基于GEO差异基因分析及网络药理学探究真人养脏汤治疗活动性溃疡性结肠炎的分子机制研究

目的通过GEO差异基因分析及网络药理学探究真人养脏汤治疗活动性溃疡性结肠炎的分子机制。方法从GEO数据库检索溃疡性结肠炎,选择成年人活动期样本,并下载相关样本文件,再以R语言进行差异基因分析,获得相关靶点;从TCMSP数据库检索真人养脏汤各组成有效化合物成份及其对应的相关靶点,提取差异基因与相关药物靶点的交集,在STRING数据库中查询其蛋白互相作用网络(PPI),使用Cytoscape软件构建“药物-成分-靶点”调控网络并提取核心靶点,再利用R语言对其进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果筛得差异基因1097个,查得真人养脏汤中有效成分141个,对应靶点258个;从其中36个交集靶点中筛选出PPI核心靶点10个,关键靶点涉及白介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、基质金属蛋白酶9(MMP9),基因显著富集于对脂多糖反应、受体配体活动、信号受体激活因子活性等分子功能。通路主要富集于肿瘤坏死因子(TNF)、白介素17(IL-17)、核转录因子κB(NF-κB)信号通路。结论真人养脏汤治疗UC具有多靶点、多通路等特点,尤其在炎性反应通路及免疫相关通路发挥重要作用。

基于GEO数据库对类风湿关节炎差异表达基因的分析、验证及治疗中药预测

目的:通过生物信息学方法获得类风湿关节炎(RA)的差异基因及所涉及途径,匹配预测治疗RA的潜在中药。方法:从GEO数据库下载类风湿性关节炎的基因芯片数据,确定RA样本中的差异基因、蛋白互作网络,并应用CytoHubba插件鉴定关键基因。对关键基因的GO功能和KEGG通路进行分析,阐明关键基因的生物学过程。同时采用RT-qPCR法检测CIA小鼠的脾脏差异基因表达情况对前面分析的结果进行验证。最后利用Coremine Medical数据库预测对关键基因具有显著调控作用的中药。结果:从GEO数据库获得类风湿性关节炎差异表达基因760个,GO和KEGG对其进行分析后获得CD4、CD86、TNF、CD80等核心基因20个。富集分析结果显示,白细胞活化、细胞因子介导、白细胞-细胞黏附、细胞因子活性及细胞黏附等通路对RA的发病至关重要。RT-qPCR实验结果证明,与Control组相比,CIA组小鼠脾脏的CD4、CD80、CD86表达程度升高,TNF-α表达程度降低,CD80表达变化最明显。采用COREMINE预测关键基因和通路,结果显示川牛膝、黄芪、灵芝、车前草、车前子和南星等可能针对CD4、CD86、TNF、CD80靶向治疗RA。结论:本研究明确了类风湿性关节炎的核心基因及基因所富集的通路,探讨了RA主要涉及的生物学过程,并用CIA小鼠验证了核心差异基因,为RA治疗的新靶点选择提供了支撑,预测了针对核心基因的靶向治疗中药,为治疗RA的靶向中药研究提供了依据。

花生种皮抗黄曲霉差异基因表达初步分析(英文)

黄曲霉不同抗性花生种皮存在显著差异,本试验选择经鉴定的高抗黄曲霉花生种质J11与高感种质金花1012为研究材料,以金花1012为对照利用基因芯片技术开展了抗病差异基因表达分析研究。试验共使用61078杂交探针组,结果表明,共有417个差异基因表达量上升,650个差异基因表达量下降。另外,获得抗Phytophathora Sojae真菌病害表达量上升差异基因4个,表达量下降差异基因49个。获得抗Heterodera Glycines Ichinohe真菌病害表达量上升差异基因4个,表达量下降差异基因25个。

