运用组学手段探索EBV相关性与非相关性胃癌的可能差异分子

目的运用组学手段探索EBV相关性胃癌(EBVa GC)与EBV非相关性胃癌(EBVn GC)间的分子差异,为EBVa GC治疗选择提供依据。方法显色原位杂交检测胃癌患者手术标本和移植瘤组织EBV RNA状态。靶向捕获测序和蛋白质谱分析EBV阳性和阴性胃癌组织中差异分子,免疫组织化学验证组织中PD-L1的表达。结果与EBVn GC相比,EBVa GC中存在PIK3CA高突变率和TP53低突变率。EBVa GC中转录后调控分子表达上调,而代谢和氧化磷酸化分子下调。PD-L1在EBV阳性移植瘤中表达显著升高(76.92%vs 25.00%;P<0.05)。结论 EBV相关性与非相关性胃癌在基因变异和蛋白表达上存在很大差别。

[反]-β-法尼烯与氟取代物分子结构叠合差异分析

利用计算机辅助分子叠合法对蚜虫报警信息素 [反 ] β 法尼烯 (EBF)的氟取代系列物与EBF的结构进行比较 ,初步研究了EBF及其氟取代系列物的结构 活性之间的关系。发现对于 1氟、 2氟及 3氟的取代物来说 ,在分子骨架共轭双键端进行氟取代修饰 ,所得取代物结构与EBF最为近似 ,可能具有生物报警活性。

狂犬病病毒鹿源野毒株与人疫苗株G基因的分子差异

本文通过反转录—聚合酶链反应 (RT- PCR)扩增并克隆了我国狂犬病病毒 (RV)鹿源野毒株 (82 0 2 )糖蛋白 (G)基因膜外主要功能区的两个片段 ,共 742个 bp(40 5～ 1 1 46) ,含有可以诱导中和抗体的多个抗原决定簇和决定毒力及与神经细胞受体结合部位的基因片段。采用 Sanger双脱氧终止法测定了克隆 c DNA片段的核苷酸序列并推导出了氨基酸序列。将82 0 2株与已发表的人疫苗株 (3a G)的相应序列输入计算机进行比较分析。结果表明两者在这一基因片段核苷酸序列和氨基酸序列分子差异很小 ,同源性极高 ,分别为 97%和 95.5% ,抗原决定簇内的氨基酸均未发生改变 ,只是 82 0 2株在 N2 4 7位缺少一糖基化位点。结合流行病学调查可推断 82 0 2株与中国疫苗株属于同源毒株 ,本研究结果提示应用人狂犬病疫苗预防鹿狂犬病将具有很好效果。

我国RV野毒株G基因主要功能区核酸序列的分子差异

对来源于鹿、牛和鼠的狂犬病病毒 ( RV)野毒株 82 0 2、BRV、MRV的 G基因 4 0 5～ 1 1 4 6位核苷酸序列进行了 RT-PCR扩增、克隆和序列测定 ,并应用计算机软件对这 3个毒株的测定序列和人源株 CGX89的相应序列进行了分析比较。结果表明 ,这 4个不同来源 RV的 G基因主要功能区的分子差异较大 ,4个野毒株的糖基化位点和主要诱导中和抗体产生的抗原决定簇内某些氨基酸亦不同 ,这些差异将影响它们的抗原性和毒性。研究结果证明 ,在我国流行的 RV野毒株中存在亲缘关系较远的毒株 ,其野毒株

PRRS弱毒疫苗毒株与野毒株的分子遗传学差异

猪繁殖-呼吸综合征(PRRS)是近年来新发现的一种严重危害养猪业的病毒性传染病,其主要特征是:引起繁殖母猪的生殖障碍与仔猪的呼吸道症状.故命名为猪繁殖-呼吸综合征.该病病原为PRRS病毒(PRRSV),于1991年为荷兰学者Wensvoort等最先分离到.根据其基因组的结构及转录调控机制的特点,将其归于动脉炎病毒科.随后的研究表明,其为一种有囊膜的单股正链RNA病毒,根据病毒的基因组组成特征及抗原性差异,可将其分为两种基因型:即以VR-2332株为代表的北美洲型和以LV株为代表的欧洲型.其基因组的共同特点是,都含有8个开放阅读框架(ORF),其所编码的蛋白也都相同[1].即ORF1(包括ORF1a和ORF1b)编码病毒的复制酶,ORF2～6编码病毒的囊膜蛋白,ORF7则编码高度保守的核衣壳蛋白.

