巢式PCR扩增IS6110技术用于诊断结核病的实验研究

目的 : 探讨巢式聚合酶链反应 (PCR)技术在部队结核病患者诊断中的实用价值。方法 :根据结核分枝杆菌特有的插入序列IS6110基因序列 ,设计内外引物组成套式PCR ,用于结核分枝杆菌DNA的检测 ,并与Bactec快速培养法和涂片抗酸染色镜检法比较。结果 :套式PCR对分枝杆菌参考菌株的检测 ,仅人型和牛型结核分枝杆菌呈阳性。检测 2 4例非结核病患者痰标本呈阴性。以巢式 -PCR ,Bactec快速培养法和抗酸染色涂片法分别检测 116份可疑结核病患者痰标本 ,阳性率分别为 67.2 % ,4 0 .5 % ,37.1%。培养与涂片阳性者 ,PCR检测均呈阳性 ,巢式 -PCR检出率明显高于后两法结果 ,且有显著性差异 (P <0 .0 1)。结论 :巢式 -PCR用于部队结核病患者的实验室诊断 ,具有灵敏、特异、准确、快速的特点 ,有较好的实用价值。

河北省2008年HIV-1感染者分子流行病学研究

目的利用分子生物学方法,了解2008年河北省新发现的感染者艾滋病病毒1型(HIV-1)毒株基因亚型的分布和变异情况。方法采集2008年河北省检测新发现的HIV-1感染者血样,提取血浆病毒RNA,使用套式聚合酶链反应对gag基因区和env基因区进行扩增并测定其序列。结果采集血样64份,扩增后获得序列共56份,共存在5种亚型。河北省HIV-1流行株主要为B亚型毒株,占43.1%(25/64);其次是CRF01-AE和CRF07-BC亚型毒株,各占25.9%(15/64)。结论河北省发现了5种HIV-1亚型毒株,B亚型毒株是主要的流行株,CRF01-AE亚型毒株所占比例较以往(2007年)有所下降。CRF-BC亚型毒株所占比例明显上升。可见,随着HIV-1流行时间的推移和传播途径的多样化,HIV-1流行的亚型比例也在发生变化。

EB病毒基因BARF1在鼻咽癌中的表达及其意义

目的 EB病毒与鼻咽癌 (特别是低分化鳞癌 )密切相关。BARF1基因是EBV裂解期中的早期基因 ,本研究通过检测BARF1基因在鼻咽癌组织中的表达 ,希望能进一步揭示EB病毒与鼻咽癌的关系及致癌的可能机制。方法 对经病理确诊的 4 7例鼻咽低分化鳞癌病人分别取癌组织、癌旁组织及相对正常鼻咽黏膜和 13例其他头颈部恶性肿瘤癌组织及 8例正常人鼻咽黏膜组织 (均证实有EB病毒潜伏感染 ) ,采用巢式 -PCR技术检测BARF1在这些组织中的表达情况。结果 鼻咽癌组织BARF1基因表达率为 91.5 % (43/ 4 7) ,其中 39例相对强表达 ,4例弱表达 ;癌旁组织BARF1基因表达率为 4 6 .8% (2 2 / 4 7) ,其中 11例相对强表达 ,11例弱表达 ;相对正常黏膜BARF1基因表达率为 6 .4 % (3/ 4 7) ,3例均为弱表达 ;携带EB病毒的其他头颈部恶性肿瘤组织、正常人鼻咽黏膜组织均未检测到BARF1基因表达。结论 从相对正常鼻咽黏膜到癌旁组织再到鼻咽癌组织BARF1基因的表达趋势为从不表达到表达 ,从弱表达到强表达。说明EB病毒与鼻咽癌的发生确实存在密切相关性 ;提示启动BARF1基因的表达有可能是EB病毒致鼻咽癌的重要条件之一。