冠心病急性心肌梗死患者外周血差异基因表达分析及功能

目的探讨冠心病急性心肌梗死患者外周循环血单核细胞中差异基因表达及功能。方法收集2020年9月至2021年9月在昆明市第一人民医院接受冠脉造影的患者,提取外周血单核细胞总RNA,使用DNBSEQ平台进行第2代高通量测序。检测并筛选差异表达基因,进行KEGG及GO富集分析。结果冠心病急性心肌梗死组与冠脉正常组对比,其中差异基因89个,上调基因67个,下调基因22个;其中差异lncRNA14个,差异mRNA72个,差异circRNA3个。完成KEGG pathway富集分析、KEGG disease富集分析、KEGG molecular富集分析。完成GO cell composition富集分析、GO cell function富集分析、GO biological process molecular富集分析。结论筛选出显著差异的10个mRNA、6个lncRNA、2个circRNA。富集分析中涉及感染、转录失调、PI3K-Akt信号通路、脂类合成、吞噬泡腔、细胞外基质、脂多糖结合等,与冠状动脉粥样硬化的发生与发展及急性血栓事件的发生可能相关。

CLP脓毒血症模型肝组织损伤芯片中差异基因及潜在通路分析

本文主要对大鼠、小鼠盲肠结扎穿刺术(CLP)脓毒血症模型进行分析,从模式动物角度发现潜在的脓毒血症相关基因,为脓毒血症诊疗提供理论依据。从NCBI-Gene Expression Omnibus数据库下载原始微阵列数据集,然后纳入盲肠结扎穿刺术脓毒血症及假手术组模型数据。运用生物信息学方法将数据标准化处理后,筛选差异基因进行富集分析和通路分析,并构建蛋白质相互作用关系网络,筛选出具有重要生理调节功能的核心蛋白质和关键候选基因。通过大鼠盲肠穿刺脓毒血症诱导后肝组织的差异基因表达芯片筛选,共获得350个能上调1.5倍及以上的差异基因,1337个能下调2倍及以上的差异基因;通过小鼠盲肠穿刺脓毒血症诱导后肝组织的差异基因表达芯片筛选,获得3532个上调1.5倍及以上的差异基因,4020个下调1.5倍及以上的差异基因;对上述芯片结果的差异基因取交集,得到29个共同上调表达1.5倍以上的差异基因和84个共同下调表达1.5倍以上的差异基因。利用String数据库对上述基因进行蛋白质-蛋白质的相互作用(PPI)网络分析,并利用David数据库从生物过程(BP)、分子功能(MF)、细胞组分(CC)和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路4个角度进行基因功能分析,发现共有10条通路与脓毒血症肝组织关系密切,其中最主要的通路为丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)通路,其次,缺氧诱导因子1(HIF-1)、叉形头转录因子的O亚型(FoxO)、乙型肝炎、血小板激活及胆汁分泌等通路调控也与脓毒血症相关。本研究为进一步探讨脓毒血症相关病理生理机制及诊疗方法提供了理论基础。

