羊种布氏杆菌M5-90△26基因缺失疫苗双重实时荧光定量PCR方法的建立

为了寻找一种能够鉴别布氏杆菌M5-90△26疫苗株与其他布氏杆菌菌株的双重实时荧光定量PCR检测方法。针对布氏杆菌菌株的16S rRNA和Bp26基因,各设计一套引物和探针,并优化反应体系和反应程序。以布氏杆菌A19、S2、M5-90和M5-90△26四种疫苗株以及大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、李斯特菌、沙门氏菌、链球菌进行双重荧光定量PCR扩增,评价该方法的特异性。克隆构建PCR_16S rRNA_Bp26标准品,通过倍比稀释进行双重荧光定量PCR扩增,评价该方法的灵敏度。使用该方法与虎红平板凝集试验、试管凝集试验进行检测结果对比,评价该方法的可行性。结果显示,本方法特异性好,布氏杆菌A19、S2、M5-90三种疫苗株均同时出现Bp26基因和16S rRNA基因的扩增,布氏杆菌M5-90△26疫苗株只出现16S rRNA基因的扩增,大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、李斯特菌、沙门氏菌、链球菌均未出现扩增曲线。该方法建立的16S rRNA基因序列扩增通道和Bp26基因序列扩增通道对标准品的最低检测限均达5 copies/μL。该方法对临床样本的检测结果与虎红平板凝集试验、试管凝集试验检测结果符合率较高,说明建立的羊种布氏杆菌M5-90△26基因缺失疫苗双重实时荧光定量PCR检测方法可用于临床的检测,为鉴别布氏杆菌M5-90△26疫苗株免疫与布氏杆菌野毒株感染提供一种可行的检测方法。

刍议活动性肺结核早期检验中半巢式全自动实时荧光定量PCR检测与涂片抗酸染色法的应用研究

目的评估半巢式全自动实时荧光定量PCR检测与涂片抗酸染色法在活动性肺结核早期检验中的应用效能。方法选取2022年9月—2023年9月于平邑县结核病防治所就诊的90例疑似肺结核患者为研究对象,采用Xpert MTB/RIF技术、涂片抗酸染色法检验及简单法固体培养法同时检测90例疑似肺结核患者痰标本,对检测结果进行比较。结果以固体培养结果作为金标准,痰培养阳性率85.56%,阴性率14.44%。Xpert MTB/RIF阳性率84.44%、阴性率15.56%。涂片抗酸染色法检验阳性率48.88%、阴性率51.11%。Xpert MTB/RIF检验的灵敏度97.40%、准确度96.67%、阳性预测值98.68%以及阴性预测值85.71%均高于涂片抗酸染色法检验50.64%、52.22%、88.64%、17.39%,差异有统计学意义(χ^(2)=43.768、46.722、5.922、22.546,P均<0.05)。结论与涂片抗酸染色法相比,在活动性肺结核早期检验中采用半巢式全自动实时荧光定量PCR检测(Xpert MTB/RIF)的应用效能更高。

巢式-荧光定量PCR技术快速检测生殖支原体

目的建立生殖支原体巢式-荧光定量PCR快速检测技术。方法针对生殖支原体MgPa基因的保守片段(1414~1561bp),利用Primer express3.0设计引物及探针,巢式PCR扩增临床样本,纯化后克隆到载体,制备阳性标准品。优化PCR反应条件,研究其特异性、灵敏性和重现性。结果构建了含MgPa基因的重组质粒,以不同浓度的重组质粒制作标准曲线,在101~109拷贝数之间有较好的线性关系。该方法检测阳性率高达15.4%,能特异性检测生殖支原体,而人型支原体、解脲脲原体、沙眼衣原体等检测为阴性;灵敏度高,可检测到10个拷贝数;3组重复试验的变异系数均小于3%。结论本研究建立了生殖支原体的快速检测技术,具有检测阳性率高、特异性强、灵敏度高、重现性好等特点。