滁州鲫·方正银鲫和彭泽鲫分子遗传差异的分析

[目的]研究滁州鲫、方正银鲫及彭泽鲫间的分子遗传差异。[方法]滁州鲫、方正银鲫和彭泽鲫为我国3个不同地区的三倍体银鲫种群,用9对引物对它们进行了RAPD分析。[结果]9对引物中,仅引物P10扩增的产物没有差异外,其余8种引物(P1～P8)的扩增产物均有一定的差异。[结论]3个不同地区的银鲫种群在基因水平上存在一定差异,在遗传相似性方面,滁州鲫与方正银鲫的相似性较大,滁州鲫与彭泽鲫的相似性则较小。

基于序列比对分析木聚糖1,4-β-木糖苷酶结构差异和分子进化规律

木聚糖1,4-β-木糖苷酶(EC 3.2.1.37)是一种外切水解酶,近年来该酶在工业上的使用越来越广泛,目前对于木聚糖1,4-β-木糖苷酶结构的研究相对缺少。为了分析木聚糖1,4-β-木糖苷酶的进化关系以及结构差异,利用MEGA X 10.1.8进行木聚糖1,4-β-木糖苷酶基因序列多序列比对,构建系统进化树,结果分析显示木聚糖1,4-β木糖苷酶可分为两大类,从中筛选出12条代表性序列进行氨基酸序列多序列比对,发现只有15个较保守位点,在进化上呈现不保守的特点。利用生物信息学工具预测分析12条序列对应的酶的理化性质、信号肽,预测结果表明所有酶都表现为亲水性,有胞内与胞外两种分泌方式。利用Modeller 9.24以及Phyre 2进行三级结构建模,根据建模结果木聚糖1,4-β-木糖苷酶分为β-折叠桶、碗状结构、(α/β)_(8)桶状结构三种代表性结构,利用分子对接辅助结合口袋大小计算,推测底物的大小对其特征结构的形态存在一定程度的影响。基于木聚糖1,4-β-木糖苷酶结构规律的研究,可以精确设计点突变,降低盲目性,获得需要的理化性质,为木聚糖1,4-β-木糖苷酶的改造提供生物信息学指导,其次为进一步的木聚糖1,4-β-木糖苷酶结构与功能关系研究提供基础,进一步拓宽对木聚糖1,4-β-木糖苷酶在食品、医药等领域应用。

人下颌骨和髂骨来源间充质细胞的分子表达差异

目的 :比较人下颌骨和髂骨来源细胞的分子表达差异。方法 :从GEO公共数据库中,通过GEO2R软件分析获得在人下颌骨和髂骨来源细胞中差异表达的基因。应用DAVID和Gene MANIA在线数据库对这些基因之间的关系进行生物信息学分析。结果:从GEO数据获得了在人下颌骨和髂骨来源细胞中差异表达明显的293个基因,这些基因主要是同源盒基因,与骨骼发育密切相关。这些基因经DAVID数据库分析后,被富集到"skeletal system development"、"forebrain development"、"limb development"、"WNT信号通路"等不同的子集。经Gene MANIA在线数据库分析后,建立了MSX1、MSX2、HAND2、SIX1、PITX2、OSR2、PAX3和PRRX1等8个在人下颌骨与髂骨来源间充质细胞中表达差异明显的基因分子网络,这些基因通过共表达、共定位、遗传学相互作用等彼此关联。结论:下颌骨和髂骨来源间充质细胞存在差异化的分子调控,提示在应用髂骨细胞作为种子细胞对颌骨进行组织工程修复时,可考虑通过对髂骨间充质细胞进行基因修饰,以使其更接近颌骨间充质细胞特性。