新生儿缺血缺氧性脑病ceRNA调控网络构建分析

目的 分析并构建新生儿缺血缺氧性脑病(hypoxic-ischemic encephalopathy,HIE)竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)的调控网络,筛选预测缺血缺氧性脑病诊治的潜在靶点。方法 通过TCGA和GEO数据库获取HIE的非编码RNA高通量测序数据,并进行差异基因分析。根据ceRNA理论构建出circRNA(circular RNA)-miRNA-mRNA网络,进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路和基因本体理论(Gene Ontology,GO)分享,探索和功能注释具有ceRNA潜在功能的circRNA。结果 对GSE121178数据集进行筛选,获得差异circRNAs165个,其中上调59个,下调106个;对GSE181127数据集进行筛选,获得差异miRNAs 63个,其中上调60个,下调3个。用miRecords、miRTarBase、TarBase数据库对获得差异miRNAs进行靶点mRNA预测,并对3个数据库预测结果取交集,共获得11个靶点mRNA(PIK3R1、BACE3、VEGFA、PPP2R2A、LATS2、WDR82、VEZT、TUBA1A、THBS1、SLC7A6、CDK6)。经阈值筛选,筛选了10个共表达circRNAs、4个共表达miRNAs和11个共表达mRNAs,构建circRNA-miRNA-mRNA网络。KEGG富集分析显示:HIE涉及的20个交集蛋白在信号通路中,较为靠前的10条信号通路包括T细胞受体信号通路、Ras信号通路、Rap1信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、FoxO信号通路、ErbB信号通路、胰岛素抵抗、酪氨酸激酶抑制作用、细胞衰老和细胞周期等靶点。说明这些信号通路或与HIE的发生有关。动物实验表明:模型组大鼠神经功能缺损评分高于空白组(P<0.001)。模型组miR-31-5p的mRNA表达水平明显低于空白组(P<0.05),模型组中miR-520g-3p,miR-30a-5p,miR-29a-3p表达水平明显高于空白组(P<0.05);WB显示,模型组中CDK6、THBS1和TUBA1的表达水平明显高于空白组(P<0.05),模型组中VEZT和WDR82的表达水平明显低于空白组(P<0.05)。结论 构建了HIE的circRNA-miRNA-mRNA调控网络,找到了疾病的潜在治疗靶点,为HIE的诊治提供了新方向。

基于前列腺癌肿瘤相关成纤维细胞的单细胞转录组的生物信息学分析

本研究运用生物信息学分析方法对前列腺癌(PCa)相关的单细胞数据进行了深入研究。首先,我们从GEO数据库中筛选出了1035个与肿瘤相关成纤维细胞(CAFs)相关的差异表达基因。然后,我们选取了其中最显著的Top100个基因,通过蛋白质相互作用网络分析得到了10个核心差异表达基因。进一步利用GEPIA2工具进行生存预后分析,发现MYLK、MYH11、COL18A1和CALD1可能与前列腺癌的预后显著相关。这些结果为我们深入探究前列腺癌的发病机制提供了重要的信息,有助于制定个体化的治疗策略。

单细胞转录组学结合孟德尔分析探讨扩张性心肌病潜在治疗靶点

目的 在通过分析多组转录组和单细胞数据集,深入探究扩张性心肌病(DCM)的分子机制,并寻找潜在的治疗靶点。方法 (1)数据获取与预处理。从GEO数据库获取多个转录组和单细胞数据集,并利用SVA软件去除批次效应。(2)差异基因分析。通过PCA和差异分析,筛选出与DCM相关的关键基因。(3)功能富集分析。利用GO和KEGG富集分析,探讨这些基因在生物学过程中的功能。(4)关键基因筛选。采用共识聚类、LASSO和随机森林等算法,从差异基因中筛选出关键基因。(5)因果关系分析。进行孟德尔随机化分析,验证关键基因与DCM之间的因果关系。(6)细胞类型分析。利用单细胞数据分析确定关键基因在不同细胞类型中的表达情况。结果 (1)鉴定出788个与DCM相关的关键基因。(2)GO和KEGG分析揭示了这些基因在多个生物学通路中发挥重要作用。(3)筛选出FGFR3、RTKN2和SLC9A3R1三个关键基因。(3)孟德尔随机化分析证实SLC9A3R1与DCM存在因果关系。(4)单细胞数据分析显示SLC9A3R1在心肌细胞中高表达。结论 本研究通过多组学分析,深入解析了DCM的分子机制。SLC9A3R1作为新发现的关键基因在DCM的发病过程中可能扮演重要角色,有望成为新的治疗靶点。这些研究结果为DCM的诊疗提供了新的思路和方向。