非洲猪瘟病毒一步法巢式锁核酸荧光定量PCR方法的建立

试验基于非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)B646L(P72)蛋白基因序列,建立一种高灵敏度和高特异性的检测方法。采用Oligo 7软件设计一步法巢式锁核酸荧光定量PCR(One Step NestedLocked Nucleic Acid real-time PCR,LNA-OSN-PCR)的嵌套引物以及探针,并对外引物进行锁核酸修饰。建立并优化LNA-OSN-PCR反应体系和条件,确立LNA-OSN-PCR标准曲线,并检验LNA-OSN-PCR方法的灵敏度、特异性和重复性。采用LNA-OSN-PCR方法,对96份临床疑似患病样品进行检测,同时与普通荧光探针PCR方法进行比较。试验确立并优化了LNA-OSN-PCR的反应条件和体系,建立的LNA-OSN-PCR标准曲线,具有较好的线性(R2=0.9945)。该方法的最低检测限为3×10^(-1)copies/μL,变异系数小于3%,并且与其他病毒或细菌核酸无交叉反应。LNA-OSN-PCR方法与OIE推荐的荧光定量PCR方法比较,检测灵敏度提高10~100倍,在对96份临床疑似患病核酸样品进行检测中,检出55份阳性,41份阴性,比常规的荧光定量PCR具有更高的阳性检出率。并且能获得典型的扩增曲线。试验结合一步法巢式PCR和锁核酸修饰,建立了ASFV一步法巢式锁核酸荧光定量PCR,为检测ASFV提供一种高灵敏度和高特异性且经济实惠的检测方法。

转基因抗除草剂大豆ZH10-6转化体特异性定量检测体系的建立

以新型转基因抗除草剂大豆ZH10-6外源插入片段的旁侧序列为靶标,建立了转化体特异性实时荧光PCR和单通道微滴式数字PCR精准定量检测体系,并邀请8家农业农村部检测中心对检测方法的准确性进行验证。结果表明:该转化体特异性实时荧光定量检测方法具有良好的特异性、重复性及广泛的适用性,定量极限达到50 copies∕μL,检测极限达到5 copies∕μL。该检测方法有望作为检测标准用于转基因抗除草剂大豆ZH10-6的定量检测,为该大豆品系的商业化应用及转基因标识等监管提供技术支撑。

巢式实时荧光定量PCR检测RA患者外周血单个核细胞TGF-βRⅡmRNA

目的建立检测人外周血单个核细胞(PBMC)中转化生长因子βⅡ型受体(TGF-βRⅡ)mRNA实时荧光定量PCR方法,并探讨其在RA中的临床意义。方法跨内含子设计外引物,并根据扩增片段,设计一对内引物,采用巢式实时荧光定量PCR(nested-real-time-PCR)方法。首次扩增采用减少引物、酶浓度、及循环次数的方法保持扩增片段的高度特异性,再进行第二次PCR扩增作实时荧光定量检测,同时以β-actin作内参,二者比值作为TGF-βRⅡ表达水平指标。结果Ct值和模板起始浓度对数值之间具有良好的线性关系(r2=0.999);检测最低浓度可达101拷贝。RA患者组和健康对照组的TGF-βRⅡ与β-actin的比值分别为0.45±0.11和0.37±0.10,两者有显著差异(P<0.01);RA治疗前、后两者比值分别为0.46±0.11和0.40±0.11,治疗后下降13.0%。结论巢式实时灾光定量PCR检测PBMC中TGF-βRⅡmRNA的方法简便,特异,重复性好,可信度高,其表达水平对RA具有一定的诊断价值,并可作为评价该病治疗效果的一种方法。