马内菲青霉菌的鉴定及药敏分析

目的设计马内菲青霉菌特异性引物，探讨马内菲青霉菌病早期诊断的方法及抗生素治疗的药物选择．方法马内菲青霉菌按常规方法放在25℃和37℃进行真茼培养；参照NCCLSM27-A，M38-P对3株马内菲青霉茼的酵母相和茼丝相进行最小抑菌浓度（MIC）测定；PCR的鉴定采用马内菲青霉菌18SrRNA的特征序列，设计内引物Pm1，Pm2和外引物FSF，FSR进行巢式-PCR扩增，并对产物进行产物鉴定。结果马内菲青霉菌为双相性真茼，25℃为青霉相，在沙保弱琼脂平板上产生具有特征性的红色色素，37℃为酵母相，无色素产生；微量稀释法比较马内菲青霉菌在25℃菌丝相和37℃酵母相时的MIC值，结果显示伊曲康唑敏感性最强，其次是酮康唑、5-氟胞嘧啶和氟康唑，最弱的为二性霉素B，3株马内菲青霉菌经巢式-PCR扩增后大约有400bp片段，其他真茼如白色假丝酵母茼、热带假丝酵母茼、由霉菌则没有。结论巢式-PCR可以快速鏊定马内菲青霉菌，48h培养的单个菌落、10h可以鉴定出蛄果，而培养则需4～7d，巢式-PCR对马内菲青霉菌病早期诊断有重要的临床指导意义。医生应结合临床症状及早应用抗真菌药物。

基于18S rRNA序列的云南大叶千斤拔与细叶千斤拔根内丛枝菌根真菌鉴定

目的:调查云南省大叶千斤拔(Flemingia macrophylla)与细叶千斤拔(Flemingia lineata)根内丛枝菌根真菌(Arbuscular Mycorrhizal Fungi,AMF)群落结构多样性。方法:使用巢式-PCR、克隆、限制性片段长度多态性(Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP)分析及测序技术。结果:共获得558个含有丛枝菌根真菌18S rRNA片段的克隆子,经RFLP分析后得到83个RFLP类型,DNA序列分析可将其划分为23个可操作分类单元(Operational Taxonomic Units,OTUs),分属于5个科,Glomeraceae为优势类群。在MaarjAM数据库中进行比对后,23个OTUs可鉴定为18个虚拟分类分子种,分布于13种不同的生境。经统计分析大叶千斤拔与细叶千斤拔根内丛枝菌根真菌群落组成比较,差异有统计学意义(P<0.001)。结论:比较大叶千斤拔与细叶千斤拔根内丛枝菌根真菌群落差异,结合丛枝菌根真菌在生态系统中的分布特点,为种植千斤拔属植物的选址提供有力地环境指标数据,并为筛选促生菌株提供依据。

福建永安市辣椒丛枝病植原体的分子检测及鉴定

永安地区发病辣椒植株表现小叶、黄化、丛枝、簇芽等症状。利用植原体16SrDNA基因的通用引物R16mF2/R16mR2和R16F2n/R16R2,对发病辣椒植株总DNA进行巢式PCR检测,获得约1.2kb的特异性DNA片段。经测序并在GenBank数据库进行比对分析,共获得4条植原体特定的16SrDNA基因序列(CHY-C4-1、CHYY1-1、CHY-Y7-1、CHY-G1-1)。将测得的4条序列与已报道的植原体序列进行同源性比对,并构建系统进化树,结果显示获得的4条植原体序列均聚类到16SrI组,其中CHY-Y1-1、CHY-Y7-1、CHY-G1-1与16SrI-B亚组植原体聚类到同一支,而CHY-C4-1与已报道的16SrI组内的6个亚组均未聚类到一支,因此建议将CHY-C4-1命名为新的亚组。利用iPhyClassifier在线分析软件对获得的4条植原体序列进行虚拟RFLP分析,结果与进化树获得的结果一致。

闽南地区无偿献血者隐匿性乙型肝炎病毒感染研究

目的研究闽南地区无偿献血者中隐匿性乙型肝炎病毒感染(OBI)情况,探讨现有输血传播乙肝病毒(HBV)的检测方法的有效性。方法依据多种与HBV相关血清学指标的检测情况对献血者标本进行HBV携带风险评价分级,对较高携带风险的标本做单份多区段巢式-PCR检测其HBV DNA,对低携带风险的标本做10份混合的巢式-PCR检测。采用这一方案,对闽南地区19 360例HBsAg阴性的无偿献血者标本做检测分析。结果闽南地区HBsAg阴性献血者中的HBV DNA阳性检出率为0.21%(40/19 360,95%CI:0.15%—0.28%),属于OBI;其中抗-HBc阳性检出率85%(34/40),但阳性预测值仅为3.4%(34/995,95%CI:2.4%—4.7%);HBV NRAg阳性预测值30%(6/20),但灵敏度为15%(6/40)。结论现有筛查体系下无偿献血者中仍存在一定比例的OBI,需要寻求更为有效的检测方法。

