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基于互信息的差异共表达致病基因挖掘方法 被引量:6
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作者 张焕萍 王惠南 +2 位作者 卢光明 钟元 张志强 《东南大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2009年第1期151-155,共5页
为了挖掘基因表达数据中的差异共表达致病基因模块,提出了基于互信息和最大团相结合的方法.互信息用于度量基因表达谱之间的相互关系,计算任意2条基因表达谱在2种不同样本中的互信息值,得到2个互信息矩阵M1和M2,选定2个阈值T1和T2(T1>... 为了挖掘基因表达数据中的差异共表达致病基因模块,提出了基于互信息和最大团相结合的方法.互信息用于度量基因表达谱之间的相互关系,计算任意2条基因表达谱在2种不同样本中的互信息值,得到2个互信息矩阵M1和M2,选定2个阈值T1和T2(T1>T2)将矩阵M1和M2二值化,并通过M1和M2中元素的逻辑"与"运算得到图的邻接矩阵,从邻接矩阵挖掘出的最大团则为差异共表达致病基因模块.将该方法应用于Colon数据,选定T1=2.2,T2=1.0,得到6个相互重叠的最大团,实验结果表明,该方法能有效挖掘出差异共表达致病基因模块. 展开更多
关键词 互信息 最大团 差异共表达致病基因
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幽门螺杆菌感染与玫瑰痤疮共表达差异基因及相关信号通路的生物信息学探索
2
作者 陈胜军 刘文辉 +3 位作者 王书琦 方绍文 周新龙 李广帅 《中华整形外科杂志》 CSCD 2023年第8期858-867,共10页
目的运用生物信息学方法探究幽门螺杆菌(Hp)感染与玫瑰痤疮的共同信号通路以及筛选Hub基因。方法通过GEO数据库获取Hp感染(GSE70394)和玫瑰痤疮(GSE65914)相关的基因表达数据集,使用R语言limma包以及Venn图筛选出两者共表达差异基因,运... 目的运用生物信息学方法探究幽门螺杆菌(Hp)感染与玫瑰痤疮的共同信号通路以及筛选Hub基因。方法通过GEO数据库获取Hp感染(GSE70394)和玫瑰痤疮(GSE65914)相关的基因表达数据集,使用R语言limma包以及Venn图筛选出两者共表达差异基因,运用Metascape数据库对差异基因进行基因本体论(GO)富集分析,并使用R语言clusterProfiler包分别对上调和下调基因进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。随后使用STRING以及Cytoscape软件构建蛋白互作(PPI)网络,应用其内部插件MCODE和Cytohubba筛选关键功能模块和Hub基因,将Hub基因导入GeneMANIA在线分析工具,构建Hub基因共表达网络,并再次对Hub基因进行GO以及KEGG富集分析。结果GSE70394数据集包含3个未感染Hp的人胃腺癌细胞(AGS)组织和3个感染Hp 24 h后的AGS细胞组织的基因芯片数据;GSE65914数据集包含了19例玫瑰痤疮患者皮肤组织和10名健康志愿者皮肤组织的基因芯片数据。经过比较分析最终获得139个共表达差异基因,包含93个上调基因和46个下调基因。GO富集分析显示共表达差异基因主要集中于平滑肌细胞调节、血管发育以及脂质代谢过程。KEGG富集分析显示共表达差异基因主要涉及脂质和动脉粥样硬化、炎症反应和免疫相关通路,如PPAR信号通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用、Th17细胞分化、IL-17信号通路和NF-κB信号通路。使用Cytohubba插件共识别出16个Hub基因,包括SPRR1B、GCLM、KRT16、GPX2、S100A2、SOD2、MMP1、MSMO1、HMOX1、GLRX、IL-1β、CXCL1、PPARγ、HMGCS1、SRXN1、SPRR3。结论Hp感染与玫瑰痤疮存在一定的相关性,Hp可能通过介导炎症免疫反应以及调节脂质代谢过程来参与玫瑰痤疮疾病的发生发展,筛选出的Hub基因与相关信号通路可为后续的关联性分析提供一定的理论参考。 展开更多
关键词 幽门螺杆菌 玫瑰痤疮 共表达差异基因 生物信息学
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双相情感障碍与精神分裂症的共表达差异基因分析
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作者 吴秋萍 李海彬 《中国卫生检验杂志》 CAS 2023年第22期2770-2773,2777,共5页
目的通过生物信息学方法寻找双相情感障碍(bipolar disorder,BD)与精神分裂症(schizophrenia,SCZ)之间的共表达差异基因(DEG)。方法在GSE53987和CSE35977数据集中选择BD和SCZ与正常对照的差异表达基因,对筛选出的共同表达DEG进行GO/KEG... 目的通过生物信息学方法寻找双相情感障碍(bipolar disorder,BD)与精神分裂症(schizophrenia,SCZ)之间的共表达差异基因(DEG)。方法在GSE53987和CSE35977数据集中选择BD和SCZ与正常对照的差异表达基因,对筛选出的共同表达DEG进行GO/KEGG分析,通过STRING数据库进行蛋白互作分析并筛选枢纽基因,运用ROC曲线分析枢纽基因对BD和SCZ的诊断价值。结果共筛选出60个共表达的DEG、GO/KEGG富集分析显示共表达的DEG主要富集表达在大脑神经元细胞中,且大多参与突触的组织、分化、传递等生物过程。KECG分析显示主要涉及肌萎缩侧索硬化、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、mTOR信号通路。筛选出的枢纽基因(EGF、FGF2、NTRK2、SLC1A3和SNAP25)对诊断BD和SCZ均有一定准确性。结论BD和SCZ之间具有共表达DEG,通过多种信号通路在BD和SCZ的发生和进展中起重要作用。 展开更多