脊髓损伤后肌肉萎缩基因谱的生物信息学分析

背景:脊髓损伤后常伴随肌肉萎缩的发生,但是它的基本机制仍然不是十分清楚。目的:旨在探讨脊髓损伤后肌肉萎缩的分子生物学机制。方法:分析基因表达数据库中的脊髓损伤后肌肉萎缩的基因谱GSE45550。基因表达谱GSE45550包括对照组(脊髓损伤前)、实验组1(脊髓损伤后3 d)、实验组2(脊髓损伤后8 d)、实验组3(脊髓损伤后14 d)。组织为SD大鼠的比目鱼肌,每组6例。随后对4组样本数据进行差异基因分析、GO分析、通路分析。结果与结论:确定了2 513个差异表达基因,其中Wnt16、Obfc1、Ufd1l、LOC100361067、Hhatl、Fxyd1、Psmc4、Tasp1、Mettl21c、Ufd1l差异表达最显著。GO分析显示差异基因的主要生物学过程为biological_process、G蛋白偶联受体信号通路、对药物的反应、DNA依赖性转录、DNA依赖性转录的正调节、氧化还原过程、泛素依赖性蛋白分解代谢过程、凋亡过程、RNA聚合酶转录的正调控及脂肪酸β-氧化。信号通路如MAPK信号、细胞凋亡、柠檬酸循环(TCA循环)可能起到重要的作用。研究比较完整地揭示了脊髓损伤后肌肉萎缩基因谱的差异表达基因和所涉及的生物学过程和信号通路,其中Wnt16可能是脊髓损伤后肌肉萎缩中的关键基因,为未来的治疗进展提供分子靶点。

对参与肺腺癌发生的核心基因的综合生信分析

目的:侵袭性的肺腺癌(LUAD)是引起肺癌死亡的主要原因之一。因此,鉴定重要的LUAD相关基因及进一步分析其预后意义对于LUAD患者的生存率至关重要。方法:采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)和差异基因表达分析方法,从TCGA-LUAD数据库和GEO的GSE32863筛选出有差异的共表达基因,对其进行功能富集分析和蛋白质相互作用网络(PPI)分析。此外,通过应用Cytoscape的CytoHubba插件来识别12个核心基因进行生存分析和肿瘤分期相关性的分析。结果:从TCGA和GEO数据库中共提取了358个差异共表达基因。这些基因在GO分析中主要富集于细胞外结构组织,细胞–细胞连接和DNA结合转录酶激活活性。在KEGG分析中,主要富集于药物代谢–细胞色素P450。此外,在PPI网络中鉴定了12个核心基因。在LUAD患者中,ADCY4、VIPR1和TGFBR2的表达水平与临床分期和整体生存率(OS)相对应。结论:ADCY4、VIPR1和TGFBR2可能在肿瘤发生中起重要作用,因此它们可作为LUAD的预后生物标志物和治疗靶点。

结直肠侧向发育型肿瘤可能发病机制研究

目的:结直肠侧向发育型肿瘤(LST)检出率逐年升高,但其发病机制尚不明确。本研究将通过生物信息学方法分析该疾病mRNA表达数据集,探讨其发病机制。方法:利用差异基因分析,明确GSE77635中LST与正常对照组差异基因表达的情况,并对差异基因进行GO及KEGG分析。利用差异基因建立蛋白相互作用网络后选取关键基因进行分析。结果:共有1194个差异基因,其中包括469个上调基因及725个下调基因。其中PI3K-Akt信号通路可能参与LST的发生及发展。建立PPI网络后共选取5个关键差异基因(TP53、FN1、MYC、CD44、KRAS)。结论:LST的发生可能与PI3K-Akt通路密切相关。

不同发育时间蓖麻种子DNA甲基化的MSAP分析

为了分析不同发育时间蓖麻种子DNA甲基化的变化,本研究采用MSAP技术以发育10,20,30,40,50,60 d蓖麻种子为材料进行甲基化分析.结果表明,在10~60 d发育的种子中总甲基化率为19.77%~41.18%,全甲基化率为7.99%~24.16%,半甲基化率为7.56%~25.88%.发育20 d的种子中甲基化率最高,20~40 d的种子总甲基化率、全甲基化率、半甲基化率均表现出逐渐下降.在种子发育过程中,共鉴定出647条发生甲基化的条带,然而仅有37条序列是与已知序列同源,包括磷脂转运ATP酶、磷酸酶、甲基转移酶等,与脂肪酸的合成、运输有一定的联系.