抗逆大豆IND-ØØ41Ø-5转化体特异性定量PCR检测方法的建立及其标准化

【目的】抗逆大豆IND-ØØ41Ø-5已获得中国进口加工原料安全证书,建立一种特异、准确、灵敏的抗逆大豆IND-ØØ41Ø-5转化体特异性实时荧光定量PCR(qPCR)检测方法,为抗逆大豆IND-ØØ41Ø-5在中国的安全监管提供精准测量技术。【方法】首先利用Beacon designer 8.0软件对抗逆大豆IND-ØØ41Ø-5转化体5′端旁侧序列设计18对引物探针,结合1对罗萨里奥农业生物技术学院公司提供的引物探针,随后采用qPCR技术对引物探针进行特异性筛选,遴选出1对候选引物探针;设置实时荧光定量PCR的引物/探针浓度梯度,优化qPCR方法的反应体系;设置不同类型的特异性测试样品测试方法的特异性;以纯合抗逆大豆IND-ØØ41Ø-5基因组DNA作为标准样品,梯度稀释成标准溶液模板,绘制标准曲线,考察qPCR方法的线性动态范围,配置拷贝数比值为5%、1%和0.1%的测试样品,评价定量方法的准确性;配置拷贝数比值为0.05%和0.025%的样品,测试方法的检出限;拷贝数比值为0.1%的样品经16次定量测试,确定方法的定量限;最终确定抗逆大豆IND-ØØ41Ø-5转化体特异性实时荧光定量PCR检测方法的关键技术参数。8家有资质单位对该定量PCR方法的特异性、检出限、定量限、准确性等进行验证,采用柯克伦法和格拉布斯法评估qPCR方法的重复性和再现性,利用线性最小二乘法对准确性样品测试结果的测量不确定度进行预评定。【结果】通过特异性筛查确定RBORD-F1/RBORD-R1/RBORD-P1引物探针为候选组合,建立了抗逆大豆IND-ØØ41Ø-5转化体特异性qPCR方法,扩增片段为138 bp,优化的反应体系引物终浓度为0.4μmol·L-1、探针终浓度为0.2μmol·L-1;IND-ØØ41Ø-5和Lectin标准曲线的线性动力学范围为33—83190 copies的基因组DNA,该方法可准确定量5%、1%和0.1%含量的IND-ØØ41Ø-5测试样品,偏差和相对标准偏差(RSD)均小于25%;确定检出限为0.05%、定量限为0.1%。8家实验室间联合验证该方法稳定性好、特异性强,检出限为0.05%,定量限为0.1%,且具备良好的实验室间重复性和再现性,经测量不确定度预评定后,获得5份抗逆大豆IND-ØØ41Ø-5测试样品的测量结果分别为(0.10±0.02)%、(0.53±0.09)%、(1.05±0.18)%、(2.05±0.34)%和(5.18±0.87)%,结果准确可靠。【结论】成功建立了抗逆大豆IND-ØØ41Ø-5转化体特异性实时荧光定量PCR检测方法,能够实现抗逆大豆IND-ØØ41Ø-5转化体成分的精准定量检测。

鸡IFN-α和IFN-β及IFN-γ基因实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

根据GenBank上鸡α-、β-、γ-干扰素（ChIFNα-、β-、γ-）基因的序列，在保守区设计并合成各自特异引物，并以鸡3-磷酸甘油脱氢酶（GAPDH）基因为内参，采用SYBRGreen工染料以建立实时荧光定量PCR检测方法。将IFNα-、β-、γ-基因克隆至pGEM-T载体上，以各阳性质粒作为标准品，构建标准曲线，并进行了熔解曲线分析。结果表明，鸡IFNα-、β-、γ-和GAPDH基因的C1值与标准品稀释度在1×10^2～1×10^8 copies／μL范围分别呈良好的线性关系，r^2均大于0．990。熔解曲线分析表明，产物为特异的单峰，检测周期从RNA提取到荧光定量PCR结束只需4h。建立的鸡IFNα-、β-、γ-基N实时荧光定量PCR灵敏度高、特异性强、检测周期短，为在mRNA水平对鸡IFN的定量分析奠定了基础。