关键词 双相情感障碍 精神分裂症 共表达差异基因 生物信息学方法
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呼吸睡眠暂停综合征与特发性肺纤维化的共表达差异基因分析
4
作者 陈铃 《中国卫生检验杂志》 CAS 2023年第5期607-611,共5页
目的 通过生物信息学方法寻找呼吸睡眠暂停综合征(OSA)与特发性肺纤维化(IPF)之间的共表达差异基因。方法 下载GSE24206和GSE135917数据集作为研究对象,筛选疾病组与正常对照组之间的差异表达基因(DEG),运用韦恩工具获得彼此的共同表达D... 目的 通过生物信息学方法寻找呼吸睡眠暂停综合征(OSA)与特发性肺纤维化(IPF)之间的共表达差异基因。方法 下载GSE24206和GSE135917数据集作为研究对象,筛选疾病组与正常对照组之间的差异表达基因(DEG),运用韦恩工具获得彼此的共同表达DEG(co-DEGs)。运用WebGestalt数据库对co-DEGs进行GO/KEGG分析,通过STRING数据库分析co-DEGs的蛋白互作网络以及相关枢纽基因,使用pROC包对枢纽基因在OSA和IPF中的诊断价值进行ROC分析。结果 共筛选出406个co-DEGs, GO/KEGG富集分析显示co-DEGs在生物过程中主要在细胞外基质组织,细胞外结构组织,白细胞迁移,免疫系统过程的负调节,对细菌来源分子的反应,中性粒细胞介导的免疫等过程中特别富集。在细胞组成中主要富集在含胶原的细胞外基质、轴丝部分、特定颗粒、基底膜内,而对于分子功能主要在受体配体活性、糖胺聚糖结合、DNA结合转录激活因子活性、RNA聚合酶Ⅱ特异性、硫化合物结合、G蛋白偶联受体结合、细胞外基质结构成分、细胞因子活性等功能上发生富集。对于通路分析,co-DEGs主要富集在IL-17信号通路,病毒蛋白与细胞因子和细胞因子受体的相互作用,TNF信号通路、类风湿关节炎、细胞因子-细胞因子受体相互作用,ECM-受体相互作用等信号通路。通过STRING数据库的互作网络分析筛选出的前5个枢纽基因(IL-6、CXCL8、PTGS2、FOS、MYC)在诊断OSA和IPF上具有一定的准确性。结论 OSA和IPF之间存在co-DEGs,彼此之间通过多种信号通路在疾病进展中发挥作用。 展开更多
关键词 呼吸睡眠暂停综合征 特发性肺纤维化 共表达差异基因 生物信息学方法
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加权基因共表达网络分析和差异基因表达分析鉴定氯离子通道附件1基因对结肠癌预后保护作用 被引量:2
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作者 张泽鑫 吴汶丰 +2 位作者 李菁 简小兰 于奕 《中华消化杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期336-343,共8页
目的:结合应用加权基因共表达网络分析(WGCNA)和差异基因表达分析2种方法筛选结肠癌mRNA表达谱中的差异共表达基因,并分析差异共表达基因与预后的关系。方法:基于生物信息学方法从癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达综合(GEO)数据库分别下... 目的:结合应用加权基因共表达网络分析(WGCNA)和差异基因表达分析2种方法筛选结肠癌mRNA表达谱中的差异共表达基因,并分析差异共表达基因与预后的关系。方法:基于生物信息学方法从癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达综合(GEO)数据库分别下载TCGA结肠腺癌数据集的转录组学数据和GSE68468数据集的芯片表达谱数据,筛选出两者在正常组织与结肠癌组织之间的差异表达基因(DEG)和最显著相关的加权基因模块,通过差异基因和加权基因取交集筛选出结肠癌相关差异共表达基因。构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,利用最大派系中心度(MCC)计算方法筛选出MCC评分排名前10位的核心差异共表达基因,使用TCGA结肠腺癌数据集验证核心基因在正常组织和结肠癌组织中的表达,采用Kaplan-Meier生存分析探索核心基因与患者总生存期和无病生存期之间的关系。使用人类蛋白质图谱(HPA)数据库,对生存相关的差异共表达基因进行免疫组织化学染色验证。结果:TCGA结肠腺癌数据集中DEG共3481个,GSE68468数据集中DEG共7275个,共获得237个差异共表达基因。使用PPI网络的MCC计算方法得到10个核心的差异共表达基因,分别为氯离子通道附件1(CLCA1)、MAPK3、胰高血糖素(GCG)、溶质载体家族26成员3(SLC26 A3)、核受体亚家族1组H成员4(NR1 H4)、脂肪酸结合蛋白1(FABP1)、鸟苷酸环化酶激活因子2A(GUCA2 A)、二磷酸尿苷葡糖醛酸糖基转移酶家族2成员A3(UGT2 A3)、肉碱棕榈酰转移酶2(CPT2)和跨膜4域A12(MS4 A12)。与正常组织相比,TCGA结肠腺癌数据集结肠癌组织的CLCA1、GCG、SLC26 A3、NR1 H4、FABP1、GUCA2 A、UGT2 A3、CPT2和MS4 A129个核心基因均下调(P均<0.05),其中CLCA1高表达结肠癌患者的总生存期和无病生存期均长于低表达组(P均<0.05),免疫组织化学染色结果在蛋白质水平也验证了结果的准确性。结论:CLCA1可能在结肠癌的发展中起关键作用,可作为进一步诊断和治疗的潜在生物标志物。 展开更多