基于临床生物信息学的白藜芦醇对自闭症谱系障碍的潜在治疗意义

目的:基于临床生物信息学探讨白藜芦醇对自闭症谱系障碍(ASD)的潜在治疗作用。方法:从基因表达综合数据库(GEO)中获取白藜芦醇和ASD的全基因组表达谱数据;分别对白藜芦醇和ASD的全基因组表达谱数据进行差异基因分析、基因本体(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析和蛋白质相互作用网络(PPI)分析并筛选核心基因;采用领域知识得分法在中英文数据库中对白藜芦醇具有重要调控作用核心基因的有效性进行文本验证。结果:白藜芦醇组和ASD组分别筛选出294个和256个差异基因(DEGs);白藜芦醇组GO富集的基因主要与神经系统发育、神经发生、突触组织等有关,KEGG通路富集主要与动物线粒体自噬、胆固醇代谢、甲状腺激素合成等有关;ASD组KEGG通路富集主要与丝裂原活化蛋白激酶信号通路、甲状腺激素合成、缩宫素信号通路等有关;白藜芦醇组DEGs的PPI网络分析中共获得11个核心基因,主要与细胞周期、突触发生和突触可塑性、炎症、免疫反应等有关。结论:白藜芦醇具有抑制炎症反应、促进免疫调节、改善氧化应激、调节突触发生和突触生成过程、调节神经递质的释放等功能,对ASD具有潜在的治疗意义。

基于通路扰动相似性建模的抗类风湿关节炎药对分子协同组合发现及机制分析

目的类风湿关节炎(Rheumatoid Arthritis,RA)是一种发生在滑膜关节及其他器官系统的慢性进行性自身免疫性疾病,中医药治疗类风湿关节炎历史悠久,积累了丰富的临床应用经验,药对是中医临床遣药组方常用的配伍形式,如何从分子机制角度深入探索和发现药对中的不同成分之间的协同组合机制,目前还没有较为有效的定量研究方法。方法通过GEO差异基因分析筛选RA关键基因,并整合已知RA疾病相关靶点信息,利用STRING构建RA疾病PPI网络;选取两种经典药对:独活-桑寄生、黄柏-苍术,使用TCMID、ETCM数据库收集并整理两种药对的主要化学成分,预测并识别出药对中所有成分作用的潜在RA靶点;同时,提出基于通络扰动相似性的建模方法,挖掘药对中具有协同治疗作用的中药小分子组合,并对所作用靶点集进行GO功能注释与KEGG通路富集分析。结果通过GEO差异基因分析及TTD、DrugBank数据库收集与整理,共得到555个与RA相关的靶点基因;通过靶点预测与识别,获得独活-桑寄生药对53个成分及其作用的52个潜在RA靶点,黄柏-苍术药对得到32个成分及28个靶点;利用基于通路扰动相似性的计算方法,发现了独活-桑寄生中15对、黄柏-苍术中17对具有协同性的小分子组合。结论本文提出的基于通路扰动相似性的计算方法,能够阐明有效中药成分在治疗RA中存在的通路协同组合特征,从一个全新角度揭示了中药药对配伍的内在机制和规律,为后续深入研究打下扎实的基础。