人端粒酶催化亚单位mRNA的实时荧光RT-PCR定量检测

目的 :建立可定量测定人端粒酶催化亚单位 (hTERT)mRNA的实时荧光反转录PCR方法。方法 :用Trizol 试剂从HepG2细胞中分离总RNA ,然后反转录为cDNA。利用一对基因特异引物和一条TaqManMGB探针 ,以实时荧光PCR定量hTERT的cDNA。同时定量测定人 β 肌动蛋白 (hBA)的mRNA作为内对照。用梯度稀释的克隆的人 β 肌动蛋白基因制作标准曲线。结果 :标准曲线的相关系数为 1.0 0。实时荧光反转录PCR方法的平均变异系数为 7.1%。HepG2细胞hTERTmRNA与hBAmRNA的比值为 (1.3± 0 .3)× 10 -4。结论 :建立了可定量测定人端粒酶催化亚单位 (hTERT)mRNA的实时荧光反转录PCR方法。

牛奶β-乳球蛋白质实时荧光定量PCR检测方法的建立

建立一种快速、特异、灵敏的Taqman实时荧光定量PCR（real-time PCR）方法,用于牛奶主要过敏原β-乳球蛋白质的检测。根据Gen Bank登录的牛β-乳球蛋白质的DNA序列设计,合成一对特异性引物和探针。将扩增产物连接到p MD19-T载体上,制备质粒标准品并测序鉴定,10倍梯度稀释含有β-乳球蛋白质基因的重组质粒,进行实时荧光定量PCR扩增,绘制标准曲线,检测该方法的特异性、稳定性、灵敏性,同时将建立的方法用于10种市售食品的检测。成功建立了β-乳球蛋白质的实时荧光定量PCR检测方法,标准曲线的Ct值与模板浓度在3.18×103~3.18×107copies范围内线性关系良好,R2值为0.997 8;检测灵敏度高（318 copies/μL）;特异性强,对羊奶、豆浆DNA均无扩增反应;稳定性好,组内、组间的变异系数均在5%以内。对10种食品牛奶过敏原的检测结果与标签相符。表明所建立的实时荧光定量PCR方法可应用于食品中牛奶过敏原β-乳球蛋白质的检测并可推广到其它过敏原的检测。

实时荧光定量PCR技术在转基因大豆A5547-127检测中的应用

采用实时荧光定量PCR技术检测耐除草剂转基因大豆A5547-127,并对检测方法的精确度和准确度指标进行评估,分析检测方法的特异性和适用性。结果表明,定量PCR检测方法的LOD和LOQ分别是1和10copies.μL-1,检测方法试验得到的所有偏差值均在允许范围之内,表明建立的定量PCR检测方法能够为转基因大豆A5547-127提供科学的定量检测依据,为转基因作物的鉴定、检测提供新方法。

转基因大豆DAS44406-6多重荧光定量PCR检测方法的建立

本文针对大豆内源基因Lectin和转基因大豆DAS44406-6品系的5'端插入位点序列,设计特异性引物及探针,建立同时检测转基因大豆DAS44406-6品系和大豆内源基因Lectin的多重荧光定量PCR方法,并运用15种转基因大豆、3种转基因玉米、1种转基因油菜、1种转基因水稻和非转基因大豆对该方法进行特异性评价,并分析该方法的灵敏度和稳定性。结果显示,该方法能准确从20种转基因样品和1种非转基因样品中检出靶目标,检测结果与待检样品信息一致,表明本方法具有良好的特异性;灵敏度高达0.01%;重复性实验表明DAS81419品系4种含量、9次重复反应Ct值的标准偏差介于0.050~0.222,相对标准偏差介于0.169%~0.677%,均在可接受范围内。该方法特异性强、灵敏度高、稳定性强,适用于各口岸实验室进行转基因大豆DAS44406-6的快速、准确的检测。

