCR方法分别对河南省部分地区的212份猪粪便样品进行特异性扩增,结果显示单巢式PCR与双重巢式PCR检测结果的符合率为100%。本研究首次成功建立了特异性强、灵敏度高的猪囊等孢球虫和十二指肠贾第虫双重巢式PCR检测方法,为猪肠道原虫分子流行病学调查提供了更高效的技术手段。

单细胞双重巢式PCR扩增X、Y染色体STS、AMEL同源序列行性连锁遗传病诊断

目的在单细胞水平建立一种简便、快速、高准确性的胎儿性连锁遗传疾病诊断方法，为无创性产前诊断性连锁遗传病和植入前遗传学诊断提供一定的理论与方法学依据。方法提取男女单个淋巴细胞各150例，共300个细胞。随机分成3组，每组男女细胞各50个，双重巢式PCR技术在单细胞水平同时扩增X-类固醇硫酸脂酶基因（steroid sulfatase gene，STS）／Y-假基因和牙釉质基因（amelogenin gene，AMEL），对照组用单重巢式PCR技术在单细胞水平分别扩增两基因，比较单、双重巢式PCR技术在单细胞水平的扩增率及性别诊断正确率。结果单重巢式PCR扩增男性细胞STS和AMEL的扩增率和性别诊断正确率分别是84％、76％和84％、84％；而双重巢式PCR技术同时扩增上述基因的扩增率和性别诊断正确率分别为98％、96％。后者与前两者相比扩增率和性别诊断正确率均明显提高，差异均有统计学意义（P〈0．05，P〈0．01）。结论在单细胞水平性连锁遗传疾病诊断中，双重巢式PCR技术较单重巢式PCR技术具有较高的扩增率及正确率，并有助于发现等位基因脱扣。该法在无创性单基因伴性遗传病的产前诊断和植入前遗传学诊断中具有较高的实际应用价值。

基于不同PCR方法的Ⅱ型鲤疱疹病毒检测技术研究

异育银鲫"鳃出血病"是一种因感染了鲤疱疹病毒Ⅱ型(Cy HV-2)而引起的疾病,近年来给江苏异育银鲫养殖业造成了巨大的经济损失。为了能够建立及时、有效检出Ⅱ型鲤疱疹病毒的技术,本研究在克隆了Cy HV-2解旋酶基因和三联体蛋白基因的基础上,建立了检测CyHV-2的普通PCR、双重PCR、巢式PCR、环介导等温扩增、实时荧光定量PCR等方法,并对这5种PCR技术检测Cy HV-2的灵敏性进行了系统研究。结果表明,针对CyHV-2病毒的解旋酶基因和三联体蛋白基因,普通PCR能够检测出的极限值是2.4×10~4 copies/μL,双重PCR是1.4×10~4 copies/μL,巢式PCR是2.4×10^(-2)copies/μL,荧光定量PCR是2.4×10^(-2)copies/μL,环介导等温扩增是3.5×10~2 copies/μL。通过采用以上方法对从不同地区采集的54尾异育银鲫提取的DNA为模板进行临床检验,测定不同检测方法的阳性检出率。结果表明,实时荧光定量PCR和巢式PCR的检出率很高,分别为89%和90.7%;普通PCR的检出率最低,为68.5%。综合检测灵敏度和阳性检出率,环介导等温扩增(LAMP)是一种适用于生产实践的能有效检测CyHV-2的良好技术。