他克莫司的生物信息学分析及其对自闭症谱系障碍的潜在治疗意义

目的:探讨他克莫司对自闭症谱系障碍的潜在治疗作用。方法:从基因表达谱数据库获取他克莫司及自闭症谱系障碍的数据,分别进行差异分析、基因本体学富集分析、京都基因与基因组百科全书富集分析、蛋白质相互作用网络分析并筛选关键基因,将二者的差异基因及KEGG通路进行关联分析,以及利用表观精准治疗预测平台进行药物与疾病关联分析,筛选出与他克莫司相关的疾病、药物及体内作用靶点,并在中文、英文数据库中检索自闭症谱系障碍与关键基因作用的相关文献加以验证。结果:他克莫司组共筛选出差异基因451个,其中基因本体学富集的基因大多参与小分子分解代谢过程、过氧化物酶体基质、黄素腺嘌呤二核苷酸结合、烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸结合等过程;京都基因与基因组百科全书通路富集主要和炎症反应、补体和凝血系统、氧化应激、过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路、丝裂原活化蛋白激酶信号通路、哺乳动物雷帕霉素靶点信号通路等过程或功能相关。结合表观精准治疗预测平台的计算结果,发现他克莫司对全基因组表达谱的影响复杂,在蛋白质相互作用网络中共得到449个蛋白,筛选出12个关键基因,主要与细胞周期进程、炎症反应、免疫反应等功能相关;他克莫司和自闭症谱系障碍有关联。并验证了关键靶点的有效性。结论:他克莫司对免疫反应、炎症反应、细胞周期等过程或通路具有调控作用,其可能在抑制免疫反应的同时,还具有抑制神经炎症的功能,对自闭症谱系障碍患者有潜在的治疗意义。

加权基因共表达网络分析和差异基因表达分析鉴定氯离子通道附件1基因对结肠癌预后保护作用

目的:结合应用加权基因共表达网络分析(WGCNA)和差异基因表达分析2种方法筛选结肠癌mRNA表达谱中的差异共表达基因,并分析差异共表达基因与预后的关系。方法:基于生物信息学方法从癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达综合(GEO)数据库分别下载TCGA结肠腺癌数据集的转录组学数据和GSE68468数据集的芯片表达谱数据,筛选出两者在正常组织与结肠癌组织之间的差异表达基因(DEG)和最显著相关的加权基因模块,通过差异基因和加权基因取交集筛选出结肠癌相关差异共表达基因。构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,利用最大派系中心度(MCC)计算方法筛选出MCC评分排名前10位的核心差异共表达基因,使用TCGA结肠腺癌数据集验证核心基因在正常组织和结肠癌组织中的表达,采用Kaplan-Meier生存分析探索核心基因与患者总生存期和无病生存期之间的关系。使用人类蛋白质图谱(HPA)数据库,对生存相关的差异共表达基因进行免疫组织化学染色验证。结果:TCGA结肠腺癌数据集中DEG共3481个,GSE68468数据集中DEG共7275个,共获得237个差异共表达基因。使用PPI网络的MCC计算方法得到10个核心的差异共表达基因,分别为氯离子通道附件1(CLCA1)、MAPK3、胰高血糖素(GCG)、溶质载体家族26成员3(SLC26 A3)、核受体亚家族1组H成员4(NR1 H4)、脂肪酸结合蛋白1(FABP1)、鸟苷酸环化酶激活因子2A(GUCA2 A)、二磷酸尿苷葡糖醛酸糖基转移酶家族2成员A3(UGT2 A3)、肉碱棕榈酰转移酶2(CPT2)和跨膜4域A12(MS4 A12)。与正常组织相比,TCGA结肠腺癌数据集结肠癌组织的CLCA1、GCG、SLC26 A3、NR1 H4、FABP1、GUCA2 A、UGT2 A3、CPT2和MS4 A129个核心基因均下调(P均<0.05),其中CLCA1高表达结肠癌患者的总生存期和无病生存期均长于低表达组(P均<0.05),免疫组织化学染色结果在蛋白质水平也验证了结果的准确性。结论:CLCA1可能在结肠癌的发展中起关键作用,可作为进一步诊断和治疗的潜在生物标志物。