关键词 结肠肿瘤 加权基因共表达网络分析 差异基因表达分析 差异共表达基因 生物标记
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对参与肺腺癌发生的核心基因的综合生信分析
6
作者 胡锡麟 徐汉林 +2 位作者 温如然 矫文捷 田凯华 《临床医学进展》 2021年第7期2970-2977,共8页
目的:侵袭性的肺腺癌(LUAD)是引起肺癌死亡的主要原因之一。因此,鉴定重要的LUAD相关基因及进一步分析其预后意义对于LUAD患者的生存率至关重要。方法:采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)和差异基因表达分析方法,从TCGA-LUAD数据库和GEO... 目的:侵袭性的肺腺癌(LUAD)是引起肺癌死亡的主要原因之一。因此,鉴定重要的LUAD相关基因及进一步分析其预后意义对于LUAD患者的生存率至关重要。方法:采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)和差异基因表达分析方法,从TCGA-LUAD数据库和GEO的GSE32863筛选出有差异的共表达基因,对其进行功能富集分析和蛋白质相互作用网络(PPI)分析。此外,通过应用Cytoscape的CytoHubba插件来识别12个核心基因进行生存分析和肿瘤分期相关性的分析。结果:从TCGA和GEO数据库中共提取了358个差异共表达基因。这些基因在GO分析中主要富集于细胞外结构组织,细胞–细胞连接和DNA结合转录酶激活活性。在KEGG分析中,主要富集于药物代谢–细胞色素P450。此外,在PPI网络中鉴定了12个核心基因。在LUAD患者中,ADCY4、VIPR1和TGFBR2的表达水平与临床分期和整体生存率(OS)相对应。结论:ADCY4、VIPR1和TGFBR2可能在肿瘤发生中起重要作用,因此它们可作为LUAD的预后生物标志物和治疗靶点。 展开更多
关键词 肺腺癌 加权基因共表达网络分析 差异基因表达分析 差异共表达基因 靶点
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综合生物信息学分析鉴定与胃癌预后相关关键基因
7
作者 唐永曜 宋晶 +2 位作者 缪诗琪 蔡璟 宋方洲 《陆军军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期522-532,共11页
目的综合生物信息学方法分析识别与胃癌预后相关关键基因,探讨其能否作为胃癌预后预测的潜在生物标志物。方法从美国高通量基因表达(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库下载胃癌患者基因芯片数据集(GSE79973)并在癌症和肿瘤基因图谱(Th... 目的综合生物信息学方法分析识别与胃癌预后相关关键基因,探讨其能否作为胃癌预后预测的潜在生物标志物。方法从美国高通量基因表达(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库下载胃癌患者基因芯片数据集(GSE79973)并在癌症和肿瘤基因图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中获取胃癌转录组数据和相应临床资料。利用R软件中的Limma和WGCNA程序包筛选差异共表达基因。使用ClusterProfler程序包对差异共表达基因进行GO和KEGG富集分析。采用STRING数据库对差异共表达基因进行蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析,并用Cytoscape软件筛选关键基因。通过在线工具GEPIA2验证关键基因的转录表达情况,利用Kaplan-Meier单因素生存分析鉴定与胃癌预后相关的关键基因。最后采用RT-qPCR和免疫组化方法验证预后相关关键基因的差异表达。结果共筛选出18个差异共表达基因,通过PPI网络分析,识别出10个关键基因(TNFRSF11B、HOXC10、HOXA10、TEAD4、GKN2、GKN1、SALL4、SGK1、ANGPT2、NKX6-2)。生存分析结果显示HOXA10(P=0.014)和ANGPT2(P=0.002)的高表达可能与胃癌患者预后生存较差有关,RT-qPCR和免疫组化结果显示其在胃癌组织中高表达(P<0.05)。结论HOXA10和ANGPT2是胃癌预后相关关键基因,可作为胃癌临床治疗和预后预测的潜在生物标志物。 展开更多
关键词 生物信息学 胃癌 预后 加权基因共表达网络分析 差异共表达基因
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双相情感障碍与2型糖尿病的共表达差异基因分析
8
作者 高威 闵国庆 沈文婧 《中国卫生检验杂志》 CAS 2022年第9期1106-1109,共4页