实时荧光定量PCR检测小鼠脑组织中3-羟基丁酸受体基因PUMA-G的转录表达

目的检测小鼠海马、下丘脑、额叶皮质和颞叶皮质组织中的3-羟基丁酸和烟酸受体基因PUMA-G(protein upregulated in macrophages by IFN-g)的转录表达。方法采用试剂盒法提取脑组织总RNA,分光光度法测定RNA的含量和纯度,变性凝胶电泳检测RNA的完整性,实时荧光定量PCR技术检测PUMA-G的转录表达。结果与阳性对照组(心肌组织)一样,PUMA-G在小鼠海马、下丘脑、额叶皮质和颞叶皮质组织中均有转录表达,其循环阈值(cycle threshold,Ct)低于40个循环数。但是各种脑组织中的转录表达水平不同,其中下丘脑的表达量最高,其Ct值为35.39±0.57,与阳性对照组35.15±0.31相似,而颞叶皮质中的表达最低,其Ct值为38.67±0.90,海马和额叶皮质的Ct值分别为37.59±0.60和37.75±0.51。结论通过实时荧光定量PCR技术检测到PUMA-G在小鼠脑组织中的转录表达。

菠萝凋萎相关病毒-3实时荧光定量PCR检测方法的建立

【目的】建立菠萝凋萎相关病毒-3实时荧光定量PCR检测方法。【方法】根据PMWa V-3外壳蛋白基因的保守区域设计特异性引物和探针,通过优化PMWa V-3实时荧光定量PCR检测体系,构建以重组质粒为标准品的标准曲线,建立起PMWa V-3实时荧光定量PCR检测方法。【结果】该方法能特异性地检测PMWa V-3,且灵敏度是普通RTPCR的10倍;该方法重复性良好,组间和组内变异系数均小于1.73。【结论】建立的实时荧光定量PCR方法是一种快速、简便、可信度高的PMWa V-3定量检测方法。

牛奶α-乳白蛋白基因实时荧光定量PCR检测方法的建立

采用Taqman探针技术,建立食品中牛奶过敏原α-乳白蛋白基因的实时荧光定量PCR检测方法。根据α-乳白蛋白基因序列设计特异性引物及Taqman探针进行PCR扩增,构建质粒,经酶切鉴定测序后,建立拷贝数（copies）-Ct标准曲线。成功克隆α-乳白蛋白目的基因,建立的标准曲线在1.12×10^3-1.12×10^8 copies范围内线性关系良好,灵敏度高,液体样品检测限达到1 000copies/mL,特异性强,稳定性好。该法可用于实际商品中牛奶过敏原α-乳白蛋白组分的定量检测。

梅迪-维斯纳病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立

为建立检测梅迪-维斯纳病毒(MVV)的TaqMan实时荧光定量PCR方法,本研究根据MVV核苷酸保守序列设计引物和探针。以梯度稀释的含有MVV目的扩增片段的重组质粒作为标准品,进行定量PCR反应。结果显示:5.0×105～5.0×101拷贝范围内定量PCR均有"S"型扩增曲线,检测灵敏度为50拷贝。对羊的其他病毒核酸均无扩增反应。本研究建立的实时定量PCR方法,灵敏度高,特异性好,在MVV的快速检测中具有良好的应用前景。

番木瓜ζ-胡萝卜素脱氢酶基因时空表达的荧光定量PCR分析

ζ-胡萝卜素脱氢酶(ZDS)是类胡萝卜素生物合成过程中的关键酶之一,它催化ζ-胡萝卜素转化成链孢红素,并催化链孢红素向番茄红素的转化。ZDS是限速酶,在植物果实颜色和花色发育过程中起着重要作用。本研究以番木瓜黄果品种Dwarf solo和红果品种Sunrise solo为材料,采用实时荧光定量PCR SYBR GreenI荧光染料法,对2个番木瓜品种的不同组织器官及果实发育成熟过程中的ZDS基因在转录水平上的表达进行了相对定量分析。结果表明,2个番木瓜品种的果实、花、叶片中均可检测到ZDS基因在转录水平上的表达,但表达量存在组织和部位上的差异。ZDS基因在成熟果实中的表达量比花中的高,花中的比叶中的高。ZDS基因在Sunrisesolo(红果肉)番木瓜果实发育成熟过程中的表达逐渐增强,且变化显著,而在Dwarf solo(黄果肉)番木瓜果实早期表达增强,成熟后期则表达趋为稳定。2个番木瓜品种成熟果肉中ZDS基因表达量存在差异,红果肉中的表达量高于黄果肉。