基于唾液转录组学探讨慢性胃炎和胃癌脾虚证的分子机制

中医证候研究是中医药学的研究热点,基于唾液转录组学探讨疾病证候的复杂性并揭示其科学内涵具有巨大科研潜力。现分析了慢性胃炎和胃癌脾虚证的联系以及疾病的进展过程。基于唾液外泌体exoRNA表达谱,运用唾液转录组学的学科优势,在中医学同病异证,异病同证的理论指导下,提出寻找其具有临床价值的差异表达的分子标志物。进一步推动证候物质基础的定量、定性研究,并从分子机制角度切入促进中医肿瘤证候的精准化发展。

基于L-NAME诱导的高血压小鼠血清代谢组学研究

高血压是心脑血管的主要危险因素,是导致我国居民死亡的主要原因之一[1-2]。高血压的发生和发展受遗传因素和环境因素的共同影响[3],而在近年来的研究中,造成高血压的主要因素60%与代谢异常有关,约80%的高血压患者存在各种形式的代谢紊乱[4]。

南方养殖草鱼呼肠孤病毒的分子特性比较及双重PCR检测方法的建立

本实验室2009年从广东省患典型出血病的养殖草鱼中分离到一株具强致病性的水生呼肠孤病毒GCRV-GD108株,该毒株具有11个节段双链RNA。全基因组序列分析显示与草鱼呼肠孤病毒GCRV及水生呼肠孤病毒属其它已知种存在较大的分子差异。本研究进一步检测了广东、福建、湖南等地草鱼出血病流行毒株的分子特性。根据已克隆到的GCRV-GD108株11个节段序列分别设计合成特异引物,从各地收集患出血病草鱼,提取组织总RNA,RT-PCR检测。结果表明各检测样品均可扩增到特异性条带,而GCRV标准株则无特异条带;同时根据GCRV标准株序列合成的特异引物进行扩增,GCRV标准株有特异性条带,而各检测样品则均无带。测序结果显示各样品间相应片段序列的同源性很高（95.2%~99.4%）,与GCRV-GD108的相应序列也具高同源性（95.0%~99.8%）,说明检测样品与GCRV-GD108株具有相似的分子特性,均与GCRV及水生呼肠孤病毒属的其它种存在较大差异。本研究结果提示我国养殖草鱼出血病病毒存在着不同的分子类型,GCRV-GD108株在南方具有一定的代表性,在病害防控上尤其是疫苗研制与使用上应予关注。此外,从上述引物中筛选出适合于双重PCR的引物对,建立了双重PCR检测方法,可在一次PCR反应中鉴别所感染的病毒属于GCRV或GCRV-GD108株。

睾酮与TBTC抑制斑马鱼卵巢发育的分子机制

为探讨雄激素与三丁基锡对鱼类卵巢发育和配子发生的影响及其分子差异,分别用1μg·L-1睾酮(T)、1μg·L-1三丁基氯化锡(TBTC)单独处理以及T、TBTC(两者含量均为1μg·L-1)联合处理对斑马鱼(Danio rerio)雌鱼进行了90d暴露。组织学结果表明:与对照相比,经T、TBTC单独处理的斑马鱼成熟系数(GSI)下降,卵巢发育受阻,卵子发生抑制,且TBTC单独处理的斑马鱼发育后期的卵母细胞大量凋亡;经T、TBTC联合处理的斑马鱼卵母细胞尽管在发育后期发生凋亡,但仍有少量卵母细胞持续发育,GSI值明显升高。定量PCR结果表明:T和TBTC单独处理都能显著下调雌激素(E2)合成酶基因cyp19a及其上游调控基因foxl2的表达(p<0.05),而两者联合处理则显著上调cyp19a和foxl2基因表达(p<0.05);T单独处理的斑马鱼雄激素合成酶基因P450 11β的表达显著升高(p<0.05),而TBTC单独处理使该基因表达显著下降(p<0.05),T、TBTC联合处理对该基因表达无显著影响;T、TBTC单独处理均不影响孕激素合成酶基因20βHSD的表达,但T、TBTC联合处理却显著上调该基因的表达(p<0.05)。研究认为T、TBTC抑制斑马鱼卵巢发育和卵子发生的机制可能既相似又有所差异。