目的通过生物信息学方法寻找双相情感障碍(BD)与2型糖尿病(T2DM)之间的共表达差异基因。方法选取GSE5388、GSE161355、GSE25724数据集作为在线数据库研究对象,在BD和T2DM数据集中筛选疾病组与正常对照组的差异表达基因(DEG),并获得这2... 目的通过生物信息学方法寻找双相情感障碍(BD)与2型糖尿病(T2DM)之间的共表达差异基因。方法选取GSE5388、GSE161355、GSE25724数据集作为在线数据库研究对象,在BD和T2DM数据集中筛选疾病组与正常对照组的差异表达基因(DEG),并获得这2种疾病的共同表达的DEG。运用WebGestalt数据库对2组间的交叉基因进行GO/KEGG分析,通过STRING数据库分析与共表达DEG有关的枢纽基因及蛋白,利用SPSS 23.0软件分别分析BD和T2DM数据集中枢纽基因的诊断价值。结果共筛选出362个共表达的DEG,GO/KEGG富集分析显示共表达的DEG主要在细胞代谢、生物调控等多种基因功能上发生富集。KEGG通路富集显示共表达DEG主要参与脊髓小脑性共济失调、自噬、鞘脂信号通路、沙门菌感染、蛋白质输出、柠檬酸循环、蛋白酶体、AMPK信号等通路。CYCS、BUB3、COPS5、ATP5C1、BTBD15个枢纽基因均对BD和T2DM具有诊断价值。结论BD和T2DM之间具有共表达差异基因,在BD和T2DM的发生和进展中起重要作用。 展开更多
关键词 双相情感障碍 2型糖尿病 共表达差异基因 生物信息学方法
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双相情感障碍与非酒精性脂肪肝的共表达差异基因分析
9
作者 高威 岳静 孙义臣 《中国卫生检验杂志》 CAS 2022年第8期999-1002,共4页
目的通过生物信息学方法寻找双相情感障碍(BD)与非酒精性脂肪肝(NAFLD)之间的共表达差异基因。方法选取GSE5388、GSE63067、GSE49541数据集作为在线数据库研究对象,在BD和NAFLD数据集中筛选疾病组与正常对照组的差异表达基因(DEG),并获... 目的通过生物信息学方法寻找双相情感障碍(BD)与非酒精性脂肪肝(NAFLD)之间的共表达差异基因。方法选取GSE5388、GSE63067、GSE49541数据集作为在线数据库研究对象,在BD和NAFLD数据集中筛选疾病组与正常对照组的差异表达基因(DEG),并获得这2种疾病的共同表达的DEG。运用Web Gestalt数据库对2组间的交叉基因进行GO/KEGG分析,通过STRING数据库分析与共表达DEG有关的枢纽基因及蛋白,利用SPSS 23.0软件分别分析BD和NAFLD数据集中枢纽基因的诊断价值。结果共筛选出59个共表达的DEG,GO/KEGG富集分析显示共表达的DEG主要在细胞代谢、生物调控等多种基因功能上发生富集。KEGG通路富集显示共表达DEG主要涉及神经活性配体-受体相互作用,神经退行性变的通路,炎症介质对TRP通道的调节、WNT信号通路、钙信号通路等多种机制通路。GAP43、ANO2、GABRG1、HTR2A和NGF 5个枢纽基因均对BD和NAFLD具有诊断价值。结论BD和NAFLD之间具有共表达差异基因,在BD和NAFLD的发生和进展中起重要作用。 展开更多
关键词 双相情感障碍 非酒精性脂肪肝 共表达差异基因 生物信息学方法
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Comparative genomic study of gastric epithelial cells co-cultured with Helicobacter pylori 被引量:4
10
作者 Fen Wang Li-Dan Luo +5 位作者 Jian-Hua Pan Li-Hua Huang Hong-Wei Lv Qin Guo Can-Xia Xu Shou-Rong Shen 《World Journal of Gastroenterology》 SCIE CAS CSCD 2012年第48期7212-7224,共13页
AIM:To identify genes potentially involved in Helicobacter pylori(H.pylori)-induced gastric carcinogenesis.METHODS:GES-1 cells were co-cultured with H.pylori strains isolated from patients with gastric carcinoma(GC,n ... AIM:To identify genes potentially involved in Helicobacter pylori(H.pylori)-induced gastric carcinogenesis.METHODS:GES-1 cells were co-cultured with H.pylori strains isolated from patients with gastric carcinoma(GC,n = 10) or chronic gastritis(CG,n = 10) for in vitro proliferation and apoptosis assays to identify the most and least virulent strains.These two strains were cagA-genotyped and used for further in vivo carcinogenic virulence assays by infecting Mongolian gerbils for 52 wk,respectively;a broth free of H.pylori was lavaged as control.Genomic profiles of GES-1 cells cocultured with the most and least virulent strains were determined by microarray