药用植物冬凌草高通量转录组测序与分析

目的:得到冬凌草高通量转录组数据,为挖掘冬凌草二萜类生物合成途径关键基因,研究冬凌草ESTSSR分子标记提供数据来源。方法:利用Illumina Hi Seq 4000高通量测序技术,采用Trinity的方法从头组装、序列拼接和去冗余处理;基于BLAST完成Unigene编码蛋白NR功能注释、GO分类、KEGG代谢通路注释和分类、功能基因挖掘,SSR分子标记挖掘。结果:获得冬凌草叶与茎两种不同组织共12 GB转录组数据,得到3 7961个Unigene基因,平均长度1063 bp;得到冬凌草叶和茎转录组有60条unigenes参与萜类化合物骨架合成、6条unigene参与各种萜类化合物合成,有26条unigene参与二萜化合物合成途径,叶与茎两种组织中有差异表达的基因4565个,其中在茎中表达较高的为1668个,在叶中表达较高的有2697个,与二萜类化合物合成相关的差异表达基因有15个。结论:本研究为冬凌草二萜化合物生物合成途径中关键基因的挖掘和分子育种提供了数据信息,为深入研究冬凌草中冬凌草甲素等有效成分的生物合成途径及其调控机制提供基础。

基于转录组学的丁香及甘草醇提取物对尖孢镰刀菌的影响

枯萎病是多种作物的重要土传病害之一,孢子或者病残体可在土壤中长期存活,导致该病防治困难,对农业生产造成极大的危害。为了对丁香、甘草2种醇提取物抑制枯萎病机制的进一步解析提供思路以及数据支撑,试验采用转录组高通量测序分析研究2种植物提取物处理后对尖孢镰刀菌基因表达水平的影响。结果表明,测序错误率均小于0.025%,且样本组内与组间相关系数差距较大,故测序数据准确度高、生物学重复性较好。甘草提取物处理后差异基因在GO数据库中主要富集到膜的组成成分和膜的固有成分,其中53.27%上调,在KEGG通路中苯丙氨酸代谢途径富集最为显著;丁香提取物处理后,在GO数据库中显著富集的途径与甘草相同,有33.98%上调,KEGG通路中差异基因在嘌呤代谢途径的富集最为显著。研究结果说明,甘草提取物对尖孢镰刀菌的主要抑菌机制可能是在翻译水平上促进真菌细胞膜的多种成分的生成与代谢,与此同时减弱尖孢镰刀菌DNA的损伤修复功能和营养物质如氨基酸的生成与代谢水平;而丁香提取物可能使得参与菌丝细胞生长或者菌丝抵御机制的基因过表达、RNA代谢旺盛,促进细胞膜的生长代谢,导致菌丝不能正常生长。综上,抑菌效果显著的2种植物提取物对同种尖孢镰刀菌可能具有不同的抑菌机制。

Physiological Analysis of Two Arabidopsis thaliana Mutants in Response to CO2

[Objective] The 15urpose was to seek for the different phenotypes between wild type and Arabidopsis Mutants in response to CO2. [Method] The epidermis bioassays and seed germination test were carried out to analyze the physiological characteristics of two Arabidopsis mu- tants and their wild type. [Result] There existed distinct differences in stomata apertures, water loss and leaf temperature compared with wild type except for stomata density. In addition, seed germination test on the medium indicated that cdfl was insensitive to ABA, mannitol and NaCI, but cdsl performed contrary to cdil. [ Conclusion] There are some different physiological characteristics between wild type and mutants.

基于RIP-Seq技术检测MRTF-A结合RNA在小鼠MCAO/R模型中表达

目的应用RIP-Seq测序技术检测小鼠MCAO/R模型中心肌素相关转录因子A(MRTF-A)结合RNA的表达差异,探讨MRTF-A潜在的作用机制。方法将C57BL/6小鼠随机分成假手术组及I/R组,线栓法构建MCAO模型,再灌注24 h后,提取脑组织总蛋白,利用MRTF-A抗体免疫共沉淀后,进行RNA高通量测序,获得MRTF-A结合RNA的表达谱,继而对差异RNA进行GO、KEGG分析。结果与假手术组相比,I/R组有429个RNA发生差异表达(上调203,下调226),并且在功能元件和染色体分布上均具有显著差异。GO分子功能分析显示,差异表达RNA主要富集RNA结合、Poly(A)RNA结合等注释。KEGG通路分析显示10条通路被显著富集,其中雌激素信号通路富集最显著。结论在脑I/R损伤时MRTF-A结合RNA表达谱发生差异改变,为深入探讨MRTF-A的分子机制提供理论依据。