双重荧光实时定量PCR法检测TNF-α mRNA表达水平

目的:建立单管检测肿瘤坏死因子-α(TNF-α)和内参GAPDH mRNA表达水平的双重荧光实时定量PCR方法。方法:脂多糖刺激小鼠巨噬细胞Ana-1后提取细胞RNA,经反转录合成c DNA,应用自行设计的不同荧光标记的TNF-α和GAPDH引物探针,经PCR扩增后,在FAM通道和CY5通道分别读取Ct值,同时应用基因测序技术对结果进行验证,并构建质粒标准品分析该方法的灵敏度和重复性。结果:双重荧光实时定量PCR法检测TNF-α的灵敏度达4×101拷贝/μL,检测线性范围可达6个数量级,批内和批间重复性好。结论:新方法消除了目的基因与内参的加样误差,节约成本,快速准确,适用于TNF-αmRNA的定量检测。

甲基化DNA免疫沉淀-荧光实时定量PCR检测人精浆游离DNA睾丸和附睾特异性甲基化启动子

目的:建立检测精浆游离DNA(cfsDNA)启动子甲基化水平的甲基化DNA免疫沉淀-荧光实时定量PCR(MeDIP-qPCR)方法。方法:提取精液参数正常(6例)和输精管结扎(6例)男性的cfsDNA,将两组不同个体的cfsDNA分别进行混合,超声处理后形成DNA片段,通过MeDIP分离甲基化DNA片段,然后用qPCR方法检测启动子甲基化水平。结果:精液参数正常组的PRAME、PEG10、MORC1、GML、HOXA5、DNMT3L、SNURF、MSH4、DAZ1和CLPB启动子甲基化水平分别为14.93%、2.64%、0.69%、2.66%、17.50%、21.10%、5.98%、2.28%、13.50%和3.86%,明显低于输精管结扎组的121.25%、73.62%、16.25%、42.90%、76.74%、112.40%、59.79%、25.85%、91.90%和64.53%。其中,PRAME、MORC1、GML、HOXA5、DNMT3L、SNURF、MSH4和DAZ1等8个启动子MeDIP-qPCR的检测结果与启动子甲基化芯片结果一致。结论:通过MeDIP-qPCR方法可以定量检测到cfsDNA中的特异性启动子甲基化,为确定cfsDNA中睾丸和附睾特异性甲基化启动子提供了有效途径。

应用SYBR荧光实时定量RT-PCR法检测TGF-β1诱导瘢痕疙瘩成纤维细胞中PAI-1mRNA表达

目的应用SYBR荧光实时定量RT—PCR法检测转化生长因子-β1（transforming growth factor betal，TGF-β1）诱导瘢痕疙瘩成纤维细胞（keloid fibroblasts，KFS）中纤溶酶原激活物抑制剂-1（plasminogen activator inhibitor1，PAI-1）mRNA的表达。方法体外分离培养KFs，应用不同浓度（1．25～20pmol·L-1）TGF-β1刺激KFs3h或TGF-β1（10pmol·L-1）刺激KFs不同时间（0．5～6h），采用SYBRGreenI荧光实时定量RT—PCR法检测，以B—actin基因作为内参，计算各组PAI-1mRNA的相对表达量。结果与空白对照组相比，TGF-β1能明显诱导KFs中PAI-1mRNA的表达，10、20pmol·L-1浓度组表达比值分别增至4．19及4．44倍（P〈0．01）；TGF-β1（10pmol·L。）的1、2h时问组表达比值分别增至2．29及2．41倍（P〈0．05），3、6h时间组分别增至4．19及5．83倍（P〈0．01）。提示，TGF-β1诱导KFs中PAI=1mRNA表达的最适浓度为10pmol·L-1、最适时间为3h。结论利用SYBR荧光实时定量RT—PCR法检测TGF-β1诱导KFs中PAI-1mRNA的表达，为进一步研究瘢痕疙瘩中TGF-β1信号通路的靶基因调控机制，以及开发治疗瘢痕疙瘩的新药提供了基础。