analysis.The most differentially expressed genes were further verified using quantitative real-time polymerase chain reaction in GES-1cells infected with the most and least virulent strains,and by immunohistochemistry in H.pylori positive CG,precancerous diseases,and GC biopsy specimens in an independent experiment.RESULTS:GC-derived H.pylori strains induced a potent proliferative effect in GES-1 cells in co-culture,whereas CG-derived strains did not.The most(from a GC patient) and least(from a CG patient) virulent strains were cagA-positive and negative,respectively.At week 52,CG,atrophy,metaplasia,dysplasia,and GC were observed in 90.0%,80.0%,80.0%,90%,and 60.0%,respectively,of the animals lavaged with the most virulent strain.However,only mild CG was observed in 90% of the animals lavaged with the least virulent strain.On microarray analysis,800 differentially expressed genes(49 up-and 751 down-regulated),involving those associated with cell cycle regulation,cell apoptosis,cytoskeleton,immune response,and substance and energy metabolisms,were identified in cells co-cultured with the most virulent strain as compared with those co-cultured with the least virulent strain.The six most differentially expressed genes(with a betweenness centrality of 0.1-0.2) were identified among the significant differential gene profile network,including JUN,KRAS,BRCA1,SMAD2,TRAF1,and HDAC6.Quantitative real-time polymerase chain reaction analyses verified that HDAC6 and TRFA1 mRNA expressions were significantly more up-regulated in GES-1 cells cocultured with the most virulent strain than in those cocultured with the least virulent strain.Immunohistochemistry of gastric mucosal specimens from H.pyloripositive patients with CG,intestinal metaplasia(IM),dysplasia,and GC showed that moderately positive and strongly positive HDAC6 expression was detected in 21.7% of CG patients,30.0% of IM patients,54.5% of dysplasia patients,and 77.8% of GC patients(P < 0.001).The up-regulation of TRAF1 expressions was detected in 34.8%,53.3%,72.7%,and 88.9% specimens of CG,IM,dysplasia,and GC,respectively(P < 0.001).CONCLUSION:The overexpression of HDAC6 and TRAF1 in GES-1 cells co-cultured with the GC-derived strain and in H.pylori-positive dysplasia and GC suggests that HDAC6 and TRAF1 may be involved in H.pyloriinduced gastric carcinogenesis. 展开更多
关键词 Helicobacter pylori Gastric carcinoma Proliferation Genomic profiles
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