猪瘟病毒石门株不同代次E2基因主要抗原编码区序列差异分析

利用 RT- PCR及序列测定对猪瘟病毒石门株不同代次毒株 E2基因主要抗原编码区及同一代次不同年代主要抗原编码区序列进行了分析 ,结果所有毒株 E2基因主要抗原编码区序列呈现较高的同源性 ,石门株不同代次毒株 E2基因主要抗原编码区核苷酸及氨基酸同源性分别为 97.7%～ 10 0 %、97.3%～ 10 0 % ;同一代次不同年代主要抗原编码区序列核苷酸及氨基酸同源性均为 98.6 %～ 10 0 %。只有 3个代次毒株发生较小的变异 ,核苷酸及氨基酸呈现 1～ 3个碱基或氨基酸的变异 ,其他代次的毒株序列完全一致。初步证实了猪瘟病毒分子结构的遗传稳定性 。

不同地区HPV16 E7基因的克隆及序列差异分析

采用PCR扩增、pGEM T载体克隆和核苷酸序列分析的方法对一例武汉地区及两例五峰县高发区宫颈癌患者体内HPV16型的E7基因编码区进行序列分析并与野生型 (德国标准株 )及已发表的HPV16湖北株 (HPVHB)进行了比较。结果发现武汉地区HPV16型E7基因仅第 5 4位出现一个同义突变 ,而高发区HPV16型E7基因存在差异 ,第 77位氨基酸由精氨酸 (Arg)变为半胱氨酸 (Cys) ,第 96位由谷氨酰氨酸 (Gln)变为精氨酸 (Arg) ,E7蛋白的二级结构及亲、疏水性也相应改变 。

一种基于线性序列差异分析降维的人体行为识别方法

在视频数据处理过程中容易出现维数灾难的问题。为此,提出一种线性序列差异分析方法,对视频数据降维来进行人体行为识别。运用ViBe算法对视频帧进行背景减除操作获取行为区域,在该区域内提取稠密轨迹特征从而去除背景数据的干扰。使用Fisher Vector对特征编码后进行线性序列差异分析,采用动态线性规整算法计算序列类别间相似度,得到最小化类内残差和最大化类间残差的线性变换,将特征从高维空间投影至低维空间,降低特征维数。利用降维后的特征训练支持向量机,实现人体行为识别。在KTH数据集和UCF101数据集上进行数据仿真,结果表明,与主成分分析算法、线性判别分析法等相比,该方法可有效提高识别准确率。

丁香假单胞大豆致病变种不同HrpZ蛋白差异区域功能研究

[目的]丁香假单胞大豆致病变种(Pseudomonas syringae pv.glycinea)A1和S1菌株编码产生的Hrp Z蛋白差异序列主要集中在C端的3个区域,并且这2个蛋白诱导非寄主HR的能力也存在差异。本研究将探究Hrp Z蛋白这3个差异区域在烟草上诱导HR(hypersensitive response)和抑制烟草花叶病毒(TMV)中所起的作用。[方法]采用常规PCR及重叠PCR方法将这2个hrp Z基因的3个差异区域分别进行互换,构建了相应的重组表达载体,表达并纯化得到了6个重组蛋白,相对分子质量均在41×103左右。并检测了其诱导HR活性、诱导植物抗病性。[结果]检测结果表明:重组蛋白Hrp ZS(S2→A2)和Hrp ZA(A3→S3)诱导HR的能力相比亲本都有所增强,6个重组蛋白诱导烟草抗TMV的活性都明显强于亲本,其中,Hrp ZA(A3→S3)和Hrp ZS(S3→A3)的活性最强。[结论]此试验表明Hrp Z蛋白的这些差异区域(第7、8、9个α-螺旋)是过敏反应能力的主要调控区域,同时C-端第8、9个α-螺旋区域与诱导植物抗病性也显著相关。本研究为改造Hrp Z类harpin蛋白激发子,提高其诱导抗性及功能域研究提供了理论依据。