白血病和淋巴瘤常见染色体融合基因的检测分析

目的 应用多重巢式RT PCR法 ,结合染色体核型检查分析 75例不同类型白血病观察其治疗和预后。方法 收集 4 1例AML、8例CML、1例CLL、1例PLL、6例MDS、8例NHL、4例MM、5例ALL及 1例嗜酸细胞性白血病患者骨髓标本进行RT PCR及染色体核型检查。结果 (1)RT PCR示 :75例白血病中 30例阳性条带 ,4 5例无阳性条带。其中M 3:PML/RARA的阳性率为 5 0 % ,PLZF/RARA 8.3% ,(包括 3/ 12例门诊复查病例 ,2 / 12例为同一患者 )。M 4 :CBFB/MYH114 4 .4 % ,MLLex7/MLLex2 11.1%。M5 :MLL/AF6 33.3%。CML :BCR/ABL 87.5 %。MDS :MLLex7/AF4 16 .7% ,EVI1(3q2 6 ) 16 .7%。NHL :EVI1(3q2 6 ) 12 .5 %。MM :HOX115 0 .0 %。ALL :BCR/ABL 2 0 .0 %。 (2 )染色体核型检查多数与融合基因PCR结果相符 ,2例染色体核型检查正常而融合基因检测有阳性条带。结论 (1)某些融合基因作为标志性融合基因可成为诊断白血病类型的依据。 (2 )同一类型白血病所形成的融合基因不同 ,提示其治疗和预后可能不同。 (3)有文献报道 ,同一融合基因的断裂点不同 ,其缓解期及生存期也有不同 ,提示临床预后。 (4)此方法可对白血病患者进行微小残留病检测 ,与染色体核型检查相比具有更高的敏感性。

云南西双版纳野生与栽培绞股蓝根内丛枝菌根真菌的分子多样性

采用巢式-PCR、DNA克隆测序技术,对西双版纳地区野生与栽培绞股蓝根内丛枝菌根真菌(AMF)进行群落结构多样性研究.试验共获得551个含有丛枝菌根真菌18S rDNA片段的克隆子,经限制性片段长度多态性分析,得到100个RFLP类型,将其划分为20个序列类型,分属于7个科.将20个序列类型的相关序列与GeneBank数据库进行比对,有5个可以鉴定到种,分别为Glomus viscosum、Claroideoglomus etunicatum、Racocetra tropicana、Acaulospora spinosa、Acaulospora mellea.与MaarjAM数据库中序列进行比对,12个可鉴定为虚拟分类分子种,其中7个未在孢子形态学鉴定方法中获得.西双版纳地区野生与栽培绞股蓝根内丛枝菌根真菌群落组成差异极显著.野生绞股蓝根内Glo-2、Amb-1、Para-1为优势类群,而栽培绞股蓝根内Glo-3、Glo-8、Glo-10、Div-1为优势类群.Claroideoglomeraceae和Ambisporaceae仅在野生样本中出现,而Diversisporaceae仅在栽培样品中出现.

日照市首例输入性卵形疟的实验室检测分析

目的对日照市首例输入性卵形疟病例进行实验室检测,以明确诊断。方法收集患者流行病学资料和血样,分别进行疟疾快速诊断检测(RDT)、疟原虫镜检及巢式PCR检测。结果患者从非洲刚果金务工返乡,回居住地莒县陵阳镇1个月后出现不规则发热、乏力。RDT检测提示为非恶性疟原虫感染。血涂片镜下可见感染红细胞明显变形,呈多种不规则形状;环状体粗大,可见大滋养体期和裂殖体期疟原虫。巢式PCR扩增基因产物长度约800 bp,与卵形疟原虫相符。综合上述结果,该病例诊断为单一卵形疟原虫感染。结论虽然镜检是疟疾诊断的金标准,但卵形疟原虫在镜下很难鉴别,结合PCR检测结果可明确诊断。